金声桓原来是明宁南侯左良玉的部将，明朝灭亡时升至总兵官。1645年四五月间，清英亲王阿济格大军追剿李自成部进至九江一带，左良玉病死，部将随良玉之子左梦庚在东流县（今安徽东至县）境降清。阿济格令左梦庚带领麾下将领往北京朝见，金声桓唯恐失去兵权，要求率领所部兵马收取江西，为清朝开疆拓地，得到阿济格同意，授予提督江西全省军务总兵官的官衔。和金声桓同行的有原大顺军将领王体中部。王体中原在大顺军镇守德安的大将白旺部下，1645年五月初李自成突然遇难，大顺军内部发生混乱，王体中乘机杀害了白旺，率领部众向阿济格投降，被授予副总兵官职。
五月下旬，金、王到达九江，派人持牌前往南昌，声称满洲大兵马步二十余万旦夕将至，只有迅速归降才可免遭屠城。南明江西巡抚邝昭吓得面色如土，解印而逃；其他官员和部分绅士也一哄而散，省城南昌转瞬之间陷入无政府状态。六月初四日，南昌士民推出的一些代表到达九江迎接“金督镇”。十九日，金声桓、王体中乘船溯赣江到达南昌，在岸边受到几十名生员的欢迎。进城以后，金声桓部驻于西城，王体中部驻于东城。金声桓倚仗王体中的兵力收取了南昌附近州县，然而他对王体中的骁勇善战、兵力强劲却深怀戒心，时刻寻找机会吞并王部兵马。闰六月，清廷下达的剃发令传到了江西，金声桓即率部遵令剃头。七月二十一日，王体中领兵从抚州回到南昌，坚决拒绝剃头。金声桓认为这是除掉王体中的最好时机，私下笼络了王体中标下游击王得仁（绰号王杂毛），于七月三十日假称议事把王体中刺杀。事件发生后，王部兵校大为愤慨，“拥至辕门，喊杀震天”。金声桓督兵巷战，经过两天交锋，王部因首领被杀和王得仁的招诱，终于归附了金声桓。
金、王二部既合，攻克明永宁王朱慈炎所据的抚州，追杀慈炎；收取吉安，并将逃往该地的明巡抚邝昭押送武昌，接着又占领广昌等府。八月二十五日派部将何鸣陛、盖遇时等进攻袁州（府治在宜春县），击败明将黄朝宣部五千余人，占领袁州。至此，江西十三个府除赣州、南安外都被清方控制。金、王自以为不费满洲一兵一卒，而占州据县，能博得清廷的特殊封赏。不料清廷毫无作兴之意，在平定江西大部分地区之后，仅委任金声桓为镇守江西等地总兵官，王得仁屈居副将。顺治三年（1646），金声桓请求清廷另颁敕书，授予他“节制文武”“便宜行事”的权力。同年五月清廷发兵部议奏，结果是驳回了他的要求，只将他的官衔由镇守江西等地总兵官改为提督江西军务总兵官，并且规定“剿抚机宜事关重大者，该镇应与抚、按同心商略，并听内院洪督臣裁行”。朝命下达后，金声桓大失所望，内心里埋怨清朝刻薄寡恩。特别是金声桓、王得仁在收取江西郡县时凭借武力勒索了一批金银财宝，成了暴发户；清廷新任命的江西巡抚章于天、巡按董学成看得眼红，危言耸听，胁迫他们献上钱财。权力和金钱之争，使金声桓、王得仁对清廷的不满日益增长。
就南明而言，由于自己兵力不足、疆土日蹙，也力图高悬爵赏策动降清将领幡然来归。早在隆武二年（1646）春天，督师阁部黄道周准备由福建进入江西时，就先后三次写信给金声桓，劝他改弦易辙，建不世之功。当时，金声桓等还在得意之时，黄道周的兵力非常有限，招降没有起到什么效果。据守赣州的南明督师万元吉在崇祯后期曾任督师阁部杨嗣昌的主要谋士，同左良玉部将领有较多接触。他凭借过去的老关系，派密使带着亲笔信件规劝金声桓反清。金声桓虽然不写回信，却接待了使者，私下殷切讯问万督师的情况，秘密放回。不久，黄道周、万元吉先后兵败身死，金声桓自然不敢轻举妄动。但隆武朝廷大臣亲自致书劝说，许以高官显爵，对金声桓等人肯定具有一定的诱惑力。何况南昌的一些明朝遗老耆旧还不时给金声桓传递一些真假莫辨的消息，如隆武帝、杨廷麟、万元吉尚在人间，“隆武屡有手诏，许公能以江西归明者，即举江西封公，亦尝达一二乎？”
与此同时，金、王和清廷委派的江西抚、按之间的矛盾也在加深。“七月，得仁提兵如建昌，章于天差官票追其饷三十万。得仁大怒，槌案大呼曰：‘我王流贼也，大明崇祯皇帝为我逼死，汝不知耶！语汝官，无饷可得，杠则有之。’声如嘶吼，目睛皆出，敲其差官三十杠曰：‘寄章于天，此三十万饷银也！’声桓闻之，谓其客曰：‘王家儿急矣！’……”江西巡抚章于天、巡按董学成对金声桓、王得仁暗中同南明势力的来往已经秘有所闻，加紧搜集证据上报清廷。
1648年（顺治五年、永历二年）正月二十七日，金声桓、王得仁先发制人，擒杀巡按董学成、布政使迟变龙、湖东道成大业，宣布反清复明，“文、武强半从贼”，“尽弃顶带而换冠裳”，少数不愿追随反清的官员均被捕杀，只有江西掌印都司柳同春抛下妻儿家属，缒城而出，乔扮和尚，星夜逃往南京报告江西发生了重大事变，后来又为南下的清将谭泰提供地理图，在进攻南昌及其附近州县中起了不小的作用。当时，清江西巡抚章于天正出巡瑞州，王得仁“遣人邀擒章于天于江中”，于天贪生怕死，愿为金、王效劳，出任兵部尚书，负责制造炮车。
金声桓、王得仁起事时，还不知道永历帝即位的消息，因此在发布的安民告示上署隆武四年，文中有“劳苦功高，不惟无寸功之见录，反受有司之百凌。血气难平，不得已效命原主”等语。金声桓自称豫国公，王得仁称建武侯。明弘光朝大学士姜曰广是江西新建（今属南昌市）人，罢官后居住在本县浠湖里，金声桓、王得仁认为他是先朝重臣，把他迎接到南昌城中以太子太保、吏部尚书兼兵部尚书、中极殿大学士的名义号召远近。另有明朝旧官刘思赉、余应桂也列名其间，官衔不详。金、王自行任命文武官员，以黄人龙为总督川、陕、山东、山西、河南五省兵部侍郎，金声桓的中军官宋奎光为左军都督府都督佥事，王得仁的妻弟黄天雷为兵部侍郎、锦衣卫同知；至于江西地方官则以王得仁幕中书记陈芳为江西巡抚，金声桓的幕府书记吴尊周为巡按江西监察御史，其他司道官也大抵是两家的幕客。
不久，他们得知隆武帝已经遇难、桂王朱由榔即位为帝，于是文书告示改署永历二年，派幕客雷德复为密使装扮成和尚，携带佛经一部内藏给永历朝廷的奏疏，前往广西行在报告反正情况。永历朝廷下诏封金声桓为昌国公，王得仁为繁昌侯。金声桓提出自己已经用豫国公名义发布文告，改封昌国公不妥；经朝廷同意声桓仍封豫国公、得仁建武侯。江西绝大多数府县都闻风而动，纷纷树起了反清复明的旗帜。其中比较重要的是吉安府守将刘一鹏、李士元率部归附金声桓；饶州守将潘永禧，袁州守将汤执中、盖遇时也据城反正。其他府县如后来清江西巡抚朱延庆所说：“江西变乱之时，全省已无坚城。”只有清南赣等地巡抚刘武元和南赣总兵胡有升、副将杨遇明、高进库等据守以赣州为中心的赣南地区和参将康时升等扼守的广昌府（府治在上饶）仍然在清方控制之下。
金声桓、王得仁起事前后，曾经派遣密使策动其他降清将领一道反戈，共襄盛举。据刘武元、胡有升报告，金、王“遣使遗书，希图煽惑，不啻数十余次”。遣密使致书河南开归（开封、归德）总兵高第（明亡时任山海关总兵）“约期举兵”，高第“执其使以闻”。又致书清署长沙总兵徐勇（徐勇和金声桓曾在左良玉麾下任总兵），要他起兵响应，使者被徐勇杀害。策反工作虽未能全部如愿，但对于广东提督李成栋的决策反清显然起了重大影响。
反清之后，摆在金声桓、王得仁面前的任务是向何方进兵。开初，金、王的决策是北上拿下九江，然后顺江而下进攻南京。二月初，王得仁领兵进抵九江，清镇守九江总兵冷允登带领部下士卒五千名开城响应，接着占领湖口、彭泽。清九江知府吴士奇等地方官都来归附，王得仁命部将吴高接管九江府防务。幕客胡澹提出了奇袭南京的建议：“乘破竹之势，以清兵旗号服色顺流而下，扬言章抚院（指章于天）请救者，江南（指南京）必开门纳君，其将吏文武可以立擒。遂更旗帜，播年号，祭告陵寝（指明孝陵），腾檄山东，中原必闻风响应，大河南北，西及山、陕，其谁得而为清有也？”王得仁很重视这个建议，一面派兵入长江，收取九江上下游地方，一面派使者回南昌请示金声桓。
王得仁的军队占领九江一带以后，地处长江中游的湖北、安徽许多地方的复明势力迅速响应，一时风起云涌，形势颇为可观。在湖广方面，二月二十八日王得仁部下一支军队乘船五百余艘，直抵蕲州城下，陆路马步军五千余人也进攻南门。因清兵固守，未攻下蕲州，但王得仁军已占领黄梅、广济等县，派设了文武官员。蕲水县境复明势力也很活跃，该县县志记载，“（顺治）五年戊子，江西金逆叛兵抵九江。蕲、黄、英、罗各山寨误听之。联结雄长，亘数百里。蕲东北一带亦为所愚，攻城掠野几一年许，民用逃窜。己丑夏，督抚迟及柯率师招安之。寻又变，大兵复进，又招安，然妇女庐室之分离扰乱甚矣”。《麻城县志》记载：“顺治五年，江西金声桓据省城反，风闻江北，周承谟等因从北乡倡乱，连延东南山以及英、霍山谷，揭竿啸聚。知县徐鼎请兵讨平之。”后来清湖广四川总督罗绣锦在一件奏疏中说：“江右金逆自顺治五年二月内称兵告叛，而黄属地方除黄陂外揭竿响应者无地非贼矣。各县皆坚壁御贼，彼其时期于城守无虞幸也，赋税之征岂能问乎？”疏中还具体指出了蕲州、麻城、罗田、蕲水、黄梅、广济、黄冈、黄安各州县在顺治五、六两年都为“土贼盘踞，田地抛荒”。甚至在省会武昌西北面的孝感县反抗势力也大为高涨，地方官员惶惶不可终日。《孝感县志》记载：“顺治五六年时，邑盗贼大起，在途人必让路，客会坐必绝席，有犯则醵金出之，首告则官必楚之。盗得气甚，乃作韵语宣言于邑曰：‘弟兄一千七，天下无人敌。有人来犯我，一个一两一。’”真可谓意气风发。有的史书记载清湖广总督罗绣锦唯恐金、王义师进攻武昌，不得不采取缓兵之计，派人致信说：“人心未死，谁无汉思？公创举非常，为天下倡，天下咸引领企足，日夜望公至。但赣州东西要害，山川上游，公欲通粤，则赣介其中；公欲他出，则赣乘其后，计莫若先下赣，赣下则楚地可传檄定矣。”清廷接到江西起事的报告之后，立即命令进至湖南的孔有德、耿仲明、尚可喜三王率部退回汉阳。孔有德见人心不稳，为了防止内变，竟然把在湖南降清的原明安国公刘承胤、偏沅巡抚傅上瑞等人全部杀掉。这些事实说明当时清朝对湖广的统治还不稳固，防守兵力相当有限。
九江以东的安徽部分州县情况也很类似。温睿临记载：“戊子春正月，江西金声桓来归，九江以东，望风趋附。”太湖（安徽县名）、宿松、潜山、英山一带的反清势力相继而起，各立山寨，奉南明永历朝廷的正朔。这年二月十四日，各山寨义军共立明宁藩后裔朱统锜为石城王，居于潜山飞旗寨，“以永历纪年造作符印，以次拜官，自郡县、监司、抚按、科道、部院、总镇之属咸备。他寨未有谒者以兵降之。其授部院职者有傅梦弼、傅谦之、桂蟾、义堂和尚之属，皆佐统锜，在诸寨为飞旗外卫。于是，统锜抚有二十四寨，因联络蕲黄四十八寨，其来谒者，各受职有差”。《太湖县志》记：“时金逆突起，大江以南望风披靡。皖属安危在呼吸间。……宿邑（指宿松县）已署伪官，本县城空，官民俱弃不守。”清操江都御史李日芃急忙移镇安庆，由于顺江东下的明军不多，在小孤山被清军击败。潜山县百姓因受清政府高额榨取，这时也乘机而起，史载顺治五年十月潜山县有所谓“十亩贼”，“土贼余公亮”，粮里也，因知县胡绳祖加田亩过额，十月初一日啸众千人据英窠寨为乱，名十亩贼。时监生胡经文屡蓄不轨，事觉，久逃他郡，至是亦据舒界横山寨应之。十二月二十三日，英窠数百人掠县市。将官李之培领兵百人往御，莫支。自是，天堂、埭口二十余寨俱陆续相继立矣。据清方档案：“惟英窠一寨山势最险，贼兵最强。各寨倚英窠为主，英窠借各寨为援。”直到次年（1649）六月，清军在总兵卜从善督战下才攻破该寨。《桐城县志》记载：“五年戊子春三月，土贼范大、范二起桐白云寨。次年春二月，镇将卜从善等抚之。”建德县乡宦胡士昌公然网巾大袖，口称大事已就，劝知县速为迎顺，以至“人心汹汹，咸无固志”。胡士昌虽然被清政府擒杀，但他的行动显然反映了当时安徽民心的动向。庐州府朱国材化名冯弘图，“假称史阁部（可法）”名义起兵，先攻克巢县，接着又联合无为州乡宦吴光宇、生员沈士简、吴乾生等人，于顺治五年正月二十九日夜间里应外合，攻克无为州。二月初六日，朱国材在同来援清军交战时被擒杀。
江西反正之后很短时间里，湖北、安徽反清浪潮的高涨，说明金声桓、王得仁以主力出兵北上，在长江中下游会合各地义师共图恢复是唯一正确的方针。尽管由于柳同春逃往南京告警，清方已有戒备，不可能假冒清兵旗号偷袭南京，但是，金、王主力北进可以同武昌至南京之间的广阔地区内复明势力连成一片，对清朝对南方的统治必然构成极大的威胁，清廷由北京遣发的援军也不可能顺利进入江西。
清廷在接到江西叛变和湖广、南京的告急文书后，深知江南兵力有限，迅速采取对策，调兵遣将。三月十五日，摄政王多尔衮派正黄旗满洲固山额真谭泰为征南大将军，同镶白旗满洲固山额真何洛会、降将刘良佐带领满、汉、蒙兵马从北京赶赴江西，镇压金声桓、王得仁起义。同时，命固山额真朱马喇、江南总督马国柱领兵由江宁（南京）溯江而上，在安庆府（今安徽省安庆市）同谭泰军会合。为了防止反正的明军占领湖北，又命令正在湖南作战的孔有德、耿仲明、尚可喜三王率部撤回汉阳地区。战局的这一变化，对南明无疑非常有利。
然而，永历朝廷虚有其名，无人统筹全局做出相应的决策，各地实力派自行其是。江西的金声桓、湖南的何腾蛟都缺乏战略眼光，没有抓住有利时机，互相配合，赶在清廷援军到达以前迅速收复失地，扩大辖区和政治影响。
从当时的情况来看，江西反正后紧接而来的是李成栋的叛清归明（见下节），龟缩于赣州等少数城池的清军只能固守待援或观风察势，不足以对反正明军构成重大威胁。王得仁部前锋在二月间已经占领了广济、黄梅、湖口、彭泽，控制了九江东西航道，如果金声桓率领主力接应，既可以扼守广济阻击湖广来犯之敌，顺长江东下攻取安徽、江苏；也可以扼守彭泽小孤山一带，阻击由南京而来之敌，抢在孔有德等三王未返汉阳之前（三王兵在四月间才由湖南撤到汉阳）进攻该地。可是，王得仁的使者到达南昌后，金声桓召集亲信官幕商讨大举出兵东下南京的方案，参加会议的人多数都表示赞成，说：“此上策也。若西取武汉，连衡郧襄，与湖南何氏（指何腾蛟）鼎足相投，此为中策。万一不然，攻城破邑，所过不留，重为流寇，此出下策。虽然，审能如是，竟亦不失中策。待永历帅六师，堂堂正正而后北伐，清兵猝至，婴城自守，则无策也。”“总督”黄人龙却力排众议，断言“三策皆非也。不闻宁王之事乎？赣州高氏（指高进库）在彼”。金声桓一介武夫不知史事，愕然询问详情，人龙说：“昔者明有宁王名曰宸濠，反于江西，以不备赣州故，为赣州巡抚王守仁所擒也。”黄人龙的危言耸听使金声桓顿时改变了主意，决策调回王得仁军，并在三月上旬亲自率领主力南下进攻赣州。三月二十三日，清江宁（今南京）同知赵廷臣派船到江西彭泽侦探，发现金、王所设官员已经撤退，只在小姑山（即小孤山）两岸留有少数军队布防。这一关系匪浅的决策无疑犯下严重错误。当年宁王朱宸濠起兵时的情形与此时并不一样。首先，宸濠是以明朝藩王的身份以南昌一城之地反叛朝廷；金声桓则是反清归明，南明力量虽弱毕竟还有一隅之地和相当的政治影响。其次，刘武元、胡有升、高进库等人很难同王守仁类比，他们原先是明朝中级武将或臣民，既可以投机降清也可以投机归明。特别是金声桓、王得仁反清两个多月后，广东李成栋也加入了反清复明的行列，整个两广各府县都转入南明之手，南赣巡抚、总兵兼辖的湖南郴州、桂阳又处于南明督师何腾蛟控制之下，刘武元等仅以一镇兵力根本不可能离开巢穴赣州北攻南昌；何况王守仁起兵平定宸濠时得到了吉安知府伍文定的大力支持，而这时地处江西中部的吉安重镇已倒向金声桓。稍假时日，赣州孤城很可能自动倒戈。正如钱秉镫《盱江感事》诗中所云：“中兴时异承平计，误拟文成据上游。”战略决策上的重大失误导致了惨败。
三月十六日，金声桓亲自统领大军“二十余万水陆并进，直犯赣界”，十九日进抵赣州城下。攻城之前曾多次进行招降，对高进库等将领许以加封官爵。这里顺便说一下，南明人士所撰史著中常常过分夸大了高进库的作用，把他说成据守赣州的清军主将。其实，当时在赣州的有南赣巡抚刘武元（此人原为明朝参将，在辽东降清）、南赣总兵胡有升下辖五营，每营一千名，协守将领高进库、徐启仁二营，每营兵额也是一千名，总共不过七千兵马。金声桓兵临城下时，李成栋尚未反清（成栋易帜在四月十五日，距金声桓进攻赣州不到一个月），刘武元、胡有升不仅没有感到后顾之忧，还派急使要求佟养甲、李成栋出兵相救。金声桓的招降只收到部分效果，赣州右协副将徐启仁在双方交战于城外时，就“暗通逆贼，卖阵回营”。总兵胡有升见兵力不敌，数十次下令全军入城凭险扼守，徐启仁却带领部下一千名兵马奔回原驻地南安府，连同府内的道、府文官举城投顺了金声桓；镇守南雄的雄韶协将李养臣也跟着投降。赣州虽然成了一座孤城，但该城三面临水，地势险要，城墙坚固，是易守难攻的重镇。刘武元、胡有升督促部将高进库、刘伯禄、杨遇明、贾熊等奋力顽抗，双方相持不下。闰四月初一日，王得仁又带领由九江回师的兵力号称十余万来到赣州，同金声桓一道继续猛攻。闰四月二十二日，赣州清军突然出城反击，王得仁中炮负伤。这以后，金、王“重挖深濠，重筑营城，层层围困，意在不克不休。我兵内绝粮草，外无救兵……势难久待”。城内米价高达四十五两银子一石，南赣总兵胡有升见士卒饥馁不堪，被迫“将自备战马初则变价以犒兵，继则活宰以充饥”，赣州已危在旦夕。
然而，赣州城下旷日持久的战役对金声桓、王得仁是非常不利的。清方的奏报对金声桓、王得仁统率的兵力数字肯定有所夸大，但是金声桓指挥围困赣州的兵马肯定超过城内清军，王得仁的率部增援不仅毫无必要，而且造成了赣北防守力量严重不足。就在金、王大军顿兵于赣州城下的时候，清廷派遣的征南大将军谭泰带领满、汉军队已经迫近江西。闰四月下旬，清军进至东流县，兵分两路，谭泰部攻九江，何洛会部攻饶州府。同月底，奉金声桓、王得仁之命镇守九江的明将吴高弃城而逃。五月初一日，清两广援剿副总兵杨捷占领江西门户九江。何洛会军也在闰四月三十日攻克饶州府。五月初七日，清军前锋进入南昌府境。消息传来，金、王为救老巢不得不下令全军撤退，回保南昌。刘武元、胡有升乘机命令部将于五月初九日开城出击；金、王无心恋战，后卫部队损兵折将，狼狈撤退。五月十九日，金声桓、王得仁引军返回南昌。六月初三日，王得仁领精兵出城迎战南下清军，在七里街被清军击败，退回南昌。谭泰乘胜挥军前进，在七月初十日包围了南昌，分兵四出，扫除外围，切断省会同其他州县的联系。清军大肆抢掠，驱迫数以十万计的附近乡民挖掘壕沟，深广各二丈；在赣江上构造浮桥三座。抓来的民夫每天只给粥一餐，“溽暑督工不停晷，上曝旁蒸，死者无虑十余万”；“妇女各旗分取之，同营者迭嬲无昼夜”。八月初九日左右，挖壕工程完毕，“所掠男女一并斤卖”，南昌“附郭东西周回数十里间，田禾、山木、庐舍、邱墓一望殆尽矣”。
南昌城里的金声桓、王得仁除了固守城池，等待援兵以外，多次亲自带领兵马出城向据守壕沟的清军发起冲击，但都被击退。徐世溥在《江变纪略》中不知出于什么动机，竭力丑化金、王。在他笔下，金声桓是“面色如土，嚄恨而已。诸将裨禀问，百不一应。惟日责姜太保（指姜曰广）令其遣客间道出城，号召四乡起义”；王得仁则在危城之中，“方娶武都司女为继室，锦绮金宝，筐篚万千，以为聘币。亲迎之日，绣旆帷灯，香燎历乱，鼓乐前后导从溢街巷”。实际上，依据清方档案，从八月初九日到十月二十六日，南昌明军选择不同方向开城出战至少有九次，其中王得仁带领冲锋三次，金声桓带领冲锋的有两次，金、王共同指挥的一次，不详指挥者的两次，由刘总兵（刘一鹏）带领的一次。这就足以证明金声桓、王得仁在战略战术上虽不怎么高明，但勇于拼搏则毫无疑问。清方以八旗劲旅为主的大批军队顿兵坚城之下达数月之久，一等梅勒章京觉罗顾纳岱在攻南昌府城时“中炮阵亡”，说明金声桓、王得仁指挥的官兵作战非常英勇。
南昌城被围困日久，粮食薪柴均告匮乏。城中米价先涨到一石要六十两银子，后来更高达六百两，最后是断粜，“杀人而食”，拆屋而炊。城中军民处境十分艰难，不少人为了不致饿死，从围城中逃出。不料清军主帅谭泰早已拿定主意，不管是来降官兵，还是逃出难民，一律屠杀。据清方报告：顺治五年九月三十日“省城各门投出百姓有三四十者，有五七十者，有百余者，俱出投降。拿到谭固山面前审毕，发与众家男妇不留，俱杀讫。十月初一日，省城百姓从四门投出男妇共有三百余名，谭固山审问，据说城内绝粮半月有余，米卖银八钱一升，糠卖银二钱一升，老鼠一个卖银二钱，人吃人，不能支捱；审毕发出分杀讫”。初二日，“贼伪王副将乘城内火起，带领贼兵并家眷五百余名，剃发押甲投出，谭固山止留十一员名，余贼分杀讫。初三日午时，有贼将一员领贼兵一百二十名携带大独眼枪四杆、三眼枪四杆、鸟枪七杆、火药三桶，投在厢红旗下；火药、火器留用，贼官贼兵俱杀讫。本日未时，城内投出百姓男妇七十余名，男人分杀，妇女分留……”这就是满洲贵族“仁义之师”的本来面目！
迁延到1649年（顺治六年、永历三年）正月十八日，清军发动猛攻，十九日午后蒙古兵竖云梯登上城墙，南昌失守。金声桓身中二箭，投入帅府荷花池内自尽，大学士姜曰广在偰家池投水而死，“王得仁突围至德胜门，兵塞不能前，三出三入，击杀数百人，被执，支解”。刑前，谭泰派人审问王得仁为何叛清，得仁回答道：“一念之差。”逃往南京报信的江西都司柳同春质问道：“你为什么把我妻子杀了？”王得仁坦然回答：“是，然是该杀的。听见说你去请大兵，故此杀了。”应对中颇露豪爽之气。
坚持了将近一年的金声桓、王得仁反清斗争遭到血腥镇压。谭泰、何洛会奏报平定江西捷音中说：“南昌、九江、南康、瑞州、临江、袁州等府地方俱平，获金银、骡马、船只、珠、珀、珊瑚、玉帛、貂裘等物无算。”江西百姓遭受了一次浩劫，满洲贵族及其帮凶们又发了一大笔横财。
金声桓、王得仁领导的江西反清在南明史上是一个比较重要的事件。不到两个月广东又发生李成栋反正，本已走到山穷水尽的永历朝廷转眼之间顿觉柳暗花明，中兴有望了。然而，南明当局的腐败无能却表现得淋漓尽致。江西反正后，清廷唯恐九江上游失守，在1648年四月就把孔有德、耿仲明、尚可喜三王兵马撤回武昌、汉口，留守湖南的兵力非常薄弱。南明当国大臣在湖南战场上毫不积极，坐失事机。督师阁部何腾蛟在五月间收复广西全州，拖到十一月初一日才攻下湖南永州，接着又同堵胤锡、李赤心部为争夺恢复湖南功绩大闹矛盾。与何腾蛟气脉相通的留守大学士瞿式耜在1648年十一月的一件奏疏中说：“该臣等看得，逆虏之大队力攻江西也，以首倡反正之故；而我国家之光复中兴也，亦惟江西胜败是视。臣等每常拊心祝天曰：‘祖宗其庶几鉴金、王两勋镇以殄灭此羯虏乎！’而果然矣。”从表面上看，瞿式耜、何腾蛟也知道江西战役是南明能否中兴的一个关键，可是瞿式耜的奏疏是根据何腾蛟十月底的塘报，塘报中虽然提到南昌在“八月初十日城内粮尽，城外虏炮千门，昼夜攻打，几破两门”，接着就说十一日金、王背城大战，清兵溃乱，“自相披靡，折虏万级，获虏马万匹，虏众风鹤，大黄船万只自弃江干，奔下江口去，会城遂定”。“今金、王日发前锋刘一鹏领兵四万，入楚会师，听督师调度，火牌直抵酃县。赣州高虏（指高进库）闻知李成栋兵十万到南雄，已于九月二十八日窜入兴国、雩都山谷一带，吉、赣各官已定，两府伏平。”这一系列江西“奇捷”的假情报肯定出自何腾蛟的编造，说明其人虚夸争功已经到了不择手段的程度。南昌城被围困得人吃人，守军望援，度日如年；永历朝廷重臣却谎报奇捷，“不胜雀跃”，准备“告庙策勋”，这大概就是瞿式耜疏中所说的“人谋既臧”。
湖南的何腾蛟既然谎报江西南昌、吉安、赣州均已取得大捷，自然无须出兵救援；广东的李成栋虽然曾经两次进攻赣州，但据当时正在江西的钱秉镫分析，李成栋本来可以引兵直下南昌，解金、王之围，合击谭泰部清军，但他另有自己的打算。钱氏说：“然吾观粤东之师，志在得赣（指赣州），非真有救南昌之志也。彼反正初心，以同事者（指佟养甲）攘其功而位踞其上，己反俯听节制，以此怏怏而反，既得其位而全省皆为所有，志愿足矣。岂知因时举事为国家收李、郭之勋哉！其志在图赣，特借救南昌为名，实欲自广其土地而已。未尝念江西亡则粤与俱亡，而救江西为自救之计也。”南明朝廷内部矛盾重重，湖南、广东实权人物只顾自己眼前私利，根本谈不上互相配合作战。1648—1649年江西之役最值得总结的是：清廷不论怎么落后、野蛮，毕竟像个政府，能够统筹全局，令行禁止。而南明政权历来是派系纷争，各实力集团或互相拆台，或坐观败亡，朝廷是个空架子，缺乏起码的权威。历来的史家都把清胜明败归因于清兵强劲无敌，这种观点不过是清朝统治稳固以后“钦定”的翻版。上文指出为清廷收取江西的是金声桓、王得仁等汉族军队；金、王反清之后引兵南攻赣州在战略上犯了致命的错误。然而，清朝湖广、江南都没有足够的力量出兵援赣，清廷被迫由北京派谭泰、何洛会两个固山额真领兵迢迢数千里走了两个多月（三月至五月间有四月和闰四月）才赶到江西，使金、王攻赣之役功败垂成。反观南明，南昌从1648年七月被围到1649年正月城陷，长达六个月，没有得到南明其他军队的任何支援。这就证明，清军作战能力相当有限，南明各派势力的互相拆台才是导致自身瓦解的真正原因。
三月间，南昌城陷，清军屠城。金声桓等殉难的消息报至行在肇庆，永历帝赠金声桓为豫章王，谥忠烈；王得仁赠建国公，谥武烈；姜曰广赠进贤伯，谥文愍。
在金、王反正之时，崇祯朝兵部左侍郎余应桂、生员吴江也在南康府起兵，攻克都昌、湖口、星子等县。吴江自称巡抚，余应桂称兵部尚书。清军入赣时，首当其冲，先后覆败，吴江、余应桂都被杀害。
1648年（顺治五年、永历二年）四月，清两广提督李成栋反清复明，这是继金声桓、王得仁江西反清之后又一件震动全国的大事。李成栋曾经参加明末农民起义，绰号“李诃子”，长期跟随李自成的部将高杰（绰号“翻山鹞”），后来随高杰投降明政府，弘光时任徐州总兵。1645年高杰在睢州被许定国刺杀，清兵南下时，李成栋奉高杰的妻子邢氏投降了清朝。在清廷进兵江南的过程中，李成栋奉命率部沿江苏、浙江、福建、广东、广西一线进攻，为清方收取了大片疆土。特别是在清方第一次进攻广东和广西部分州县的战役中，李成栋起了关键作用。他自以为功勋卓著，两广总督一职非己莫属。不料清廷在任用汉人官职上总是优先选用所谓辽人。同李成栋一道从福建入广的汉军总兵佟养甲属于辽阳世家，这个家族自明初以来不少人担任过卫所军职。努尔哈赤进攻抚顺时，他的同族兄弟佟养正叛变投降，佟氏家族因此遭到明政府的严厉迫害，一部分在辽阳被杀，一部分押进山海关内拘禁。佟养甲的父亲佟进被押进关内受冤而死，养甲为避祸计改姓名为董源投入左良玉幕下谋得一个督理盐饷的差使。1645年清军南下，他投靠清朝，恢复姓名，立即受到满洲贵族的信任。占领广州以后，尽管他没有多少军队，也没有多大战功，却被任命为两广总督兼广东巡抚，李成栋只被任命为两广提督，不仅无权过问地方政务，而且在军事行动上还要接受佟养甲的调度和节制，两人原先的同僚地位变成了上下级关系。清廷重用“辽人”而做出的不公平的待遇，对于野心勃勃的李成栋是难以忍受的，内心的不满逐渐积累起来。到1648年正月江西提督金声桓、副将王得仁反清归明的消息传来时，李成栋认为时机成熟，决定反正易帜。四月十五日，他在广州发动兵变，剪辫改装，用永历年号发布告示，宣布反清归明；总督佟养甲仓皇失措，被迫剪辫，违心地附和反正。广东全省都在李成栋的部将控制之下，各州县官员望风归附。广西巡抚耿献忠也在梧州同梧州总兵杨有光、苍梧道陈轼率部反正，并且立即派使者进入南明辖区报告两广反清归明，接着李成栋的使者带来了正式贺表和奏疏。当时，永历朝廷正处于艰难窘迫之中，广东全省和广西已失府州的突然反正简直是喜从天降，开初都不敢相信，经过几天的探听，特别是原已降清的广西巡抚曹烨、高雷巡抚洪天擢等人前来朝见，说明原委，永历君臣才解除了疑虑，顿时一片欢腾，收拾逃难行装，准备重整河山了。
李成栋决策反清归明经过一段密谋策划，内幕情况在南明史籍中记载分歧。促成他决心反正的原因除了上面说过的清廷歧视政策以外，还有三个原因：一是张家玉、陈子壮、陈邦彦等人的誓死抗清，杀身成仁，使他这位明朝降将不能无动于衷，尽管他亲自镇压了这些起义，但良心并未完全泯没；二是在广东的一部分原明朝官绅如大学士何吾驺、吏科都给事中袁彭年等人心不忘明，当他们察觉李成栋同佟养甲（实际上是同清廷）有矛盾时，立即抓住机会暗中策动李成栋反正；三是成栋爱妾赵氏以死相激成为反正的导火线。下面就史料分歧较大的后两点做必要的阐述。
何吾驺、袁彭年等人的幕后策划和参与密谋确有其事。何吾驺，香山县人，崇祯年间已入阁任大学士，隆武时继黄道周为首辅，兵败之后逃回广东。许多史籍说他参加了绍武政权，未必可信。瞿式耜记载酝酿拥立桂藩时，两广总督丁魁楚还在动摇观望，直到收到何吾驺的信后才拿定主意，可见何吾驺是主张拥立朱由榔的。清军入广以后，何吾驺虽然没有起兵抗清，但他并没有出仕清朝，而是以在野的身份暗中展开策反工作，“密通书于故吏潘曾纬、洪天擢，相机说成栋举事”。到李成栋反正前夕，他才亲自出面，和另一位原任明朝大学士黄士俊应李成栋的邀请“就议密室”。成栋表达了自己决心反正的意向时，“公（指何吾驺）亟相率下拜，曰：‘公言及此，我太祖高皇帝之灵，宗庙社稷之福也！’于是督公（指李成栋）下令归版籍，迎乘舆，以端州为行在所”。由此可知，何吾驺作为两朝元老，在策动和赞决李成栋反正上是起了重要作用的。袁彭年曾在崇祯、弘光朝任职推官、给事中，隆武时任吏科都给事中。清兵入闽后投降，任清广东学道；顺治四年五月因广东布政使耿献忠升任广西巡抚，袁彭年由佟养甲题请补授广东布政使。按明、清定制，布政使掌管一省行政、财政，袁彭年即利用这一权力成为李成栋密谋反正的核心人物之一。据记载，李成栋曾“同署藩司袁彭年、养子李元胤登楼去梯，相谓曰：吾辈因国难去顺归清，然每念之，自少康至今三千余年矣，正统之朝虽有败，必有继起而兴者。本朝深仁厚泽，远过唐宋。先帝之变，遐荒共悯焉。今金将军声桓所向无前，焦将军琏以二矢复粤七郡，陈将军邦傅虽有降书而不解甲，天时人事，殆可知也。又闻新天子在粤西，遣人瞻仰，龙表酷似神祖，将相交和，神人共戴。若引兵辅之，事成则易以封侯，事败亦不失为忠义”。永历三年五月南明朝廷赐给左都御史袁彭年的诰命中有这样的句子：“以风波仅存之身，遘鼎玺屡迁之际。矢丹心而贯日，运神臂以擎天。去梯密画，时帝闻之；给印沉几，无卿比者”，明确肯定了袁彭年参与李成栋反正密谋的功绩。其他史籍也记载了袁彭年同李成栋勾结，谎称府库空虚，不发军饷，为李成栋制造兵变的情况。南明一些史籍坚决否认何吾驺、袁彭年等人参与李成栋反正，是出于派系斗争的需要。那些一直跟随永历帝的朝臣唯恐广东反正来归的官绅将在改组的朝廷中占据重要职位，阻碍自己进身之阶。他们既不敢指斥手握重兵的李成栋等“东勋”，就竭力抹杀参与反正的文官的作用。如时任永历朝廷广西巡抚的鲁可藻就断言：“若诸文官，绝无预闻反正者。”他特别针对金堡推崇袁彭年在反正文官中功居第一的说法批驳道：“袁彭年实未一预。”行人司行人王夫之因为同以袁彭年为首的“五虎”沆瀣一气，在所著《永历实录》中肯定了袁彭年参与反正密谋，而对何吾驺则恣意贬斥，如说“吾驺降清，思以文望动人，得复大用，乃撰□□□史，称述功德，内书：‘楚贼何腾蛟遣张先璧入寇。’镂板行于岭外”。甚至说“吾驺富甲东南，销银为小山，高广丈余，凡十余所，露置宅院隙地。成栋兵初至，欲凿取之，不能动”，这简直近乎天方夜谭了。古语说：“尽信书，则不如无书。”何吾驺始终为明，袁彭年大节有亏，就策动李成栋反清归明而言，事实俱在，不容否认。
关于李成栋的爱妾以自刎激发成栋反清复明事，在南明史籍中也是一个记载很多而众说纷纭的问题。钱秉镫不相信这种说法，在所著书中写道：“或云：成栋取两广，收印信数千颗，独取总督印密藏之。一爱妾揣知其意，劝举事。成栋拊几曰：‘如松江百口何？’成栋松江人，时孥帑在焉。姬曰：‘丈夫不能割爱乎？请先死君前，以成君志。’遂自刎。成栋哭曰：‘我乃不及一妇人！’乃与袁彭年、张调鼎谋，辇金赂要人，以取孥帑之在松江者。将发而金声桓以南昌变。……”接着，钱秉镫声称：“然予所闻于反正诸公者，实不然也。”
钱氏史笔远较王夫之、蒙正发等人正派，尽量忠于事实，但是这件事他没有弄清楚。李成栋并不是松江人，他的家属却因为他曾任清朝松江总兵而留在该地。顺治四年（1647）五月两广总督佟养甲给清廷的题本揭帖中说：“职查提督臣李成栋既须在粤镇守地方，而家眷尚寄松江。即杜永和等家属亦果见居松江。各官眷丁在彼支给饷银，而在此所费亦复不减。不如搬取以归一处，既免叠支之费，又使勠力戎行者室家完聚，而无内顾之忧。”大概经清廷批准之后，李成栋等人即派官役前往松江迎接家属，取道长江、赣江入粤，途经南昌时金声桓、王得仁已经反清。李成栋的家属目睹了江西反清势力的高扬；金声桓反正之后曾经写信策反李成栋，自然也很可能趁机做些劝说工作。李成栋的爱妾赵氏到达广州时，成栋正在密谋策划反清归明，赵夫人不知内情，私下怂恿成栋举兵响应江西。李成栋唯恐走漏消息，厉声斥责赵夫人胡言乱语。于是，演出了一场死谏的悲壮剧。时人邝露作《赵夫人歌》记其事，后记中说：“永历二年闰三月十五日，东粤始复冠裳。廿有五日，过谒何夫子（即明大学士何吾驺），见其述忠媛赵夫人事甚悉，率尔漫赋。”歌序中说：“夫人神明之胤，食氏广陵，敦说诗雅，明古今治乱之数；歌舞独步一时，非天朝将相，莫币蹇脩。时督院李公，镇抚三吴，感夷吾白水之辨，杂佩以要之，素琴以友之，不啻青鸟翡翠之婉娈矣。毋几何，两都沦陷，公服受事，系粤宅交，潜运忠谟，效狄梁公反周为唐故事。几会辐辏，乃遣使迎夫人。夫人至，脱珈捐珮，扬衡古烈，劝公迎驾邕、宜（指广西南宁一带），为诸侯帅。言泛长江，过彭蠡，讴吟思汉，不谋同声。天下脱有微风，义旗将集君所矣。公筹画已定，不肯少泄。翌日，设醴寿公，跽申前请。公惧壁间有人，叱曰：军国大事，出于司马，牝鸡之晨，将就磔矣。夫人谢罪归院，卒以尸谏，血书藏于衵服。浃旬之间，西迓乘舆，复我汉官，如运诸掌。香山何夫子传记其事，命露作歌。盖王化始于闺门，俟采风者择焉。”李成栋反正十天之内就有何吾驺为赵夫人作传，又命门人邝露作歌，可见确有其事。
广东反正之后，永历帝下诏封李成栋为广昌侯，佟养甲为襄平伯，升耿献忠为兵部尚书。不久，又晋封成栋为惠国公。成栋派使者迎请永历帝移跸广东，他的初意是以广州为行在，大学士瞿式耜等认为朝廷若迁至广州，势必为反正官员操纵，表示强烈反对，最后才决定以永历帝即位的肇庆为行在。1648年（永历二年、顺治五年）六月初十日，朱由榔由广西南宁启程，前往肇庆。李成栋先派养子李元胤到梧州迎接。八月初一日，朱由榔乘船到达肇庆，李成栋郊迎朝见，在行宫中预先准备白银一万两，供永历帝赏赐之用。
李成栋反正初期，对永历帝相当虔诚，颇能尊重朝廷，恪守臣节。尽管广东全省和广西梧州等地是由于他反正而归入南明版图，他却主张地方官员应该由朝廷任免，嘱咐布、按二司说：“皇上到，造册一本送部，或用，或不用，或更调，听部为之。”可是，没有过多久，李成栋就发现永历朝廷从上到下窃权弄私，几无功过是非可言。拿封爵来说，朝廷因他反正功高封为公爵，据守广西一隅的思恩侯陈邦傅立即攀比，自称“扈驾”有功，要挟朝廷加封，永历帝竟然同意封为庆国公。权臣文安侯马吉翔为了显示自己可以左右朝政，对成栋说：“上念贵标诸镇将从公反正，功不可泯，尚未颁爵赏。烦疏姓名，以便上闻。”李成栋开了个名单给他，马吉翔当着他的面缮写奏疏封进，不一会儿，永历帝就依吉翔所拟诏封杜永和为江宁伯、阎可义为武陟伯、张月为博兴伯、董方策为宣平伯、罗成耀为宝丰伯、郝尚久为新泰伯、黄应杰为奉化伯、杨大甫为乐安伯、张道瀛为镇安伯，范承恩、杨有光、叶承恩、马宝为都督同知。李成栋对马吉翔的威福自操深感不满，回到住所叹息道：“人言马皇帝，岂不信哉！懋赏不典也，五等显秩也，爵人于朝，与士共之。乃于一座之顷，呼吸如意，何其神也？我弃老母、幼子为此举，惟望中兴有成，庶不虚负，今见权奸如此，宁有济哉！”至于用人行政、兵马钱粮等问题，由于广东的反正，既扩大了来源，也增加了摩擦。
佟养甲的参与反正本来就是被迫的，永历朝廷虽然封他为襄平伯，挂了一个管理中军都督府事的空衔，实权完全落入李成栋的手里。他不甘寂寞，上疏永历朝廷说：“疑臣则杀之，不疑则任之，何能郁郁居此？”朝廷只是“优诏”应付，不给他任何实际职务。佟养甲既怀念清廷的宠信，又明知在永历朝廷内备受猜忌，就暗中派人递表给清廷说明两广事变的情况，同时请派兵南下，自己充当内应。不料使者在路上被李成栋部卒查获。成栋养子李元胤当时担任锦衣卫都督同知提督禁旅，密奏永历帝以祭祀兴陵（即朱由榔之父老桂王朱常瀛墓）为名派佟养甲前往梧州，预先在佟的座船必经之处设下伏兵，擒杀养甲。随即把佟养甲的亲信全部处斩，以清内患。
江西和两广的相继反正，骤然改变了明清相持的格局。永历朝廷的无能突出地表现在缺乏全局战略眼光，把时间都耗费在移跸和加官晋爵等不急之务上，仿佛从此可以结束四处奔走的逃难生涯，静听各勋捷报了。李成栋反正之时如果立即出师北上，可以赶上金声桓、王得仁攻取赣州之役，赣州清军当时已弹尽粮绝，必下无疑。然后合兵北上，迎击谭泰、何洛会清军，取胜的把握要大得多。五月，金声桓、王得仁被迫解赣州之围回救南昌，江西的形势明显恶化。要想扭转战局，关键在于李成栋北上江西，与金、王所部内外夹攻，击破清军，收复全省。八月，成栋在广州教场点兵拨将，亲自统率大军直趋南雄。“旌旗器仗焜耀一时，所携粮饷、弓刀、铳炮、火药等不可计数。其气壮，意在必得。”出兵前后，李成栋多次致信清朝赣州守将，进行招降。刘武元、胡有升、高进库等人采取缓兵之计，不断派使者回信表示愿意反正，借以麻痹李成栋；实际上却乘金声桓、王得仁退后，赣州围解，广东明军未到之时在附近乡村搜括粮食，加固城防工事。钱秉镫在奏疏中说：
臣顷度岭（《所知录》作“予以九月初旬度岭至南雄”），遇勋臣成栋出师下赣，兵威甚盛。成栋尚驻南雄，以俟赣州之降，监军侍郎张调鼎见臣，言赣州降书叠至，旦暮可下，赣下即长驱而进，以解南昌之围。臣以为赣未必下，而南昌事甚急也。臣所从间道去赣城三十里，土人有言：城中兵每日早出暮归，每骑须括粮三石，押运入城，今村中粮且尽矣。据此乃坚壁清野之计，无降意也。其言降者所以缓王师之出岭而候南昌之信。以南昌卜也，我胜则降，彼胜则抗，情理易见。而勋臣信其必降，退居岭上，听其增修守御，误矣！
且解南昌之围，何必定先下赣州乎？赣州虽不降，亦仅足以自守。今以一兵驻南安缀赣州，使不敢出；而湖东、湖西皆有路可达南昌。臣由湖东来，建、抚各郡邑皆为我守，虏亦置之不问。自新城历南丰、广昌、宁都以至雩都，皆两勋（指金、王）所设官征粮守城，士民冠服如故。惟雩都城内仍是虏官，城外皆为我百姓，无剃发者；间有剃发者在津口守渡，以舟渡臣，自言系守城兵，报称岭南军威之壮，兵甲之精，意若引领望其速来，则此辈情已可知。至于湖西一路，臣不深悉。闻吉安守将刘一鹏本与两勋同举事者，今虽为虏守，犹怀观望。此两路皆可进兵。今督师何腾蛟新复衡州，其势甚锐，各路之兵尽壁长沙。诚令以偏师由衡州出吉安，数日可至，吉安必望风而降。而长沙一营直趋袁州，取临江，其势甚易。成栋舍赣州不攻，以全师驻信丰，下兵雩都，收召湖东义师，可得十数万使为前驱，而会湖西之师两路并进，分驻东西二隅，以全力与虏对垒，以游兵统率义师更翻往来，四路迭进，以挠守围之兵。义兵虽不足战，而以填堑决围则虏兵分而备御不及。城中受困已久，望见两路旗麾，大兵云集，勇气自倍，奋死开门背城一战，外内合击，虏未有不败，围未有不解。解围之后，而并力乘势直下江南，江南可传檄而定也。臣故曰：救江西为今日中兴之急着；舍赣州而径下尤为今日救江西之胜算也。
张调鼎曾将钱秉镫的意见传达给李成栋，成栋不以为然，说他是书生不知军计，未予采纳。
九月下旬，李成栋部越过梅岭，分兵两路，一由龙南、信丰，一由南安（今大余）、南康，直逼赣州。十月初一日，李军到达赣州城下，“连营数十余座，炮火连天，环攻彻夜”。清南赣巡抚刘武元、总兵胡有升、副总兵高进库、刘伯禄、先启玉等见明军势大，商定“利在速战”，即趁李军营垒未固、壕沟未成之时，挑选精锐士卒突然开城出战。次日凌晨，清南赣守军分别从小东门、南门、西门出城，“奋命冲杀”。成栋军立脚未稳，猝不及防，被清军冲入营垒，将士惊惶败退，自相蹂践，阵势大乱，兵员和器械损失很多。李成栋被迫撤军南安，自己返回广州。清南赣巡抚刘武元报告说：“贼带红衣大炮一百位，来攻赣城四十位，尚有六十位见在梅岭。……今诸贼虽落胆败遁，屯驻南安，纠合各处土贼，多携大炮，势必复来犯赣。而残破城垣立见倾颓，万一人心惊惶，战守而无所恃，职死固不足惜，而朝廷四省咽喉尽轻弃于一旦耳。”明鲁可藻也记载道：“成栋至南雄，扛舟过岭，尽运所携资械，气甚壮。营栅未定，赣人突出一冲，争渡不及，溺水者以万计，幛房衣甲尽弃，神气以是而沮，元气以是而伤。”李成栋第一次进攻赣州失利是由于既不知己也不知彼，开战以前还没有做好充分准备就以气吞万里如虎之势直薄赣州城下立营猛攻；失利之后又过高地估计了赣州清军的力量，没有组织手头兵力继续进攻。十月初二日的受挫，从清、明两方的记载来看，大约损失了兵卒夫役一万，盔甲、大炮、马骡、器械的一半。而成栋部下将领并没有伤亡，运到梅岭一带的大炮器械尚多。赣州守城清军侥幸得胜，但“兵马有限”，估计最多只有五六千名。所以，刘武元等在险胜之后“激切启请征南大将军（指谭泰）发兵急救”。李成栋初战受挫后即放弃进攻，自行返回广州，不仅使赣州清军得到休整的机会，而且由于南昌方面来援的清军及时到达，取胜的把握更加渺茫了。
经过短暂的休整和补充兵员、装备，李成栋在1648年（顺治五年、永历二年）除夕赴肇庆面见永历帝“请方略”，次年正月再次从广州率军北上南雄。二月下旬，成栋大军已经全部度过梅岭，进入江西境内。为了避免重蹈上年十月间匆促攻城招致失败的错误，李成栋决定先占赣州外围各县，然后进攻赣州。他亲自率领主力驻于信丰，派宣平伯董方策等占领雩都等县。从清方来说，正月间攻克了南昌，赣州已无后顾之忧，而且征南大将军谭泰所派梅勒章京胶商等统领的正红旗与正白旗满洲兵也来到赣州，兵力有所增强。很明显，双方的态势已经发生了变化。尽管在兵员数额上李成栋军仍占优势，但清军凭借挫败李军攻赣和攻克南昌的声威，正处于士气高昂之际。按情理说，李成栋进至南雄以后，应当得到金声桓、王得仁覆败的消息，本该扼守梅岭，稳扎稳打，待谭泰、何洛会、刘良佐等班师回京以后（谭泰等奉旨“凯旋”在三月间，清廷直到五月间才得到李成栋攻赣败亡的消息。可见无论是清廷还是谭泰、何洛会等人在镇压金、王反清活动后都急于把这支清军撤回北京），再徐图入赣。换句话说，李成栋二次入赣只在战术上做了一些改变，并没有从战略上考虑双方条件的变化。南赣清军将领刘武元、胡有升、梅勒章京胶商密议后，决定仍以“利在速战”为方针，在明军临城之前主动出击。二月十六日，清满汉主力由赣州出发，向李成栋所驻的信丰进攻，同时派兵八百名前往雩都协防。二十八日，清军进攻屯扎于渠岭的明武陟伯阎可义部，连破阎部在该地设置的木城五座（按，木城是以木桩部分埋入土中相连而成的防御工事）。二十九日午时，清军进至距信丰五六里处，李成栋挥军迎战，为清军所败，成栋退入城中。三月初一日，清军开始攻城。当时信丰东门外桃江河水泛涨，不能涉渡。清军即在西、北两门外和南门旱路上挖壕栽桩，防止明军突围。成栋军心不稳，于是日夜间出东门渡河逃窜。清军占领信丰，对城中居民滥加屠杀，同时乘势尾随追击。李军大乱，将领纷纷南窜，成栋在渡河时坠马淹死。关于李成栋之死，清南赣巡抚刘武元、总兵胡有升奏报中说，三月初四日“生擒活贼审供，李成栋投河淹死等语”。初五日左协副将高进库部下兵丁在河滩“捉获大马一匹，镀金鞍辔俱全，送营报验，审问活贼供称系李成栋骑的战马，随验明转解江西（指南昌）报功”。从南明史料来看，李部将士在信丰突围时各自争相逃命，直到撤至大庾岭清点兵马时才发现主帅无影无踪，经过追查方知成栋落水淹死，当时的混乱可想而知。
1649年春天，永历朝廷经历了一场中兴的幻灭。正月，何腾蛟在湘潭被俘杀；金声桓、王得仁在南昌覆亡；三月，李成栋兵败身死。噩耗接踵而来，朝廷上下一片惊惶。李成栋部将江宁伯杜永和原为成栋中军，重贿诸将推自己为留后，让武陟伯阎可义率众扼守梅岭，自己同其他将领返回广州。成栋养子李元胤在肇庆行在，面见永历帝痛哭流涕，永历帝封元胤为南阳伯挂车骑将军印；元胤辞免，仍旧以锦衣卫都督同知提督禁旅。永历朝廷追赠李成栋为宁夏王，谥忠武，赐祭九坛，葬礼极为隆重，“甲马数十队以彩缯为之，一时灰烬”；“爱妾数人皆令盛服赴火死，尽用夷礼”。永历帝派戎政侍郎刘远生持手敕前往广州慰劳诸将，打算利用刘远生和李成栋是陕西同乡的关系接管两广总督职务。不料，杜永和掌握着两广总督大印，公然开印视事；永历朝廷无可奈何，只好默认。关于这件事，钱秉镫有一段议论颇有见地。他认为“当时诸将惟成栋子元胤可用。使闻变之时，即令李元胤驰入其军，摄行帅事，而召杜永和入代元胤禁旅之任。彼即拒朝命，无以拒元胤也。元胤果断有智略，又其诸弟李元泰、李建捷皆军府要职，最称骁健。元胤至，诸将即有异志，元胤亦足以制之矣。于是移军府于南龙，宿重兵于岭上，北师虽锐未可长驱而入也”。永历朝廷的当权人士既昧于洞察形势的能力，又缺乏知人之明，以为趁李成栋溺水而死的机会可以通过任命刘远生为总督把广东一省军政大权收归朝廷。结果事与愿违，杜永和联络诸将推自己为留后，实际上又节制不了原先同自己地位相仿的将领，广东的局势从此逆转。杜永和等人毫无远志，一味麇集于广州等富庶之区，过着花天酒地的生活。