刘秀平定各地割据势力，统一全国以后，为了进一步巩固东汉政权，首先做的一件事，便是削夺功臣之兵权。据《后汉书·光武帝纪》云：“光武自陇蜀平后，非警急，未尝复言军旅。皇太子尝问攻战之事，帝曰：‘昔卫灵公问陈，孔子不对，此非尔所及。’”建武十三年夏四月，“大司马吴汉自蜀还京师，于是大飨将士，班劳策勋。功臣增邑更封，凡三百六十五人……罢左右将军官。”耿弁、邓禹、贾复等皆相继交出兵权，以特进奉朝请。不仅如此，刘秀还不使功臣参与朝政，而以优厚的封土食邑，使功臣们“以列侯就第”，“阖门养威重”。当时，只有极少数列侯，如高密侯邓禹、固始侯李通、胶东侯贾复，特许“与公卿参议国家大事，恩遇甚厚”。
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与此同时，为了把权力集中在皇帝手中，在行政体制上，刘秀把中央政府的事权，由“三公”府转移到尚书台。《后汉书·仲长统传》云：“光武皇帝愠数世之失权，忿强臣之窃命，矫枉过直，政不任下，虽置三公，事归台阁。自此以来，三公之职备员而已。”尚书的官职创于秦代，原是少府属吏，其任务仅仅是在殿中传达诏令。西汉武帝时，成为侍从近臣，职权渐重，因以宦官充任，故又名为中书。成帝时，又复尚书旧名。尚书职名虽然由来已久，但直至西汉之末，在中央政府中，地位并不十分重要。东汉建立后，刘秀为了便于自己独揽国家大权，那些侍从其左右的尚书，就成为他最好的助手，尚书的职权，日益优重，“出纳王命，敷奏万机，盖政令之所宣，选举之所由定，罪赏之所由正”。尚书台已成为皇帝专制独裁的御用工具。随着尚书台地位的变化，其机构也得到了发展和加强。据《后汉书·百官志》等书记载，东汉尚书台的组织为：设尚书令一人，秩千石。据应劭《汉官仪》称：“尚书令主赞奏，总典纪纲，无所不统，秩千石。若公为之，朝会下陛奏事，增秩二千石。”光武帝特诏尚书令、御史中丞、司隶校尉于朝会时均专席独坐，京师谓之“三独坐”。这表明尚书台已成为国家的法定机关，其最高长官尚书令的地位也随之而升格。尚书令下设尚书仆射一人，尚书左右丞各一人。尚书台设六曹：一日三公曹，主岁尽考课诸州郡事；二日吏部曹，主选举祠祀事；三日民曹，主缮修、功作、盐池、园苑等；日封客曹，主护驾、边疆少数民族朝贺事；五日二千石曹，主司法词讼事务；六日中都官曹，主水、火、盗贼、治安事。每曹各置尚书一人，侍郎六人，令史三人。六曹即后来六部的起源。由上可以窥见尚书台组织之庞大和职掌之广泛，实为中央政府之缩影。
光武帝除以尚书台为政治司令塔发号施令外，对于地方行政的控制，也很严格。汉代的地方行政机构，实行郡县（国）两级制。汉武帝设十三州刺史监郡，属于临时派遣的监察官吏，他的任务是周行郡国，刺探政情，原无固定治所。东汉承袭西汉制度，分全国为十三州部，每州设刺史一人。其首都所属之州，亦设司隶校尉，督察中央直辖区。东汉州刺史的权力，远比西汉时为大，除监察二千石官吏之外，还有选拔官吏，直接向皇帝劾奏之权，甚至参与地方行政事务的管理，而且已有一定的治所和自己的衙门。这就形成内有尚书总揽朝政，外有刺史控制地方的高度集权的局面。
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不仅如此，为了防止发生叛乱，光武帝在完成解除开国功臣的兵权后，又进一步削夺地方的军权。建武六年（30），“省诸郡都尉，并职太守”，同时废除每年八月各郡国集兵演武的都试制度。按郡尉主郡兵，太守主郡政，为西汉旧制。东汉裁撤各郡国的都尉，而以太守典郡兵，是使太守集军政大权于一身，因此，东汉的太守，亦称“郡将”。翌年三月，又下诏解散地方兵，“罢轻车、骑士、材官、楼船士及军假吏（军中临时服役官员），令还复民伍”。在削弱地方武装的同时，又扩大禁卫军的编制，原来的正卒和戍卒，都改为由中央召募而来的职业军人担任。东汉兵制的改革，大大加强了中央职业军队的地位，也从而加强了中央政府的权威。
为了稳定和巩固封建统治，光武帝即位之初，即注意减轻刑罚和整顿吏治。建武二年（26），光武下诏书说：“顷狱多冤人，用刑深刻，朕甚悯之。孔子云：‘刑罚不中，则民无所措手足。’其与中二千石、诸大夫、博士、议郎议省刑法。”五年又下诏说：“久旱伤麦，秋种未下，朕甚忧之。将残吏未胜，狱多冤结，元元愁恨，感动天气乎？其令中都官、三辅、郡国出系囚，罪非犯殊死一切勿案，见徒免为庶人。务进柔良，退贪酷，各正厥事焉。”刘秀在位的三十多年里，曾多次颁诏大赦天下，举冤狱，出系囚。
光武即帝位后，在任用官吏方面，亦能做到选贤任能和奖廉斥暴。如擢王莽时密（今河南密县东南）令卓茂为太傅，名儒伏湛为大司徒。任用杜诗为南阳太守，诗“性节俭而政治清平，以诛暴立威，善于计略，省爱民役……视事七年，政化大行”。卫飒为桂阳太守，“役省劳息，奸吏杜绝”。任延为武威太守，到官之后，查明将兵长史田绀纵容子弟，横暴乡里，任延拘捕田绀，诛杀其父子宾客五六人，自此“威行境内，吏民累息（因恐惧而呼吸急促）”。光武帝还重用不畏强权的董宣为洛阳令。时刘秀姊湖阳公主苍头白日杀人，董宣在公主出行时，于路上驻车叩马，以刀画地，数落公主过失，命令公主家奴下车，处以死刑。公主向光武帝告状，董宣据理力辩，刘秀不但未加罪责，反而给了他一个“强项令”的美名，并赐钱三十万。因而史称光武时期“政在抑强扶弱，朝无威福之臣，邑无豪杰之侠。以口率计，断狱少于成、哀之间什八坷谓清矣”。
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光武帝吸取西汉末年王莽篡夺政权的教训，对于诸侯王和外戚的权势，也多方加以限制。如建武二十四年（48），刘秀特诏有司申明旧制“阿附蕃王法”，即继续实行西汉武帝时制定的左官律、阿党法及附益法等。规定诸侯王不得治民，王国设置的傅相，由中央直接委派，诸侯王仅保留食邑特权而已。对于外戚也特别注意控制，比如阴皇后的兄弟阴识、阴兴虽有功劳才德，也不曾委以机密要职。因此当时宗室诸王和外家亲属都比较遵奉法纪，无结党营私或对抗中央之事。
王莽时期，法令滋章，赋役繁重，刑法苛深，以致“父子流亡，夫妇离散，庐落丘墟，田畴荒秽”。刘秀登基后，面对的是经济残破、户口大减的情况，并且震慑于农民大起义的威力，实行了一系列旨在缓和社会矛盾和恢复生产的措施。首先，奴婢问题曾经是西汉末年以来严重的社会问题。为了解放这部分生产力，从建武二年到十四年，光武帝曾先后九次颁布释放奴婢和禁止残害奴婢的诏令。如建武二年（26），下诏“民有嫁妻卖子欲归父母者，恣听之。敢拘执，论如罪”。四年之后，又针对王莽时期不合西汉旧法而将吏人没人为奴婢的情况，下诏一律免为庶人。建武七年（31），当时东汉王朝已经平定东部地区，又“诏吏人遭饥乱及为青、徐贼所掠为奴婢下妻，欲去留者，恣听之。敢拘制不还以卖人法从事”。此后在平定陇蜀过程中，又于建武十二年、十三年、十四年三次诏令释放益、凉二州奴婢，规定自建武八年以来被掠为奴婢“冉讼”在官者，一切免为庶人。此外，光武帝还在建武十一年（35）一连三次下令，规定“其杀害奴婢，不得减罪”，“敢灸灼奴婢，论如律”，“除奴婢射伤人弃市律”。以上一系列诏令的实行，使大量奴婢摆脱了豪族地主的奴役，重新回到土地上来，成为国家直接控制的农民，这对社会生产力的恢复和封建经济的发展，无疑起了积极的作用。
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东汉初年，因统一战争还在继续进行，军费开支很大，国家用度不足，曾实行什一之税。后因实行军士屯田，军粮问题得到解决。为迅速恢复残破的社会经济，光武帝于建武六年（30），特颁诏书减轻农民负担，“其令郡国收见田租三十税一，如旧制”，即和西汉文景时期的租率相等。同年六月，他还下令各州县吏员减损到十置其一。光武帝统治后期，史称“时兵革既息，天下少事，文书调役，务从简寡”。这多少反映东汉初期的封建赋役负担比西汉后期和战争期间有所减轻。
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刘秀生长于民间，青年时期，颠沛流离于各地，颇知稼穑艰难，百姓疾苦，因而在即帝位后，能够以身作则，提倡节俭。史书上说他召而不谒。光武不但不怪，反赐他帛四十匹。东海王良，在王莽篡汉时，寝病不仕，教授诸生千余人。建武三年（27），征拜谏议大夫，后迁沛郡太守、太中大夫，官至大司徒司直。还有一个与光武少年同游学的会稽严光（字子陵），少有高名，刘秀称帝后，乃变名姓，隐身不见。光武帝备车遣使聘请，一连去了三次，严光才来到洛阳。光武帝亲自到他的住处相见，请他出山相助，严光谦辞。光武帝再次请他人宫，与他同床共卧，论道旧故，并任命他为谏议大夫，严光仍不肯。建武十七年，又特征召，严光又不至，年八十，终老于家。光武帝非常痛惜，下诏郡县赐给严光家属钱百万、谷千斛。光武帝对待士人的礼敬政策，受到当时人的欢迎，许多原来宣布不与王莽合作的士人，都先后来奔，为东汉王朝效力。
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光武在即帝位后的三十四年中，实行了一系列旨在缓和社会矛盾和恢复生产的措施，以重建汉朝对全国的统治。赤眉、绿林起义的严重教训，豪强地主势力的严重威胁，使他在建立东汉王朝后，首先改变中央权力结构，以加强皇权；注意整顿吏治，精兵简政，释放奴婢，减轻赋税，礼贤下士，崇尚节俭。自陇蜀平后，“非警急，未尝复言军旅”，“虽身济大业，兢兢如不及”。自光武中期以后于明帝之末，其间四十余年，既未发生过内战，亦无封建割据，社会出现了基本安定的局面。《汉书·刑法志》称：“自建武、永平，民亦新免兵革之祸，人有乐生之虑，与高、惠之间同”。建武初年，全国户籍遗存的人口只有十分之二，致田野荒芜；到建武五年，情况已有所好转，土地逐渐得到垦辟。光武末年，载于户籍的人口已达到二千一百多万。光武以后的若干年内，出现了“天下安平”的时代，这与光武皇帝开创之功是不可分的。因此，光武帝统治时期，史称“中兴”。南宋诗人陈亮说：“自古中兴之盛，无过于光武”，可谓允论。一常生活：身不穿重綵之衣，耳不听妖冶之音，手不持珠玉之玩。建武十三年（37），他将异国贡献的千里马送去驾鼓车，将价值百金的宝剑赐给骑士。他不建造专为皇家游乐的苑林，不从事浪费人力物力的狩猎。他一向提倡薄葬，将作大匠窦融向他请示园陵广袤，光武帝说：“古者帝王之葬，皆陶人瓦器，木车茅（茅草）马……今所制地不过二三顷，无为山陵，陂池才令流水而已。”中元二年（57）二月，光武临死前，遗诏曰：“朕无益百姓，皆如孝文皇帝制度，务从约省。”上行下效，在光武帝的带动和影响下，后宫妃嫔和东汉初期的一些臣僚，也多能做到生活俭朴，清廉自守。如在东汉建国初期，做过御史中丞和司隶校尉的宣秉，“性节约，常服布被，蔬食瓦器”，家中的粮食储存不超过一担。比宣秉稍后，代宣秉为大司徒司直的王良，也是“在位恭俭……布被瓦器”，他的妻子还亲自到田间去曳柴，其清贫自守，可以概见。光武时期，著名的地方官会稽太守第五伦，虽身为二千石，然“躬自斩刍养马，妻执炊爨。受俸才留一月粮，余皆贱贸与民之贫赢者”。东汉初期的政治，由于君臣同心，上下一致，因而是比较清明的。
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另外，光武帝在处理统治阶级内部矛盾和团结士人方面，也很有策略。建武二年（26），寇恂拜颍川太守，当时大将贾复任执金吾，驻在汝南。贾复的部将因杀人被寇恂逮捕，戮之于市。贾复引以为耻，心怀不忿，对左右说：“吾与寇恂并列将帅，而今为其所陷，大丈夫岂有怀侵怨而不决之者乎？今见恂，必手剑之。”自是寇恂常避让贾复。光武闻知，乃召见寇恂，时贾复亦在座。光武对二人说：“天下未定，两虎安得私斗，今日朕分（解也）之。”在光武帝的调解下，两人又“并坐极欢，遂共车同出，结友而去”。
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王莽代汉之时，不少士人“或隐居以求其志，或回避以全其道”，其时“裂冠毁冕，相携持而去之者，盖不可胜数”。东汉建立后，光武帝为巩固新建立的政权，他礼贤下士，对士大夫表示非常敬重，史称其“侧席幽人（即侧席而坐以待隐居之人），求之若不及”。例如他对王莽时代的逸民北海逢萌、太原周党，皆曾多次聘请来朝。逢萌托以老耄，迷路东西，不肯就征。