1648年正月江西金声桓、王得仁和同年四月广东李成栋的反正，是永历朝廷的一大转机。上文已经指出了金、王用兵方向的不当和李成栋援救江西不力，导致局势逆转。但是，就整个南明复兴事业而言，关键却在湖南战场。其原因如次：第一，清廷在金声桓、王得仁以江西反正之后，唯恐长江中下游有失，急忙命令孔有德、耿仲明、尚可喜三王带领军队撤回湖北汉阳，湖南只留下总兵徐勇守长沙、总兵马蛟麟守辰州、总兵张国柱守衡州，此外就是广西巡抚李懋祖和总兵余世忠据守广西全州到湖南永州一带，兵力相当单薄。永历政权可以投入湖南的兵力远远超过当地清军。第二，永历朝廷如果能够趁清军主力撤离湖南的机会一举收复全省，在战略上将使湘、赣、粤、桂连成一片，既便于互相呼应支持，又可以为进一步扩大战果奠定基础。第三，湖南一省是永历朝廷重臣何腾蛟、刘承胤以不同形式拱手让给了清方，在江西、广东反正以前，永历君臣局促于广西部分府州，威望大损，如果能够凭借自身力量收复湖南，必将提高朝廷的声望和地位。
然而，永历朝廷在湖南战场上却一误再误，坐失时机，罪魁祸首就是窃踞督师阁部的何腾蛟。迄今为止，人们大抵没有摆脱南明门户之见的影响，对许多人物和事件做了不正确的叙述。嫉贤妒能、误国误民的何腾蛟一直被推崇为正人君子，描写成支撑南明政权的擎天大柱，就是一个典型的例子。
让我们先看一下1648年夏秋间湖南的形势。这年四月，堵胤锡、马进忠利用孔有德等三王兵马撤出湖南的机会，于十八日由湘西九溪卫（在今湖南慈利县西北）、永定卫（今湖南张家界市）出发，二十四日收复了常德。一度降清的将领陈友龙也在靖州反正归明。陈友龙原来是刘承胤的部将，号称敢战。刘承胤以武冈降清时，他受制于主将被迫降清。1648年四月，他的军队驻扎在湖南靖州城外二十里处，孔有德委任的署贵州巡抚彭而述来到靖州，陈友龙就在这月十五日宣布反清，围攻靖州，“合苗、徭诸山峒赤脚椎髻之徒，蜂拥靖州城下，火炮如电，戟列如霜”。清署贵州巡抚彭而述督副将阎芳誉出城迎战，“守将杨文义做内应，城以陷，标下副将贺进才冒矢石死”，彭而述逃往宝庆。十七日，陈友龙派兵进入贵州黎平府，活捉会同县清知县宋云梯，黎平府推官蔡珽逃往黔阳。清偏沅巡抚线缙向朝廷报告：“武冈、黎、靖、会同一带犹属旧治，响应神速，尽裹网巾。”又说：“宝庆一府所辖五州县，今新宁、城步、新化陈友龙、王国柱做叛，已去三县；武冈危困三月，亦在叵测，所存邵阳一县半怀观望。”七月初一日，陈友龙部攻克武冈州，清副将贺云、知州何衡泗自杀。八月初五日，陈军又攻克宝庆府（府治邵阳）。
正当湖南局势对南明处于极为有利的情况时，原先负有丢掉几乎湖南全境的罪责，一直龟缩于广西桂林的督师阁部何腾蛟却急不可耐地妄图窃取“复湘”首功。他带领曹志建、赵印选、焦琏、卢鼎等部于五月二十七日攻克全州。清广西巡抚李懋祖、总兵余世忠退入湖南永州。何腾蛟的军队尾随清军进攻永州，余世忠等据城阻击。尽管何腾蛟位高兵多，却庸懦无能，顿兵永州城下，久攻不克。他眼看堵胤锡部已经收复常德，陈友龙部连克靖州、武冈、宝庆等地，复湘大功很可能落入他人之手，竟不择手段地加以破坏。
何腾蛟对陈友龙怀有很深的敌意。原因是刘承胤在武冈降清时，陈友龙本不情愿，迫于当时的形势勉强归附清朝；清方为了使他死心塌地跟随自己，故意责令他带兵进攻何腾蛟的老家贵州黎平（按，何腾蛟是五开卫人，五开卫治与黎平府同城），俘虏了何的家属。陈友龙反正以后，先后占领靖州、黎平、武冈、新化、宝庆，同收复常德地区的堵胤锡、马进忠部互相呼应，大有一举拿下长沙之势。何腾蛟为了泄私愤、争头功，竟然指使南安侯郝永忠率部由柳州北上靖州地区偷袭陈友龙部。郝永忠一介武夫，长期受何腾蛟笼络，当即奉命行事。他以借道靖州恢复辰州为名，突然对陈友龙部发起攻击；陈友龙毫无防备，全军溃败，带着残兵败卒逃入广西向永历朝廷诉冤。陈友龙军既在何腾蛟挑起的内战中被打垮，不仅乘胜进攻长沙的计划破灭，宝庆府也被清总兵张国柱、参将魏守职重新占领。
何腾蛟导演的南明军队自相火并，使湖南清军得以喘息。直到十一月初一日，何腾蛟指挥的军队才攻下永州，然后再次占领宝庆，延误了收复全湘、东救江西金声桓、王得仁的时间，后果十分严重。对于何腾蛟的私心自用，留守桂林大学士瞿式耜是非常清楚的，但是他同何腾蛟气味相投，互为表里，故意把事情的经过说得含糊其词。现存瞿式耜集中《恢复宝庆疏》尾注明时间为“永历二年六月初六日具奏”，接着的一篇《永城大捷疏》尾注明是“永历二年七月初六日具奏”。后面这件奏疏说：“本月初一日一鼓而下，克复永城。”根据清方档案和地方志，攻克永州是这年十一月初一日，瞿式耜的上述两件奏疏都应该是十一月上旬写的，他本人上疏时自然不可能写错时间，问题出在据疏稿编集的时候。这两件系时错误的奏疏都同何腾蛟直接有关，未必是偶然的疏忽。鉴于人们对奏疏所写年月往往深信不疑，对这种例外情形做点考证就是必要的了。
瞿式耜《恢复宝庆疏》中说：“本月初五日，准督师阁部何塘报前事：‘据标下职方司主事李甲春，原翰林院简讨姚大复报称：宝庆一府，职等前与总镇陈友龙已经会师恢复。后陈兵派饷一倍、十倍，以致百姓迎虏；兼以郝（永忠）兵入靖，陈（友龙）兵溃回，宝（庆）复为虏所踞。职等奉本阁部严命，于十八日率兵万余，一仗决胜，斩级二百零五颗，生擒三十四名，夺大西马五十余匹。有功员役，另察册报。虏遁洪桥，我兵屯营宝（庆）城外五里，扼其要路。此系恢郡捷报，恳乞奏闻，等情到案。本阁部（何腾蛟自称）看得，宝庆一府东通长郡，南连衡岳，西界武、靖，表里山河，诚楚之大郡也。本阁部鞭长不及，终少调剂，以致旋得旋失。今发监军御史余鹍起，躬督标下职方司李甲春之兵，乘虏初入，脚跟未定，一鼓恢复，厥功伟矣！然湖南、北之真虏毕集永阳（即永州），本阁部调四爵之兵（指曹志建、赵印选、焦琏、卢鼎），无日不战，无仗不胜。阱此数万豺虎，衡、宝之虏自在目中。宝庆恢复，又可省一番筹战之劳矣。理合塘报，烦惟转奏。’等因到臣（瞿式耜自称）。”接着，瞿式耜写道：“该臣看得，宝庆之旋得旋失也。由于郝永忠之兵入靖，陈友龙调兵回顾，衡之援虏乘机再入。今幸督师辅臣腾蛟方略布置，一鼓恢复，与永捷之报同日并驰。……”何腾蛟、瞿式耜都谈到陈友龙放弃刚刚收复的宝庆是因为郝永忠兵进入靖州。按情理说，陈友龙反正以后已成为明朝将领，郝永忠部由广西进入湖南，本应联合进取长沙等府县，怎么会适得其反呢？原来，陈友龙自靖州反正后，捷报频传，永历朝廷加封他为远安伯，以示奖励。何腾蛟怀着不可告人的目的派郝永忠以友军之名行偷袭之实，一举击败陈友龙，才导致宝庆得而复失。何腾蛟所督军队重占宝庆后，自矜功伐，真是恬不知耻。瞿式耜替他帮腔，一唱一和，朦胧上奏，表明永历朝廷中结党弄权，几无是非功过可言。给事中金堡趁机起哄，上疏大骂“闯贼郝永忠本我寇仇，暂归绦索，未尝与虏一战，而震惊乘舆，戕贼内地，顷且残靖州，逐勋镇矣。陈友龙反正之后，有力恢宝（庆）武（冈）之功，而永忠遍布流言，谓勋辅腾蛟令其报仇，欲以离义士之心，败督师之望”；要求朝廷下诏“削其官，声其罪，使天下知其为国法所不赦”。金堡舞文弄墨，为何腾蛟开脱罪责，发泄对原农民军将领的仇恨，可谓无耻之尤。王夫之有一段记载比较接近事实：
何腾蛟素恶友龙，以庶母、妻、妾故，尤怨之。且闻其复湘乡，恐其先得长沙。而腾蛟方围永州未能下，念无以制友龙者。郝永忠方屯柳州，腾蛟使谓永忠曰：“诸将出楚，皆立大功，将军独深壁柳州，将为诸将笑。今予自率滇、曹兵下永、衡，王、马诸部出辰、常；为将军计，惟有靖、武一路可出耳。陈友龙收二十余城，富甲诸将，金粟可坐食十年。战友龙之与战□（虏），难易亦易知，且彼自以得上封拜，怙天子为安，不虞人之见袭，可一鼓破也。吾妻妾皆死于友龙之手，将军于我，师生谊最厚，独不能为我一报乎？尽友谊，取大功，收厚利，据乐土，在此行也。幸勿以友龙新受褒赏为疑。将军诚据宝庆，待我而下长沙，虽杀友龙，朝廷其不能致诘于将军审矣。”永忠军方困于食，得腾蛟报，大喜，即卷甲趋古泥。即贻书友龙，言假道自黎平西出黔境，往复辰州。友龙不为备。永忠倍道驰袭友龙于武冈。乃称“奉督师令讨友龙”。友龙兵不得集，遂溃败。永忠尽并其军。友龙挟一矛冲重围走，三日夜不得食，乃达柳州。驰疏讼冤，朝廷果以腾蛟故，置不问。永忠遂大掠黎、靖、武、宝，杀百姓以巨万计。武、宝绅士起义应友龙者，皆捕掠之。给事中金堡自黔阳入，奏：“永忠击杀忠义，戕贼内地，破坏恢复。”朝廷为腾蛟故，复切责堡。腾蛟每对客揶揄曰：“吾荐拔将帅至五等多矣，能为我效一臂者，郝南安一人而已！”诸将以是怨望解体。
何腾蛟一手挑起了内衅，既报了私仇，又抢了收复宝庆的功劳，欣欣然自以为得计。可是从整体战略上看，明军收复湖南，同江西会师的时机就此错过。这不仅导致了大局的逆转，就他自己的命运而言也种下了覆亡的根苗。南明朝廷重臣之短视大抵如此。
1648年（顺治五年、永历二年）四月十八日，堵胤锡领导马进忠、王进才部从驻地九溪卫（在今湖南慈利县江垭西北）、永定卫进攻常德，二十四日攻克该城。王进才部进至辰州（府治在沅陵）所属的官庄坪、白马渡。清偏沅巡抚线缙惊呼：“贼势愈张，非独常德一府失陷，而湖南、湖北百姓尽裹网巾，白布缠头，擒杀县佐，逼夺印信，公文阻隔，音信不通，大有可虑者。”南明军队在四、五月间先后收复泸溪、辰溪、黔阳、宁远、新田、祁阳、安仁、耒阳、酃县、城步、新宁、安化、江华、麻阳、东安等地。清辰常道戴国士见势不妙，也以沅州（今湖南芷江）叛清归明。明保昌侯曹志建在五月二十一日攻克道州后，会同郝永忠部围攻蓝山。何腾蛟调集曹志建、焦琏、胡一青、赵印选、卢鼎等部兵从七月十七日起围攻永州（府治在零陵），到十一月初一日攻克该城，擒杀清广西巡抚李懋祖、广西总兵余世忠，清永州通判郦胤昌投河自尽。衡州（今衡阳市）的清朝文武官员见明军声势浩大，主动放弃衡州，撤至湘乡、长沙扼守。
何腾蛟、堵胤锡节制的各部明军虽然趁清军主力撤出湖南的时机，收复了湘西、湘南许多州县，但除马进忠的军队以外其他各部兵力较弱，而且各自为政，难于承担收复湖南全境、东援江西的重任。一旦清军主力再度入湘也不是对手。制辅堵胤锡有见及此，决定亲自前往夔东邀请英勇善战的忠贞营进军湖南。李赤心（即李过、李锦，隆武时封御营挂龙虎将军印、兴国侯）、高必正（即高一功）统率的忠贞营自1646年围攻荆州被勒克德浑部清军击败后，退到川鄂交界的大山区休整，先在巴东县平阳三坝驻扎，1647年（顺治四年、永历元年）四月内从巫山、巴东交界处渡过长江，“头入施州卫（今湖北恩施），尾在建始县”。顺治五年（1648）七月初一日，李赤心领兵“数十万”东下一举占领湖北彝陵，九月即全营开至湖南常德。十月二十一日从常德进发，击败清总兵徐勇派来的援兵，二十四日收复益阳县。十一月初一日分兵攻取湘潭、湘阴、衡山，初三日在湘潭击败清偏沅巡抚线缙、总兵徐勇部一万余人，占领该县；初九日又攻克湘乡、衡山两县。至此，长沙府属十二个州县已经被明军收复九座，只剩下府附郭二县长沙、善化（实际上就是长沙一城）和浏阳仍为清军据守，长沙成了孤注。十一月十一日，李赤心、高必正亲统将校数十名率领兵马包围长沙，“临城四面攻打”，发“箭如雨，铳子落城中如鸡卵，中人物皆毙”，五天五夜连番进攻，“掘城凿洞”，志在必克。清偏沅巡抚线缙、总兵徐勇据城顽抗，但部下兵丁只有三千名，外无救援。徐勇在城头督战时，被李赤心一箭射倒城上，攻克长沙已经指日可待了。清朝湖南巡按吴达在给朝廷的奏疏中说“一只虎等贼于十一月十一日攻围长沙，危在旦夕，幸众将士血战，方得保全。……长沙之围虽十六日报解，而其势益危”；偏沅巡抚线缙也说长沙“将至垂危”，十六日李赤心等大军忽然“抱头鼠窜”。
这究竟是怎么一回事呢？个中缘由清方守城文武官员以为己功自不待言，南明许多史籍也因为作者的政治偏见常加掩饰。实际情况是督师阁部何腾蛟同节制忠贞营的大学士堵胤锡由于政治主张不同大闹矛盾，何腾蛟急于争功，造成功亏一篑。上文说过，包括长沙在内的湖南大部分地区在1647年清孔有德等三王进攻下，何腾蛟统率的明军望风而溃，他本人也逃到广西。这次趁清军主力撤退，收复湖南郡县时，何腾蛟想把功劳据为己有，以盖前愆，还在进攻永州的时候就多次给留守桂林大学士瞿式耜写信夸口说：“衡、长功夫，俱在永州做就。”可是，由于他指挥无能，进展缓慢，而忠贞营是制辅堵胤锡出面从夔东调来的，成了复湘主力，特别是眼看即将取得攻克省会长沙的首功。于是，争夺长沙战功成为何腾蛟同堵胤锡矛盾的焦点。当忠贞营从常德挥师南下时，何腾蛟就写信给堵胤锡说：“治生（何腾蛟的谦称）与清大战于严关日月桥，三王败遁；进围零陵（即永州），指日可下，各郡邑尽入掌中。闻忠贞诸盟驻节中湘，分取衡阳，则功又有所属矣。近王（进才）、马（进忠）诸勋举动甚是乖张，治生已有檄谕之矣，谅此辈必不负治生也。”堵胤锡读信后不胜感慨，对兵部侍郎毛寿登说：“我等封疆之臣，罪且难赎，何公尚欲言功耶？”鲁可藻记：“初，忠贞至长沙攻城，已挖二窟，城内岌岌。腾蛟意：长沙自我失之，必自我复之。遂以忠贞援江，候调标镇各营同进复长沙也。”堵胤锡在忠贞营即将攻克长沙时也不无得意地说：长沙自“督辅失之，我为复之，不亦善乎？”何腾蛟听到后妒意倍增，他竟不顾一切，以督师阁部的权力下令把即将攻下长沙的忠贞营调赴江西，表面理由是派他们解救被谭泰、何洛会部清军包围在南昌的金声桓、王得仁；实际上是要让自己直接节制的南明杂牌军队收复长沙。堵胤锡拗不过何腾蛟（他原是何的下级，何腾蛟又有留守大学士瞿式耜在朝廷内鼎力相助），被迫下令忠贞营于十一月十六日放弃即将攻克的长沙，怅怅然带兵东进。当时亲见其事的汪辉记载：“何公自至湘，将一只虎十三家调往江西，马进忠调下湘潭。”长沙城里的清军逃脱了覆没之灾，趁解围的机会四出抢粮，加固城守。何腾蛟拼凑的杂牌官军战斗力既不强，又调度不灵，大部距长沙尚远，以致坐失事机。如果何腾蛟稍有大臣度量，以国事为重，绝不至于出此下策。当时的形势很明显，李赤心军拿下长沙只是指顾之间的事，一旦攻克省会，湖南一省将迅速底定，南明不仅将有一个稳定的后方，而且趁屡胜的兵威东救江西，北取入湘门户岳州，整个战局将大为改观。
何腾蛟下令把围攻长沙的忠贞营调走以后，自以为可以让自己节制的勋镇拿下长沙，攫取首功。然而，他情报不明，不知道清廷所派济尔哈朗统率的满、汉大军正在向湖南推进。清廷接到湖广总督、巡抚、巡按诸臣连续告急的奏疏，于1648年（顺治五年）九月十一日决定任命郑亲王济尔哈朗为定远大将军，“统兵讨湖广逆贼李锦”。十月，济尔哈朗军行至山东曹州，参与镇压该地的农民反抗；十二月在湖北安陆府喂马，休养士卒，准备大举入湘。何腾蛟对敌情缺乏起码的了解，加以指挥无能，在忠贞营于十一月十六日撤离长沙后，始终没有组织成一支进攻长沙的兵力。1649年（顺治六年）正月，济尔哈朗大军进入湖南，何腾蛟部下诸将如惊弓之鸟，纷纷拉起队伍就跑。何腾蛟身边只有马进忠部少数兵力，自知难以迎敌。他在无可奈何之时，给永历朝廷上疏奏称：“湖南千里一空，前恢复诸城一旦尽弃，引罪自劾。”何腾蛟原疏未保存下来，但从南明人士的记载里可以推测他的“引罪自劾”肯定隐瞒了自己把忠贞营调走招致全局败坏的真相，许多南明官绅又同何腾蛟、瞿式耜沆瀣一气，对原大顺军改编而成的忠贞营怀有很深的偏见，因此把这段历史描绘得混乱不堪，全部责任都推到忠贞营和节制该营的堵胤锡头上。例如，堵胤锡邀请忠贞营入湘，李赤心、高必正应命率部于九月间到达常德，十月二十一日由常德南下；何腾蛟在十一月间给瞿式耜的塘报中还说“本阁部不以恢长为喜，而以忠贞来附为喜”；同年十二月初一日瞿式耜转奏后奉圣旨还说：“今长、湘凯闻，李赤心、高必正等雄冠诸军；制辅堵胤锡联属各部，以成大捷，朕心嘉悦。”可是，到了王夫之等人的笔下，就变成堵胤锡招忠贞营参加湖南会战仿佛是一种阴谋，李、高兵进至常德百里外时堵胤锡才写信通知马进忠，“进忠大惊，疑忠贞营之众旦夕即并己，立命焚廨舍庾积，掠百姓，拔营南走……进忠去常德，王进才、牛万才不知所出，遂约刘体淳（纯）、张光翠同走衡、宝间。忠贞营至常德，已赤土无茎草，不能留，即尾进忠后，自宁乡趋湘潭。马蛟麟徐出收常德，湖北复陷。诸军猬集于湘，高必正遣偏师攻长沙，以谢胤锡，不克，亦退湘、衡间，互相疑掣，转掠千里，胤锡无以制之。腾蛟泛轻舸至湘潭，乃与胤锡议，以南昌求援甚急，胤锡督忠贞营渡湘而东走醴、攸，往援江。而忠贞营徘徊茶、攸间，殊无行意。湘潭陷，腾蛟败没，忠贞营奔衡州走郴，为入粤计。胤锡不能令也”。这完全不符合事实。李赤心、高必正率忠贞营入湘作战，本来是堵胤锡和马进忠的请求，出兵时还对夔东的留守兵力做了部署，防止湖北清军乘虚西上。当时清荆州总兵郑四维依据可靠消息报告：“闻说马进忠等请虎贼（即李赤心为首的忠贞营，李过绰号“一只虎”）往常（德）、澧（州）。仍将谭贼（指谭文、谭诣、谭弘）船只发上新滩，留王二（即王光泰）、王三（王昌）、姚黄（指摇黄十三家）、朱经略（朱容藩）、王昉生接住施、归、建始一带。今（十月）初五日，各贼起营前往常、澧。”王夫之是当时当地人，应当知道事实的真相。他为了掩盖何腾蛟的过失，竟然编造了一篇马进忠同忠贞营内讧的神话，渲染得栩栩如生。这种凭个人好恶任意上下其手的史笔，只能把读者引入歧途。
1649年（顺治六年、永历三年）正月二十日，清军在济尔哈朗统率下没有遇到任何抵抗，就进抵道林市，从活捉的明摆塘兵口中审问得知何腾蛟和马进忠正在湘潭城内。次日清晨，清军快速行进，出其不意地包围了湘潭县城。马进忠见清军势大，率部南撤，何腾蛟成了无兵之帅。二十一日清军进入湘潭，何腾蛟被俘。清郑亲王济尔哈朗下令屠城，湘潭城中的百姓几乎全被杀光。当时逃到乡下的文人汪辉记载：清军从正月二十一日开刀，“屠至二十六日封刀，二十九日方止”，半个月后他进城看到的是一场惨不忍睹的局面：“近前则足软，欲退又不能。魂飞魄散，心胆惧寒矣。时血迹尚鲜，腥臭逼人，立身无地，有食亦不能下咽。但见尸骨纵横，惨不可言。……市上人民不止二三十，城中不满百人，受伤未死者数十人。”康熙初，《湘潭县志》收录的一件碑文也说：“六年正月，万骑自长潜渡，屠其城，尸坟起，与垣檐平。会守帅提馁卒至，搏尸衣而暴露之，涂藉污泞隘巷间，横竖比叠；有未亡者欲以面目求死者状，裹骸还里，此臭皮囊三七日外作鬼畜变相，竟人人似，又哭而置之。”
何腾蛟被俘后，清方劝他投降，他坚决拒绝，正月二十七日被杀害于湘潭流水桥旁一个小坡下。据记载，何腾蛟就义前“惟举手拍地，呼：‘可惜！’两掌皆碎”。大概他终于认识到由于自己的偏私心理作祟导致全局隳败，追悔莫及吧。永历朝廷得到何腾蛟就义的消息，追赠他为中湘王，谥文节。
何腾蛟被俘后坚贞不屈，保持了民族气节，应当肯定。但纵观他的一生却是成事不足，败事有余。弘光时期他受制于左良玉，无所作为。隆武时期，他伙同湖北巡抚章旷排挤大顺军余部，收罗一批散兵游勇充当嫡系，又无将将之能，造成刘承胤、曹志建、黄朝宣等割据跋扈的局面。上文说过，隆武帝遇难，他负有不可推卸的责任。反攻湖南之役取得节节胜利之际，作为全军统帅的何腾蛟却处处私心自用，唆使郝永忠偷袭反正来归的陈友龙部，挑起明军自相残杀，给清军以喘息之机；又悍然调走围攻长沙的忠贞营，一手断送了复湘援赣的战略大局，卒至以身予敌。南明之不振，用人不当是个重要原因。
济尔哈朗在擒杀何腾蛟以后，利用南明军队不战自溃，分兵大举进攻。由尚书阿哈尼堪、固山额真刘之源领兵往攻宝庆（邵阳），固山额真佟图赖、伊拜领兵往攻衡州；当时，堵胤锡同李赤心率领的忠贞营驻于湖南郴州地区，济尔哈朗亲自带领主力前往征讨。忠贞营兵力不敌，战败后向南撤退。
阿哈尼堪、刘之源部在宝庆击败明军王进才、马进忠军，占领府城邵阳，接着向西进攻黔阳，在该县的洪江（今黔阳县南）击败袁宗第、刘体纯（二只虎）部，进占沅州（今芷江）、靖州。
佟图赖、伊拜部在衡州击败明军，南明总兵陶仰用阵亡。胡一青、周金汤退入广西全州。佟图赖乘胜追击，占领全州。由于全州是由湖南进入广西的门户，直接关系到永历朝廷的安危，南明将领焦琏等领兵分三路反攻全州，被清多罗顺承郡王勒克德浑部援军击败。焦琏等调整兵力后再次反攻全州，济尔哈朗亲自带领主力往援，明军不敌，退回桂林。清军在勒克德浑率领下进攻道州，明将曹志建战败，道州失守。曹部虽曾反攻道州，都被清军击退。
济尔哈朗、勒克德浑在重新占领湖南大部州县后，还曾派出一支军队西入贵州境内。当时明将郝永忠部还沉浸于内讧之中，在黎平府东南的中潮地方包围远安伯陈友龙残部，陈友龙战败被杀。清军的突袭使郝永忠措手不及，被击败，清军占领黎平府。郝永忠带领部众退到广西庆远（宜山），又辗转于贵州独山一带。由于欣赏他的何腾蛟已被清军俘杀，而瞿式耜等人对他恨之入骨，在奏疏中公开称他为“郝逆”，他在永历朝廷直接控制区内几乎没有容身之地，被迫率领部众由贵州转入夔东山区，与刘体纯、袁宗第等会合，长期坚持抗清斗争。
综上所述可以看出，1648—1649年（顺治五年至六年）集中在湖南的南明军队有李赤心、高必正统率的忠贞营，马进忠部，王进才部，滇营赵印选、胡一青部，郝永忠部，陈友龙部，曹志建部，袁宗第、刘体纯、牛万才等部，兵力相当雄厚。只是由于居统帅地位的督师阁部何腾蛟非但驾驭无能，而且挑起内讧，弄得众心离散，被济尔哈朗指挥的清军各个击破。清军占领湖南和广西全州后，永历朝廷几乎已无招架之力。但这时清廷因为姜瓖等领导的山西反清运动尚未平定，京师兵力空虚，多尔衮于顺治六年八月间下令济尔哈朗“班师还京”。永历朝廷才惊魂稍定。
清朝满汉主力北撤以后，留守湖南的兵力大为削弱。九月，南明焦琏部和滇营赵印选、胡一青等部收复广西全州，该城清方官兵退入湖南永州。十月上旬开始，各路明军重新活跃起来，恢复湖南失地。永国公曹志建部于初二日攻克永兴、初三日收复耒阳。原驻洞口、洪江一带的鄂国公马进忠、襄国公王进才移兵南下会合由全州入湘的新宁侯赵印选、兴宁侯胡一青部，于十月二十七日攻克武冈（永历元年改名奉天），活捉清守将杨应元，新宁、城步等县也随之收复。十一月初四日王进才部又攻克靖州，清将阎芳誉等逃窜途中溺水而死。收复武冈以后，胡一青部经东安、冷水滩攻永州；曹志建军向衡州推进；马进忠部则进迫宝庆。
南明军队对湖南的反攻，引起了清朝湖广当局的恐慌。清湖广四川总督罗绣锦上疏朝廷紧急请求增派援兵。摄政王多尔衮批交兵部商议，顺治七年（1650）二月，兵部建议调驻守山东济南的续顺公沈永忠率领本部官兵移驻湖南宝庆（邵阳），并将原随佟图赖等南征的总兵张国柱、郝效忠二部交其统辖，经朝廷核准后下达。这时，清廷所调定南王孔有德、平南王尚可喜、靖南王耿仲明的军队已分别由辽东南下，孔有德自告奋勇攻取广西。清廷指示他进入湖南以后，先会同沈永忠军“力办湖南之贼，务令销靖伏莽，地方底定”，再报朝廷批准后进征广西。在后来的一段时间里，清军暂时稳定了对湖南的统治，等到孔有德军攻占广西大部分地区以后，留镇湖南的兵力仍然相当有限，从而埋伏下了大西军联明抗清后由贵州东入湖南，清军一败涂地的种子。
李赤心（李过）、高必正（高一功）统率的原大顺军改编而成的忠贞营在猛攻长沙即将奏捷的时候，被督师阁部何腾蛟借口援救江西调走。十一月十六日忠贞营解长沙之围，移营东进。由于他们已远离自己的夔东基地，湖南地方残破筹饷不易，而扼据攸县、茶陵一带的南明杂牌军队又唯恐忠贞营过境将危及自己的地盘，以武力阻止忠贞营通过。李、高部众数万人处于饥寒交迫、进退失据的困境之中。
到次年（1649）正月南昌失守，忠贞营援赣的任务已化为泡影。同月，清郑亲王济尔哈朗统军进入湖南，何腾蛟在湘潭被俘杀，部下官兵望风而逃，湖南大部分州县被清军占领。李赤心、高必正被迫率军南撤，从临武、蓝山、江华、永明（今湖南江永县）经广东星子（属连县）、阳山，退入广西贺县、怀集（今属广东）、开建、封川（今广东封开县），准备屯驻梧州。五月二十四日前锋进抵梧州。南明广西文武官虽然明知李赤心、高必正早在隆武时即已封侯爵，这次由夔东入湘作战又是奉永历朝廷调遣而来，可是在他们处境艰难被迫退入广西时，竟被斥之为“犯境”之“贼”。二十五日，忠贞营将士乘八桨船数百艘到达梧州附近，南明总兵叶承恩、兵备道刘嗣宽、梧州知府束玉如临大敌，“飞舸逆战，箭炮交加”，被忠贞营击败。赤心与必正统舟师泊于江口（今广东封开县，距梧州约四十里），叶承恩、刘嗣宽见兵力不敌，“飞檄德庆总兵杨大甫率所部来援”。由于忠贞营兵多势众，加上永历朝廷内部意见分歧，李赤心、高必正等部终于经过梧州，进至浔州、横州。
当时明庆国公陈邦傅正同所招“义勇”徐彪部争夺南宁，从1648年九月打到次年五月，陈邦傅兵败，南宁府城仍被徐彪占领。陈邦傅知道忠贞营兵精将悍，进入广西以后又没有立足之地，就耍弄权术派人邀请李赤心、高必正剿灭徐彪，收复南宁。十二月初三日，忠贞营于永淳县（在今横县、邕宁之间）界攻杀徐彪，随即占领南宁府城。在这以后约一年时间里，兴国公李赤心驻扎南宁，郧国公高必正驻扎横州。陈邦傅利用忠贞营消灭异己的目的既已达到，又想把忠贞营支往桂林，这样一方面可以控制永历朝廷，另一方面又可以使忠贞营从自己视为禁脔的南、太、思明地区离开。于是，他玩弄种种花招，自己拜李赤心养母（即李自成妻）高氏为义母，称高必正为舅舅；又献上女儿给高必正做二房夫人（高必正原有妻室，陈邦傅身为庆国公，以女配给自然不便为妾，故特请朝廷并给郧国夫人诰命）。在做了这样一番处心积虑的安排以后，他才露出谜底，“怂恿必正提兵入桂（林）”。桂林是留守大学士瞿式耜的驻地，由于永历朝廷经常逃难，这里成了比较稳定的政治中心。瞿式耜得知陈邦傅的阴谋后，上疏朝廷“请以粤西全省粮饷分给诸勋，使无侵扰”。李赤心、高必正有了立足之地，得以休养士马，已经心满意足，根本不赞成陈邦傅的挟制朝廷、破坏抗清大局。因此，开初还虚与委蛇，后来见邦傅喋喋不休，才由李赤心直言正告说：“陈兄劝我劫驾，是将终谓我为贼也！”陈邦傅碰了个大钉子，兵力又不敌忠贞营，只好怀恨在心，另思狡计。这就是不久后伪撰敕书封孙可望为秦王，利用原大西军挤走原大顺军改编而成的忠贞营，并且控制永历朝廷的张本。
当忠贞营向广西撤退的时候，制辅堵胤锡见大势已去，带领残兵一千余人，从镇峡关（即龙虎关）退入广西。当时镇守关口的明保昌侯曹志建在宗室朱谋烈的挑拨下，认定堵胤锡来到镇峡关是为忠贞营做内应，夺取自己的地盘。于是，在晚上突然派兵把堵胤锡的随从军士包围歼灭，胤锡父子逃出，藏于附近监军佥事何图复山寨里。曹志建仍不肯罢手，统兵往攻山寨，诱杀何图复。堵胤锡经贺县、梧州到达广东肇庆行在。这时，传来忠贞营在梧州遭到粤、桂两省军阀阻挠，双方发生武力冲突的消息。堵胤锡向朝廷建议让忠贞营暂时安置于广东适当地方休整。李元胤听说后大为不满，声称：“我辈作鞑子时，渠不来复广东，今反正后，乃来争广东乎？且皇上在此，他来何为？”永历帝派兵部侍郎程峋前往宣谕粤、桂诸将，胤锡托程峋把自己和忠贞营将领的部分家眷护送到梧州。不料，李元胤为了阻止忠贞营进入广东，暗中指使封川守塘官张祥发炮，把程峋和他护送的家属座船击毁于江中。事情闹到朝廷，永历帝唯恐得罪东勋，竟不了了之。
堵胤锡到达肇庆行在后，永历帝命他入阁辅政。以瞿式耜、李元胤为后台的丁时魁、金堡等人又上疏劾奏他在湖南“丧师失地之罪”。其实，湖南的丧师失地是与瞿式耜气味相投的何腾蛟一手造成的，瞿式耜等人诿过于堵胤锡完全是别有用心。堵胤锡在遭到广西、广东实权人物瞿式耜、李元胤的猜忌后，心情十分忧郁。在动辄获咎的情况下，他仍然志不稍减，一方面力排众议坚决主张联合原大西军抗清，另一方面联络忠贞营等部准备重返前线。尽管永历帝对堵胤锡相当信任，但也知道把他留在身边辅政于事无补，于是，加升他为少傅兼太子太师、文渊阁大学士、吏部尚书兼兵部尚书“总督直省军务”，节制忠贞、忠武（指马进忠、王进才、张光翠、牛万才等部）、忠开（指于大海、李占春、袁韬、武大定、王光兴、王友进、王昌、王祥等部）诸营兵马。然而，窃据朝廷大权的人物却唯恐他重掌兵权，别开生面，于是在行军银饷上百般刁难。据记载，堵胤锡五次上疏请发军饷，才批给三千两，银子刚领到手又被李元胤派人抢去。八月二十四日，胤锡陛辞，永历帝问道：“卿将何往？”胤锡回答：“陆行无马，水行无舟，有视师之名，无犒军之费。臣决不敢逍遥河上，贻外人指摘，惟有廓清四海，以申此意。万不得（已），当捐此身，以报皇上耳。”朱由榔无可奈何，“乃撤御前龙旗二，以壮行色。胤锡叩谢，含泪而出”。堵胤锡檄调忠贞营出师，又正碰上该营主将兴国公李赤心因病去世，“军中新丧大帅”不便出师。到这年十一月，在堵胤锡再三要求下，只有忠贞营的淮侯刘国昌愿意率部跟随他出征。十一月二十六日，堵胤锡心力交瘁，在浔州一病不起，赍志以殁。临终上遗疏说：“臣受命以来，罪大孽重。不复自谅，拟再合余烬，少收桑榆。不料调兵则一营不发，若曰：‘堵阁臣而有兵，则丰其羽翼也。’索饷则一毫不与，若曰：‘堵阁臣而有饷，则资其号召也。’致臣如穷山独夫，坐视疆场孔亟。昨西上横邑，感疠大重，一病不起，遂快群腹。臣但恨以万死不死之身，不能为皇上毕命疆场，而死于枕席，是为恨也。臣死之后，愿为厉鬼以杀贼。伏乞皇上拣任老成，用图恢复。如国家大事，有李元胤、刘湘客、袁彭年、金堡、丁时魁、蒙正发六人作皇上腹心股肱，成败可虞，祖宗有灵，实鉴临之。臣死矣，不胜余憾云。”可见他对朝廷权臣跋扈乱政极为愤慨。永历朝廷追赠其为浔国公，谥文忠。