修建北京城
1402年，燕王朱棣攻入南京，即位称帝，年号永乐，就是明成祖。
在朱棣攻入南京时，建文帝在皇宫奉天殿自焚而死（一说逃亡出家）。明成祖即位后重建了被烧毁的奉天殿，并住在里面。没过多久，明成祖就觉得很不自在，旧时认为人死后有鬼魂存在，朱棣总感觉父亲朱元璋和侄子朱允的鬼魂以及众多被他杀死的建文帝的大臣的冤魂一直萦绕在大殿里，让他寝食难安，经常做噩梦。他觉得夺了侄子的皇位，又逼死了侄子，死后没脸去见葬在南京明孝陵的父亲。
忽然，明成祖想起朱元璋晚年就有迁都北平（今北京）的想法，所以开始考虑迁都，想离开这个鬼地方。明成祖长期生活在北平，对那里感情很深，视其为“龙兴之地”。另外，迁都北平还有抵御北元的考虑。
当年徐达、常遇春率军明军北伐，元顺帝带着太子、妃子逃到蒙古草原，仍以元为国号，史称北元。他们拥有较强的军事实力，不甘心失败，经常派兵骚扰明朝的北部边疆，企图恢复统治。南京地处江南，离北部边境太遥远，不利于皇帝指挥作战。
但是，当明成祖说出要迁都的想法后，立即遭到了很多大臣的反对。因为这些大臣家在南方，不愿意迁都。朱棣很生气，杀死了言辞最激烈的大臣萧仪。这么一来，反对迁都的大臣都不再敢指责明成祖了，转而攻击那些拥护迁都的大臣。双方争辩非常激烈，明成祖让他们跪在午门外辩论。后来户部尚书夏原吉看到这种情况，为稳定局面，主动将责任承担下来，才缓和了矛盾，迁都的议论才逐渐平息下来。
明成祖刚刚夺取皇位，担心人心不稳，所以没有立即迁都，而是采取了逐步逐项解决迁都问题的方式。他深知，迁都是一件关乎国家兴亡的大事，必须审慎行事。于是他开始分阶段、有步骤地进行。
首先，提高北京的地位。永乐元年（1403年），礼部尚书李至刚建议将北平升为陪都，明成祖非常高兴，将北平改称为北京，称行在。这就是北京名称的来源，同时将北平府改称顺天府。在北京设置了留守行后军都督府、北京行部、北京国子监等机构。
其次，提高北京的经济地位。北京虽然地理位置重要，而且曾是元朝的大都，但北方的经济却远不及江南。因此明成祖下令在北京附近进行大规模的移民屯田，5年之内减免赋税。很多士兵退伍后被安排到北京周围的乡村种田。靖难之役后，全国出现大量无家可归的难民。他下令把难民组织起来，到北京周围去种田。他甚至下令释放囚徒，安置在北京周边地区去种田。他还实行了一些优惠政策，比如向这些移民免费提供耕牛、农具和种子等。同时又把大批工匠迁往北京，也给这些工匠以更多的优惠政策，比如免税免粮，赈济优厚等。并将江南的富户迁到北京，这就使北京形成了繁荣的工商业。为了解决北京的粮食问题，明成祖下令疏通运河，将江南的粮食运往北京。经过多年的苦心经营，北京逐渐发达繁华起来，初步具备了大都市的规模，可以和南京相媲美了。以至于当时的人民都说，天下万物虽然不产于北京，但都聚集在北京。
永乐十五年（1417年），明成祖派大臣宋礼等到四川、湖广、江西、浙江、山西等地采购木材石料。次年征调23万工匠，100万民工和大量士兵开始大规模营建北京城。明北京城是在元大都的基础上，参考首都南京城池、宫殿规制而建造的，分宫城（即紫禁城）、皇城、内城和外城三部分。宫城是皇帝和后妃们居住的地方，城墙高约10米，四隅建有角楼，外绕护城河。皇城在宫城的外面，周长6里，城墙高约8米，内外砖砌，外围护城河，有六门。内城（又称京城或大城）在皇城的外面，周长45里，城墙高约12米，有九个城门。皇城里有太庙、社稷坛和中央官署衙门。内城和外城是居民区和商业区。北京城周长45里，中轴线南起永定门，往北经过正阳门、紫禁城、景山、钟楼、鼓楼，全长大约7.8千米。城中主要干道多是南北走向，小巷多东西向。永乐十八年（1420年），北京城建设工程完工。北京不仅是中国历史上城市建筑的典范，而且也是当时世界上最雄伟壮丽的城市。永乐十九年（1421年）正月，明成祖正式迁都北京。
明成祖迁都北京后，改北京为京师，改北京行在六部为六部。南京降为陪都，称“留都”或“南都”，但仍然保留六部和“南教坊司”，称为南京六部。南京六部的官员多为闲职或老臣。