万历生父隆庆皇帝的原配陈氏，北直隶人，隆庆元年（1567年）册为皇后，但身体孱弱，多病无子。万历对待这位嫡母倒也孝敬如常，即位后上尊号为“仁圣皇太后”，与生母“慈圣皇太后”两后并尊。
万历的生母“慈圣皇太后”李氏，北直隶顺天府漷县人。漷县地处今北京东南八十里，地临通惠河，金代为县，元代为州，明代又降为县，后属通县，又降为乡镇，称漷县镇。李氏家境清贫，父亲是泥瓦匠，为了生计，幼年被卖到通州陈家做使女，与陈家姑娘相处很好，情同姊妹，这位陈姑娘即后来的“仁圣皇太后”。正因为有这一层交往和关系，李氏被招入宫，并有机会被穆宗朱载垕看中，先是暗结珠胎，继之选为宫嫔，生下了儿子万历皇帝。根据母以子贵的成例，李氏被尊为“慈圣皇太后”，与“仁圣皇太后”一直友善如初。
成为慈圣皇太后的李氏，深知自己出身寒微，在母仪天下后，仍不忘本心，对娘家人等管束甚严。史载，父亲李伟通过关系，捞到一个为军中织造布匹的肥差，但依恃权势大耍其奸，布料以次充好，从中渔利，引起军中不满。万历得知，取布检验，果然如此，遂报告皇太后。慈圣闻言大怒，传谕严办。当时的辅臣阁老张居正为照顾皇亲的面子，下令处罚了几个协助其偷奸耍滑的人员，未动李伟一根毫毛。慈圣皇太后得知，认为处罚不当，召李伟父子入宫，令其跪在仁德门前。慈圣太后亲升隆道阁，历数其罪，李伟父子慌恐不敢辩，当众认罪。此一举动，在朝野引起极大震动。
入宫后的李氏，不知何时，竟信奉起佛教来。退居二线成为慈圣皇太后，对佛教更是笃信不已。宫中人为讨她喜欢，说她是九莲菩萨化身，这位皇太后也就以菩萨自居起来。上有所好，下必迎之，有善于拍马溜须的官员，为讨这位圣母欢心，索性在北京长椿寺悬挂起慈圣的九莲菩萨影像，慈圣皇太后本人顺势而为，直接把佛祖舍利迎到宫中供奉，之后又送往房山云居寺雷音洞安葬。为表示自己信仰的虔诚，慈圣通过皇帝儿子诏谕，在京城内外建筑佛寺，如京西八里庄经她施舍修建的慈寿寺，规模庞大，是为京西巨寺。历四百多年风雨剥蚀，佛寺虽已坍塌不存，然十三级砖塔至今仍高耸入云，成为京西一大风景名胜。
万历皇帝生母出资兴建的北京西八里庄慈寿寺塔仍存
既然信仰如来佛法，只修几座庙宇自然不足以显示诚心，必须要有相对应的礼佛行动。于是，慈圣皇太后开始提倡并亲自在庙堂、民间广行善事，如作法祈寿、祈福、祈雨、修桥补路等等。流风所及，遍及全国各个角落，如京南数百里的祁州伍仁村大石桥，即以慈圣太后的名义出资兴建。石桥与铭刻，直到四百年后的今天仍完好如初。万历一朝中后期，佛教盛极一时。慈圣以太后之尊，又反过来推波助澜，形成更大的崇佛、尊佛、迎佛浪潮。面对国库渐趋空虚的局面，慈圣仍动用国家储备的“帑银”，建寺事佛，甚至不惜动用宫中“金花银”“脂粉银”，来填补缺口。京师北部的名山古寺、佛事道场，很多都得到慈圣的支持与资助。因打着祈天赐福，驱妖降魔，以图大明江山永固，社稷长存等等旗号，朝臣们虽心中反对但不敢劝谏，只能眼巴巴望着一堆堆白花花的银子变成庙宇殿舍、佛像雕刻。而佛国的兴起，又映射着帝国的衰落，一个精神与现实的死循环就此开启。
前文已述，10岁登基的万历皇帝，16岁大婚，但这位已尝过洞房花烛的少年天子，却久久不能生下“龙子”，太后也就久久抱不上“龙孙”，这让慈圣太后心急如焚。一个普通百姓人家香火失传，即被看成一个家庭的大不幸，而堂堂的大明皇祚无人继承，乃为天下第一等大事。于是，宫中的九莲菩萨慈圣太后，再也不能等待下去，她觉得这个生育皇储的大事，由自己在宫中日夜祈祷已经远远不够，必须扩而大之，推而广之，传而远之。慈圣以极大的热情和虔城之心，号召天下名山大刹佛门僧众，广建道场，大作佛事，共同祈祷，以求佛祖俯允保佑皇孙早日降临人间大地。
北京灵光寺供奉的德清和尚像
佛教自汉代传入中土，伴随着皇权的喜好厌恶，起起废废，历尽波折，至明代已呈颓废之态，佛门各宗后继乏人，社会各界对佛教也不再像前代那样极力支持。但随着慈圣太后掀起的崇佛、信佛、拜佛的狂潮，晚明出现了佛教回升之势，为近代佛教复兴打下了基础。在这个历史转捩点上，产生了四位对朝野影响深广的和尚，被誉为晚明“佛教中兴”的四大高僧，分别是莲池祩宏、紫柏真可、憨山德清、蕅益智旭。四位中，憨山德清与紫柏真可，对万历一朝帝后宫廷，有着扯不断、理还乱的关系，最终导致了二人一充军、一下狱的后果。
与朝廷关系最为密切的德清和尚，字澄印，别号憨山。嘉靖二十五年（1546年）生于安徽全椒县，俗姓蔡，母亲是个虔诚的佛教徒。怀孕之初，她曾梦见观音菩萨带着小孩来家，因而一直认为生下来的儿子是菩萨所送，将来也必有作为。史载，德清很聪慧，儿时在寺中读书，听到僧人念观音经就能读诵。母亲烧香拜佛，他也跟着叩头，从小受到佛教熏陶和影响，对后来遁入空门起到了一定作用。不过，年轻的母亲此时并未想到儿子日后要当和尚，她依循的仍是世俗的礼教和生活方式，对德清“督课甚严”，希望儿子通过读书求仕，在官场中步步升迁，世代保持荣华富贵。在流传的德清和尚自撰《年谱》中，有他10岁时和母亲的一段对话。
儿子：“读书有什么用呢？”
母亲：“做官。”
儿子：“做官一生辛苦，有什么意思。”
母亲也许是无心，也许是有意，又许是和他开个玩笑开开心，便说：“像你这样只能出家做个僧人了，佛门弟子行遍天下，随处有供，你哪有这份福气？”
德清听罢，表情庄严、态度坚定地回答：“我有此福！”
12岁那年，德清迈入了南京报恩寺。
明代的南京是江南的佛教中心，佛刹林立，高僧云集，报恩寺规模宏大，历史悠久，尤其儒学、佛学书籍颇为丰富。德清进得寺院，学习经文，兼修儒学。以他的聪慧与勤奋，17岁便能读“四书”，为文赋诗小有成就。然而，佛教与佛学以及周围散之不尽的香火气，对他产生了巨大吸引力，19岁的时候，德清在南京栖霞寺正式剃度出家。
出家后的德清和尚来往于南京各大寺间，尽谒名僧，聆听经讲，广泛接触佛门各宗派。因慕唐代华严宗巨匠澄观的为人为学，乃取号澄印，后又专意学禅，发奋参究，未得其要。又醉心于净土宗，专事念佛，日夜不断。因德清有儒学根底，以之入释，视界更高，学理更明，几年时间，便成为南京佛学界小有名气的青年僧人。26岁以后，德清开始竹杖芒鞋，云游南北，出入燕晋，若盘山、五台山等名山大川、佛教圣地，皆留其足迹。有一日，德清行至五台山之北台，只见憨山奇秀，苍茫峻厚，元气淋漓，不觉如痴如醉，遂给自己取别号憨山，以志这段尘佛两缘。
万历元年，即1573年，德清云游至京师。时，万历正式即位，皇帝下诏大赦天下，朝臣上疏称贺，僧众诵经祝禧，京城里外一片热闹。佛门一向标榜超然世外，与政治无干，与权势无涉。然而，德清虽入佛门，但儒家根底未净，在遍游京城诸寺的同时，热衷于奔走豪门贵戚，广泛结交重臣大吏，最终和皇宫里笃信佛祖的慈圣太后有了直接联系。朝廷或宫内举行各种为国祈福仪式，选僧诵经，德清和尚皆被列名参加。鉴于这种缘分的存在与权力撑持，27岁的德清和尚身价倍增，一跃成为统领北方佛教界的大师。有了如此身份，德清与皇宫大内的关系也越来越深。
德清和尚书法
万历七年，即1579年，首辅张居正推行的改革如火如荼地进行。忽一日，朝廷颁诏，全国清丈土地，寸土不遗，各地必须严格执行，寺庙及所属香火田地，同在清查之列，违者重处。彼时五台山在北方寺庙中规模最大，占地最多，田粮向来不登版籍，寺庙失去土地，意味着财源短缺，开支紧缩，主事者中饱私囊亦受到极大限制。时，公文又屡次催办，和尚们恐慌不已，吵吵嚷嚷乱作一团，但都拿不出两全之策。无奈中，有和尚献计，请与朝廷交好的德清大师出面斡旋，或可挽狂澜于既倒。一干僧众哭丧着脸拜倒在德清面前，只见大师镇定自若，问明缘由，微微一笑道：“诸师弟无忧，缓图之”，意思是叫大家先别发愁，我有主意，慢慢来。看到如此场面，来者悬着的心落下一半。
德清既已答应，为了不致五台山和尚方面受到损失，也为了借此机会显示自己的神通广大，在众位高僧大德以及师兄师弟面前露一手，遂迅速展开求援行动。凭借自己与宫中权贵非同寻常的关系，德清婉转上请，多方奔走，配以宗教精神、世俗物质等疏通关节。结果是，五台山庙宇香火田地免于清丈，一切权利仍归原主。
如此一着，德清名声大震。在他看来，自己多年在京中的“奔走”，总算结出了善果。第二年，德清在五台山主持了“无遮”法会，威望进一步提升。不久，皇上颁旨，祈降皇嗣，慈圣太后派专官来到五台山请德清效力。面对专使，德清审时度势，意识到一个千载难逢的机会来临了。他的面目透着一股神圣庄严，虔诚地对来使说：“一切佛事，无非为国祝禧，阴翊皇度。今祈皇储，乃为国之本也，莫大于此者。愿将所营道场事宜，一切归并于求储一事。”他的意思很明确，佛教与佛事要为政治服务，而且，一切佛事都要转向为皇帝生子祈祷这件大事上来。自此之后，他竭力推动祈皇嗣的佛事活动。
万历十年（1582年）八月，京城传来消息，万历皇帝喜得一子，这便是王恭妃生的朱常洛。皇子的出生，使德清在佛界的威望与世俗名利达到了顶点，但他自此也陷入纷繁错综的皇室争斗不能自拔，最终酿成一曲悲剧。
万历十一年（1583年）春，德清云游至山东莱州府牢山（崂山），在山下搭了几间草房住下。未久，有朝廷钦差专使找上门来。原来，慈圣太后为诞下皇长孙一事，大力奖赏祈嗣的有功人员，而德清自是列为头等人物。当专使携带赐品来到五台山时，得知德清已去往牢山，于是回朝禀报。太后听说德清在牢山居处简陋，“即发三千金”，以为建庙居住所用。德清认为出家人慈悲为怀，不必奢侈排场，茅屋数椽足可安足，遂同钦差使者商量，用三千两黄金赈济了灾民。使者回报宫廷，慈圣太后很是高兴，对德清大加奖赏。
万历十四年（1586年），朝廷敕颁十五部藏经施于天下名山，特颁一部于牢山，可惜德清简陋的茅屋无法供奉，只好趁进朝廷谢恩的机会，又请建了一座海印寺。万历十八年（1590年），牢山海印寺建成，殿宇堂皇宽敞，气派非凡，德清有了弘扬佛法和居住之地，四方僧众远近来归。万历二十年（1592年），德清再次赴京，并到皇室御用的慈寿寺讲解佛教戒律，一时之间，他的佛门生涯达到了顶峰。自此之后，德清自恃有朝廷宫闱的支持与庇护，逐渐骄横霸道起来。据《万历野获编》载：德清每到大雄宝殿说法，都要南面正坐，把三尊用大被遮蔽起来，俨然是地方官游寺院的样子。拜会中所用名片之大，也与阁部重臣相同。如此一番盛气凌人的高调招摇，很快引起部分阁臣及佛界同门的嫉恨，厄运登门也只是迟早之事了。
前文已述，王恭妃生下长子朱常洛，皇孙从天而降，皇祚有继，慈圣太后自是大为欢喜。当年为祈嗣出力甚多的德清，受到太后的青睐，甚至庇护，本是恩恩相报的世俗应付之事，但德清却认为皇帝能生儿子，乃自己祈嗣求法的结果，至少在这一活动中，自己立了头功，属于当之无愧的第一功臣。一些谄媚投机之辈，为了不同的目的而阿谀奉迎，直把他弄得晕晕乎乎、得意扬扬起来。然而，德清究竟是一寺庙中的僧人，并不是神仙。万历意中的皇嗣或者说皇位继承人，并不是偶有一幸的王恭妃所生的朱常洛，而是那位恩爱始终的郑贵妃所生的朱常洵，如此的反差，才有了“国本之争”，且这一争就是十几年。最后，在朝臣、太后的双重压力下，朱常洛总算勉强被立为太子。这个结果对万历来说，乃一百个不情愿，是一口吐不出的窝囊气，他必然伺机报复。而太后却因祈嗣之验，不断给德清以恩宠，德清又不断以各种方式取悦于太后，年轻的天子摄于慈圣之威，还能忍气吞声，但随着皇帝逐渐长大，以及在“国本之争”中连连受挫，心中的怨恨总有一天要爆发出来，其清算的对象，除了那些直接谏阻的臣僚，自然也不能少了在太后周围敲边鼓的“帮闲者”。不幸的是，德清和尚被划入了“帮闲者”圈内。
牢山古来为道家圣地之一，佛教界僧人德清所建的海印寺，原是一片废墟，有关产权归属问题，佛道两家素有争议。因了慈圣太后支持，德清建起了佛家寺院，成为佛门重地。道家自然不服，于是状告德清侵占地产，官司闹到莱州府，因德清有宫闱支持，莱州府自然不敢来个葫芦僧乱判葫芦案，遂以和稀泥的方法予以拖延。道士们并不买账，官司又闹到京城，京官们意识到这是个烫手的山芋，动不得。受高人指点，自认为真理在握的道士首领，以大量钱财暗中与宦官勾结，直达天听。万历皇帝闻讯，立即意识到抓住了德清的把柄，欲治其死罪，以解其“国本之争”的“帮闲”之气，乃下诏对其严办，并追回建庙的银两。很快，德清被逮捕，锒铛入狱。
在万历皇帝示意下，狱吏严刑逼供，德清交代黄金千两都赈济了灾民。狱吏并不罢休，再施酷刑，棍打火烧，德清用瑜伽功相护，进入了禅定状态，全无感觉。再动大刑，德清道：“太后给的银两要诬我定案不难，叫皇上又怎么对太后交代？皇上可是孝子啊！”此言一出，提醒了审判官，很快传报到万历耳中。德清毕竟在京城出入经年，于朝堂内外结交了一大批权势要角，一些大臣闻讯，出于各种考虑，在朝廷内外从中斡旋。最后，万历皇帝做出让步，德清以私造寺院之名定罪，遣戍雷州。万历二十四年（1596年），德清和尚被押解雷州，开始了长达二十年的充军发配生涯。
万历四十二年（1614年），慈圣皇太后撒手归天，万历下诏大赦天下。德清接到赦免诏书，痛哭流涕，面对太后灵牌，重新穿上袈裟，以大德高僧面目出现，此时他已年近古稀。
万历皇帝驾崩之后的天启三年（1623年），德清和尚无疾而终，享年78岁。晚年的德清一直弘扬佛法，并有《憨山梦游集》等著述传世，《明史·艺文志》有载。
遍数中华史乘，和尚充军者极少，德清和尚成为明代近三百年仅有的一位。他在晚年的著述中，记述了这段经过并有所反思，谓：“年五十矣，偶因弘法罹难，诏下狱，滨九死”，又说“僧之从戍者，古今不多见”。
充军发配的和尚史上并不多见，并不意味着与皇权或与政治接近的和尚都平安无事。事实上，万历一朝因“国本之争”波及的和尚不只德清一人，德清的好友、高僧紫柏真可，即达观和尚，亦下狱罹难。
真可和尚生于嘉靖二十二年（1543年），比德清大3岁，南直隶苏州人，俗姓沈，法名达观，中年后改名为真可，号紫柏老人，后世尊称他为紫柏尊者，为明末四大高僧之一，与德清同时传法，关系密切。万历三十一年（1603年），北京流传的“妖书”《续忧危竑议》影射到郑贵妃、朱常洵和“国本之争”案，流言说该书作者是真可和尚。一时风声鹤唳，弟子们劝他入山隐避，真可和尚认为自己没做亏心事，不怕鬼叫门，置之不理。万历皇帝下令追查，真可和尚被捕下狱。据《东厂缉访妖书底簿》载，真可被锦衣卫和东厂太监跟踪、缉拿、审讯，在狱中受尽酷刑。同年十二月，愤死狱中，享年61岁。死后暴尸六日，后葬于慈慧寺旁。有《紫柏老人集》等传世，《明史·艺文志》有载。
真可和尚蒙冤死难三百五十四年后，随着万历帝后的定陵地下玄宫被打开，人们前往参观，议论纷纷，谓考古发掘队最初要发掘明十三陵中的长陵、献陵，辗转反复，最后无意中在定陵找到了线索，导致定陵地下玄宫被掘，万历开棺暴尸，直至后来被锉骨扬灰。按因果报应说，这当是德清和尚、真可和尚的冤魂，对万历皇帝惩治僧人的报复，是冥冥中的劫数。此说当然不是科学的解释，也不是佛教的本义，却恰反映出万历一朝“国本之争”波及之广，涉及面之大，宫廷争斗之酷烈。