金国内部经过这么一场变故，实力大大受损，皇太极有心无力，只能和明军在大凌河一线继续保持对峙的状态，而同时，因为蒙古军参与到这场内斗中来，并且在最后的战斗中帮助了皇太极，不管是不是出于真心，但是至少土谢图他们用行动作出了选择，这下皇太极就算是不想表示也必须给蒙古各部一个交代了。何况八旗军这次受到这么大的创伤，辽河套面积广阔，想要看管，也是力不从心，不如做一个顺水人情，皇太极当即在审判完阿敏之后做出决定，以辽河为界，辽河以西的辽河套地区划给蒙古，以东地区因为金国元气大伤，请土谢图他们给出一些时间，所以还是按照原定的方案，一年后将辽河套以东交给蒙古。
这样一来不论是皇太极对蒙古各部，还是土谢图对各部落的汗王都算有一个比较体面的交代了，大家经过此次变故，对皇太极的这份方案也是赞同，蒙古各部再无异议，他们也知道，皇太极根本就不是一个能轻易让步的人，话能说到这个份上已经是皇太极做出的最大妥协了，如果蒙古诸部再咄咄逼人，恐怕他们就要连最后一层窗户纸都捅破了。
其实且不说皇太极的想法，土谢图自己也不傻，满蒙分裂对于土谢图来说，暂时也不是他想要的结果，如果没有林丹汗，那就算了，可是漠西的林丹汗偏偏是虎视眈眈，如果这时候满蒙彻底分裂，林丹汗正好是趁虚而入，土谢图不想自己辛辛苦苦积载下的家当成为别人的嫁衣，整个漠东蒙古都会成为林丹汗的盘中餐。所以保持对林丹汗适当的威慑力是必要的，土谢图见好就收，立刻磕头感谢天聪汗的恩德，蒙古诸部一看土谢图都带头了，自然也是纷纷拜伏，磕头感谢皇太极。安抚好了蒙古这边，就要想想后续的打算了。
内乱已经全部平定，镶红旗和镶蓝旗的旗主空缺，必须先要找人填补起来才是。蒙古的首领们退到一边，这是八旗内部的事务，他们不便参与，经过这次的内讧，皇太极越来越清楚一个道理，想要成为草原和大金乃至中原唯一的汗，心慈手软是成不了大事的，这些年就是对阿敏太纵容，才导致这个结果，想想自己看了那么多中原的史书，为了一个皇位，有多少骨肉相残的事情发生，如果自己不能跟他们一样，那自己屁股下面这张椅子还能坐得稳吗？这次镶红旗和镶蓝旗的人必须要找自己信得过且可靠的人去统领。
镶红旗好办，实在不行只有请哥哥代善出山代管了，毕竟两红旗基本上还是以代善马首是瞻，只要代善能出面整顿，应当没有什么问题，而自己放了硕托一马，只是软禁，相信代善也一定会领自己这个情，由他代管一段时间的镶红旗，等到局势稳定了再选出旗主即可。
而镶蓝旗这次是损失最为惨重的一个旗，不论是自己的本阵，还是后来加入战局的汉八旗和蒙古军，主要攻击目标都是镶蓝旗，包括最后的巴牙喇追击，也是打的镶蓝旗的兵马，皇太极已经得到大概的数据，镶蓝旗五个甲喇，这次只剩下了一半不到的活人，而且剩下的人还多少带伤，镶蓝旗等于暂时是废了，要把这个烂摊子交给自己信得过的人才行。而且不要让旗主们推荐，皇太极这次要自己选。他环视了一下众人，猛然看到了济尔哈朗身后的莽德格类，没错，就是这个年轻人，济尔哈朗自己绝对不会有这么清醒的头脑，自己当初将莽德格类安插进入正蓝旗正是怀有监督济尔哈朗的目的，莽德格类这个年轻人非常聪明，知道雄鹰只有站在巨人的肩膀上才能飞得更高的道理。既然提拔了一个年轻的多尔衮，镶蓝旗这个烂摊子就交给这个年轻人，自己答应过他给他旗主的位置，也不算食言了。
皇太极招招手道：“莽德格类，你近前答话。”正缩在济尔哈朗后面的莽德格类心里咯噔一下，怎么大汗一下子就点了自己的名字，他有些忐忑的出列道：“奴才在。”
“本汗考虑了一下，镶蓝旗虽然叛乱，可是已经被八旗军强力镇压，可是八旗的编制不能乱，镶蓝旗也不能取消，剩下的这个残旗本汗的意思是先交给你代管，当年你父亲在京师英勇战死，本汗恩养你让你当上了正蓝旗济尔哈朗的副手，现在该是你给本汗解决麻烦的时候了。”皇太极缓缓道。济尔哈朗一开始不知道莽德格类的性子，可是皇太极是从头到尾都明确知道的，莽德格类跟他的父亲不同，这个年轻人很有城府，他不适合做武将，但是文官却没有问题，镶蓝旗现在最大的问题不是打仗，而是怎么在阿敏叛乱之后恢复元气，安定人心。派一个武将去达不成这个目标，而莽德格类却比较合适。无论是身份还是资历。
况且镶蓝旗的问题要一分为二的看待，机会和危险掺半，旗主固然是好位置，可是一个残旗的旗主必然是烫手的山芋，不是什么人都能有本事接手的。
莽德格类却不这么想，他不挑剔，皇太极的意思摆明了是让他当旗主，莽德格类激动的浑身颤抖，自己的愿望这么快就要实现了吗？莽德格类纳头便拜，大声道：“奴才愿意为大汗分忧，万死不辞。”皇太极点点头，“那好，你就从正蓝旗调出，出任镶蓝旗的代旗主吧，镶蓝旗现在最需要的是稳定，希望你不辜负本汗的期望，给你两年时间让镶蓝旗恢复元气，如果有什么困难可以直接跟本汗禀报。”
一旁的济尔哈朗面色数变，皇太极这是什么意思。两红旗有代善这个共主，两白旗有阿济格，两黄旗直接就是皇太极，那么两蓝旗呢？莽德格类不过出任的是代旗主，说白了就是两年的时间里面干得好就转正，干不好就下台。可是皇太极的意思摆明了是要将莽德格类这个代旗主拔高到跟自己一样的位置，这就意味着济尔哈朗没能顺利的成为两蓝旗的共主，莽德格类现在完全可以绕过自己直接找皇太极，这意味着皇太极内心里根本就不相信自己，可是这一次自己可是什么出格的举动都没做啊。心里是这么想，济尔哈朗可不敢问出来。他已经觉察到皇太极的目光向他这边扫射过来，他连忙低头掩盖住自己神色。
皇太极没有看出什么端倪，便摆摆手示意莽德格类退下。莽德格类内心狂喜，不住的磕头谢恩。两年够了，只要给他两年的时间他有信心将镶蓝旗恢复到之前的样子。
此次对阿敏的审判结束之后，金国的决策层开始对整个大凌河防线的布局进行调整。首先是蒙古军，既然已经分到了辽河以西的肥美土地，也可以班师了，土谢图连夜便带着剩下的部众开始返回草原，辽东军镇几乎被打空，现在全都是漏洞，即便是明国的新军在这里，也不过是能控制宁远，锦州这些个主要的大城，很多军堡依然是空无一人，而且明军的步兵居多，机动能力不行，也没有能力封锁整个辽东镇，毕竟兵力不足，反倒是土谢图他们回去的时候还可以搜索一番，如果碰到一些村落军堡什么的看看能不能搜刮一些油水。
蒙古军选择从西北方向的大尖山经过大凌河中游，撤回草原，再派驻兵力到辽河套，并且迁移一部分部众过去。因为蒙古参战的部落也是众多，一些小部落的壮丁全部被消灭，很多小汗王也是战死，这部分人的部落身家回去之后肯定会被周边的大部落吞并，所以蒙古军内部也是一大堆事情要处理，加上已经到手的辽河套如何分配也是一个大事，他们回去还要慢慢商议。皇太极没有挽留他们的意思，也没有这个心情。草草和土谢图作别，便立刻处理八旗的事务来。
经过商定，从大局出发，目前要做的就是将已经占领的大小凌河和锦县守住，小凌河是废城，没有防守的意义，明军恐怕也不会眼看着自己修复城池，所以干脆放弃，以锦县县城和大凌河城构筑一道防线，保持有三个旗的兵力驻扎在这里。目前统计一下兵力，两黄旗和两白旗只剩下一半不到的人马，合起来约有一万三四千人，镶蓝旗直接排除，正蓝旗建制基本完整，正红旗建制也基本完整，镶红旗还有约三个甲喇，四千人。只能采取轮换防守的办法。以三个月为一轮，两黄旗和两白旗先撤回去补充，留下两红旗和正蓝旗，调代善来充任指挥官。留下巴牙喇。这样兵力勉强足够，等其他的旗补充人员物资完毕再调换回来。