开国仪式结束后，成吉思汗又做了两件事：首先，开始着手改组整顿他的警卫部队，即相当于中原政权的御林军。统一草原之时，由于条件所限，他任命的侍卫长者勒蔑手下只有一百五十人的警卫，白天七十人、晚上八十人，分两班日夜在大汗的宫帐外守候值班。一旦发生战事这些侍卫还必须作为野战部队冲上去，现在他大大扩大和精锐化了这支部队。他命令从各十户长、百户长和千户长的子弟中挑选勇敢善射的人，凑满1万人组成了怯薛军，又称怯薛歹。
怯薛军的职责有三个：一是做大汗的近从侍卫，保护大汗的金帐和人身安全；二是作为战时的先锋和预备队，也是大汗直接统领的作战部队；三是负责管理分管汗廷的各种事务，包括大汗的生活起居、会务、接待外藩使节等等，所以怯薛军扮演着常规武装和分管汗廷日常事务的双重角色，成为蒙古帝国中重要的机构。
从编制上怯薛歹进行了扩充，由原来的两班增加到四班，分别由木华黎、博尔术、赤剌温和博尔忽（四杰）担任四班的首领，轮番入职，这些军士均由成吉思汗亲自过目，加以训导，他们对成吉思汗绝对的忠诚，严格遵守纪律。同时由于他们均为各位那颜的子弟，往往是父子或兄弟都在其他军种之中，大汗也有利于通过他们了解和控制外出征战的将军和官员，使他们自觉自愿、忠心耿耿的为大汗效力。
成吉思汗还设立了各种荣誉，类似于现在的嘉奖、三等功、二等功、一等功、授予荣誉称号等等，这是一种激励机制，将领们都以获得这种荣誉为骄傲，所以拼命作战争取立功，用格鲁塞先生的话说，这些称号和荣誉在卫士的心中激起了一种竞相报效陛下的崇高热情。
同样他们也享受着非同一般的特权，每个怯薛军都是锦衣宝马，为了解决他们养老等后顾之忧，大汗赐给每人一片属于自己的水草丰美的牧场（高薪养廉，高薪养忠，再穷不能穷军队）。一个普通的怯薛军地位甚至高于千户官，而且他们的子孙可以世袭自己的职业，享受非同寻常的殊荣，有的几辈子都在大汗身边。此外，他们还有一个特权，即大汗的继承者也必须给与他们特别的照顾。成吉思汗宣布“朕之子孙之子孙，久后居朕位者，必当忠于朕之遗训，善待汝等，尊汝为帝国之守护神……”，也就是成吉思汗与怯薛军的关系将往后延续至各自的后代。
除此之外，根据纳牙阿的建议，成吉思汗还组建了一只八鲁营，都是由犯了罪的死囚或战俘组成，如果在八鲁营作战时奋勇杀敌，表现良好，还有可能被赦免死罪，战功卓著的，甚至可能升官进爵。这有点象我们以前所说的敢死队，八鲁营在蒙古国建立后对外发动的几次战争中发挥了重要作用。
第二件事，制定和颁布大扎撒令。成吉思汗虽然拥有世界上最强大的军队，但蒙古社会的文明程度并不高，在铁木真之前蒙古人甚至没有自己的文字，据《长春真人西游记》记载，“蒙古俗无文籍，或约之以言，或刻木为契”，这种原始而落后的记事方式有种种的弊端。
据说有的专家做过一个实验，让10个人先后排成一排，考官对第一个人说一句话，然后由第一个人传给第二个，第二个传给第三个，依次往后传达，到最后一个的时候，这句话已经完全不是考官说的内容了。所以说口口相传有着很大的局限性。
铁木真在创业之初的时候基本上是口头传达他的作战命令，但随着人员越来越多，战争规模越来越大，这种记事方法，已经严重阻碍了军令和政令的准确传递，不适应蒙古帝国的发展了。形势发展迫切需要制定蒙古文字，制定相应的规章制度，这样一来，大扎撒令诞生了。
其实早在1204年蒙古征服了乃蛮部后，就已经开始任命掌玺大臣塔塔统阿以回鹘体文字为蓝本创制蒙古文字了，到1206年大蒙古建立的时候，作战常用的和日常所用的词汇已经基本形成，而且一部分宗室和那颜的子弟已经初步掌握了如何使用这些文字，尤其是矢乞忽秃忽，很快就成为塔塔统阿的得意门生，并帮助塔塔统阿收集和整理了很多原来乃蛮部官方的一些档案文件等等，近年也一直充当着文书和审案一类的角色。
以前上法制史课时，老师总会摇头晃脑的说罗马法的渊源（即表现形式）包括议会的决议、元老院的决议、皇帝的敕令、执政官的告示、法学家的解释等等，还会罗列出如盖尤斯等一大堆法学家来。大扎撒令没有那么复杂，其主要渊源是成吉思汗的旨意和草原上的惯例，因为在当时，大汗是代表长生天来行使权利的最高统治者，享有无上的权威，他的言论和命令就是法律，大扎撒令很大部分就是记录成吉思汗的命令的。
由于时间太长，而且蒙古文字几经变迁，大扎撒令的全文现在无法查考，其主要内容包括成吉思汗的权威，全体蒙古人的权利义务及违反规定时的处置办法，如成吉思汗册封的十户长、百户长、千户长和万户长，必须让自己的军队保持秩序井然，随时做好战斗准备，一旦诏令不分昼夜的下达时，能够随时出征。部民平时应该象羊羔一样驯顺，投入战斗时应该象扑向猎物的恶鹰。各部的那颜们和平民（答剌罕）没有特殊情况住在自己的辖区内，并承担相应的劳役和征战的义务，不能随意迁到别的地方，如有违抗处死，接纳该人者也要接受处罚。
大扎撒令对社会秩序和国家机构进行了规定：子女不遵从父亲的教诲，弟弟不听从兄长的劝诫，丈夫不信任妻子，妻子不顺从丈夫，公公不赞许儿媳，儿媳不尊重公公，长者不管教幼者，幼者不尊重长者，那颜只宠信亲属而疏远平民，富有者吝惜财物而损害公有财物。这种行为必将导致家庭衰落和国家消亡，所以成吉思汗提醒全体蒙古人必须提高警惕，防止这种现象的产生。
大蒙古国选举汗位继承人，任命断事官（达鲁花赤），发动战争和进行重大决策，必须经过库里台大会的表决。库里台大会由黄金家族的宗亲成员、万户长、千户长和主要那颜组成。库里台大会制度确立以后，应该说影响了整个蒙古帝国几百年的决策。
大扎撒令明确保护私有财产，保护继承权，其中包括那颜们对奴隶的所有权。其中规定“犯寇者杀之，没其妻子牲畜产，以入受寇之家。轻犯者罚入八鲁营”。盗窃马匹者，需要归还原主9匹同样毛色的马匹，如无力偿还的，可以让他子女做奴隶抵债，如果没有子女，处死刑。奴隶擅自逃离自己的主人的，被抓住后处死刑，藏匿逃跑奴隶的人，也处以死刑。
鉴于通天巫阔阔出假传长生天旨意，挑拨离间成吉思汗和兄弟的关系，成吉思汗又加上一条，构乱皇室，挑拨是非，或者明知有人实施这种行为而隐瞒不报者均处死。
撒谎者和做假证的人均处死。
对皇室和犯九罪而不罚的功臣良将，较轻的或初犯的，予以口头训诫，再犯的流放到很远的地方去，三犯的，由成吉思汗做出批示处理。这有点类似于我国古代的“八议”制度，即议亲，议故，议贤，议能，议功，议贵，议勤，议宾，对特殊身份或者特别才能和做出特别贡献的人，适当减免处罚。
此外，大扎撒令还对怯薛军的管理、驿站的管理、蒙古国内宗教信仰自由等等进行了规定。蒙古国内的信仰政策一直很宽松，国内有佛教、景教（聂思脱利教）、回教、儒教、道教，而成吉思汗本人则信奉长生天的萨满教。
大扎撒令也明显保留了一些蒙古草原部落社会的习俗和宗教习惯，有些规定现在看起来很奇怪：如规定不许在河里洗涤衣服和撒尿，不许晾晒衣服，不许跨篝火，也不许从桌子上跨过去，违反规定引起雷击等长生天发怒者，也处死。严禁击打马匹的头部，违者处死，严禁吃一些不洁净的食物。父亲死后，儿子有权决定庶母的命运，可以将庶母收为妾或者送给他人。
当然也有一些看起来不但人性化，而且很环保的措施，如不许放火烧草场，不许过度放牧导致草场沙化。狩猎结束后要对伤残的、幼小的和母性的猎物进行放生，等等。对宗教人士、驿卒、贫苦人和有学问的人免征赋税。妻妾所生的子女均有相同继承权，无论嫡出或庶出均平等。