司马休之、鲁宗之、韩延之等人本来投奔后秦。后秦被晋朝灭掉以前，鲁宗之已死，司马休之等人则见机逃到北魏，并在北魏做了官。刘裕灭掉后秦，搜查几天，始终没有发现他们，只好罢休。晋廷已先后派琅玡王司马德文与司空王恢之先后赶赴洛阳修谒五陵。刘裕想上奏请求将都城迁到洛阳，王仲德劝他说：“将士们在外作战已久，个个疲惫不堪，归家心切，迁都之事还是缓些进行吧。”刘裕只好暂时打消迁都的念头。晋廷已加封刘裕为相国，令他管理百官，处理朝事，并赐给他十个州郡，封他为宋公，刘裕仍假装推辞。晋安帝于是封他为王，又赐给他十个州郡，刘裕还是上奏推辞。刘裕正想进军西北，忽然京中递来急报，竟是前将军刘穆之得病身亡的消息。刘裕心中不禁悲痛，流下数行泪。
刘穆之是刘裕的心腹。自刘裕西征后，刘穆之内总朝政，外供军需，决策时刚毅果断，大小事情都处理得恰到好处。属吏抱来的奏章堆满了一屋子，刘穆之目览耳听，手批口酬，不用多久就全部处理完了。刘穆之平时喜欢结交名士，常常是宾客满堂，对答时没有一丝倦容。刘穆之只在饮食方面比较奢华，即便是他一个人吃饭，也常常是满桌子的山珍海味。一次，他对刘裕说：“我出身贫贱，差点连自己都养不活，要不是遇到您，我哪有今天的荣华富贵。我知道您对我每天的奢侈饭食不满，但除了这点我让你失望以外，其他方面，我一丝一毫也不敢辜负您。”刘裕当然笑着应允，对刘穆之始终信而不疑。每次出师，无论国事还是家事，刘裕全部委托他处理，刘穆之也极尽心力，勉力报效。不久，晋安帝降旨，赐给刘裕九锡礼，刘穆之异常惊异，因为他竟不曾知晓这件事。后来，了解到是刘裕密派行营长史王弘，向安帝婉转恳请九锡礼，刘穆之因自己不曾参与此事而深感愧疚。不久，愧惧成疾，竟然逝世。
刘裕失去一位贤才，自然不放心国内。于是决意东归，随即封二子刘义真为安西将军，令他督管雍、梁、秦州军事，镇守关中。刘义真当时只是一个十三岁的小孩子，刘裕任命咨议将军王修为长史，王镇恶为司马，沈田子、毛德祖、傅弘之为参军从事，令他们辅佐刘义真。三秦父老听说刘裕整装欲返，都跑到他的营房，哭着挽留说：“这里的汉民饱受胡人的压迫已一百多年，今天能有幸再次目睹汉仪，大家都十分高兴。长安十陵是汉室的祖墓，咸阳宫阙是汉室的旧宅，公舍弃这里，还能去哪儿啊？”刘裕也黯然泣下，劝慰他们说：“我受命于朝廷，不得擅自留在此处，我深感你们的诚意，所以让儿子刘义真及文武贤才留在这里，守护你们。你们就安心在这里生活吧！”众人听了这话才退去。
沈田子嫉妒王镇恶，经常对刘裕说：“王镇恶的家人都在关中，很难保证他不会叛变。”刘裕只是好言劝慰沈田子。一天，沈田子又与傅弘之一同劝谏刘裕。刘裕叹道：“古人说‘猛兽不如群狐’。我留下你们十几位文武将才，令你们统帅一万多名士兵，却没想到你们还怕一个王镇恶？”说完，随即起程。
当时后秦西北，有一座统万城，是夏主赫连勃勃的领地。赫连勃勃原本姓刘，父亲名叫卫辰，曾建立牙代他。后来刘卫辰被北魏杀死，刘勃勃逃到后秦，后秦任命他为安北将军，令他镇守北部。秦魏通好以后，刘勃勃背着后秦自称夏王，将姓氏改为赫连氏，并屡次骚扰后秦边疆。刘裕攻打后秦的消息传来时，赫连勃勃对群臣说：“刘裕这次肯定能拿下关中，但不会久留，如果他让儿子及将吏留守关中的话，那么关中必定是我们的囊中之物！”随即秣马厉兵，进据安定，降服岭北郡县。刘裕曾致信赫连勃勃，想和他结为兄弟，赫连勃勃含糊答复。不久，刘裕仓促东归，赫连勃勃立即令儿子赫连璝率两万名士兵向长安进发，令前将军赫连昌出兵潼关，长史王买德率兵攻打青泥，自率大军做后援。
关中守将沈田子与傅弘之督兵出击，听说夏兵声势浩大，二人不敢前进，退守留回堡。沈田子派使者向王镇恶求援，王镇恶对王修说：“刘公将十岁幼儿托付给我们，我们应该竭力辅佐。现在大敌当前，我军却拥兵不进，以后怎么退敌呢？”随即令来使回去，然后亲自率部将赶去支援。沈田子得知后，越发憎恨王镇恶，于是假意邀请他商议军事，伺机将他杀害。
傅弘之非常惊惧，跑回去告诉刘义真，刘义真急忙召来王修商议。王修当即在城外设下埋伏，当沈田子带着亲信前来，然后将他们一网打尽。王修斥责沈田子擅自杀害大将，当即将他斩首。而后任命冠军将军毛修之为安西司马，令他与傅弘之一同出城迎战。晋军大胜赫连璝于池阳，随后大破夏兵于寡妇渡，斩杀无数敌将，夏军撤退。
刘裕回到彭城，还没来得及入朝，便听说王镇恶遇害。他当即上奏恳请追封王镇恶为左将军青州刺史；任命彭城内史刘遵考为并州刺史，兼任河东太守，镇守蒲阪；任命荆州刺史刘道怜为徐、兖二州刺史，调任徐州刺史刘义隆为荆州刺史，令到彦之、张邵、王昙首、王华等人为参佐。刘义隆年少，府事都由张邵裁决。刘裕又召来刘义隆，对他说：“王昙首器宇深沉，是宰相之才。你记住不管遇到什么事，都要去咨询他。”刘义隆应命而去。
忽然，关中又传来急报，说长安大乱，夏兵四逼，这位雄才大略的刘寄奴顿时惶急起来。原来，刘义真年少好玩，喜欢亲近同龄人，又滥赏无度。王修经常劝谏刘义真，并限制刘义真赏赐他人。没想到，一些小人对刘义真吹耳旁风：“王镇恶想谋反，结果被沈田子杀掉，王修又杀掉沈田子，难道他就不想谋反？”久而久之，刘义真便相信了那些谗言，随即让亲信除掉王修。王修一死，夏兵伺机进兵，直逼长安。刘义真又悔又恨，慌忙让人回国求援。刘裕急忙令辅国将军蒯恩率兵速去救援，并召刘义真回国；又任命右司马朱龄石为雍州刺史，令他代为镇守关中。朱龄石临行时，刘裕对他说：“你抵达长安后，告诉义真，务必轻装速发，到了关外再慢慢行进。如果关右实在守不住了，你就和义真一起回来。”
朱龄石出发后，刘裕又派中书侍郎朱超石前去抚慰河洛。蒯恩抵达长安，催促刘义真整装东归。刘义真的奇货珍玩非常多，足足收拾了三五天，直到朱龄石赶来，他还没起程。朱龄石一再恳请，他才慢慢悠悠地从长安出发。一路上，他的亲信又不断劫财劫色，行进的速度自然缓慢。途中接连遇险，得到消息的夏兵屡次追杀过来，多亏傅弘之、蒯恩二人奋力断后，刘义真才暂时脱险，然而他仍不肯舍弃辎重。到了青泥，傅弘之、蒯恩力竭被擒。司马毛修之与刘义真失散，正四处寻觅，谁知冤家路窄，竟遇到夏将王买德，毛修之也被擒去。刘义真躲在草垛中，形单影只，极其凄苦。当时，天已昏黑，辨不出路径，刘义自觉凶多吉少。突然听到一阵呼声，声音竟然十分耳熟，刘义真连忙匍匐出来，一看是参军段宏，喜极而泣。段宏将刘义真捆在背上，策马飞奔，逃离青泥。
赫连勃勃进攻长安，长安百姓驱逐朱龄石。朱龄石焚去宫殿，奔往潼关，途中被赫连昌擒住。朱龄石的弟弟朱超石赶往蒲阪，打探兄长的消息，结果也被夏军抓获，送到赫连勃勃军前，后来与兄长一道奔赴黄泉。赫连勃勃听说傅弘之骁勇，让他投降，傅弘之不肯屈服。赫连勃勃便扒掉傅弘之的衣服，把他扔到雪窖中，傅弘之叫骂而死。赫连勃勃随即攻入长安，占据关中。
刘裕得到青泥战败的消息，又不知刘义真的死活，愤恨地想立即出师。侍中谢晦等人一番苦劝，他就是不听。不久，段宏飞奔而回，说刘义真已被救出。刘裕这才打消发兵的念头，只是登城北望，慨然流涕。刘义真回到彭城，晋廷贬黜他为建威将军兼任司州刺史，升任段宏为黄门郎。刘裕将刘遵考召回，令毛德祖前去接替，退守虎牢。随后，听说赫连勃勃称帝，刘裕也不禁雄心思逞，想做个江南天子，以度遗年。于是，相国、宋公的荣封，刘裕受了；九锡殊礼，他也领了；并尊继母萧氏为宋公太妃，封世子刘义符为中军将军。任命太尉军咨祭酒孔靖为宋国尚书令，青州刺史檀祗为领军将军，左长史王弘为仆射，从事中郎傅亮、蔡廓为侍中，谢晦为右卫将军右长史，郑鲜之为参军，殷景仁为秘书郎。其他的僚属都依晋朝制度分封，差不多成了晋宋分邦。孔靖不愿受职，慨然辞去。
接下来，刘裕就为自己的大事做准备了。什么大事？当然是篡位的大事。刘裕密嘱中书侍郎王韶之入都贿通内侍，让他伺机对晋安帝下毒。晋安帝的弟弟琅玡王司马德文，谒陵回京都后，见刘裕权位日隆，怕他会进逼晋安帝，因此随时留心防备。司马德文每天入宫仔细检查，就是晋安帝的饮食，他也总是先尝，然后才让晋安帝用膳。王韶之等人无隙可乘，晋安帝得以苟活几天。也许是晋安帝命数该绝，司马德文竟无故生病，不得不在宫外的府第休养，王韶之伺机指挥内侍勒死晋安帝。
当下，宫中传出晋安帝暴毙的消息，并传出一道遗诏，奉请司马德文继位。司马德文明知有变，无奈宫廷内外都是刘裕的爪牙，只好得过且过，登上帝位。史家称之为晋恭帝。第二年，司马德文改晋安帝元兴年号，称为元熙元年，册立王妃褚氏为皇后，大赦天下，加封百官。晋封刘裕为宋王，又加赐他十个州郡。刘裕这次全部受封，并将幕府迁到寿阳，又令朝臣代他向恭帝申请加赐殊礼。晋恭帝不敢怠慢，立即允准刘裕佩戴帝王礼冠，建天子旌旗，拥有天子规格的仪仗。刘裕当即封王太妃为太后，世子为太子，居然与晋廷无二。
勉强过了一年，刘裕已六十五岁，自思来日无多，急欲篡位。一时又不好开口，只得宴饮群臣，向他们暗示自己的心思。酒至半酣，刘裕捋着胡须，慢慢说：“桓玄谋权篡国，我倡义复兴，平定四海，功成业著，这才敢接受九锡礼。但是，现在我已老迈，这备极尊荣的地位让我觉得很不安，我想奉还爵位，归老京师，你们觉得怎么样？”群臣听了，摸不着头脑，只得随口敷衍，把功德巍巍、福寿绵绵之类的话说了一大堆，刘裕不但没有一丝喜悦，反而流露出一种惆怅的情绪。群臣始终不解，挨到日暮撤席，才各自散去。
中书令傅亮到了门外，才恍然大悟道：“我懂了！”随即又转身进去，谒见刘裕说：“臣应该暂时回京。”刘裕不禁点头，面露喜色。傅亮知道自己已猜中刘裕的心意，当即告辞出门。抬头一看，竟发现天空中出现一颗长星，光芒烛天，傅亮拍着大腿长叹道：“我以前不信天文，现在才知道天象真会应验啊！”第二天，他就急匆匆地赶回京都。
刘裕遣走傅亮后，就安心等着好消息。过了几日，果然有圣旨召他回京。刘裕令四子刘义康镇守寿阳，任命参军刘湛为长史，裁决府事，然后带着亲军即日起程。刘裕刚到京师，傅亮已纠集满朝文武逼迫晋恭帝禅位，并将早已拟好的诏书呈给晋恭帝。晋恭帝看完后，对身边的亲信说：“桓玄跋扈，我晋朝已经失去天下，全靠刘公仗义兴师，我朝才得以延续到现在。我早知会有今天，就是禅位也甘心！”随即提笔写下令刘裕受禅的诏书，并于第二天昭告天下。光禄大夫谢澹、尚书刘宣范当即将御玺捧送给宋王刘裕。
刘裕又上奏推辞，装出一副谦恭的模样。那时，晋恭帝已被逼出宫，退居琅玡王旧宅。百官送旧迎新，扬扬得意，唯独秘书监徐广面带哀愁。刘裕三揖三让，装腔作势了一番，然后才在南郊登坛，祭告天地。回宫后，刘裕驾御太极殿，接受百官的朝贺，大赦天下，改晋元熙二年为宋永初元年。册封晋恭帝为零陵王，令他迁居秣陵城，并让将军刘遵考率兵监管。