朱由崧既以亲藩得继大统，对于最具帝位继承人资格的崇祯三子自然唯恐其不死。早在甲申七月间就仅仅依据一个卑微小官（未到任之阳春县典史顾元龄）的传言宣布太子和定、永二王已经遇害。弘光元年（1645）二月正式下诏“谥皇太子慈烺曰献愍，永王慈焕曰悼，定王慈灿曰哀”，借以掩人耳目，杜绝民望。实际上，自从大顺军在山海关战败起，兵荒马乱，各方面的人士大抵都弄不清崇祯帝三个儿子的下落。尽管在1644年冬有“北太子”“南太子”案，清初号称“朱三太子”的案件层见迭起，但唯一可以相信的是定王朱慈焕长期隐姓埋名，充当私塾教师为生，到康熙四十七年（1708）才在山东汶上县被清政府捕获，全家处斩。
朱由崧登上了皇帝的宝座，挫败了某些东林—复社人士拥立潞王朱常淓的计划。围绕帝位的钩心斗角，并没有就此平息。弘光立国一年之内，先后发生了“妖僧”大悲、伪太子、“童妃”三大案。这三个案件表面上是孤立的，互不相涉，却都贯串着对朱由崧继统不满的政治背景。
一、大悲案。1644年十二月，忽然有个和尚来到南京，自称是明朝亲王，从兵乱中逃出做了和尚。弘光帝派官员审讯他的来历，大悲起初信口开河说崇祯时封他为齐王，他没有接受，又改封吴王。声称“潞王恩施百姓，人人服之，该与他作正位”。弘光君臣见他语无伦次，形迹可疑，严加刑讯，才弄清大悲是徽州人，在苏州为僧，确实是个骗子。经过九卿科道会审后，将大悲处斩。
二、假太子案。1644年十二月，鸿胪寺少卿高梦箕的奴仆穆虎从北方南下，途中遇到一位少年，结伴而行。晚上就寝时发现少年内衣织有龙纹，惊问其身份，少年自称是皇太子。抵南京后，高梦箕难辨真假，急忙送往苏州、杭州一带隐蔽。可是，这少年经常招摇于众，露出贵倨的样子，引起人们的注意，背后窃窃私议。高梦箕不得已密奏朝廷，弘光帝派遣内官持御札宣召。弘光元年（1645）三月初一日，这个少年从浙江金华到了南京，被交付锦衣卫冯可宗处看管。第二天，弘光帝面谕群臣道：“有一稚子言是先帝东宫，若是真先帝之子即朕之子，当抚养优恤，不令失所。”随令侯、伯、九卿、翰林、科、道等官同往审视。大学士王铎曾经担任东宫教官三年，自然熟悉太子的模样，一眼就看出是奸人假冒。他在奏疏中说：
臣一见即咤之曰：“此假人假事，犁丘之鬼也，太子岂其然乎？”臣同旧礼部尚书北京端敬殿中侍班三年，例当考满升荫，为妒者沮之。尚记先帝东宫大目方颡，高声宽颐，厚背首昂，行步庄，立度肃。今臣立于面前曰：“汝识我不？”应曰：“不也。”曾谓三年侍班几之离者二尺有咫而不识臣为谁耶？臣已确知其伪矣。臣又问：“讲书在何殿？”曰：“文华。”岂知其在端敬殿也。又问：“几上位置何物？”臣暗记其有讲读数目十个算子，乃竟懵懵罔知也。臣大怒……即昌言告诸臣曰：“此人明明是假，此事确确可憾……”大咤曰锦衣卫命左右即缚之。无几何，此子乃垂涕长跪以求，哀愍曰：“小人原是赝质，不过为人所玩弄，徒以此恐喝于诸侯耳。小人王其姓，之明其名，高阳人，父纯，母徐氏，有引小人者阴以诳诱。”
王铎会同群臣审视后的奏疏是相当可信的。我们不应忽视，弘光立国之时许多官员曾经在崇祯朝廷上任职，见过太子朱慈烺的并不止他一个。如曾经担任东宫讲官的刘正宗、李景廉“皆言太子眉长于目”，他们看了伪太子之后都不认识；弘光帝“又命旧东宫伴读太监丘执中往认。之明见执中，亦不识也。于是群疑稍解”。时任协理詹事府事礼部尚书的黄道周记载：“王之明者，顽童，故驸马都尉王昺之侄孙，途穷附高鸿胪之仆穆虎者欲南趋苟活，而穆虎居为利，遂谓子舆复出也。廷诘之日，诸讲官侍从谂视无一似东朝者，之明亦茫然。而靖南疏至，辄持两端，讼言不可诛，诛之祸起。”从现存史料中可以看出当时在弘光朝廷上的官员都知道北来“太子”纯属假冒，没有人提出过异议。问题是这件事直接牵涉到弘光帝位的合法性，对朱由崧继统不满的人乘机兴风作浪，散布流言蜚语，于是围绕着“太子”的真伪在不明真相的百姓和外地文官武将中掀起了一片喧哗。弘光朝廷越说是假，远近越疑其真。这事一直闹到清军占领南京，弘光朝廷覆亡，方告平息。
三、“童妃案”。这个案件的大致情况是：1641年（崇祯十四年）李自成起义军攻破洛阳，老福王朱常洵被俘杀，世子朱由崧侥幸逃出。经过长期颠沛流离之后，忽然时来运转被拥戴为皇帝。1645年（弘光元年）初，河南有一个姓童的妇人面见南明河南巡抚越其杰，自称是德昌王（朱由崧）的继妃，乱离中与朱由崧失散。越其杰和广昌伯刘良佐深信不疑，一面奏报，一面派人护送来南京。朱由崧立即否认，宣布童氏为假冒。三月初一日，童氏送抵南京，下诏狱由锦衣卫审讯。童氏自述“年三十六岁。十七岁入宫，册封为曹内监。时有东宫黄氏，西宫李氏。李生子玉哥，寇乱不知所在。氏于崇祯十四年生一子，曰金哥，啮臂为记，今在宁家庄”。朱由崧批驳道：“朕前后早夭，继妃李殉难，俱经追谥。且朕先为郡王，何有东、西二宫？”这是符合实际情况的，按明朝典制，亲郡王立妃由朝廷派员行册封礼。《明熹宗实录》载，天启二年十月传制遣“工科给事中魏大中、行人司行人李昌龄封福府德昌王由崧并妃黄氏”。童氏称入宫邸时朱由崧有东、西二宫已属荒唐，更不可能又有什么“曹内监”为她举行册封礼。朱由崧没有儿子，“玉哥”“金哥”之说也是空穴来风。一些史籍记载，童氏在送往南京途中，地方文武官员纷纷拜谒，她举止轻浮，毫无大家风范，“凡所经郡邑，或有司供馈稍略，辄诟詈，掀桌于地；间有望尘道左者，辄揭帘露半面，大言曰：免！闻者骇笑”。童氏一案与大悲、假太子案基本相似，肯定她不是朱由崧的王妃（崇祯十四年河南巡抚高名衡题本内明白说过“世子继妃李氏”于洛阳城破之时投缳自尽），后来某些野史又说她是误认（如说她原为周王宫妾，或说是邵陵王宫人），也有揣测她是在朱由崧落魄之时曾与之同居，但这些说法同童氏自己编造的经历都不符合。就案件本身而言，无论童氏是冒充，是误认，还是与朱由崧有过一段旧情，都不应成为南明政局的焦点。
“童妃”案和假太子案的喧嚣一时，实际上是某些东林—复社党人在幕后掀风作浪。历史上无赖之徒冒充头面人物屡见不鲜，即以南明来说，永历初也出现了假弘光帝（一个和尚）骗得许多地方官的信任，但都没有像弘光一朝这样闹得乌烟瘴气。究其根源，正在于东林—复社中的一些骨干分子视“门户”“声气”重于国家、社稷，他们爱走极端，甚至唯恐天下不乱。在这些人看来，福藩继统等于万历以来自己在党争中最大的失败，因此一遇风吹草动，不管真相如何，抓住“把柄”大做文章，必欲推倒福藩另立新君才肯罢休。人们常常受旧史籍影响，以为东林—复社人士大体上都是骨鲠正直之人，其实它是一个很复杂的团体，其中光明磊落者固不乏人，但由于明末东林—复社名满天下，往往具有左右朝政的势力，许多热衷名利的人也混迹其间，变成一个大杂烩。东林—复社人士的“别正邪、分贤佞”实际上是自封“正人”“君子”，为独揽朝政造舆论。由于他们当中的骨干分子为夺取权力往往采取阴谋手段，难以弄清详细情况，但对弘光帝进行人身攻击，借“三案”大肆发挥的都是自命为东林—复社的“君子”，由此也可以看出其端倪。浙东史派的创始人黄宗羲就是其中有代表性的一位。他撰写的《弘光实录钞》以“国史”自居，对弘光迎立做了如下的描写：
北都之变，诸王皆南徙避乱。时留都诸臣议所立者。兵部尚书史可法谓：“太子、永、定二王既陷贼中，以序则在神宗之后，而瑞、桂、惠地远，福王则七不可（原注：谓贪、淫、酗酒、不孝、虐下、不读书、干预有司也）。惟潞王讳常淓素有贤名，虽穆宗之后，然昭穆亦不远也。”是其议者，兵部侍郎吕大器、武德道雷演祚。未定，而逆案阮大铖久住南都，线索在手，遂走诚意伯刘孔昭、凤阳总督马士英幕中密议之，必欲使事出于己而后可以为功。乃使其私人杨文骢持空头笺，命其不问何王，遇先至者，即填写迎之。文聪至淮上，有破舟河下，中不数人，或曰：“福王也。”杨文骢见之，启以士英援立之意，方出私钱买酒食共饮。而风色正顺，遂开船。两昼夜而达仪真。可法犹集文武会议，已传各镇奉驾至矣。士英以七不可之书用凤督印印之成案，于是可法事事受制于士英矣。
黄宗羲的这段记载许多地方不符合事实，比如派杨文骢携带空头笺不问是哪位藩王迎来南京，拥上帝位，就共享定策之功，简直是一派胡言。史可法在迎立问题上受了马士英的欺骗确有其事，但说马士英“用凤督印印之成案”却毫无意义，因为史可法的信如果是伪造的，盖上凤阳总督印也不起作用；史可法“七不可立”的信件落在马士英手里，不盖凤督印仍是个重大把柄。黄宗羲这段“高论”中关键是“或曰：福王也”。采取这种史笔实际意味着弘光帝是未经“验明”的朱由崧“正身”。关于弘光太后，黄宗羲也恣意诋毁道：甲申七月“壬辰，皇太后至自民间。太后张氏，非恭皇（指老福王朱常洵）之元配也。年与帝相等，遭贼失散，流转郭家寨常守文家，马士英遣人迎之至。其后士英挟之至浙，不知所终。或言：帝之不蚤立中宫，而选择民间不已者，太后之故也”。他的弟子万斯同深得老师真传，昌言无忌地写道：
河南府（即洛阳）破时，福王为贼所啖，诸子未有存者。府中数宦侍逃至怀庆，无所得食。其中有福府伴读李某者貌颇似福王次子通城王。乃相与谋曰：“诸王子不接外臣，谁能谛知？事在吾辈耳，何忧无食。”乃以通城避难闻于县，遂达上（指崇祯帝）前。上深念叔父荼毒，世子已死，即以李袭福王爵。马士英因立以为帝。其后太后至，弘光趋迎，屏人密语者久之，遂为母子。弘光在位且一年，不立后，与太后寝处如夫妇，初非蒸继母也。童妃固通城王之元配，弘光固不令入宫，恐败事也。
黄宗羲的好友林时对撰《南都三大疑案》说：
洛阳既陷，福王常洵被闯贼所临，宫眷逃窜。世子由崧得一护卫军牵率过河，寓太康伯张皇亲第，人无识者。甲申四月，巡按中州御史陈潜夫送至凤督马士英处，遂同四镇拥立为弘光帝。登极后，太后亦自河北至。帝不出迎，群臣奉凤舆至内殿下舆，帝掖后至殿隅，密语移时，群臣拱立以俟，秘弗闻。半晌始下拜恸哭，人皆疑揣。乔大理圣任先生在班行目击者，曾面语余。或云：帝实非真世子，福藩有一审理貌类，因冒认。语时戒勿泄，同享富贵。又云：入宫后，与帝同卧起。事真伪不可知，第来时既不迎，逾顷始拜哭。而出奔时又不同行，自往芜湖就靖国，太后偕马士英至浙，则事属可骇。一疑案也。
再看另一复社人士钱秉镫的说法：
初，福世子没，德昌郡王以序当立。士英抚凤时，有以居民藏王印首者，取视，则福王印也。询其人，云有负博者，持以质钱。士英因物色之。上与士英初不相识，果德昌耶？非德昌耶！但据王印所在以为世子耳。甲申国变后，遂拥戴正位，以徼援立之功。童氏但知德昌即位，以故妃诸阙求见，而不知今日之德昌，非昔日之德昌也。
结论是：“童氏出身不可考，而决为德昌王之故妃也。”钱秉镫的好友金堡也记载道：
予闻弘光伪福邸也。福邸已被难，其妃有弟与一内侍偕走，诈称福邸。既登极，内侍惧福不敢言。童妃至，伪福邸恐事露，遂致之死。马士英特欲立福邸翻东林之局，遂使东南半壁拱手以奉之清耳。
把上引黄宗羲、林时对、钱秉镫、金堡的叙述联系到一起，分明看出这种流言蜚语有一个共同的目的，即以“童妃案”作为突破口，彻底否定弘光帝就是朱由崧，而肯定其是一个异姓子弟的冒牌货。言外之意，马士英等“奸雄”为了攫取定策之功，放着潞王朱常淓这样的正宗“贤王”不立，却拉来一个身份不明的人拥上皇帝宝座，无怪乎要亡国灭祀了。
鉴于黄宗羲创立的浙东史派对后世影响很大，而且他和门户好友在当时兴风作浪对弘光朝廷的稳定造成了严重影响，有必要揭穿他们散布的种种谎言。
朱由崧确实是个昏庸荒淫的君主，但他的身份无可怀疑。老福王朱常洵的正妃邹氏从未生子，朱由崧是侧室所生庶长子。1617年（万历四十五年）二月，他十岁时封为德昌王，后来因福藩无嫡子，被立为福世子。1641年（崇祯十四年）正月二十一日，李自成军攻破洛阳，老福王朱常洵被杀，朱由崧和嫡母邹氏乘乱逃出，暂居于黄河以北的孟县。同年河南巡抚高名衡向朝廷报告：“世子亦尚无子女，流离孤苦，惟有母子相依，诚可悲矣。”下文又详细报告了从洛阳逃出的福府官员侍从共二百零九名，其中包括右长史、承奉副、典宝、典膳、黄服、随侍司执事、书堂官、内执事，此外还有“王亲”邹存义（福王妃邹氏之弟）等五人。有这样一大批王府官员和王亲跟随，要说朱由崧是个假冒的福王世子简直是奇谈怪论。何况崇祯十四年时福藩一败涂地，生活无着，到处乞怜，谁也不会预测到他后来会入继大统。崇祯帝对亲叔的遇难深表关切，据弘光时吏部尚书（崇祯朝任刑部尚书）徐石麒的奏疏说：“福王殉难，先帝尚遣一勋臣、一黄门、二内侍验审含殓。”二月，命驸马都尉冉兴让、司礼太监王裕民、给事中叶高标携银赴河南慰问福世子。九月，“命福世子由崧还河南（指洛阳）”。1643年（崇祯十六年）朱由崧袭封福王；洛阳再陷后，朱由崧逃到卫辉府，因穷困潦倒曾经向潞王朱常淓借银，后来又一道南逃淮安。这些材料都证明从洛阳被义军攻破到崇祯朝廷覆亡，明廷和地方官员从来没有怀疑过朱由崧的福王世子身份。上文已经说过朱常淓是朱由崧竞争帝位的主要对手，如果朱由崧来历不明，朱常淓绝不可能缄默不语。弘光初立之时，苏松巡按祁彪佳在五月二十八日的日记中记载：“潞王承奉李君来晤，言今上（指朱由崧）遇难，潞藩周旋诸事。”这就证明当朱由崧落难时，潞王深知其身份，曾经在生活上给以接济。朱常淓通过他身边的承奉大谈当年旧事，意在表明自己不仅无意同血统更近的福藩争夺帝位，还以过去有恩于“今上”希望得到应有的照顾。何况，弘光即位后封嫡母邹太后的弟弟“邹存义为大兴伯，并予世袭”，封原配黄氏兄弟黄九鼎为雒中伯、黄金鼎官都督同知，这些“懿亲”不可能不认识朱由崧。全祖望等人硬说朱由崧不准童氏入宫是怕暴露自己假冒的真相，在情理上根本讲不通。
黄宗羲等人最大的诬罔表现在对弘光皇太后邹氏的造谣生非。从河南迎接到南京来的太后是老福王朱常洵的原配邹氏。邹氏是明神宗在万历三十一年为朱常洵选的王妃，按当时惯例，选后、妃的年龄都在十四五岁，邹氏生年约在万历十七年（1589）左右，到1644年大概是五十五岁。甲申（1644）八月，大学士高弘图奉命往广陵驿迎接，随行的幕客谈迁记载：“恪恭仁寿皇太后邹氏，福恭王之元妃也，于上为嫡母。”下面又引太后弟邹存义叙述邹氏辗转流离的经过相当详细。邹太后到达南京时，弘光上迎笺中说“属国家之多艰，鹤发添忧；闵霜雪之入鬓，凤舆飞辖”，足证邹氏到南京时已是一位老妪。时任工科都给事中的李清记，甲申八月辛未日，“皇太后至南京……各官迎江干，上跪迎洪武门内，各泣下”。当时迎接太后的场面相当大，文武百官朝见的很多。后来弘光帝与邹太后由南京出逃时本是一路，途经溧水遭乱兵阻截才各奔东西（详情见下文）。邹太后到达杭州后朝见过她的大臣也不少，只是又出现另一种谣言说邹太后是马士英的母亲冒充的，这种谣言不值一驳，却证明太后春秋已高。黄宗羲、林时对等人对弘光母子极尽诬蔑之能事，绝不仅是“道听而途说，德之弃也”，而是在南明政权肇建伊始之时反对福藩继统的一股暗流不择手段展开的政治斗争。
清人戴名世对这段公案做了以下论断：“呜呼，南渡立国一年，仅终党祸之局。东林、复社多以风节自持，然议论高而事功疏，好名沽直，激成大祸，卒致宗社沦覆，中原瓦解，彼鄙夫小人，又何足诛哉！自当时至今，归怨于孱主之昏庸，丑语诬诋，如野史之所记，或过其实。而余姚黄宗羲、桐城钱秉镫至谓帝非朱氏子。此二人皆身罹党祸者也，大略谓童氏为真后，而帝他姓子，诈称福王，恐事露，故不与相见，此则怨怼而失于实矣。”杨凤苞也说：“及谓福王亦伪，乃出东林、复社爱憎之口”，“盖阮大铖欲尽杀东林、复社诸君子，向后诸君子追憾其事，并恨王之任大铖也。造言污蔑之不已，复奋断曰：‘是非明之宗室也。’甚疾之之词尔。”杨氏的基本论断是正确的，但他认为这类谣诼蜂起乃“诸君子追憾其事”，恐怕未必。因为抓住伪太子、“童妃”案大闹是在弘光在位时期，弘光朝廷的内部纷争严重影响了自身稳定，无暇北顾，特别是一些东林—复社人士依附地处南京上游的世镇武昌的军阀左良玉，更增加了弘光君臣的不安全感。马士英、阮大铖明白要扼制住拥立潞藩的暗流，必须援引江北四镇兵力做后盾。从这个意义上说，弘光朝廷迟迟未能北上进取，同东林—复社党人的兴风作浪有密切的关系。杨凤苞还说：“明末南都之亡，亡于左良玉之内犯。”左良玉的兴兵东下，固然有避免同大顺军作战和跋扈自雄等原因，但他扯起“救太子”“清君侧”的旗帜却同某些东林—复社党人所造舆论一脉相承。
上面批驳了黄宗羲、林时对、钱秉镫等人的荒诞，并不是仅限于探讨史料的真实性，更无意于钻究宫闱秘事，而是说这三人的记载透露了弘光朝廷上党争的激烈情况。真正的策划者未必是他们，因为弘光一朝党争闹得势同水火，而黄宗羲等人在当时朝廷上并没有地位，掀不起那么大的风浪。直至社稷倾覆，江山变色，东林—复社党人仍把责任全归之于弘光昏庸、马阮乱政，自我标榜为正人君子，实际上他们自己也是一批追名逐利、制造倾轧的能手，对弘光朝廷的覆亡负有直接责任。
弘光朝廷的督师大学士史可法是“联虏平寇”方针的主要倡导者和执行者。1644年十二月，赴北京“酬虏通好”的如意算盘遭到清方断然拒绝，正使左懋第、副使马绍愉被拘留，陈洪范回到南京，除了掩盖自己暗中降清的种种无耻行径以外，也报告了北使的失败。史可法在奏疏中说：“向所望者，和议获成，我因合敌之力以图贼，而遂其复仇雪耻之举。今使旋而兵踵至，和议已断断无成矣。向以全力图寇而不足者，今复分以御敌矣。”“今和议不成，惟有言战。”似乎他在考虑同清军作战了。然而，史可法的真实意图仍然是尽量避免同清方兵戎相见，继续一厢情愿地谋求与清军配合镇压大顺农民军。
1645—1646年清军南征图
1645年（弘光元年、顺治二年）初，史可法亲自安排了高杰率军北上，这是弘光朝廷唯一一次向黄河流域推进的军事行动。只是进军的目的不是针对清廷，而是想在扑灭“流寇”中充当清军的盟友。正月初九日，他奏称：“陈潜夫（河南巡按）所报，清豫王自孟县渡河，约五六千骑，步卒尚在覃怀，欲往潼关，皆李际遇接引，长驱而来，刻日可至。据此，李际遇降附确然矣。况攻邳之日，未返济宁，岂一刻忘江北哉！请命高杰提兵二万，与张缙彦直抵开、雒，据虎牢；刘良佐贴防邳、宿。”可见，史可法的部署是明军北上至开封地区后即向西面荥阳、洛阳一带推进。高杰出师时，也曾给驻守黄河北岸的清肃亲王豪格写信，信中说：“关东大兵，能复我神州，葬我先帝，雪我深怨，救我黎民。前有朝使谨赍金币，稍抒微忱。独念区区一介，未足答高厚万一，兹逆成跳梁西晋，未及授首，凡系臣子及一时豪杰忠义之士，无不西望泣血，欲食其肉而寝其皮，昼夜卧薪尝胆，惟以杀闯逆、报国仇为亟。贵国原有莫大之恩，铭佩不暇，岂敢苟萌异念，自干负义之愆。杰猥以菲劣，奉旨堵河，不揣绵力，急欲会合劲旅，分道入秦，歼逆成之首，哭奠先帝。……若杰本念，千言万语，总欲会师剿闯，以成贵国恤邻之名。且逆成凶悖，贵国所恶也；本朝抵死欲报大仇，贵国念其忠义，所必许也。本朝列圣相承，原无失德，正朔承统，天意有在。三百年豢养士民，沦肌浃髓，忠君报国，未尽泯灭，亦祈贵国之垂鉴也。”高杰信中一再表达的“会师剿闯”显然体现了史可法的意图，以“分道入秦”夹攻大顺军向清廷表明弘光朝廷并非如清方指责的那样“不出一兵一卒”，以便在幻想中的和谈里给自己增添一点筹码。可是，清廷征服全国的方针已经确定，根本不愿考虑联合南明的问题了。豪格在回信中乘机再次招降，而对“合兵剿闯”则不予理会，全信如下：“肃王致书高大将军，钦差官远来，知有投诚之意，正首建功之日也。果能弃暗投明，择主而事，决意躬来，过河面会，将军功名不在寻常中矣。若第欲合兵剿闯，其事不与予言，或差官北来，予令人引奏我皇上。予不自主。此复。”
1645年（弘光元年）正月初十日，高杰同河南巡抚越其杰、巡按陈潜夫带领军队来到睢州。镇守该地的明河南总兵许定国已经秘密同清方勾结，并且按照豪格的要求把儿子许尔安、许尔吉送往黄河北岸清军营中充当人质。高杰大军进抵睢州使许定国惶恐不安，进退失据。他深知自己的兵力敌不过高杰，请求豪格出兵支援又遭到拒绝，只有横下心来铤而走险。他一面出城拜见高杰，谬为恭敬；一面暗中策划对付办法。高杰已经知道了许定国把儿子送入清营的消息，为防止他率领部下把睢州地区献给清朝，想凭借自己的优势兵力胁迫许定国及其部众随军西征。十二日，许定国在睢州城里大摆筵席，名义上是为高杰、越其杰、陈潜夫接风洗尘。越其杰劝告高杰不要轻易进入睢州城，以防变生意外。高杰一介武夫，自以为兵多势重，许定国绝不敢轻举妄动，只带了三百名亲兵进城赴宴，越其杰、陈潜夫陪同前往。许定国事先埋伏下军队，用妓女劝酒，把高杰等人灌得酩酊大醉。半夜，伏兵猝发，把高杰和随行兵卒全部杀害，越其杰、陈潜夫惊慌失措，逃出睢州。第二天，高杰部众得知主将遇害，愤恨不已，立即攻入睢州对军民大肆屠杀，进行报复；许定国率部过河投降清朝。
高杰死后，军中无主，部下兵马乱成一团。黄得功等又想乘机瓜分高杰部的兵马和地盘，双方剑拔弩张。“时人为之语曰：谁唤番山鹞子来（高杰在农民军中绰号翻山鹞），闯仔不和谐（黄得功号黄闯子）。平地起刀兵，夫人来压寨（原注：邢夫人也），亏杀老媒婆（原注：史公也），走江又走淮，俺皇爷醉烧酒全不睬。”史可法出兵配合清军“讨贼”的计划全盘落空了，他十分伤心，亲自赶往高军营中做善后工作，立高杰子为兴平世子，外甥李本深为提督，胡茂祯为阁标大厅（中军），李成栋为徐州总兵。高杰妻邢氏担心儿子幼小，不能压众，她知道史可法没有儿子，提出让儿子拜史可法为义父。这本来是史可法增进同高部将士感情的一个机会，然而史可法却因为高部是“流贼”出身，坚决拒绝，命高杰子拜提督江北兵马粮饷太监高起潜为义父。由此可见史可法政治偏见之深和不通权变。
二月间，史可法从徐州回到白洋口（今江苏省宿迁市境洋河）。当时正值清军主力在阿济格、多铎带领下追击大顺军，聚集于陕西，河北、山东、河南一带的清军并不多。例如，1645年正月奉命驻守山东的肃亲王豪格在奏疏中报告许定国送儿子为人质后请他派兵渡河“卫其眷属，臣因未奉上命，不敢渡河”。高杰统兵进抵睢州城外，许定国担心脱不了身，派人请求豪格火速来援；豪格仍以“未经奉旨，不敢擅往”为由，拒不发兵。清廷和豪格在这段时间里表现出罕有的持重，证明阿济格、多铎两军西进后，清方在包括北京在内的整个东部兵力非常单薄。何况，清政府在畿辅、山西、河南、山东的统治尚未稳固，不仅曹州满家洞等地的农民抗清活动如火如荼，士大夫中心向明朝的也大有人在。睢州之变，高杰作为一军主帅遭暗算，他的部下实力并没有多大损失。史可法本来应该趁高杰部将因许定国诱杀主帅投降清朝的敌忾之心，改弦易辙，做出针对清方的战略部署，至少也应利用许定国逃往黄河以北，清军无力南下的时机，稳定河南局势。可是，他在高杰遇害后却失魂丧魄，仓皇南逃。沛县著名文人阎尔梅当时正在史可法幕中，劝他“渡河复山东，不听；劝之西征复河南，又不听；劝之稍留徐州为河北望，又不听”，“一以退保扬州为上策”，即所谓：“左右有言使公惧，拔营退走扬州去。两河义士雄心灰，号泣攀辕公不驻。”这就是被许多人盛誉为“抗清英雄”的史可法的本来面目。
左良玉是崇祯朝崛起的军阀之一。他自崇祯十二年（1639）玛瑙山战役之后长期拥兵自重，蹂躏地方，朝廷无可奈何，一味姑息牵就。弘光登极的时候，他坐镇武昌，位处南京上流，扼据战略要地，部下实力又比较强大。朱由崧登极诏书颁发到武昌时，他开初不愿承认，在湖广巡抚何腾蛟、巡按黄澍等人的劝说下，才同意开读，表示拥戴。然而，他此时的跋扈自雄却比在崇祯时期更加明显了。由于弘光帝主要是依靠马士英会同黄得功、高杰、刘良佐、刘泽清四镇拥立的，左良玉没有参与，算不上定策功臣。陈子龙记载，“上之立也，不与推戴，心常怏怏。既专制荆楚，益桀骜”。朝廷对马士英的信赖，视四镇如骄子，都引起了他的反感。湖广巡按御史黄澍本是个龌龊小人，在左良玉同弘光朝廷之间猜忌日深的情况下，不仅没有居中调停，反而以左良玉的兵力为后盾，企图在弘光朝廷中提高自己的地位。甲申六月十八日，黄澍在弘光朝廷上痛斥马士英，不过是有恃无恐地借题发挥而已。
到1645年三月，李自成部在清阿济格军的追击下经陕西商洛、河南西部邓州一带进入湖北襄阳地区时，左良玉不敢同大顺军主力作战，又故技重演，率部顺江东窜。当时南京正为假太子、“童妃”等案件闹得满城风雨，马士英、阮大铖的掌权又在官绅中引起强烈不满，这就给左良玉提供了避战东下的借口。三月二十三日，左良玉伪称奉先帝太子密谕前往南京救护，以讨伐马士英为名，全军乘船顺江东下。临行之时，下令把武昌居民屠戮一空。这件事在吴晋锡《半生自记》中记载如下：
初，黄直指（直指即御史，黄澍时为湖广巡按御史）自触士英深忌，郁郁久泊道河，适传假太子至南，直指阴乘小舆夜见宁南，谓拔营往南中可图大事。宁南夙有此志，以两台调和之故未发，一闻直指言，从之。欲劫抚军（指巡抚何腾蛟）以行，以抚军素爱民，非尽杀省中之民不可。宁南传令无少长戮之。楚民以抚军仁爱，争匿都院中，抚军坐于门，向内坐，听百姓入。余役以投文至，抚军命之随；宁南见百姓以都院为藏身地，复令从院后破垣入，举火焚之，匿者悉死于火。抚军即解印付家人令速出城，无为所得。宁南胁抚军行，余役乃奔。宁南欲与抚军同舟，抚军曰：另与小舟为便。宁南遣四副将守之，置抚军舟于后。黎明，各船俱发。抚军舟次汉阳门跳入万丈江涛中，守者惧诛，赴江死。抚军顺流二十里至竹牌门，遇一渔舟救之起，则关帝祠前也。未几，家人持印来，亦会于此。
四月初一日，左良玉兵至九江，邀江督袁继咸到舟中相见。左良玉从衣袖中取出“皇太子”密谕，“设坛刑牲，与诸将歃盟。武人不知春秋大义，一时欣然附和”，逼勒袁继咸一同前往南京“清君侧，救太子”。袁继咸认为“皇太子”真伪未定，密谕“不知何人传来”，正言厉色道“先帝之旧德不可忘，今上之新恩不可负”，并且向诸将下拜，请求他们“爱惜百姓”。左良玉回答道：“谋陷太子，臣下所为，与今上无干。若爱惜百姓，大家本心，先生何必过虑？”随即拿出“誓文、檄文”给袁继咸看了一遍。袁继咸回城后，命部将坚守九江，不准左兵进城。不料部将张世勋已经同左部将领私下勾结，夜间纵火焚烧全城，顿时大乱起来，袁部诸将不能存身，劈门而出，同左军合营；左良玉部兵乘势入城杀掳淫掠。袁继咸于绝望当中准备一死了之。左良玉派部将张应元把他掳入舟中，袁继咸一再投水自尽，都被救起。左良玉竭力向他表达自己并没有推翻弘光帝的意思，要袁继咸一道东下“调护兵将”；监军李犹龙也再三劝说徒死无益，不如见机行事。袁继咸无可奈何，只好同左良玉及其麾下诸将约定严禁烧杀抢掠。正当左军由九江准备东下时，四月初四日左良玉“以久病之躯，恸浔变之惨，一时殒命”，距九江之变只有三天。关于左良玉的统兵东下直到病死九江舟中，南明人士记载常有恕词。如李清记：“继咸正冠裳带将就死。黄澍入署拜泣曰：‘宁南无异图，公以死激之，大事去矣。’副将李士春密曰：‘隐忍之，至前途，王阳明之事可图也。’继咸以为然，出城面责良玉。良玉疾方剧，望城中火光，大哭曰：‘予负袁公！’呕血数升，是夜死。”谈迁记：“左良玉兵至九江。袁继咸过见于舟中，俄见岸上火起，报曰：‘袁兵烧营，自破其城。’良玉浩叹曰：‘此我兵耳，我负袁临侯也。’呕血数升，病遂革。”从当时实际情况来看，左良玉早已成为一个拥兵割据的军阀，勇于虐民，怯于大战。他的统兵东下主要是避免同李自成率领南下的大顺军作战，假借伪太子“密诏”赴南京“救驾”显然是一派谎言，离开武昌时就大肆屠戮，对弘光朝廷任命的巡抚、总督等方面大员任意拘留，心目中既无朝廷，也无百姓。其直接后果是导致弘光朝廷加速瓦解。
左良玉死后，部下诸将推其子左梦庚为留后，把袁继咸拘禁在船中，继续引兵东下，先后占领彭泽、东流、建德、安庆，兵锋直抵太平府。
弘光朝廷接到上游督、抚、镇臣关于左良玉叛变率师东下的报告，大为恐慌，马士英决定由兵部尚书阮大铖会同靖南侯黄得功、广昌伯刘良佐以及池口总兵方国安等人组织堵剿。黄得功的军队被调到长江以南的太平府（府治在当涂，辖芜湖、繁昌等县），刘良佐军部署于对岸江北。在清军南侵，左良玉又顺江内犯的形势下，弘光帝曾经召对群臣，商讨对策。刑部侍郎姚思孝，御史乔可聘、成友谦说：“左良玉稍缓，北尤急，乞无撤江北兵马，固守淮、扬，控扼颖、寿。”弘光帝也认为江北兵马不宜调离汛地太多，回答道：“刘良佐兵还宜留江北防守。”马士英唯恐左兵至京，自己身家性命难保，气急败坏地指着姚思孝等人大骂：“尔辈东林，犹借口防江，欲纵左逆入犯耶？北兵至，犹可议款，若左逆至，则若辈高官，我君臣独死耳！臣已调良佐兵过江南矣。宁死北，无死逆。”马士英明知这时清军重兵已经进入江苏北部，却怂恿弘光帝手诏命督师大学士史可法抽调兵马过江拱卫南京。史可法于四月初二日领兵过江，行至草鞋峡时得到报告黄得功等部已击败左兵。史可法请求入朝召对，面见弘光帝说明对社稷的主要威胁来自清方而不是左良玉部，因此在兵力部署上他不赞成从江北抽调大批主力去对付左军。马士英却担心史可法名位居前，入朝以后自己的首辅将保不住，加上清军南下的消息日益紧迫，又建议朝廷下旨：“北兵南向，卿速回料理，不必入朝。”史可法接到诏书后大失所望，登上南京城郊的燕子矶，“南面八拜，恸哭而返”。
南京城中的情况也颇为微妙。在左部叛军进逼池州，清兵大举南下的危急关头，弘光帝发出了“上游急，则赴上游；敌急，则御敌”的旨意，完全处于被动局面。马士英、阮大铖也明白无论集中兵力对付任何一方，南京都有陷落的危险。因此，他们暗中已做了拥兵出逃的准备，马士英事先任命其次子马銮为京营总兵，以贵州兵为主掌握了一部分亲信部队；兵部尚书阮大铖也“昼夜以兵环卫其私室，控弦被铠，厢房书室中暗为衷甲”。四月十四日，弘光帝召见大臣时，武英殿大学士王铎竟然认为马、阮组织抵御左兵不力，请求让他自己“领兵视师上江以遏左兵重敌”。由于“士英不肯谢此兵柄，迟之又二日矣”，王铎急不可耐，又在十六日上疏说：“臣察得金山一带西至龙潭，兵不满七百，枢臣饰以为数十万，此何时尚以此固宠诳君欤？”接着说：“时不能持久，使左之众兵得乘胜顺流而下，吾无类矣。今皇上以本兵（兵部尚书）印纛授臣，臣勉竭死力西上，以当其势，以报朝廷。”然而，一贯拥兵自重的马士英和自诩知兵的阮大铖岂肯把兵权拱手让人？王铎的自告奋勇也就不了了之。
到1645年五月，清军多铎部占领南京、芜湖等地，阿济格部击败大顺军，一直追到江西九江和江北的湖北州县。左梦庚部下有总兵十员、兵卒数万，既不敢迎击西来的阿济格军，又不敢东下与多铎部交锋，甚至不愿南下江西暂时避开清军主力，竟于五月十三日在九江至东流的长江中率领部下兵马向清军阿济格部投降。同左梦庚一道降清的有湖广巡按御史黄澍。明朝江督袁继咸在左梦庚武力裹胁下变成清方俘虏。他在五月二十日绝笔中写道：“臣不即死江州，原欲从中挽救，以纾京师之急，幸已还师（指左军西退），更欲再为联结，以收桑榆之效。不意□（虏）追闯至浔，诸镇甘负国恩，遣使投降，京师之危若累卵矣。臣在坎困中，不能申包生之义，惟有矢文山之节，以一死报二祖列宗，且不敢负所学也。”六月初三日，袁继咸被胁迫往见清英亲王阿济格，长揖不拜，阿济格极力劝他降清，“仍做九江总督”，遭到断然拒绝，最后被押解到北京英勇就义。
清军击败大顺军，占领陕西以后，摄政王多尔衮不失时机地着手部署主力南下。他任命了陕西三边总督孟乔芳等西北地方军政官员从事善后事宜，把主要兵力集中于收取江南，统一全国的大业。弘光朝廷“借虏平寇”的如意算盘终于实现了，然而，朱由崧、马士英、史可法既然怕引火烧身，在清军主力西进时幸灾乐祸，不敢派重兵北上山东、河南，这时，他们就只能自食苦果了。
摧毁南明弘光朝廷的清军实际上是三路齐头并进。多铎部由陕西出潼关，经洛阳东进至商丘，然后向南直趋泗州、扬州，进攻南京，得手后分兵攻取太平府（今安徽省当涂县）、芜湖，其主要对手是高杰部、刘良佐部、黄得功部明军，是为中路。英亲王阿济格部尾随李自成部大顺军由陕西商洛、河南邓州，入湖北襄阳、荆州、武昌，直到江西九江一带，除击溃李自成带领的大顺军外，乘势解决左良玉部明军，同多铎部在今安徽省境内会师，是为西路。另一部清军由原驻山东的固山额真准塔率领，南下徐州，沿运河水陆并进，收取宿迁、淮安、兴化、通州（今江苏省南通市）、如皋以及长江以北滨海地区，这支清军攻击的目标主要是刘泽清部明军，是为东路。应当说，清廷动用的兵力是相当雄厚的。三月间，多铎奏报：二月十四日已派遣部分兵马抵达河南，“招降流贼镇守河南伪平南伯刘忠，旋得平定江南之谕，即于三月初五日率师南征”。同月二十五日又报：“三月初七日，臣统兵出虎牢关口，固山额真拜尹图等出龙门关口，兵部尚书韩岱、梅勒章京伊尔德、侍郎尼堪等统外藩蒙古兵由南阳路，三路兵同趋归德。”四月初五日，多铎统大军从归德府南下，沿途州县望风归附。十三日清军至泗州，明守泗总兵率部南逃，清军遂在这天晚上渡过淮河。
在左良玉部东下、清军南侵的紧急情况下，史可法惊慌失措，胸中漫无主见。应廷吉记载，当时一部分南明军队驻于高邮，史可法一天之内三次发出令箭，上午令邳宿屯田道应廷吉“督一应军器钱粮至浦口会剿”左良玉部叛军；中午令“诸军不必赴泗，速回扬州听调”；下午又令“盱眙告急，邳宿道可督诸军至天长接应”。应廷吉对诸将说：“阁部方寸乱矣，岂有千里之程，如许之饷，而一日三调者乎！”史可法本人在四月十一日赶赴天长，檄调诸军援盱眙，忽然得到报告盱眙守军已经投降清朝，他对部队几乎完全失去控制，“一日一夜冒雨拖泥，奔至扬州”。十七日，清军进至距离扬州二十里处下营，次日兵临城下。史可法“檄各镇援兵，无一至者”。实际上史可法节制的刘良佐和原高杰两藩的将领就在这几天里不战而降。四月十九日高杰部提督李本深率领总兵杨承祖等向清豫亲王多铎投降，广昌伯刘良佐也率部投降；二十一日总兵张天禄、张天福带领部下兵马投降，随即奉多铎之命于二十四日参加攻取扬州。扬州城里只有总兵刘肇基部和以何刚为首的忠贯营，兵力相当薄弱。由于城墙高峻，清军的攻城大炮还没有运到，多铎派人招降史可法、淮扬总督卫胤文，遭到严词拒绝。二十一日，甘肃镇总兵李栖凤和监军道高岐凤带领部下兵马四千入城，两人的意思却是劫持史可法，以扬州城投降清朝。史可法毅然说道：“此吾死所也，公等何为，如欲富贵，请各自便。”李栖凤、高岐凤见无机可乘，于二十二日率领所部并勾结城内四川将领胡尚友、韩尚良一道出门降清。史可法以倘若阻止他们出城投降恐生内变为理由，听之任之，不加禁止。
当清军初抵城下时，总兵刘肇基建议趁敌大众未到，立脚未稳，出城一战。史可法却说：“锐气不可轻试，且养全锋以待其毙。”在城守方面，“旧城西门地形卑下，城外高阜俯瞰城下，势若建瓴，且为兴化李宦祖塋，树木阴，由外达内，绝无阻隔，枝干回互，势少得出。诸将屡以为言。公以李氏荫木，不忍伐也。且言，诸将以此地为险，吾自守之”。二十四日夜间，清军用红衣大炮轰塌城墙，“城上鼎沸，势遂不支”。二十五日，扬州陷落，刘肇基战死，扬州知府任民育、何刚等壮烈牺牲，史可法被俘后遇难。
对于史可法的誓死不降，应当充分肯定他的民族气节。长期以来，许多学者和文人墨客受明清门户之见的影响，对史可法存在着一种特殊的偏爱，不顾史实做了过分的渲染。纵观史可法的一生，在整个崇祯年间并没有多少值得称赞的业绩；他的地位和名望迅速上升是在弘光时期。作为政治家，他在策立新君上犯了致命的错误，导致武将窃取“定策”之功，大权旁落；作为军事家，他以堂堂督师阁部的身份经营江北将近一年，耗费了大量的人力、物力、财力，却一筹莫展，毫无作为。直到清军主力南下，他所节制的将领绝大多数倒戈投降，变成清朝征服南明的劲旅，史可法驭将无能由此可见。即以扬州战役而言，史可法也没有组织有效的抵抗。某些史籍说他坚守扬州达十天之久，给清军重大杀伤，也不符合事实。史可法自己在四月二十一日写的遗书中说：清军于十八日进抵城下，“至今尚未攻打，然人心已去，收拾不来”。多铎下令攻城以前，史可法即已“自觉愦愦”，把军务交幕僚处理。二十四日清军开始攻城，不到一天扬州即告失守。史可法作为南明江淮重兵的统帅，其见识和才具实在平凡得很。比起江阴县区区典史阎应元、陈明遇率领城中百姓奋勇抗清八十三天，相去何止千丈。顺治十年（1653）谈迁路过扬州，曾经专程到梅花岭寻谒史可法衣冠冢，回首往事，不胜感慨，写道：“江都地多陵阜，故名广陵，城坚濠广，四野曼延，正利步骑，雄闻晋唐，今西门摧颓，岂史氏尚不逮李庭芝耶？”于惋惜之中也指斥了史可法的无能。总之，史可法的一生只有两点值得肯定：一是他居官廉洁勤慎，二是在最后关头宁死不屈。至于他的整个政治生涯并不值得过分夸张。明清易代之际激于义而死焉者多如牛毛，把史可法捧为巨星，无非是因为他官大；殊不知官高任重，身系社稷安危，史可法在军国重务上的决策几乎全部错误，对于弘光朝廷的土崩瓦解负有不可推卸的责任。
清军占领扬州以后，多铎以不听招降为由，下令屠城。他在“谕南京等处文武官员人等”的令旨中说：“昨大兵至维扬，城内官员军民婴城固守。予痛惜民命，不忍加兵，先将祸福谆谆晓谕，迟延数日，官员终于抗命。然后攻城屠戮，妻子为俘。是岂予之本怀，盖不得已而行之。嗣后大兵到处，官员军民抗拒不降，维扬可鉴。”扬州居民除少数破城前逃出和个别在清军入城后隐蔽较深幸免于难者以外，几乎全部惨遭屠杀，“城中积尸如乱麻”。王秀楚依据亲身经历写了一本《扬州十日记》对清军自四月二十五日至五月初一日在扬州的暴行做了比较详细的记载，如二十七日，“杀声遍至，刀环响处，怆呼乱起，齐声乞命者或数十人或百余人；遇一卒至，南人不论多寡，皆垂首匐伏，引颈受刃，无一敢逃者。至于纷纷子女，百口交啼，哀鸣动地，更无论矣。日向午，杀掠愈甚，积尸愈多，耳所难闻，目不忍睹”。直到五月初二日才安官置吏，“查焚尸簿载其数，前后约计八十万余”。
史可法牺牲了，在南明士绅中仍被视为抗清复明的英雄备受敬仰。洪承畴被清廷派到南京任招抚江南大学士时，有人在乌龙潭写了一副对联：“史册流芳，虽未灭奴犹可法；洪恩浩荡，未能报国反成仇。”1648年（顺治五年）正月下旬在巢县、无为州还发生了假借史可法名义起兵抗清的事。宣城人朱国材曾任史可法记室，清军南下后他躲在巢县某周姓人的家里，“敝衣草履，形容枯槁，曰：‘我史阁部也，苦身劳形，志存恢复。今约会兵数万，刻日齐集，大事可图也。但机事贵密，不可轻泄。’”有盐城起义失败的厉豫避难巢县，同朱国材结盟，以史可法的名义号召士民，正月二十五日集众一千多人乘夜攻破巢县，二十九日又攻克无为州。几天以后，清援军赶到，“获贼首朱国材、厉豫，从贼者尽歼灭，仍误杀良民无数”。当朱国材冒充史可法号召反清复明之时，巢县生员祖谦培、无为州生员沈士简等十余人都“头巾蓝衫”前往谒见，共图义举，后来遭到清政府的无情镇压。这个“伪史阁部案”说明史可法在南明绅民中享有很高的声望。
清军攻克扬州前后，江北明朝官军几乎毫无斗志，一矢未发即仓皇投降。高杰部官军在其子兴平侯世子高元照、提督李本深、总兵李成栋等带领下先后降清；广昌伯刘良佐也率部投降。东平侯刘泽清在清军南下时，“将原管淮阳十四州县土地、人民、兵马、钱粮留交总兵柏永馥”代理，自己同山东总督王永吉、总漕都御史田仰等带着一批文武官员乘船逃往海上。这时南京已经陷落，清固山额真准塔统偏师由山东南下，五月十八日占领徐州，没有遇到任何抵抗就接管了邳州、宿迁、睢宁、沭阳、桃源、清河等县，二十八日柏永馥率部投降，淮安失守。六月，准塔和清朝委任的巡抚赵福星派人持书信往海上招降刘泽清等人。刘泽清即在闰六月二十四日赴淮安投降。据多铎向清廷奏报，来降的南明总兵多达二十三员、副将四十七员，马步兵共计二十三万八千三百名。仅这一批在江北投降清朝的南明兵员数目就超过了多铎、阿济格两路兵力的总和。何况还有左良玉之子左梦庚带领麾下十五员总兵全军降清；黄得功部将田雄、马得功的叛变投降。弘光五大藩镇这样望风而降，并不是兵将不堪一战，而是他们凭借“定策”等原因形成尾大不掉的势力集团，有挟制朝廷之心，无忠贞报国之志。他们所关心的既然只是保住自己的荣华富贵，一旦强敌压境，自然以归顺“叙功”为上策。后来展开的历史场面表明这五藩下的总兵李成栋、李本深、金声桓、李国英、田雄、马得功、徐勇等人都拥有相当的战斗力，他们为清廷征战时往往发挥出超越满军的作用。李成栋、金声桓等举兵反清时，满洲贵族也视之为畏敌。弘光朝廷依赖笼络藩镇而立，又以藩镇叛降而亡，这个历史教训是非常深刻的。
扬州失守，史可法殉难的消息传到南京，弘光朝廷顿时陷入一片惊慌失措之中，朱由崧等人开初还对长江天险寄予希望。五月初五日，清军进抵长江北岸，初九日多铎命梅勒章京李率泰带领南明降将张天禄、杨承祖等部于黎明时分在瓜洲以西十五里处乘船渡江，在金山击败明防江水师郑鸿逵军，随即登上南岸，占领镇江，后续满、汉官兵先后渡江。初十日，弘光帝仅同马士英和少数宦官商议后，连朝廷其他公卿大臣也不告知，更不做任何部署，就在凌晨离城出逃。
天亮以后，南京城内的官绅军民听说皇帝和首席大学士已经逃走，立即乱成一团。一些百姓拥入狱中，把自称“崇祯太子”的少年请出来登武英殿即位，年号仍称崇祯十八年。然而，以南京守备勋臣忻城伯赵之龙为首的勋戚大臣却决定降清，派人前往清营接洽。据当时在城中的兵科右给事中吴适记载，十四日午后清军先锋数十骑直抵洪武门外，忻城伯赵之龙、保国公朱国弼赍降表由城墙上缒下往清营接洽投降事宜。十五日，多铎率清军主力进至南京城外，赵之龙、朱国弼同魏国公徐久爵，隆平侯张拱日，大学士王铎、蔡奕琛，礼部尚书钱谦益，左都御史李沾等三十余名高官显贵大开城门，出迎于郊。清兵进城搜索警戒后，十七日多铎才进入南京，随即把南京城中东、北两区汉族居民尽行驱出，供清军居住。
上文已经指出，按明朝永乐以后的两京制度，在南京掌握实权的三个人是南京兵部尚书、守备南京勋臣、镇守南京太监；其他勋臣和六部、都察院大臣不过虚有其名。魏国公虽然是开国第一功臣徐达的后代，只是在各种典礼时排班居首，摆摆样子罢了。决策降清的正是守备南京勋臣赵之龙，他在弘光出逃后，立即派兵驱散拥立伪太子的百姓，同时大张告示宣布向清军献城。张怡记载，崇祯末年“陪京缺守备勋臣，部推忻城伯赵之龙。陛辞日，上赐坐、赐茶，东宫、二王侍。上曰：‘留都根本重地，朕已简用二人，一为司礼太监韩赞周，此人忠诚勤慎，足当守备之任；一为兵部尚书史可法，朕未识面，然人争言其材，朕亦诇得之。今得卿而三，朕无忧矣。然赞周扫除长耳，可法起家孤寒。若卿与国休戚，较二臣更异，知必尽心，副朕委任也。’其后可法、赞周皆竭忠死事，而卖卢龙一道者，即与国休戚者也，伤哉！”明朝的勋臣主要是开国与靖难功臣的后裔，这些娇生惯养的贵族子弟只知托庇祖宗余荫，过着穷奢极侈的生活，一旦国难当头，除个别稍有志节者以外，大抵是身家之念重于国家，卖降恐后势在必然。崇祯帝固然看错了人，但即便另派一名勋臣守备南京也不大可能出现什么奇迹。韩赞周在清军进入南京后自杀，但他的情况同赵之龙不同。弘光既立，他的地位就被深受朱由崧宠信的司礼监秉笔太监卢九德取代。卢九德则投降了清朝，顺治三年底他仍想按明朝旧例督理苏杭织造为清廷统治者效犬马之劳。不料碰了一鼻子灰，清廷谕旨说：“卢九德不当列名疏内，况秉笔太监本朝无此职衔，着削正严饬。”
南京作为朱元璋开国之地、明朝两京之一，自从大顺军攻克北京以后，有的人把它看成复兴的中心，有的人则把它视作苟且偷安之所，仅仅一年就这样糊里糊涂地沦陷了。周在浚作《台城晚眺》一词云：“纵步且闲游，禾黍离离满目秋。玄武湖中风浪起，嗖嗖，虎踞龙盘一夕休。江水不知愁，犹自滔滔日夜流。更有无情天畔月，悠悠，曾照降幡出石头。”江山依旧，人物全非，寄托了几分悲愤、无限哀思。
从1644年三月大顺军攻克北京到次年清军占领南京，明朝的文官武将绝大多数好像蓬草一样随风而转。大抵而言，风云气少，儿女情多。这同明后期吏治的腐败有密切关系。然而，当历史处于大转折时期各种人物的表现往往显得千差万别，很难准确地纳入一定的模式。张怡记载，“清兵入城，百官争投职名求用，前定北来诸臣之罪喙长三尺者，至是膝软于绵，面厚于铁，不自觉矣”。张怡身经两京之变，都未出仕“新”朝，发表一通诛心之论自在情理之中。但是，正如我们不能把大顺军占领北京后投降的明朝官员贬之为“从贼”或赞之为“参加农民革命”一样，降清的官员也不能一概而论。钱谦益就是一个相当特殊的例子。弘光朝兵科右给事中吴适记载，他在五月十三日“晚晤少司马梁眉吾（云构），知文武大臣已修降表赴大清军矣。十四日大雨，访宗伯钱谦益，不晤，但令人传语：‘宜速往浙中择主拥戴，以图兴复。’余笑谢之”。这说明他列名降清时，仍寄希望于兴复明朝。降清后他除了向多铎献上礼物，还亲自写信劝江南士绅归附清朝：“钱谦益首树降旗，素与受兹（中书舍人王介福字）善，谓之曰：娄东汝故土，当疾驰归，以户籍献，大官可得矣。”祁彪佳在日记中也写道：“六月初五日，抄钱牧斋手书数通，称北兵为三代之师，谆谆劝邑中归顺。”同月十一日项下，他又记了这样一条：“先是，钱牧斋有密启上潞藩。”意在拥戴朱常淓。两三个月后，他给臭名昭彰的冯铨（时任清内院首席大学士）写信，“言安辑江南事宜，内有招抚阮大铖之语”。清廷对这封信颇为重视，交给即将出任招抚江南总督军务的内院大学士洪承畴抄录一份。这就是后来清方录用阮大铖的缘由。南明一些史籍（如钱秉镫《所知录》等）都说阮大铖降清是冯铨荐引，却不知道居中引线搭桥的却是这位东林巨子。钱谦益降清后被挟持北上，清廷授予其礼部侍郎的官职，一年后告病回籍。这以后长期从事反清复明的活动，屡冒杀身之祸。归庄在《祭钱牧斋先生文》中写道：“先生喜其同志，每商略慷慨，谈?从容，剖肠如雪，吐气成虹。感时追往，忽复泪下淋浪，发竖鬔鬆。窥先生之意，亦悔中道之委蛇，思欲以晚盖，何天之待先生之酷，竟使之赍志以终。”这段话是比较公正的。关于钱谦益晚年致力于复明活动下文还将提到，当然不可能全面叙述。
五月初十日夜间，朱由崧同马士英等逃出南京后，原来的意图是避往浙江杭州。不料途经溧水县时遭到当地土兵的拦截抢掠，混乱之中，马士英的儿子马銮带领勇卫营兵拥簇着弘光帝奔往太平府（府治在当涂），太平府官不知道是怎么回事，闭门不纳，又转入芜湖投靠靖国公黄得功；马士英则以随身兵力护卫皇太后邹氏辗转赴杭。鉴于各种野史对弘光和邹太后失散情况多有讹误，这里引用黄道周的两段记载以昭信史。
黄道周在奏疏中说：“恭闻皇太后陛下自五月十一日与圣驾分离，南渡溧水，过独松关，遂涉余杭，东至临安。”在另一篇文章里他又写道：“实五月十有一日上与慈禧宫（邹太后）同出都门，马辅以其母与圣母同为乘舆，渡溧水，为土兵所掠。马辅之子统家兵八千人遽拥上西行。马家父子知之，上与慈禧宫邈然不知也。抵杭之日，诸士民从马辅求圣驾，马辅但云：‘圣驾亲征，早晚奏捷，何皇皇为？’熊给事雨殷就坐中责马辅：‘亲征重事，何首辅不知，而专属之乃子？’俛首无以应也。”可见马士英是同弘光帝、邹太后一道逃出南京，行至溧水后才东西分窜。某些史籍记初十日晚上朱由崧在太监卢九德的唆使下秘密出逃，马士英、阮大铖第二天早晨才得知皇帝跑了，匆忙收拾细软逃离南京，是一种讹传。
黄得功在击败东犯的左梦庚军后领兵屯驻于芜湖，对京城的变故一无所知，皇帝的突然驾到使他大吃一惊。问明缘由后，他不胜感慨地说：“陛下死守京城，以片纸召臣，臣犹可率士卒以得一当。奈何听奸人之言，轻弃社稷乎！今进退无据，臣营单薄，其何以处陛下？”尽管他已经意识到朱由崧张皇失措，无可救药，仍然决定效忠到底，把这位昏聩的皇帝迎接进自己的军营。据说，弘光在芜湖曾下诏“郑彩、黄蜚、方国安、杜弘域、卜从善皆晋伯爵，大铖、大典拜左、右相，共统师扈上回銮，复为守御（南京）计。然已无及矣”。
清军统帅多铎得知弘光出逃，自然不会放过。进南京后即命刚刚投降的刘良佐率领部卒充当向导，派多罗贝勒尼堪，护军统领图赖，固山额真阿山，固山贝子吞齐（后文屯齐）、和托等领兵经太平追至芜湖。在刘良佐现身说法的招诱下，加上满洲重兵压境，黄得功部下将领田雄、马得功决定降清。黄得功不知军心已变，把刘良佐派来招降的使者处斩，引兵出战。叛军趁黄得功不备，暗中猝发一箭，射中得功喉部。黄得功自刎而死。弘光帝被田雄等活捉献给清方。有一种记载描写了当时的场面：“田雄负弘光皇帝于背，马吆唤（马得功的外号）执弘光二足。弘光恸哭，哀求二人。二人曰：‘我之功名在此，不能放你也。’弘光恨，啮田雄项肉，流血渍衣。”
至于朱由崧被俘的时间，据顾景星记黄得功事云：“大清王师奄至，公中流矢，仰天自刭，五月二十八日未时也。”如果记载无误，弘光当在同日被俘。但是，《明季南略》卷四《刘良佐挟弘光回南京》条却说：“二十四日乙巳，刘良佐以弘光到，暂停天界寺。”同书《弘光拜豫王》条内又记：“五月二十五日丙午，……弘光以无幔小轿入城，首蒙包头，身衣蓝布衣，以油扇掩面。太后及妃乘驴随后，夹路百姓唾骂，有投瓦砾者……”《清世祖实录》卷十七仅依据奏报记“缚福王及其妃来献”，没有具体月日，也未提及太后，事实上邹太后当时在杭州，《明季南略》所记肯定有错误。
弘光朝廷当国的整整一年时间里，正处于内忧外患日益加深之际，君臣上下有可为而不为，朝野人士不仅没有因北都的覆亡而振作起来，反而在腐败、内讧、争权夺利上远远超过了崇祯时期。时人张岱痛骂朱由崧，说：“自古亡国之君，无过吾弘光者，汉献之孱弱、刘禅之痴，杨广之荒淫，合并而成一人。王毓蓍曰：‘只要败国亡家，亦不消下此全力也。’”又说：“弘光痴如刘禅，淫过隋炀，更有马士英为之颠覆典型，阮大铖为之掀翻铁案，一年之内贪财好杀，殢酒宣淫，诸凡亡国之事，真能集其大成。”朱由崧的昏庸荒淫固然是事实，作为皇帝自然要负重要责任，但弘光朝廷继承的是党争、腐败、武将跋扈，忙于权力的再分配导致的内耗才是弘光朝廷土崩瓦解的最主要原因。
弘光一行从南京仓皇出逃，在溧水失散之后，大学士马士英带着贵州兵四百护卫朱由崧的母亲邹太后前往浙江。途经广德州时，知州赵景和怀疑其中有诈，关闭城门不让进城。马士英大怒，攻破该城，把赵景和处斩，大肆抢掠之后才离去。五月二十二日，马士英奉邹太后到达杭州，潞王朱常淓以及在杭州的官员都来朝见。当时，马士英还希望朱由崧到达太平、芜湖后依靠黄得功等部兵力扭转战局。不久，阮大铖、朱大典和总兵方国安等逃来，才知道黄得功兵败自杀，弘光帝被俘。马士英没有指望了，就同在杭州的官僚商量请潞王朱常淓监国。六月初七日，文武官员朝见邹太后，请命潞王监国。邹太后随即发布懿旨给朱常淓：“尔亲为叔父，贤冠诸藩。昔宣庙东征，襄、郑监国，祖宪俱在，今可遵行。”
以太后懿旨名义命潞王监国，是为了给朱常淓即位继统增添合法性。然而，这时的形势已经同上年江南立国时大不一样，朱常淓唯恐出任监国将成为清方打击的主要目标，拒绝接受；在弘光太后流着眼泪反复劝说下，他才勉强答应。
六月初八日，朱常淓就任监国。黄道周记：“八日己未，潞藩始监国，诸臣朝见毕，潞藩素服过谢慈禧宫。马士英、阮大铖、朱大典、袁宏勋、张秉贞、何纶十余人各彩服黄盖腰黄白入谢。皇太后服淡黄衣白襦，左右侍女各素葛衣。受朝御毕，潞藩见余素服角带，与马辅并立，问：‘此为谁？’余出袖中名单付李承奉。殿下欣然，谓：‘先生真一代忠良，今日幸共任大事。’又执马辅袖云：‘先生每事与黄先生商量。’马辅傲然不屑也。而朱大典遽云：‘黄家不知事，吾从行在为圣驾开道来，何不问我，辄问黄家讲话？’余谢云：‘既为圣驾开道，今日圣驾安在？’遂散出。从潞府面朝时，马、阮、朱、袁俱未到，余先至殿中，殿下遽请见，命坐赐茶罢，问：‘今日何以教我者？’余云：‘用贤才，收人心，破故套，行王道，为今日要务。’殿下辄云：‘和气致祥，家不和事不成。今日之事，先生与马辅思量。’余云：‘事有思量不得者，如苍素迥不相入。如今日在两浙，要用两浙人望所归。刘宗周是江东老成，如何坚不召用？’殿下云：‘马辅恐刘家来又分别门户。’余云：‘只为门户两字，破我乾坤。今奈何又听其邪说？’殿下云：‘马辅今手握重兵，如何不与商量。’余云：‘俱非职意想所及。’谢出，见何侍御，乃知马辅与阮、朱诸人议监国且不即真，以俟北人动定……”
朱常淓出任监国后，任命浙江巡抚张秉贞为兵部尚书，以嘉湖道吴克孝接任巡抚，以潞府曾长史为监军御史前往方国安营，“令发兵分守千秋岭、独松关、四安镇等处”，翰林简讨屠象美兼兵科监阁部兵往苏州同总兵王之仁堵遏；又令御马监太监李国翰、司礼监太监高起潜扼防平望。但是，实权仍在马士英一伙手中。黄道周在启本中指出清兵占领南京以后，浙江、江西各地官绅如原任戎政尚书张国维、右庶子杨廷麟、江西巡抚李永茂等人纷纷召募义兵，证明民心可用，“克复之业，早有同心，皆喁喁引领以待。殿下诚得黄铖一麾，应期毕集，上清钟山之尘，次复燕京之业，以仰附鳞翼，传世无疆”。黄道周只谈了浙、赣两省的义兵情况，实际上当时清军尚未占领的地方还相当大，他的意思仅在于说明浙江未尝不可以守，劝朱常淓不要只看到马士英、阮大铖等掌握的少数兵力。所以，他在朱常淓监国的第二天就建议十天之内即位为帝，“使群臣百官有所瞻依”。
可是，朱常淓却是个扶不起的阿斗，监国次日（六月初九日）就按照马士英的意见，派陈洪范去同清军讲和，以割让江南四郡为条件。陈洪范在弘光朝廷初立时曾随同左懋第去北京通好，暗中投降了清朝，被派回江南充当内奸。他回到江南以后写了一篇名为《北使纪略》的文章恬不知耻地宣扬自己效忠于明朝廷，背后却到处散布清军势大难敌，劝人及早投降，被人称为“活秦桧”。这次，又在马士英主持下作为监国潞王的代表，乘坐悬挂着“奉使清朝”旗帜的船只，去同清方密商卖国事宜了。初十日，朱常淓命黄道周为大学士入阁办事；马士英却唯恐黄道周入阁将影响自己揽权，把监国的令旨缴回不予公布。
就在朱常淓、马士英仍梦想苟且偷安的时候，清军却迅速地向杭州逼进。清豫亲王多铎收取了南直隶十四个府、州后，“随令波罗（即博洛）贝勒、固山额真摆因兔阿山等率领满洲将领摆牙喇兵丁一半、阿里哈兵丁、蒙古固山兵丁各三分之一，乌真超哈兵丁全营向浙江进发，直趋杭州驻马”。六月十一日，清兵进抵塘西，马士英又故技重演，交回内阁印信，私自逃入郑鸿逵的兵船。正碰上方国安部下的士卒前来索饷，把马士英从郑氏兵船上拖走。“马辅踉跄挥涕，坠水中，一足单跣，从方兵入营中”；阮大铖、朱大典则从富阳乘舟遁往婺州。
这时，陈洪范同清军统帅贝勒博洛已经勾结妥当，回到杭州同张秉贞一道劝朱常淓投降。朱常淓贪生怕死，决定奉表降清。总兵方国安和侄儿方元科原先率领兵马护送弘光帝到芜湖，朱由崧被俘以后，他们又来到杭州，所部兵马还有一万左右，准备拥立潞王保卫杭州。没想到朱常淓已决意降清，在方军同清军战于涌金门下时，朱常淓竟丧心病狂地“以酒食从城上饷满兵”。方元科等极为愤慨，东渡钱塘江，后来参加拥立鲁监国的行列。
六月十四日，清军不费吹灰之力占领杭州。博洛趁势派出使者招降浙东各府州和避居这一地区的明藩王。“时周王寓萧山，惠王寓会稽，崇王寓钱塘，鲁王寓临海。贝勒遣骑修书，以参、貂等物为贽，邀诸王相见。鲁王以道稍远，辞疾不至。周、惠两王渡江偕崇王赴召。寻送南京，同弘光帝、潞王俱北去。”湖州、嘉兴、绍兴、宁波、严州等府州官也纳土降清。
1645年七月，多尔衮得到潞王朱常淓等投降，江、浙一带不战而定的捷报后，认为南方用兵已经基本结束，起自塞北的满洲兵将又难以忍受江南暑热，于是他下令多铎、博洛班师回朝，弘光帝和潞王、惠王，周、崇等藩以及在南京投降的弘光朝廷高官显爵王铎、钱谦益、赵之龙、徐久爵等都随军带回北京。南京改为江宁府，任命多罗贝勒勒克德浑为平南大将军同固山额真叶臣接替多铎、博洛镇守该地；同时任命内院大学士洪承畴为“招抚江南各省地方总督军务兼理粮饷”，会同勒克德浑、叶臣接管江南各地。八月，洪承畴、勒克德浑、叶臣到达南京；办理交接事务后，多铎等人于九月初四日自南京起程返京。对于俘、降明朝诸王，清廷在七月间曾规定明宗室岁给养赡银，亲王五百两、郡王四百两、镇国将军三百两、辅国将军二百两、奉国将军一百两，中尉以下各给地三十亩。在押送北京途中，朱由崧的嫡母邹太后跳入淮河自尽。朱常淓被清军挟至北京后，于顺治二年十一月上疏清廷“恭谢天恩”。疏中自称：“念原藩卫郡（指河南卫辉府，府治汲县）蹇遭逆闯之祸，避难杭城，深虑投庇无所。幸际王师南下救民水火，即率众投诚，远迎入境。”对清廷给以“日费”“房屋”感激不尽，表示要“结草衔环”“举家焚顶”祝颂清朝统治者“圣寿无疆”。即便是这样摇尾乞怜，也没有逃脱被宰割的命运。次年（1646）五月，朱由崧、朱常淓以及其他降清的明朝藩王都在北京被杀。清廷宣布的罪状是这些明朝藩王“谋为不轨”，企图拥立潞王朱常淓造反。实际上，清廷统治者一方面对朱明王朝有号召力的人物处处提防，力图斩尽杀绝；另一方面又为了减少征服过程中的阻力，把明朝亲、郡王起送北京，所费既不多又便于看管。随着各地抗清斗争的逐渐高涨，清廷才不顾自己许下“给以恩养”的诺言，把他们全部处斩，以消除后患。
潞王朱常淓的监国由于时间极短，又毫无作为，在南明史上不过是一个小插曲。历来的史家因为他的政权从未有效行使过权力，注意甚少。但是，从历史的因果关系来看，朱常淓的降清仍是一个关键问题，值得加以分析。
首先，它证明了明朝北京覆亡以后，麇集在南京一带的官绅为解决继统问题而展开的立亲、立贤的争执不过是汉族官绅内部的一场权力之争，“立贤”的对象朱常淓在本质上同朱由崧毫无二致。时任工科都给事中的李清记载道：“陪都既失，人咸恨不立潞藩。时张奉常希夏奉敕奖王，语予曰：‘中人耳，未见彼善于此。’又叶主政国华为予言：‘潞王指甲可长六七寸，以竹管护之。又命内官下郡县求古玩。’倪廷尉胤培尝曰：‘使王立而钱谦益相，其不支与马士英何异？’”
其次，弘光政权垮台以后，朱常淓本来是皇位继承问题上最少争议的人选，就连不久以后成为隆武皇帝的朱聿键当时正在杭州，也拥护他出任监国。如果朱常淓稍有民族气节，把抗清的旗帜树起来，即便一时守不住杭州，南方各地的抗清势力也比较容易形成一个核心。只是由于他的降清，才紧接而来出现了朱明宗室的两个远派子孙唐王朱聿键同鲁王朱以海的争立；在朱聿键的隆武政权垮台以后，又爆发了朱聿键之弟唐王朱聿援引“兄终弟及”之义同桂藩朱由榔的争立。这两次争斗都严重地分散和抵消了南方的抗清力量，给清廷征服全国提供了有利的机会。从这个角度来观察，朱常淓的望风纳降确实是关系匪浅的，他应当被作为民族败类绑在历史的耻辱柱上受到无情的鞭挞。