五年过去，芷若的医术已有小成，武功亦属二流了。
她想出去游历并锻炼医术，但彭莹和周子旺皆担心她年岁小，暂时让她在教内担任坐堂大夫，芷若无法，只能听他们的。
在此期间，芷若发现明教的教徒大部分都因受伤感染而死，为此芷若专门发明了一种新药，专门用于伤后感染，为此，牺牲的人都少了，还为明教增加了收入。
此外，见百姓流亡，人们易子而食，芷若因自己对植物有种天生的熟悉感，所以亲自培育良种，她历时三年，终于培育出一种量大管饱，易种植，但味道平淡的稻种，亦可干湿两种。
为此，芷若成为新一任圣女，杨逍亲自将镇教功法乾坤大挪移传授给周芷若，明教因此得到大量民心，百姓们皆为芷若立生祠称她为农神娘娘。
成为圣女后芷若更不可能单独外出了，不过圣女的地位仅在教主之下，也可以说，芷若现在成为明教第一人了，但江湖中向来强者为尊，芷若只好先将五散人的势力收服，之后才可以着眼于整个明教。
收服五散人等人的势力后，芷若并没有插手其他势力，而是沉下心来消化整理，更重要的是发展自己的商业王国，她认为，钱虽然不是万能的，但没有钱是万万不能的，用了两年，将自己的商业布满半个中原，旗下的悦来客栈更是遍布各地。
三年间芷若的威望更上一层，她不止实力到达先天，还将明教中下层所有教众的衣食住行都抓在手中，各地起义军的后勤也皆在她手中，至于上层人士，也折服于她的实力之下，瞬间芷若成了明教第一人，这一年芷若18岁。
不过此时峨眉灭绝师太成心道明教危险愈大，心中恨极。极力游说名门正派围攻光明顶，芷若虽不惧，但此时与他们相争，只会让大元王朝渔翁得利，于是派人传出倚天剑和屠龙刀内藏有绝世秘籍的消息，瞬间，武当与峨眉成为众矢之的，而明教却开始极力发展起义军，对于教中芷若也开始改革。
芷若将除了明教教主之下的左右护法留其他五散人，五行期皆废，另设行政堂，执法堂和军事堂，分管政权，法治和军事，同时，在明教众人的请求之下坐上教主之位。
作为教主后的芷若大力发展明教众人的实力，专门为普通教徒编了一本易入门的功法，虽然上限只有三流武者，但难得的是，易学，不看资质，不看习武的时间。
三年间将明教完整拧成一股绳一同发力，芷若打算正式抗元，以驱除鞑虏，恢复中华为名，自立为明王，正式起义发兵对抗大元王朝。
战争一触即发，芷若率先将南方三分之一地盘占据，通过商路的开发以及情报的调用，一年时间将南方全部占据，接下来，芷若并未立刻进攻北方，而是与民休息消化土地，让南方正式认可明教，认可她。