官、樊构陷事件——命运的转折——“侧身天地，四顾苍茫”
左宗棠帮助骆秉章整饬湖南腐败的吏治，罢免、惩办了一批贪官污吏，也得罪了一大批人。嫉恨他的人背地里谩骂他，无非说他骄横跋扈，超越了幕府的权限。咸丰九年（1859年），他的好友王柏心写信告诉他说，遇见自湖南来的朱伯韩侍御，他们二人都谈起左宗棠的才干，但也都听到许多诽谤他的话，“闻言者积毁，深为不平”。朱伯韩还自告奋勇，说到京师要为他排除谣诼。可知那时诋毁他的人很多，正如胡林翼后来上奏为他辩解所说：“名满天下，谤亦随之。”
咸丰九年是左宗棠入湘幕的第六个年头，发生了震动一时的“樊燮事件”，也称为“官樊构陷事件”，促使左宗棠的命运和事业起了一个急遽的变化。
樊燮是湖南永州镇总兵，在当地有权有势。可他有一些劣迹，曾动用军中银钱作为镇署中零用花销，还曾私自役使兵弁为他抬轿等。咸丰八年骆秉章到北京见皇帝时，告了他一状，后来查实参奏，奉旨将樊燮革职查办。樊不服，向湖广总督衙门控诉。总督官文是骆秉章顶头上司，过去二人有矛盾，公事上骆秉章常给他碰钉子，他记了恨，认为太不给他面子。后来打听到湖南巡抚衙门的事是由幕府左师爷操办，又把怒气转到左宗棠身上。加之，也许是更重要的原因，一些满族上层人士近几年看到汉人逐渐当权，如胡林翼、曾国藩、骆秉章等纷纷得势，正十分嫉恨，因此想借樊燮告状的机会，压一压汉人的气焰。朝廷正在重用汉人，对胡、曾、骆等大员不能轻易动手，对一个小小的幕客还是无所顾忌的。
因此官文接受了樊燮控告，立即奏报朝廷，说是永州知府黄文琛等与湖南巡抚幕客劣绅左某，商同陷害总兵樊燮，还加油添醋一番。官文是满洲贵族大员，皇帝当然信任他，就下旨将本案交官文和湖北正考官钱宝青审办，密旨中说：“如果左宗棠确有不法情事，可即就地正法。”事态显然很严重了。
骆秉章是当事人，矛头是针对他的。他当即将进一步查明的樊燮劣迹上报，说明樊是诬控。胡林翼是湖北巡抚，对“密旨”已有所闻。他和左宗棠是生死之交，虽然焦急万分，但和骆秉章都是官文下属，火头上又不宜和官文硬碰。皇帝是一贯偏听满大臣的，他以为如果在朝廷内部有得力的人出来讲话，事情才会有转机。
咸丰帝有一位宠信的大臣：满人肃顺。他是首先倡导重用汉人的朝廷内臣。自满清入关建立王朝以来，一直对汉人歧视猜忌，兵权向来不交给汉人。太平军起义后，清军连连战败，满人将领如都兴阿、胜保等都是些既不懂军事又不懂政治、颟顸无能的人。清王朝处于摇摇欲坠之际，肃顺深知只有起用汉人，才有希望挽救王朝。湘军的兴起，曾国藩、胡林翼等被重用，掌握军事大权，都与他极力支持有关。他以前已经听到关于左宗棠的一些情况，当得知谕旨拿问左宗棠的消息后，便告知了幕客高心夔（号碧湄）。
高心夔是有名的文人，肃顺儿子的家庭教师，他又告知著名文人王闿运（字壬秋），闿运也为肃顺门客，他又告知郭嵩焘。郭嵩焘当时任翰林院编修，听了大吃一惊，因他和左宗棠是同乡好友，自己不便率先说话，就托王闿运和高心夔向肃顺求救。骆秉章和胡林翼也同时写信给高心夔，托他向朝廷疏通。高心夔和王闿运于是向肃顺说情。肃顺说：“我作为朝内大臣，一人也不好在皇上面前讲话。须得朝内外有疏保荐左宗棠，我这才好开口。”
郭嵩焘赶忙找了和他同在南书房（皇帝的书房）值班的少詹潘祖荫，请他给皇上保荐奏疏，并对潘祖荫说：“如果把宗棠搞走了，湖南就会垮台，东南大局也就完了。”
潘祖荫于是给皇帝上了一疏，说：“湖南军队不仅保住了本省，还支援了江西、湖北、广西、贵州，所向克捷。固然是骆秉章调度有方，实则由左宗棠运筹决胜。此天下所共见，也在皇上圣明洞鉴之中。”接着他说了两句传诵一时的话：“国家不可一日无湖南，湖南不可一日无左宗棠。”
他将一个无官职的左宗棠的作用提得很高，竟身系国家之安危，要是给那班气量狭小、妒贤嫉能的当权者听见，可能反会给以打击陷害，使人才永远出不了头。潘祖荫最后介绍了左宗棠为人“赋性刚直，疾恶如仇……湖南地方上的恶官劣吏，因为满足不了私利，就图谋陷害”。他还直接指出：“湖广总督官文听信浮言，处理太轻率。宗棠不过是一在籍举人，去留无足轻重，但是楚南事势关系太大，不得不为国家惜此人才。”
奏疏上去后，谕旨一直没有下来。实际上咸丰帝很重视这事。他早听说左宗棠这个人，自四年前宗稷辰向他荐举后，就注意了。以后遇到自湖南来和认识左宗棠的人，常常问他的情况。咸丰六年七月，胡林翼又专奏举荐，说：“深知左宗棠才学过人，于兵政机宜、山川险要，尤所究心。前陶澍、林则徐均称为奇才，宗稷辰也已举荐，该员秉性忠良，才堪济变，孜尚气节，而过于矫激。面折人过，不少宽假。”胡林翼不仅陈述了左宗棠的优点，也指明了他的缺点。并说他“虽不愿居官任职，但仍据实胪陈圣听，以备将来随时起用”。咸丰帝因此下谕旨询问骆秉章：“湖南举人左宗棠前经曾国藩奏保，复经骆秉章奏，该员有志观光，俟湖南军务告竣，遇会试之年，再行给咨送部引见。现当军务需才，该员素有谋略，能否帮同曾国藩办理军务，抑或无意仕进，与人寡合，难以位置，着骆秉章据实际陈奏。”骆秉章因湖南军事紧急，不肯放他走，上奏留他在湖南幕府。
咸丰八年十二月初三日，咸丰帝在养心殿西暖阁召见郭嵩焘，想进一步了解左宗棠的情况，他问郭嵩焘：“左宗棠才干怎样？”郭嵩焘说：“他才干极大，料事明白，没有办不了的事，人品尤极端正。”咸丰又问：“左宗棠多少岁？”郭嵩焘答：“四十七岁。”咸丰说：“再过两年就是五十了，精力也将衰竭了。趁现在年力尚富强，可以出来干事，莫自己糟蹋，须得去劝劝他。”他又直截了当地叫郭嵩焘写信告知左宗棠皇上的意思，他“应当出来为我办事”。咸丰又问：“听说他想会试？”郭嵩焘答：“他是有这个意思。”咸丰叹口气说：“左宗棠何必以进士为荣！文章报国与建功立业相比，究竟何者更重要？！他有这么大才，应当出来办事才好！”对左宗棠想再参加会试，咸丰帝是不以为然的。其实，左宗棠并不是真想再去会试，只是以此作为脱离幕府的借口。
这次发生樊燮事件，咸丰帝看到潘祖荫奏疏，主意拿不定，就向肃顺说：“当今天下多事，如果左宗棠确实长于军事，当然可以弃瑕录用。”肃顺是识大局的人，趁此奏道：“听说左宗棠在骆秉章幕中筹划军谋，迭著成效。骆秉章之功，皆左宗棠之功。人才难得，自然应当爱惜。请皇上将中外保荐各疏密寄官文，着他重新考虑。”咸丰帝采纳了他的意见。官文知道朝廷有意用左宗棠，只得具奏结案，一场风波就此了结。
左宗棠当樊燮事件发生后，心灰意懒，决意退出湖南抚署，他原意仍回柳庄隐居。但一些朋友知道后，竭力劝他。王柏心写信给他说：“去岁听到有关你的事情，深抱不平。功高为人所忌，自古有之。但是受到游词相蔑，你就必欲拂衣还山，绝口不谈世事，以自明其高蹈，此乃浅之为丈夫，非所望于达节之士也。”他又替宗棠出主意，劝他平定太平军以后，再布衣还乡，长揖不受赏，这才是英豪壮志、奇杰美谈，比他这样悻悻去国，“不可同日而语矣”。可见友人们对他期望很大，但也可看出王柏心虽是知己，但还不及胡林翼之深，对宗棠思想深处还不完全理解。
左宗棠不久打消了“还山”的念头，一来是友人劝告，另外还有一层顾虑，郭嵩焘已经告知他咸丰帝的谈话，皇上已在怀疑他何以不愿出来办事，现在樊案已基本了结，皇上已面谕郭嵩焘，通知他“出来为我办事”，他怎能明目张胆地和皇上对抗？因此他想出一条路，向骆秉章提出要参加会试，以为摆脱幕府的借口。骆秉章看到形势虽已缓下来，但官文恶意未消，皇上下一步意图如何，还不明了。左宗棠忧谗畏讥，在抚署也待不下去，就同意他去京会试。咸丰九年十二月他脱离抚署，次年正月由长沙启行。临行前友人李概（字仲云）看他行装不足，慨然赠予300两银做路费，他去京会试是堂堂正正的行动，别人不便阻拦。他给刘坤一（字岘庄）的信说：“特欲借会试一游京师，脱离此席。”说出了此行的真意。
他离长沙后，一路上大风大雪，三月三日到达襄阳，风雪未止。这时胡林翼派了专差送来一封密信，说：“现在攻讦诬陷你的人并不甘心，网罗四布。……鄂帅（官文）正在策划构陷的办法，京师谣诼纷纭，千万不能去，以免陷入罗网。”并劝他去英山驻地一聚。
左宗棠于是踌躇了，他侧身天地四顾苍茫，不得已回头去找胡林翼商量。他是自信心极强的人，但常接受胡林翼的意见。现在无路可走，不如到曾国藩和胡林翼麾下领一支兵，去锻炼实战能力，其实也是无可奈何、违心之事。那时潘祖荫的保荐虽未批下来，胡林翼已料到咸丰帝迟早会重用左宗棠，他不赞成宗棠去京师会试，也不拟留他在幕中，因为皇上为他的出处正在考虑，于是劝他先回湖南暂居，等候旨意。
那时曾国藩驻军安徽宿松，准备进军安庆。听说左宗棠抵达英山，就派专人持函迎接他来宿松，共商军事。三月二十六日左宗棠到宿松，在曾营住了20余天。不久胡林翼也从英山赶来。此外李鸿章、李瀚章（字筱泉）、李次青（名元度）、曾国荃等也都来到宿松，他们在一起畅谈天下大势，尤以曾、左、胡三人在一处聚谈最多，往往从早饭后一直谈到深夜。这次宿松会晤十分重要，关系到湘军今后发展动向，自然也关系他们个人和国家的前途，以及清朝的命运。
左宗棠原来准备会晤曾国藩之后，就回湖南隐居。此时也正好接到家信，儿子孝威患病，他决定立即回家。他给刘长佑的信说：“回去后，将屏迹山林，不闻世事。”看来他虽然和曾国藩、胡林翼谈得很投机，也出了不少主意，但他隐遁的思想直到这时仍未消除。当他正准备动身时，曾国藩接到了上谕，皇帝在考虑左宗棠的安排，询问曾国藩的意见，上谕说：“左宗棠熟悉湖南形势，战胜攻取，调度有方。现在形势紧张，是否令左宗棠留在湖南襄办团练，还是调到该侍郎军营效力？”责曾国藩研究回答。这道上谕实际就是潘祖荫奏疏的批复。胡、曾一看都知“天心大转”，樊案已了，劝左宗棠打消隐居念头，回湖南静候圣旨。左宗棠于是于四月十八日起程回湘。
曾国藩和胡林翼商量后，就立即奏陈皇帝说：“左宗棠刚明耐苦，晓畅兵机，现在正是需要人才的时候，无论委派何种差使，使其安心任事，必能感激图报。”胡林翼也随即上奏保荐说：“左宗棠精熟方舆，晓畅兵略，在湖南赞助军事，立有功劳，名满天下，谤亦随之。为人刚直激烈，对坏人坏事不少宽饶，心固无他。我与他是同学又兼姻亲，咸丰六年曾保荐过他。应请天恩令其速在湖南募勇六千人，以支援江西、浙江和皖南。”
樊燮事件曾一度使左宗棠陷入危困之境，但咸丰帝接到潘祖荫、曾国藩、胡林翼的保荐疏后，就决心起用他。咸丰十年五月他回长沙后不久，就接奉诏书，以四品京堂候补，随同曾国藩帮办军务。他随即在长沙招募了五千人，成立了楚军。从此，他就打消了隐居山林的念头，告别了家乡，率领楚军东征西讨，开始了几十年的戎马生涯。