14时12分，4架美军鱼雷机冲出云层从容攻击，如同进行鱼雷攻击表演。美机攻击动作完美，投下的鱼雷有2枚命中“大和号”左舷中部和后部。“大和号”升起了紧急求救信号旗，通知驱逐舰靠近接走舰员，但驱逐舰知道“大和号”弹药舱里近2000发460毫米口径主炮炮弹只发射了3发，现在随时都有爆炸的可能。
至此，“大和号”已被第12枚鱼雷击中，舰体倾斜35度。野村沿着狭窄的螺旋扶梯爬上第2舰桥，从那里观察全舰的情况。他向上方扫了一眼，只见空空荡荡，桅杆、烟囱全部被炸毁。军舰甲板龟裂，炮塔全毁，尸体相枕，血流满舰。野村痛苦地闭上两眼，向有贺报告：“舰体已近垂直，无法恢复倾斜，即将沉没！”
很多人不等舰长下达弃舰命令就自行跳海逃生，舰长有贺见此情景知道“大和号”已无可挽救，只得下令弃舰。他通过传声管向第三舰队司令伊藤报告：“请长官同官兵一同离舰，我留下！”
伊藤感到此次特攻作战败局已定，只能尽量抢救各舰生存者，他决心与“大和号”共存亡。他起身同几个幕僚握手告别，然后沿着倾斜的甲板向螺旋扶梯走去，爬上第2舰桥，开枪自杀。伊藤自杀后，有贺下了最后一道命令：“全体人员弃舰逃生！”然后让水兵把自己绑在炮座上。许多人没有离舰。一些水兵把自己绑在罗盘仪上、甲板栏杆上以及一切可以缚绳的物体上；还有一些水兵穿上了沉重的钢制防弹背心，准备自沉。有贺着急地对他们喊道：“你们这是干什么？赶紧离舰逃生！”然而，众人仍然不动。见此，有贺气急大骂：“浑蛋，你们还年轻一定要活下去，为帝国效命，为天皇效忠！”然而，此时再想离舰为时已晚。
14时15分，又有1枚鱼雷击中左舷中部，伤痕累累的“大和号”再也经受不住，倾斜度已到了80度，军旗几乎触到汹涌的波涛。
14时22分，日军“大和”超级战列舰终于横倒，大炮残骸、弹药、一具具尸体滑入大海，灯光随之熄灭。波涛渐渐地淹没了舰桥，海面出现一个深达50米的大旋涡。下沉20秒后，“大和”舰发生2次大爆炸，460毫米口径前主炮炮膛里的炮弹滑落下来，撞穿了弹药舱甲板，引爆了舱中的炮弹。剧烈的爆炸将“大和号”舰体炸断，烈焰冲天而起，翻滚的蘑菇状烟柱高达1000米，甚至连110海里外的鹿儿岛居民都看到了大爆炸的火光与浓烟。没过多久，后主炮炮塔里的弹药也在水下爆炸，钢铁的碎片从水下飞溅而出，爆炸的气浪连海面上挣扎的水兵都感到一阵窒息。翻江倒海般的巨响，终于把这艘“永不沉没的战列舰”送入海底。
至此，日本联合舰队彻底毁灭，同时也宣告了巨舰大炮主义的彻底破产。
日本联合舰队，20世纪前半叶日本海军在中、远海遂行机动作战任务的战略级军事编组形式，是日本海上作战部队的主力部队，通常由2个以上的舰队组成，统辖并指挥除近海防御兵力以外的大部乃至全部机动作战兵力。联合舰队司令官由海军大将或中将担任，直接对天皇裕仁负责，在军政方面接受海军大臣领导，在作战计划方面接受军令部总长指示。
日本海军的舰队建设史最早可追溯至明治三年（1870年），当时只有3艘军舰和4艘运输船。1889年，日本开始设立常备舰队，而联合舰队只是战时编组形式，战争结束即让舰艇归建，恢复常备舰队。
日本先后有三次改常备舰队为联合舰队。第一次在1894年，把常备舰队和西海舰队编成联合舰队，其目的是为了对清朝作战。日本打败清朝北洋海军后，于1895年解散了联合舰队。第二次在1903年，目的是为了对俄国作战，结果是由东乡平八郎任总司令的联合舰队打败了俄国太平洋舰队。战争结束后，又一次解散了联合舰队。第一次世界大战后至1927年，日本想搞一个“八八舰队”（8艘战列舰和8艘巡洋战舰），碍于《华盛顿条约》的限制始终没有实现。然而，日本人并不死心，他们钻了《华盛顿条约》对航空母舰制造吨位的空子，不让多搞战列舰就搞航空母舰。第三次在1921年，联合舰队实际成了常设编成，到1933年联合舰队正式成为常设部队。那时，日本联合舰队已拥有“凤翔号”航空母舰和2个航空舰队。
太平洋战争爆发前夕（1941年11月），日本联合舰队已经成为具有大规模综合作战能力的世界级大型舰队，拥有的舰船占日本大中型作战舰船总数的90%以上。联合舰队辖第一、第二、第三、第四、第五、第六舰队和第一、第十一航空舰队及南遣舰队。第一舰队为战列舰部队，第二舰队为重巡洋舰部队，第三舰队为封锁与运输部队，第四舰队为占领区部队，第五舰队为北方部队，第六舰队为潜艇部队，第一航空舰队为航空母舰部队，第十一航空舰队为岸基航空部队。联合舰队拥有潜艇以上主要作战舰艇230多艘，飞机1000多架。其中，航空母舰10艘，战列舰10艘，巡洋舰38艘，驱逐舰112艘，潜艇65艘。
日本联合舰队在太平洋战争初期，飞扬跋扈，不可一世。特别是在珍珠港战役中，联合舰队一战成名，成为日本人的骄傲。在中途岛和瓜岛战役中，重创美军太平洋舰队，同时自己也元气大伤。1944年6月，与美军太平洋舰队在马里亚纳群岛爆发了历史最大规模的航母大战，联合舰队实力再度受到削弱。10月的莱特湾血战中，联合舰队被美军太平洋舰队彻底打残，名存实亡。
1945年10月10日，日本联合舰队正式解散。1949年的日本宪法表示日本武装力量只用于自卫。战后的日本海上武装力量是自卫队中的海上自卫队。
美军在攻击“大和号”的同时，也对“矢矧号”巡洋舰和驱逐舰发动了攻击。“矢矧号”已经丧失了机动能力，美军轰炸机和鱼雷机进行的攻击动作漂亮、出色，简直是教科书式的表演。7枚鱼雷和12枚炸弹击中“矢矧号”，该舰于14时05分沉入海底。“矶风号”“朝霞号”和“霞号”驱逐舰也先后遭到重创，不得不自行凿沉。
“大和号”沉没后，第四十一驱逐舰大队大队长吉田正义大佐接替指挥，他一面组织残余舰只打捞落水人员，一面向联合舰队总司令丰田副武发电报告战况并请示下一步的行动。
鉴于预期计划已无法实现，丰田副武决定终止海上特攻。吉田率领余下的4艘驱逐舰带着创伤，于次日回到佐世保基地。
此时的美军战列舰、巡洋舰编队还未投入战斗，日军的这支海上特攻舰队就被美军舰载机消灭。美军共出动舰载机386架次，其中战斗机180架次，轰炸机75架次，鱼雷机131架次，被日舰击落10架。
日军在冲绳海域活动的11艘潜艇，由于美军反潜兵力雄厚，警戒严密，非但没有取得任何战果，反被击沉8艘。至此，日本海军对冲绳岛守军的支援宣告失败，虽然其空中特攻作战给美军造成不小损失，但仍然不能改变整个登陆战役的走向。
同一天，77岁的铃木贯太郎海军大将出任日本首相。他知道，日本无力挽回败局，但是不敢公开宣称失败。因为军部的东条英机和陆军大臣阿南惟几等人一直坚持把战争进行到底。鉴于此，铃木在组阁后发表了这样的讲话：“我将站在一亿国民的最前面，如果光荣牺牲，确信诸国民必能踏着我的尸体，为打开国运迈进。”
这一天，日军“神风”特攻队继续实施自杀式攻击。两天内，日军共出动600架飞机参加这次“菊水”特攻，其中特攻机达355架，共击沉美军战列舰2艘、巡洋舰3艘、驱逐舰8艘、运输船21艘、扫雷艇3艘、其他船艇27艘，此外还击伤61艘舰船。
以上数字是日本海军统计的结果，而与美国方面统计的数字相去甚远。美军宣称自己损失了3艘驱逐舰、1艘坦克登陆舰、2艘军火船，另有10余艘舰船遭重创。