弘光朝廷覆亡后，清廷统治者错误估计了形势，以为江南大势已定，一面派员招降未下各地，一面严令推行剃头改制。在这种民族危难关头，江南的汉族士绅面临着何去何从的严重考验。大致而言，江南士绅虽然对弘光朝廷的所作所为非议甚多，不少人已感到有覆国灭祀的危险。太常寺少卿沈胤培同友人陆云龙私下议论时事，云龙说：“似乎要败。”沈说：“还似等不得要败。”兵科给事中陈子龙在甲申九月间请告回籍，自云“及予归而政益异，木瓜盈路，小人成群。海内无智愚，皆知颠覆之期不远矣”。但是，当弘光朝廷骤然土崩瓦解，江山易主时，他们并没有充分的思想准备。一部分文武官员于无可奈何之中遵奉清朝功令剃发归顺，其中有的是企图保住自己的既得利益，有的是另有图谋。另一部分人则护发自裁，以消极抵制态度保持自己的名节。更多的人则奋起反抗，不惜以血肉之躯为复兴明朝而献身。
然而，历史的进程是非常复杂的。简单地以曾否剃发（甚至一度出任清朝官职）并不能准确地反映当时绅民的政治倾向。即以学术界关注的所谓清初“遗民”而言，没有剃头改制的恐怕是绝无仅有。他们在清朝统治未稳固以前大抵致力于反清复明，天下局势已定以后大多数采取同清廷不合作对策。遗民们诗文中留恋故国的心声随处可见，然而也不免出现个别为清廷或清朝官员歌功颂德的文字。历史上确有一批表里如一，绝不做违心之论的硬汉，但多数人并不是这样。每当处于大动荡、大转折时期，各色人物的表现纷呈繁杂，只有实事求是地具体分析才可以做出比较公正的评价，并进而通过这些人物的活动研究历史的进程。
1645年夏，迫于清廷严旨剃发改制的明朝文官武将人数极多。从表面来看，多尔衮等满洲贵族制定的“一统之规”颇有成效。正如上面引用的小故事里所讲的“发短心长”，成功中潜伏着巨大的危机。降清文官如钱谦益、李建泰、丁启睿等人，武将如姜瓖、金声桓、李成栋、王光泰等人不久都在不同场合中展开反清复明活动，其声势之猛烈、地域之辽阔，完全出乎清廷意料，几乎有难于招架之势。
拒不剃发，以死自誓者为数也不少。其中最著名的有苏松巡抚祁彪佳、少詹事徐汧、左都御史刘宗周。下面以刘宗周为例做一点剖析。
刘宗周，字起东，学者称为念台先生，浙江绍兴府山阴县人，在明末天启、崇祯年间被视为学问渊博、品行端方的正人君子。他和福建铜山的黄道周（号石斋）备受东林—复社人士的景仰。由于他的弟子黄宗羲等人对他推崇备至，流风所及，人们往往产生一种错觉，似乎只要刘、黄诸君子掌握朝政，明帝国就有中兴之望。其实，刘宗周和黄道周都不是栋梁之材。他们“守正”而不能达变；敢于犯颜直谏而阔于事理；律己虽严而于世无补。就迂腐和偏狭而言，宗周更甚于道周。他毕生追求的是一种自我完美。由于这种“完美”是以自我为中心的，往往显得矫情做作。刘宗周生活的年代正值多事之秋，为了表现自己进退有“廉耻”，他连“君有命，不俟驾”的儒家信条也丢在脑后，从被任命为四品官太仆寺少卿起“必三四辞而后受事”。考虑到当时的交通条件，使者穿梭于道，因循经年他才雍容有度地进京任职。这正如俗语所说“急惊风遇着慢郎中”，想依靠这种人挽救危局无疑是缘木求鱼。弘光政权建立以后，他的行为也极其诡异。被起用为左都御史时他既不用旧官衔，也不用新官衔，而自称“草莽孤臣”。上疏说，淮抚路振飞把家眷送出城外是倡逃，“可斩也”；高杰、刘泽清率军南逃“可斩也”。在明末江淮诸臣中，路振飞敢于同南下的大顺军抗衡，对明朝而言可谓忠心耿耿。刘宗周却以总宪的名义上疏建议处斩；高杰、刘泽清手握重兵，又以定策拥立之“功”新邀封爵，根本没有可杀之势。夏完淳说：“宗周谓泽清等可斩也。泽清固可斩也；处南都之势，发此危言，不足以壮国威，且速其祸。于是，四镇合疏纠宗周去；（姜）曰广继之。……朝堂与外镇不和，朝堂与朝堂不和，外镇与外镇不和，朋党势成，门户大起，虏寇之事，置之蔑闻。”据归庄说：刘宗周“后亦自悔其失言”，“自悔其劾公（指路振飞）之误”。刘宗周的慷慨陈词，主观上是显示自己的凛凛正气，客观上却加剧了弘光朝廷内部的矛盾。当刘泽清等勋臣认为他自称“草莽孤臣”和建议弘光帝进驻中都凤阳是犯上作乱的大阴谋（凤阳没有城墙，有高墙五所，囚禁宗室罪犯）时，他又极力辩驳，声称自己“不受杀”。特别奇怪的是，黄道周被召为礼部侍郎，他写信加以阻止，说什么“际比乱朝，义不当出”。黄不听从他的意见，他又结怨于道周。弘光朝廷覆亡的时候，道周奉使绍兴祭禹陵，这里正是宗周的家乡，多次请见，等了一个多月，他不仅避而不见，还在扇面上写诗一首叫黄道周滚蛋。待到潞王朱常淓以杭州降清，浙西岌岌可危时，他派人到处找黄道周，道周已经随唐王朱聿键赴闽。他才后悔“未免当日拒绝太深耳”。在浙江各地绅衿开始起兵反清时，他却决定绝食自尽。门生劝他道：“死而有益于天下，死之可也；死而无益于天下，奈何以有用之身轻弃之？”他回答道：“吾固知图事贤于捐生，顾余老矣，力不能胜。”宗周当时已六十八岁，起义抗清确有一定困难，可是，他的门人王毓蓍投水自尽的消息传来，他说：“吾讲学十五年，仅得此人。”可见他的所谓“正命”不在年老。绝食几天后，他谈自己的感受道：“吾日来静坐小庵，胸中浑无一事，浩然与天地同流。盖本来无一事，凡有事，皆人欲也。”沧海横流，黎民涂炭，社稷危如悬发，刘宗周却轻描淡写地说成“原无一事”。第二天，传来了金华举义兵抗清的消息，门生劝他忍死以待。他说：“语云：‘正其谊不谋其利，明其道不计其功。’功利之说倡，此国事所以不竟也。”最后终于饿死。刘宗周作为忠臣留名青史的目的达到了，他一生好名，与其说他是以身殉国，不如说是以身殉名。从征服者的清朝来说，自然最欣赏这种表率人物。
清军占领南京，活捉弘光帝以后，派出使者招抚南直隶各府县。绝大多数地方都慑于清朝兵威，纳土投降。其间，只有杨文骢带领一支军队闯入苏州，把清政府派来招抚苏松地区的黄家鼎等处斩。但是，杨文骢却没有把当地绅民组织起来据城固守，而是乘清军来到之前主动放弃该地，退往浙江。江南各地的绅民迫于剃发令，群情激奋，纷纷自发举兵抗清。首先高举义旗的是常州府属的一个小小县城——江阴县。
在弘光政权迅速瓦解的大变动中，江阴县的明朝知县林之骥解印去职，清政府委派的知县方亨上任后遵照清廷法令张贴布告叫百姓剃发。闰六月初一日，生员许用等人在孔庙明伦堂集会，一致决定：“头可断，发决不可剃也。”正在这时，常州府发来严令剃发的文书，其中有“留头不留发，留发不留头”的话。方亨叫书吏把府文写成布告张贴，书吏写到这句话时，义愤填膺，把笔扔到地上说：“就死也罢！”消息很快传遍全城，立刻鼎沸起来。方亨见士民不从，秘密报告常州府请上司派兵“多杀树威”。这封密信被义民搜获，于是在初二日把方亨等逮捕，推典史陈明遇为首，以“大明中兴”为旗号，自称江阴义民正式反清。陈明遇虽然胸怀忠肝义胆，却感到自己缺乏军事组织才能，在他推荐下江阴士民把乡居的原任典史（弘光时调升广东英德县主簿，未赴任）阎应元迎接入城担负守城重任。阎应元入城后立即把全城的户口分别丁壮老幼详加调查，挑选年轻力壮的男子组成民兵，会合乡兵二十余万人分班上城，每个城垛十名，按时换班。由武举人王公略守东门，汪把总守南门，陈明遇守西门，应元自任守北门。他和陈明遇兼负昼夜巡查四门的责任。对城中过往行人严加盘诘，肃清内奸。为了解决军械粮饷供应等问题，阎应元同绅民商议后，委任擅长理财人士负责把城内公私所藏物资分类征集，统一分配使用。在阎应元的领导下，很快就做到了人尽其才，物尽其用，各方面的工作做得井井有条。
江阴百姓抗清的消息传开以后，清常州知府宗灏派兵丁三百人赶来镇压，闰六月初五日被江阴义民歼灭于秦望山下。清军统帅多铎见江阴蕞尔小城竟敢于抗命，派降将刘良佐领兵来攻。刘良佐部兵数万自闰六月下旬包围江阴县城，屡攻不利，一再派使者用弓箭射书信入城招降，甚至亲自来到城下现身说法，要阎应元投降。应元在城头痛斥良佐的背叛明朝，说：“有降将军，无降典史！”刘良佐无言可对。多铎先派恭顺王孔有德“率所部兵协攻”，接着又派贝勒博洛和贝勒尼堪带领满洲兵携红衣大炮前往攻城。博洛来到江阴城下，认为刘良佐曾任明朝伯爵，手握重兵，却连一个江阴县城也攻不下来，打了他一顿板子。刘良佐惭恨不已，督促部下拼命攻城。阎应元、陈明遇鼓励城乡义勇扼守危城，多次派徽商程璧等人出城联络各地义师来援，却始终没有得到江浙救兵。坚持到八月二十一日，清军集中大炮轰击城东北角，城墙崩塌，清军蜂拥而上，江阴失守。陈明遇巷战而死，阎应元负伤后投湖，被清军从水中拖出，不屈遇害。清军屠城至二十三日午后才“出榜安民”，城内百姓仅剩“大小五十三人”而已。当时人士写了一副对联赞扬江阴百姓的英勇牺牲精神：“八十日戴发效忠，表太祖十七朝人物；六万人同心死义，存大明三百里江山。”
江阴士民的奋勇抗战，在两个多月里顶住了数万清军的围攻；城破以后，还拼死巷战，“竟无一人降者”。《江阴城守后纪》的作者总结道：“有明之季，士林无羞恶之心。居高官、享重名者，以蒙面乞降为得意；而封疆大帅，无不反戈内向。独陈、阎二典史乃于一城见义。向使守京口如是，则江南不至拱手献人矣。”在福州继统的隆武皇帝听说泾县和江阴百姓的坚贞不屈，深为感动，说：“吾家子孙即遇此二县之人，虽三尺童子亦当怜而敬之。”江阴战役虽然不像一些野史所记清朝“七王”“翼王”“十王”都阵亡于城下，但参加攻城的确有后来晋封为亲王的博洛（端重亲王）、尼堪（敬谨亲王）和恭顺王孔有德。在江南各地望风披靡之时，阎应元、陈明遇以微末下吏凭借江阴百姓的支持，竟然面对强敌，临危不惧，坚持了近三个月，实在是南明史上光彩夺目的一页。学术界一些人为史可法大唱颂歌，本书作者却认为更值得歌颂的是阎应元、陈明遇为首的江阴百姓，在他们面前，史可法的官愈大、权愈重，就愈显示出其作为之渺小。
和江阴百姓抗清同时，嘉定县民也因清政府强迫剃发起兵。弘光朝廷覆亡后，六月十四日嘉定已经沦入清方之手，二十四日清朝委任的知县张维熙上任。闰六月十二日颁布剃发令，嘉定百姓愤愤不平，拒不从命。有人征询著名乡绅侯峒曾（天启五年进士，弘光时任通政司左通政使）的意见。他毅然回答：“闻徐太史汧护发自裁，何不奋义？即不可为，乃与城存亡，未晚也。”就是说，他反对刘宗周、徐汧的只顾自身名节的消极抵制，主张积极地起兵抗清。十七日侯峒曾带领两个儿子侯玄演、侯玄洁，进士黄淳耀及其弟黄渊耀入城倡义反清复明。他们同当地士绅会议后，决定率领百姓上城画地而守。“立挨门出丁法，分上中下三等：上户出丁若干，衣粮自备，仍出银若干，备客兵粮饷，并守城头目灯烛之费；中户出丁若干，衣粮自备，仍出银若干；下户止出一丁，分堞而守，每丁日给钱六十文，衣粮灯烛悉自备。城上分四隅，自某地至某地止，分属各图，每图择一人为长。日入后，当事者亲自巡历，以稽勤惰。其大事专属峒曾、淳耀处分”，城上竖立白旗，大书“嘉定恢剿义师”。
嘉定绅民起义反清后，清吴淞总兵李成栋（原为高杰部将，曾任明朝徐州总兵）立即领兵来攻。侯峒曾、黄淳耀等人想借用城外乡兵扼阻清兵。可是，四乡乡兵都是临时组织起来的农民，根本没有作战经验，人数虽多，却难以同正规清军作战。即如史料所言：“诸乡兵未谙兵势，争裹粮厉兵而来。峒曾、淳耀等亲自临城，勉以忠义，言与泪俱，人皆感奋。因下令诸乡勇能鼓众赴敌者，每人先给白布二疋，仍每日颁折饷银二钱；有能得敌人首级者，每颗给银十两。”“七月初一日，会兵砖桥东，不下十余万人，排挤拥塞，纷呶如聚蚊，多适为累。清兵每战必分左、右翼；乡兵不识阵势，呼为蟹螯阵。每发挑战，多不过十余骑，皆散落不集一处。诸乡兵遥见兵出，拥挤益甚，手臂摩戛，轧轧作声。”这种乌合之众自然抵挡不了清军。双方才一交锋，乡兵就不战自溃，“走者不知所为，相蹈藉而死”，许多人被挤入河中淹死，“尸骸乱下，一望无际”。
七月初三日，清军大举攻城；次日城破，侯峒曾奋身投入池中，被清兵拖出斩首，其子玄演、玄洁遇害，黄淳耀、黄渊耀等自缢。李成栋下令屠城，“兵丁遂得肆其杀戮，家至户到，小街僻巷，无不穷搜；乱苇丛棘，必用枪乱搅，知无人然后已。丁兵每遇一人，辄呼：蛮子献宝！其人悉取腰缠奉之，意满方释”。“虽至穷苦，必以一簪一珥系肘间，曰：此买命钱也！”“遇他兵胁取如前，所献不多，辄砍三刀，至物尽则杀。故僵尸满路，皆伤痕遍体，此屡砍使然，非一人所致也。予邻人偶匿丛篠中得免，亲见杀人情状；初砍一刀，大呼：都爷饶命！至第二刀，其声渐微，已后虽乱砍，寂然不动。刀声剨然，遍于远近；乞命之声，嘈杂如市，所杀不可计数。其悬梁者、投井者、断肢者、血面者、被砍未死手足犹动者，骨肉狼藉，弥望皆是，亦不下数千人。三日后自西关至葛隆镇，浮尸满河，舟行无下篙处……”这就是史册上臭名昭彰的嘉定屠城。
昆山县绅民在原郧阳抚院王永祚、翰林院编修朱天麟、知县杨永言等倡议下，杀清委知县阎茂才（原为明朝该县县丞），起兵反清，推废将王佐才为帅。顾炎武、归庄等爱国志士都积极参与义举。七月初六日，清军破城，朱天麟等逃出，王佐才被俘杀。清军屠城，士民死难者数万人。
在吴淞地区起兵的义师有镇南伯黄蜚、吴淞总兵吴志葵等人，弘光朝吏部考功司主事夏允彝任监军。义军一度进攻苏州，副总兵鲁之玙带领三百人突入该城，被清军设伏击杀。黄蜚、吴志葵退守泖湖。八月初六日，清军用小船截断泖湖出口，乘风纵火，明军水师船只高大，运转不灵，被烈火焚毁。黄蜚、吴志葵都被活捉，九月初四日在南京遇害。夏允彝见兵败无成，于九月十七日在淞塘投水自尽。
吴日生等人在太湖中的义军给清军的打击最沉重。吴日生，名易，吴江县人，崇祯十六年进士，曾在史可法幕中任参军。弘光朝廷覆亡后，他和举人孙兆奎同入太湖起兵抗清。闰六月十一日攻入吴江县，杀清知县朱廷佐（原明朝吴江县丞）。他们利用清军不擅水战的弱点，凭借太湖辽阔的水域和四通八达的水上航路同清军作战。1646年（顺治三年）正月十五日，太湖义军再度攻入吴江县，杀署县事孔胤祖及县承张允元。同年三月二十五日，吴日生等聚集一千多条船只，声言再攻该县。清署县事陈日升吓得魂不附体，向驻守苏州的江宁巡抚土国宝、吴淞提督吴胜兆呼救。吴胜兆派副将汪懋功领兵堵剿。二十六日双方在梅墩交战。吴日生知道清军不习水战，事先派部下操舟好手混于民间，清军抢掠百姓船只载兵追击，这些健儿即扮成水手为之操舟，行至湖中，纷纷跳入水中，取出工具把船只凿沉，清军淹死近千名，汪懋功也被击毙。太湖义军一时声势浩大，隆武朝廷和鲁监国政权都给吴日生加官晋爵，以示鼓励。清政府也视其为心腹之患，想尽办法予以摧毁。1646年六月，吴日生在嘉善赴宴，被清政府探知，派兵擒获。吴日生牺牲后，清军继续对湖中义军剿抚兼施，到次年才基本上平定了太湖地区的武装抗清斗争，一部分有志之士则转入地下活动。
位于湖北、安徽、河南三省交界地带的大别山区层峦叠嶂，形势非常险要，明朝末年称之为英霍山区，革左五营义军曾经在这里安营扎寨，抗拒官军的追剿；当地一些地主官绅为了对付农民军，也据险结寨，相互连保。1645年清军南下，弘光朝廷覆亡，江南百姓迫于清廷的剃发令奋起抵抗时，这一地区的绅民也闻风而动，利用原先的山寨作为抗清的据点。其中比较著名的是所谓蕲黄四十八寨。
湖北黄冈县白云寨主易道三、大岐寨主王光淑联络附近四十多个山寨，“阻逋粮饷，违抗剃令”，商定遇有清军来犯，互相救援。崇祯末年曾经担任过兵部尚书的张缙彦由于在河南站不住脚，逃到英山，被四十八寨“推为盟主”。在湖北、安徽、江西都被清军占领的情况下，英霍山区的联寨抗清，虽然形同孤注，却因为扼据鄂、皖通道，牵制了清军的行动。1645年（顺治二年）十一月，清湖广总督佟养和与湖广巡抚何鸣銮会商，决定派黄州总兵徐勇领兵进剿。十一月十五日，徐勇率部进抵白云寨，次日大举进攻，大岐寨主王光淑统领各路兵数万人来援，双方苦战一天，互有伤亡。十七日，徐勇重新调整部署，把所部清军分为三路，寅时鸣炮为号，同时杀出。王光淑见西路抵敌不住，亲自前往策应，不料被清兵用枪搠于马下，当阵活捉。各路寨兵见王光淑被擒，无心恋战，纷纷逃窜，清军乘胜追杀数千人。白云寨主易道三心寒胆落，向清军投降。徐勇下令将大岐、白云、泉华等寨城屋一律拆毁。十二月初三日，徐勇引兵进至蕲水县（今湖北省浠水县）斗方寨，把该寨四面包围。斗方寨内除了寨主周从劻本部义军外，还有从英山请来的援兵副将陈福所部四百人。陈福见清军势大难敌，竟暗中带领千总二名于夜间往清军营中投降。徐勇当即面授机宜，让他们返回斗方寨充当内应，约定次晨以炮为号，里应外合。初四日，周从劻正在寨上指挥，清兵攻至寨门，举放号炮，陈福立即配合清军活捉周从劻与张缙彦委任的英山知县刘时叙，斗方寨城屋全部放火焚毁。王光淑、易道三、周从劻、刘时叙被解到武昌斩首示众。
就在英山一带的抗清义军遭到徐勇所统官兵镇压时，被四十八寨推为盟主的张缙彦却腼颜手书投降信札，表示愿与道臣李、邵起（邵为分巡汝南道，李不详）一同归顺清朝。这封信经清安庆巡抚李犹龙转达给在南京的内院大学士洪承畴。由于在崇祯年间洪承畴任职陕西时张缙彦是他的下属，“知信甚深”，洪承畴向清廷力保，准其投降。张缙彦等降清后，英霍山区的抗清斗争仍在继续。义师拥戴明朝宗室朱常巢在太湖县司空山寨，号称荆王，先后趁清军不备，袭破太湖、宿松二县。直到1648年（顺治五年）金声桓、王得仁在江西反清时，蕲黄义师还曾配合活动。
1645年黄得功遇难，部将降清后，太平府属当涂、芜湖、繁昌三县落入清方之手。休宁县人金声（崇祯朝曾任监军御史等职）和江天一起兵于徽州府，接着在六、七月间有邱祖德（四川成都人，明末仕至山东巡抚，因曾任宁国府推官，寄寓于该地）响应于宁国，尹民兴响应于泾县，朱盛浓、吴应箕响应于石埭县。义军先后收复了已递降表的青阳、石埭、建德、东流、宁国、旌德等县。清政府在今皖南只据有太平府属三县和南陵、宣城、贵池等县。金声等人得知隆武帝在福州即位，派使者前往奏捷。隆武帝非常高兴，派中书舍人童赤心携带诏书敕印，任命金声为右都御史、兵部右侍郎提督南直军务。清军提督张天禄、池州总兵于永绶等统兵分别进剿。七月初四日，尹民兴部进攻南陵县城，初九日被张部清军击败。当时，宁国府管辖的六县百姓因不肯剃头，群起反抗。清方一份奏疏中说：“是时宁国府城外遍地逆民。”七月十六日，尹民兴自泾县，万曰吉、金声自宁国县与刘鼎甲、吴之球等部义军围攻宁国府治宣城县，射伤清知府朱锡元。张天禄派总兵丘越前往镇守，副将杨守壮、赵大捷等赴援。八月十二日，围攻宣城的义师被清军击败，军师邱祖德被俘，“供与金声、万曰吉同行举事，愿死，等语”。第二天，刘鼎甲、吴之球也被活捉。八月十六日，清将张天禄、卜从善、杨守壮、李遇春等率军进攻泾县，尹民兴见敌军势大，在当晚逃出城外，次日城破。清军把参与守城的三千余名民兵全部处斩。九月十一日，张天禄决定分兵两路攻取徽州，副将胡茂祯、张应孟由宁国进军，他自己与卜从善、李仲兴、刘泽泳由旌德进军。二十日，张天禄部经翚岭、新岭直抵绩溪城下，“金声已出南门逃出，杨守壮追及，生擒之”。二十二日，徽州府城降清；十月上旬黟县、祁门、婺源（今属江西省）也先后具文投降。吴应箕在石埭、青阳被清军占领后，仍然到处招兵，准备重整义师，不幸于十月十三日在乘顶山遭到清军追击，被擒后因伤重身死。金声、江天一被解至南京，十月十八日遇害。万曰吉、尹民兴、朱盛浓先后逃出，继续从事反清复明运动。皖南的抗清斗争至此以失败告终。
1645年（顺治二年）正月，李自成、刘宗敏率部撤离西安，接着李过、高一功会同西北部分地区的大顺军也撤出陕西。清军两大主力分别在三月间由陕西转入河南：多铎部取道归德南下进攻弘光朝廷；阿济格部则紧追由李自成亲自率领的大顺军主力。留在陕西的清军力量自然相当单薄。于是，一些抗清武装乘时而起，其中影响较大的有贺珍、武大定、孙守法等部。
贺珍原是大顺军旧部，当清朝重兵入陕、大顺政权瓦解的时候，他伙同罗岱、党孟安、郭登先以汉中之地投降清朝，由英亲王阿济格札授汉中总兵。陕北等地大顺军在李过、高一功、李友、田虎等率领下取道汉中入川时，他率部阻击，被李过、高一功等奋力击败，兵马损伤不少。接着在1645年六月左右，张献忠派军北攻汉中，贺珍又“诈称大清兵威迎敌”，献忠兵不知虚实，退回四川。这年九月，清廷“以汉中投诚总兵贺珍御贼有功，授为定西前将军”。然而，这只是表面文章，实际上对他却是严密监视，处处提防。早在这年五月清陕西总督孟乔芳就在奏疏中说：“惟新招汉中贺珍、罗岱、党孟安、郭登先四总兵，查得此辈原非明朝旧官，俱是流贼起手头目。曩自败遁盘踞汉中，臣屡发谕帖，示以我皇上威德，并陈之利害，方畏威投顺，缴送伪印。罗岱亲至西安，臣已调拨延安驻扎，与总兵姜瓖同居一城，以为钤制；贺珍、郭登先亦调凤翔，再为分拨；止留党孟安统兵一万仍住汉中，以为进剿张逆（指张献忠）并防汉中城池。但四将俱系逆闯亲信之人，恐狼子野心反复不定，俱在陕西深为不便。伏乞我皇上将贺珍、郭登先以有功名色升调宣大或山东一带地方安置，实为解散之计也。党类既散，总（纵）有叵测，亦无能为矣。”
孟乔芳阴行解散的方针引起了贺珍等人的警惕。当时多铎、阿济格统领的清军主力都已远离陕西，孟乔芳节制的官兵只有一万二千余名，除四千五百名是他的标兵外，其他如凤翔总兵董学礼部六千名、宝鸡总兵高汝砺部五百名等都是刚刚投降过来的。孟乔芳兵力既不足，妄想以一纸文书解除贺珍等人的兵权，结果适得其反。正如他在闰六月初十日题本中所说：“汉中新招总兵贺珍、罗岱、郭登先、党孟安，臣见蚁聚汉城，行牌调出栈道，欲以弭其逆萌、消其凶势也。其中罗岱乃曹操（罗汝才）亲信之人，非贺珍族类，臣已调赴延安讫。贺珍等仍驻汉中，肆行屠掠，屡行檄调，借口汉民保留支吾不前。且四川州县既降，残黎皆我赤子，张逆愤恨吴宇英投顺我朝，围攻月余，珍等坐视不救，以致陷毙，大拂来归之望。”接着，他又建议派明朝旧将康镇邦、董学礼领兵前赴汉中，以同镇汉中及入川为名伺机改编贺珍部，接管地方。七月初二日，清兵部侍郎朱马喇题本内引用了孟乔芳所说贺珍等原是“狼子野心，阳顺阴逆”的话，而新委汉中总兵尤可望手中无兵，建议暂驻西安，等待固山额真和罗会（何洛会）所统清军到达后再“相机进取，以图万全”。事情的发展并没有按照孟乔芳的上述分拨计划进行，长期镇守汉中的贺珍不愿意轻易放弃这块地盘，顺治二年十一月二十八日的一份揭帖表明他已识破孟乔芳的意图，擒杀党孟安、郭登先，借以巩固自己的权势。在揭帖中他自我表功说，清军入陕后“即称顺治年号，具文投诚，蒙英王并督臣孟乔芳嘉与维新，札授汉中总兵。继□李逆余孽伪侯伯李锦、高一功、李友、田虎等数营之众，蹂躏地方，职复驱剿逃溃。并殄阳顺阴逆、播害地方之党孟安、郭登先，是以汉属地方安堵，民获衽席”。孟乔芳的如意算盘落空，双方矛盾迅速激化。半月后，贺珍就举兵反清。
1645年十二月中旬，贺珍领兵进攻凤翔县城。十七日晚上，该城驻防副将武大定、石国玺率部响应，贺珍一度占领该县。十二月二十二日，武大定杀“本镇总兵何世元、固原兵备道吕鸣夏等”。不久，因清朝援兵赶到，贺珍部才撤离凤翔。贺珍反清后，原地方武装孙守法、胡向宸等主动领兵前来联络，共同抗击清军。孙守法原来是明朝陕西副总兵，1643年（崇祯十六年）冬，大顺军占领陕西后，他逃入终南山中，与大顺军为敌。1645年（顺治二年）清军入陕，他又拥戴明朝秦王的儿子为号召，在五郎山进行抗清。贺珍、孙守法、胡向宸等探听得知陕西清军不多，合议一举夺取省会西安。从十二月下旬起，贺珍等部马、步兵七万进攻西安，一时声势颇盛，清廷委派的陕西巡按黄昌胤以及泾阳知县张锡蕃也向义军投降（后来两人都被清政府捕杀）。清朝陕西三边总督孟乔芳据城扼守，急请固山额真李国翰领兵来援。1646年（顺治三年）正月初五日，清军在西安西郊击败义军，同月二十五日又“歼贼连营于乾州”，稳定了西安地区的局势。随着清廷派遣的定西大将军何洛会带领的满、汉兵的到来，陕西清军不断增强，贺珍、武大定、孙守法等部转移到兴安一带。
贺珍、孙守法、武大定的反清是以复明为号召的。如孙守法以秦王的儿子为“秦王”，在顺治三年“正月内印刷伪示，妄称弘光年号”；这年三月间原大顺军光山伯刘体纯率部由河南进入汉中，同贺、孙等部会合，“四月内抄传伪票，又改隆武年号”，“孙守法自称总督五省总督”。五月三十日，刘体纯、贺珍、孙守法等部攻克兴安州，清守道、参将等官被俘。
正当陕西各地抗清运动高涨的时候，清廷先后派何洛会、肃亲王豪格统领大军入陕。1646年六月，守法退回五郎山；八月，武大定败于兴安境内；九月，王光泰败归郧城，又败走房、竹。丁亥年（1647）正月，守法奔石子城；二月，走长安石鳌谷。三月朔，守法破宁州，与高勋等据兴安州之乔麦山。清陕西三边总督孟乔芳引兵攻之。四月八日，伏甲深林，以轻骑诱守法出，擒之。守法犹执铁鞭格杀数十人乃死，传首西安。大定入蜀。