隆武覆灭
崇祯自缢以后，各地的明朝官员纷纷拥立明朝的藩王为帝。先后出现了弘光、鲁王监国、隆武、绍武、永历几个政权，存在了20多年，统称南明。
1644年六月，明朝宗室、崇祯帝的从兄、福王朱由崧在江南明朝官员的拥戴下，在南京登基称帝，年号“弘光”。弘光政权控制着富庶的淮河以南的广大土地，拥有百万军队，有史可法、左良玉等杰出将领，势力相当雄厚。
但弘光帝却无意抗清，整日吃喝玩乐，沉湎于酒色之中，不理朝政，重用阉党余孽马士英、阮大铖等人。马士英等奸臣把持朝政、结党营私，大肆打击迫害反对过马、阮的东林党人，把兵部尚书史可法排挤出南京，让他到扬州去督师。他们还克扣军饷，增加赋税，甚至公开卖官，贿赂公行，政治腐败到了极点。当时人称：“职方贱如狗，都督满街走，相公只爱钱，皇帝但吃酒！”
弘光帝幻想与清朝和谈，派使团北上，送给清朝白银10万两、黄金千两、缎绸万匹，并许诺和谈成功后，每年送岁币10万。但被清朝一口拒绝，留下南明的礼物，将他们赶了回去。但当时清朝的首要任务是镇压李自成的大顺军，暂时没有力量进攻南明，所以弘光政权才得以苟延残喘。
1645年，清军攻破潼关，大顺军败局已定，清朝立即挥师南下进攻弘光政权。不料这时候弘光政权起了内讧，镇守武昌的大将左良玉以“清君侧”为名，讨伐马士英，率80万大军顺江东下，进攻南京。弘光帝和马士英急忙将江北的明军调回进行防御，削弱了明军在江北防御清军的力量。不久左良玉病死，其子左梦庚率部降清。
1645年四月，清军渡过淮河，江北重镇扬州失去屏障，清军长驱直入包围扬州。史可法写血书向弘光帝和江北其他将领求援，但没有得到答复。清将多铎致书史可法，要他投降，但被史可法严词拒绝。清军用大炮轰城，扬州陷落，史可法不屈而死。清军在扬州烧杀掳掠，扬州居民几乎全被屠杀，城中尸骨如山，血流成河，繁华的扬州变成了一片废墟，成了人间地狱，史称“扬州十日”。
清军占领扬州后，趁大雾渡过长江，攻占南京。弘光帝逃到芜湖，后来被俘，押到北京处死，其官员多数降清。
弘光政权覆灭后，张煌言等人拥立鲁王朱以海在绍兴称监国，同时郑芝龙等人在福州拥立唐王朱聿键为帝，年号隆武。鲁王政权和唐王朱聿键的隆武政权为了争所谓正统，自相残杀，水火不容。
鲁王政权利用钱塘江天险屡次击败清军的进攻，阻挡了清军的南下。但他只满足偏安一隅，根本不想北上抗清，收复失地。1646年，清军趁天旱水浅，强渡钱塘江，明军一触即溃，鲁王乘船逃亡海上，时人称之为“海上天子”。鲁王派人向隆武帝求援，信中称隆武帝为“皇伯叔”，而没有称“陛下”。隆武帝龙颜震怒，喝令侍卫把鲁王的信使杀了，还振振有词地说：“现在最忧虑的事，不是清军而是鲁王。”
隆武帝生活简朴，喜欢读书，一心想恢复明朝，还一度想御驾亲征。他杀了前来招降的清朝使者，整顿吏治，严惩贪污，重用金声、杨廷麟、何腾蛟等抗清将领。
但掌握军政大权的郑芝龙却暗中降清。郑芝龙原来是个大海盗，后来被招安。清军消灭鲁王政权后，挥师南下，进攻福建门户仙霞关。郑芝龙为了保存实力，将仙霞关的守军撤回，带领军队撤回老家安平。隆武帝无可奈何，只好逃亡。
在清军乘胜追击的情况下，隆武帝竟然舍不得丢掉几十车心爱的书籍，前进的速度很慢，结果很快被清军追上。当隆武帝的人马到达闽赣边境时，本来可以迅速进入还在南明控制之下的江西省时，隆武帝却下令停下来打开行李晾晒龙袍，以便穿戴整齐地接受臣民的觐见。
这时清军追了上来，隆武帝和大臣周之藩慌忙躲入关帝庙。清兵在庙前厉声呼喝：“朱聿键出来。”忽然，周之藩手持钢刀跳出庙门，高声说道：“我就是隆武帝！”挥刀杀向清兵，结果被清兵乱箭射死。清兵进庙搜查，只见后门洞开，庙内空无一人。原来朱聿键已从后门逃入汀州城。后城破被俘，朱聿键在福州绝食而死。