在杭州（上）——减轻赋税——招商开市——扶植农业——整饬吏治
太平军在绍兴失守后，退守杭州、余杭一带，首领李世贤已于上年回援天京，留下部将听王陈炳文和归王邓光明据守杭州，康王汪海洋守余杭，虽然仍拥有10万之众，但四面受敌，形势已很不利。
同治二年四月，清廷任命左宗棠为闽浙总督，仍兼浙江巡抚，他的权力又扩大了。这时楚军已有三万余人。虽然人数少些，但主将有谋略，士兵有锐气，兵将团结一致。他们的主要目标是攻取杭州重镇。为了防止皖南太平军南下抄袭后路，左宗棠派刘典、王文瑞两军共一万余人进入安徽防堵；蒋益澧一万余人进攻富阳，直逼杭城；其余各军则分布在下游新城、桐庐、绍兴和上游淳安、遂安，以及衢州、金华等地。左宗棠的大本营在严州，各军逐步向杭州进逼。
八月初，楚军大举进攻富阳，初七深夜攻破富阳城。徐文秀、高连升等部水陆会师向杭州进发。十二日，魏喻义、康国器两军由新城趋余杭，二十五日，高连升部攻破杭州清波门太平军堡垒，进驻万松岭。蒋益澧军抵达留下。杭州已兵临城下。太平军进行了几次反攻，但都被击退。因为杭州的得失对全局的形势十分重要，太平军决心死守，赶忙在城四周增筑堡垒，挖掘长壕，准备长期抵抗。
左宗棠于十一月由严州进驻富阳，并到余杭前线视察。十二月，高连升军攻杭州凤山门，连破九个堡垒，水师也攻破了江边石垒。初二日，大军逼城，将四门困住。余杭城也被黄少春、杨昌濬等部队将北、东、西北三面包围，留了一个缺口。
太平军不仅在杭、余一线紧张，整个形势也很险恶。同治二年十月，李鸿章借戈登“常胜军”洋将力量，攻克了苏州，十二月又克无锡；同治三年正月连克宜兴、溧阳，同时派一军攻常州，另一军进入浙江，会合楚军进攻嘉兴。而太平军在浙江的部队看到形势不妙，有多处发生叛变。靠近嘉兴的平湖、乍浦、海盐、嘉善等地的守将纷纷投向清军，其中以海宁太平军首领蔡元隆的叛变影响最大。他投降清军后，改名元吉，成为反攻太平军的一员悍将。一个月后，他偷袭桐乡，太平军守将何培章投降。二月，元吉又参加苏、浙军会攻嘉兴，十八日，苏军将领程学启领部队先登上城，嘉兴城遂被攻陷。
困守在杭州的陈炳文部队得到海宁蔡元隆叛变的消息后，一部分将领产生了动摇，他们派人到李鸿章军中约降。李鸿章叫他们也到左宗棠军中联系，不料为城中发现，陈炳文将内应者捕杀。但是左宗棠已得到密信，知道城内军心已乱，就下令加紧攻城。二月二十一日，水陆军攻破城外四垒，二十四日凌晨分兵攻五门，另派一支兵攻击驻守城外的太平军，战到中午，天下起大雨，双方暂时休战。雨止后又大战。太平军支持不住，收兵入城。蒋益澧估计太平军困守孤城，无力反攻，败局已定，有可能突围逃走。于是收兵回屯，沿城边设下埋伏，静静等待。到半夜时分，听到城中人声鼎沸，知道有变，就急命各军准备截击。杭州城只剩了北门没有合围，太平军纷纷从北门逃走，清军立即从东、南、西三门争先恐后地涌进，双方冲杀，伤亡都很大。二十五日楚军攻占杭州。据余杭的汪海洋听到杭州失守，也于当天弃城而出，与杭州败军会合，逃到德清、武康一带。
杭州被清军攻陷，对太平王朝是一次重大打击。原来太平军据有浙江，作为天京屏障，又可南下闽越，西出赣皖，活动余地很大。如今浙省既失，苏、常又被攻陷，天京已成一座孤城，岌岌可危了。
清朝廷对收复杭州十分欣慰，论功行赏，诏加左宗棠太子少保衔，赏穿黄马褂，将士也都分别升官。
作为总督兼巡抚，左宗棠是首次进驻省城。杭州为七大古都之一，江南重镇，历来文化兴盛，商业繁荣，又有西湖风景胜地，烟雨画桥，山光塔影，为天下人所向往。可是十余年来，人民饱受战祸的蹂躏，左宗棠入城来，看到的是一片凄惨景象。城中原有人口81万，现在只剩下七八万，死的死，逃的逃，逃不了的也多数衣食无着，流浪街头。一路上还看到许多路毙的尸体，无人掩埋。
左宗棠进城后办的第一件事，就是设立赈抚局，收养难民，对孤寡妇女儿童都妥善安置。对暴露在街头野外的尸骨，鼓励人民掩埋，给以报酬。又定了几条严禁：严禁军士擅入民居，凡兵勇扰害闾门者斩，拐掠贩卖人口者斩，扰索诈胁绅民者判罪；禁止屠杀耕牛，以保护农业生产。他带兵作战所过之地，虽然饷粮困乏，仍命官兵发散钱米或煮粥分给穷苦人民。到杭州后继续散发钱米。浙江富绅杨坊、毛象贤、俞斌等过去愿出巨资供养“常胜军”洋兵将，但对老百姓却为富不仁。左宗棠上奏弹劾他们，责令他们筹集巨资，去各地购粮，运回浙江办赈。他还采取以工代赈的办法，修理城墙、衙署等，并教妇女纺织。
他认为“为政先求利民，民既利矣，国必以与”。设赈抚局、收难民、严禁扰民等是利民的一方面。浙江人民在政府的腐败统治之下，苛捐杂税重重，民不聊生，“兴利不如除弊”，为了减轻人民负担，他办了几件事：
1.减漕粮浮收。左宗棠在湖南幕府时，办理过漕粮，深知此中积弊。浙江浮收漕粮也与湖南一样，超出原规定的税则很多。漕赋一石如直接纳米（所谓“收本色”），须纳二石五六斗至三四石，如折色纳钱，米价每石两千文，却要折价七八千以上。左宗棠认为：“减征一事最为当今急务。”他奏准减征浙东地丁和南米浮收，缓征本年全省额赋，革除一切摊捐及陋规。攻占湖州后，他裁汰所有浮收陋规，原定额也减少30%。同治四年，又减收杭、嘉、湖三属米26万石。
2.停关税。当时货物税既有厘金，又有关税。浙江关税向由杭州织造管辖，织造隶属内务府，南北新关税收是供清皇室挥霍享用的。左宗棠上奏说：“兵燹凋敝，若更关厘并举，竭泽而渔，遗孑之民必益形穷蹙，清暂缓开关，于厘捐岁输银十万两供织造。”织造是满人恒延，他虽然反对，认为这违反旧制，但左宗棠掌握地方大权，朝廷还有所依赖他，对此也无可奈何。
3.行票盐。陶澍虽早在道光二年于淮北实行票盐，左宗棠在湘幕也推行过，但是浙江仍是旧制，盐商与官府勾结，高价售盐，老百姓吃苦。左宗棠在浙江也改行票盐，民贩凭当地州县执照，就可去盐场买盐，到指定地区销售。同时裁汰了一些陋规。盐的成本低，售价低，人民普遍得到好处。
这几件兴利除弊的事，多是左宗棠以前在湖南办过的，他已积累了经验，驾轻就熟。现在的地位已完全不同，以前是幕客参政，如今则是掌握实权的总督兼巡抚，干起事来更方便。
浙江战后一片凄凉景象，百废待兴，左宗棠在奏折中形容当时的情景是：“人物凋耗，田土荒芜，弥望白骨黄茅，炊烟断绝。现届春耕之期，民间农器毁弃殆尽，耕牛百无一存，谷豆杂粮种子无从购觅。残黎喘息仅属者，昼则缘伏荒畦废圃之间，撷野菜为一食；夜则偎枕颓垣破壁之下，就土块以眠。昔时温饱之家，大半均成饿殍。忧愁至极，并其乐生哀死之念而亦无之，有骨肉死亡在侧，相视漠然不动其心者。哀我人斯，竟至于此。”真是一幅“哀民图”！
左宗棠针对这种百废待兴的局面，实行了几项善后措施：一是招商开市，并减低厘税，使市场逐渐繁荣起来。农民逃亡的很多，就广招邻省农民来浙，贷给耕牛和种子。种地的人仍然不够，就命军士就地开垦。荒废多年的田经军士耕种好，或到了收获季节，原主来认领了，命军士一律归还，不许留难。劫后余生的农民对这些措施十分感动。当部队拔营时，农民们包括儿童妇女都“环拜泣谢”。
左宗棠看到浙江蚕桑之利，就教农民种桑、养蚕，还教种棉花。他说：“教种桑棉，为养民务本之要。”另外，要发展农业和桑棉，水利最为重要。浙江海塘关系江浙两省苏杭七郡。战争以来，石塘已坍坏，修复需百余万两银，一时难以筹措资金。他命前按察使段光清在原石塘后面先筑一道土塘（堤），暂御咸湖水的侵袭，这样简易的办法，也需要20万两银，就责成富商捐办。其他还有三项水利要办：杭州西湖关系仁和、海宁水利，余杭南湖关系仁和、钱塘水利，省城中河是民商饮用和舟楫运输需要。他在杭州不到一年内，将中河修浚完工，对南湖工程不很满意，自己说只是“草草毕事”。西湖则因淤垫已高，葑长水枯，没有来得及疏浚。当他于同治三年十月离杭州去福建时，还念念不忘这几项水利工程。
他一向重视吏治，认为：“经武之道，丰财居一……理财之要，在于修明政事”，“课吏之要，在于劾贪奖廉”。他的部队过处，严禁地方供养。对于贪官污吏，毫不容情地予以罢劾。他给福建巡抚徐树人的信说：“察吏必先惩贪。贪吏如某某等，请絜弟衔劾办……知公仁心厚德，必有大不忍者。然一家哭何如一路哭？！”
“一家哭何如一路哭”是宋代名臣范仲淹的名言。左宗棠一生惩办过许多人，他坚持认为，对坏人，对该惩办的人，决不能心慈手软。惩办少数坏人，正是为了挽救绝大多数的人，也是为了全民族国家的利益，是不得不为、不得已而为之的。
浙江凋敝的民生，经过左宗棠一番整顿，出现了复苏现象，人心一时翕然。《清史稿》说：“百废俱兴，东南诸省善后之政，以浙江为最。”近代史学家对这一段善后政绩也给予了公正的评价（如方之光、万灵等）。