王晓良安排的几路大军，一路攻城拔寨，在后光明天皇离开的一天后，便打到了京都城前，此时孙连柱也还在清剿附近的城池，王晓良倒是不太急于拿下这座城池。
他派人来到京都城前喊话道：“城里的守军听着，大明陛下的军队已经来到这里，快点弃城投降，我们还会饶你们一条生路，否则城破之时，便是你们的死路，只要你们投降，我们也一定会善待你们的天皇。”
王晓良自然不知道后光明天皇，已经被保科正之带去了指月城，而城中的倭寇将领听到明军的喊话也会是惶恐不已。
京都城主府内，松永尺五正安排着城防军对京都城内进行防守工作，一位德川家的将领此时也来到了松永尺五的面前，恭敬地问道：“松永大人，如今天皇也已经去往指月城，为何您还要这么固执地防守京都，不如我们和家光将军汇合，这样的胜算岂不是更大？”
“不，你的想法我明白，但如今我们能做的便是尽量为天皇陛下和家光将军争取时间，你仔细看看我的布防。”松永尺五回答道。
这位将领看了看松永尺五的布防图才发现了蹊跷，松永尺五将原本五万的京都守军，分成两部分，一部分驻守在四面的城墙，另一部分则是分散至了京都城的众多角落，每队人马不过百人，这样肯定无法对明军造成大量的损失，但是仅仅考虑拖延时间的话，已经足够了。
他看向松永尺五问道：“难道大人已经不准备再离开京都了？”
“没错。”
松永尺五回答道：“我自小就在京都长大，这里的一草一木我都很熟悉，我的想法便是死在这片战场上，如果你想要去指月城的话，我倒可以安排你从西边离开，趁着现在明军还没有包围京都城，还有机会。”
“大人倒是小看我了，你一位儒生也能做到这点，我好歹也是武士，为何还不如你？”将领回道。
这番对话也传遍了整个京都军，一些不愿赴死的将领也被松永尺五送离了京都城，剩下的一些自然是同这位德川家将领一般，认为自己作为武士不能输给儒生而坚持留了下来。
松永尺五看着这些平日里娇生惯养地贵族子弟也是感叹道：“平时倒是我自视清高了，没想到你们其中还是有一些拥有气节之人，只恨我松永尺五没有早点认识你们。”
……
三日后，从孙连柱及岛津亿隆都收到喜报的王晓良也准备正是进攻京都城了，他本以为大军压境之下，这些人会和之前的城主一般自动弃城而逃，但没想到京都城的守军并没有选择投降，他安排孙连柱从西面，自己又派了一部分士兵前往京都城的北面，前来汇合的岛津亿隆和德川光友则是驻扎在了京都城的东面。
四面围城之下，京都城再无生路。
“大人，这京都内的天皇陛下是不是已经逃了？”德川光友疑惑地问道。
若是后光明天皇还在城内，他觉得这些人为了天皇的安全考虑，一定不会选择这样的死守，就算为了天皇，他们也一定会放下身段，向明军求和。
“没错。”
王晓良回道：“我在西面布置的一些士兵也拦截了一些自京都城内逃跑的倭寇将领，据他们所说，后光明天皇已经随着保科正之前往指月城了，如今的京都城内只有松永尺五带着他们在防守，松永尺五此人你可认识？”
“自然是认得，这个人是京都城内的大儒，我也随着父亲拜访过他，他一直不愿意出仕，没想到如今却主动担当起了守城的任务。”德川光友回道。
“好，既然他们不愿意投降的话，全军士兵听令，全面攻城。”王晓良命令道。
在王晓良的命令下，仆从军十余万的士兵从京都城的四面同时开展了进攻，这些京都城的守军也在同一时间开始用弓箭和燧发枪进行抵抗。
而明军士兵则是在仆从军士兵的身后，按照之前的老办法，利用这些仆从军吸引火力，靠着步枪的距离优势，射杀那些守军。
很快连续三波的城防兵就都被明军消灭，负责守城的将领也找到了松永尺五道：“东面和南面的城墙已经守不住了，再过不到半个小时的时间，明军就会攻进城来，大人我们该怎么办？”
“剩下的守城士兵继续守城，其他士兵按照我之前的布置，在京都城内各处防守，大家不要想着能活下去了，我们的目的就是拖延时间。”松永尺五回道。
“好，为了天皇，为了京都。”
将领也明白了自己的结局说道。
“为了天皇，为了京都。”
士兵们也在这样的气氛下，一同高喊道。
剩余的三万多名士兵也在城破前的一个小时时间内，按照松永尺五的安排，分成了数百个小队，防守在了京都城的各个角落。
“司令，东面城墙已经攻下。”
“司令，南面城墙已经攻下。”
随着通讯兵的回报，王晓良也下令道：“北门和西面的士兵继续进攻，其余士兵进城，直取城主府。”
“是司令。”
京都的城主府自然就是天皇的居所，八万多名仆从军同时进入了京都城内。
但很快他们便遭到了城内士兵的顽强抵抗，数百个小队不断地与仆从军先头部队进行着巷战，在京都城的每个角落里，战斗随处可见。
战斗一直持续到第二天清晨，带到北门和西面的士兵也攻入京都之时，原本的八万人的仆从军竟然只剩下了几千人，而防守的京都城士兵也是所剩无几。
“司令，这些京都的守军太可恶了，他们所藏身的地点都非常的隐蔽，让我们防不胜防。”德川光友说道。
“明军士兵呢？有没有损失。”王晓良问道。
“没有，明军士兵在外围扫荡，并没有进入京都城的街巷。”岛津亿隆回道。
“京都城拿下了？”王晓良问道。
“嗯，守军已经被全部杀死，剩下几百人还躲在天皇居所内，大人现在该如何处理？”岛津亿隆问道。
“杀，杀光他们，至于京都城内的百姓，德川光友，就交给你来处置。”王晓良回道。
“是，大人。”德川光友回应道。
实际上除了岛津武士之外，最先攻城的八万人中各城主处召集的士兵已经全部损失，不过王晓良并不在意这些。