樊一蘅、秦良玉在商定拯救东乡县时，为了牵制大西军的军队，决定由郑森率舰队沿嘉陵江北上，炮击沿江关隘、城镇。
郑森临出发前，秦良玉对郑森说道，进入严冬后，嘉陵江广元段会冰冻，因此无论如何，你们在十二月前必须离开广元。
当秦良玉去万县时，余朝宗率1万人马赶往重庆城北的合州（今合川），王祥也率1千人马赶往重庆城西的“青木关”。只要守住合川、青木关，大西军没没法从陆路进攻重庆城，除非大西军攻陷江津后，再次从西部的水路进攻重庆城。
余朝宗出发后，“石柱号”、“垫江号”、“丰都号”驶入了嘉陵江。
郑森率舰船溯嘉陵江而上30多公里后，来到了观音峡。
观音峡是中梁山脉被嘉陵江冲刷侵蚀形成的峡谷，全长约3.7公里，最窄处江宽仅140米左右。峡旁悬崖高处有一古刹，名“观音阁”（今已被毁），该峡就以“观音阁”命名。峡口岸边有巨石屹立，形如石笏，俗称“文笔石”，因此观音峡也被称为“文笔峡”。
长江有瞿塘峡、巫峡、西陵峡大三峡，嘉陵江也有小三峡，分别是观音峡、温泉峡、沥鼻峡。
观音峡就是嘉陵江小三峡的第一峡，两岸峡谷雄险，主要的山岭有张飞岭、鸡公岭、凤凰岭等。它的上游7里就是温泉峡。
温泉峡处于缙云山段，全长2.7公里。因峡口建有温泉池，故称此峡为“温泉峡”。有的时候将“温泉”称为“温塘”，因此“温泉峡”也称“温塘峡”。入峡江水咆哮奔腾，旋涡叠生，气势磅礴；峡壁两岸相距不过200米，悬崖挺立，犹如刀凿斧削；峡岩之腰，泉如汤涌，云根窦生，景色秀丽，为小三峡之冠。
温泉峡上游30里就是沥鼻峡，它全长3公里，峡中江流湍急，水深莫测，峡岸群峰高耸，峻峭幽深。因峡中有“牛鼻洞”，因此“沥鼻峡”也被称为“牛鼻峡”。
张献忠占领重庆后，也许认为没有敌人会越过重庆城进入嘉陵江，也许认为自己的兵力不足，因此在小三峡没有设置任何炮台，只设置了几个哨台。这些哨台被舰炮一一摧毁。
郑森率舰队越过沥鼻峡后，看到峡口江右岸有个盐场。
洪武年间，人们在嘉陵江右岸的小支流回龙河发现了盐泉，于是在此熬盐，称为“河心盐场”，后来盐工们在此建了个“河心镇”。历史上，进入清代后，“回龙河”更名为“盐井溪”，“河心镇”改名为“水清镇”，进入民国后，“水清镇”被改名为“盐井镇”。
大西军占领“河心镇”后，在此驻兵以收取盐税。这些收税兵看见下游来的3艘舰船插着明军旗帜时，吓得腿都软了，纷纷逃跑。
郑森派人登陆后，从盐场的煤铺里买煤。
河心镇附近开采有煤矿，煤商就把这些煤矿开采的煤运到“河心镇”，出售给盐场，盐场用买来的煤炭熬盐。
煤铺掌柜见突然冒出的官军来到铺子里，以为自己冒犯了官军，吓得话都不敢说了。等官军开口后，他才知道这些官军要买煤，于是就把煤场上所有的煤卖给了官军。官军告诉煤铺掌柜，以后多运点煤炭到“河心镇”来，有多少，我们就买多少。
煤炭被全部装上船后，煤铺掌柜看着远去的官军，心想以前官军只会来抢煤炭，大西军也不是好东西，也经常来抢他的煤炭，怎么现在的官军改性子了，不仅价格比卖给盐场的要高，而且支付了所有煤款。他掂着手中的银子，突然想到官军说以后还要来买煤炭，而且是“有多少就买多少”，难道以后官军会经常来？
“石柱号”、“垫江号”、“丰都号”补充煤炭后，离开码头继续上行，绕过“银窝子滩”后，看到江边有个“石灰窑”。
“银窝子滩”并不是因开产银矿而得名，是因为此地的江底有大量银子才得名。嘉陵江水进入“沥鼻峡”时，因江水在这里有个接近90°的急转弯，水流特别湍急，形成很多漩涡，即使熟悉水情的商船路过这里，不小心的话也会船翻人亡。船翻后，商人装在船上的银子就沉入江底。枯水期时，有胆大、强壮、水性好的人冒险潜入江底，往往真能捞到银子，所以这个湾口被称为“银窝子”。后来，当地人在银窝子的岸边发现了石灰石矿，就开采了石灰石后，在此筑窑，利用附近煤矿开采的煤炭来烧制石灰。
在后世，重庆合川在盐井镇附近还发现了天青石矿、白云石矿，重晶石矿，其中天青石储量40万吨，位居全国首位。不过盐井镇的天青石矿经20多年的过度采挖后，今天盐井镇的天青石资源接近枯竭，江苏溧水爱景山的天青石储量才成为全国第一。
石灰窑里的窑工们看着溯江而上的官军舰船，听到了喇叭里传来的声音“我们是四川巡抚秦良玉秦大人手下的水师......”，他们心里想着今后家里真能分到地了？
郑森率舰船继续上行20里后，来到了合州（今合川）的“钓鱼城”下。
合州在春秋战国前期称为“巴子城”，是巴国的别都。秦国吞并巴国后，设垫江县，隶属巴郡，治所就在“巴子城”。经汉朝、三国、隋朝、唐朝后，因“巴子城”位于涪江汇入嘉陵江之处，上游16里又是渠江与嘉陵江交汇处，因此将“巴子城”改为了合州城。进入宋朝后，在合州城东筑了“钓鱼城”，州治迁居“钓鱼城”。南宋开庆元年（1259年），蒙哥率元军进攻钓鱼城时，被流弹击中身亡。此后，蒙古人在世界各地的众王纷纷回师漠北争夺汗位，使得南宋王朝延续了20多年，甚至改变了蒙古人在欧亚战场的格局。钓鱼城直到祥兴二年（1279年）才被元军占领，宋军在此的保卫战整整持续了36年，写下了世界历史上罕见的以弱取胜的战例，“钓鱼城”也被欧洲人称为“东方麦加城”、“上帝折bian处”。进入明朝后，合州隶属于重庆府，县治搬到了西岸的“巴子城”。
元军攻下“钓鱼城”后，也没重建被摧毁的“钓鱼城”。到了明代后，官府同样也没修复钓鱼城。不过元军在占领钓鱼城后，在西岸的小山上设有炮台，这座小山此后就被称为“炮台山”。进入明朝后，明军也在炮台山驻有重兵。张献忠的大西军占领合州后，为防守合州城，同样在炮台山驻有军队。
郑森在望远镜里发现炮台山上只有2门大炮，心想大西军也太大意了吧，这么重要的关隘怎么只布置了2门大炮？不过，即使有一门大炮也得摧毁，于是“石柱号”用几发炮弹让炮台山的大西军领教了新式“开花弹”的厉害。
铁血军舰船摧毁了炮台山的炮台后，拐过江湾就看到了合州城东北边的广济门。
由于合州城是沿着嘉陵江江岸修筑的，因此它并不是呈规整的东、南、西、北的城镇，而是呈东南——西北走向的长方形城镇。合州城的城墙是天顺年间（1463年）由重庆知府唐珣奉旨修筑，城墙周长2924丈（约9.7公里），作为州城来说，其规模在四川、贵州、云南地区也是数一数二了。城墙高3丈，宽1.5丈，当时设有望江、迎晖、广济、会江、安远、阜民、观德、洛阳、演武、瑞应、迎恩共12门，后来又添加了小南、通济2门。到了嘉靖十六年（1537年），合州知州迷信，说门多了会泄气，于是封堵了观德、小南、通济、瑞应四门，这样合州城只剩下了10个门。到了嘉靖四十一年，又把小南、瑞应门开回来了，这样合州城又有了12个门。在后世，合川城唯一遗留下来的明代城门“瑞映门”，其实就是明代在瑞映山修建的“瑞应门”，而现存的城西北的“塔耳门”其实是清代修缮的“演武门”。
大西军占领合州城后，不仅在城内驻有军队，在城墙、城门上还设有大炮。但前一阵子很多大西军被调往了保宁府，因此现在合州城内只驻扎了1千多大西军。驻守在合州城内的大西军早听见了炮台山上的炮声，他们也搞不清是怎么回事？等铁血军的舰炮摧毁了广济门后，守城的大西军才知道有敌人来攻城了。合州城距东边的江湾有7里，大西军的大炮都是小型炮，射程根本够不着江里的舰船，守城的大西军成了挨炸的靶子，他们眼睁睁地看着官军摧毁了东北城墙上的大炮后，接着开始炮击东南城墙。这时，守城的大西军将领张尽孝冒着炮火来到了东北城墙。
张尽孝是张献忠义子张能奇（也叫艾能奇）的结拜大哥。当年他和艾能奇乞讨流浪时，张尽孝才15岁，而艾能奇只有12岁，2人为了活命就结拜城兄弟，后来双双投奔了张献忠。张献忠见艾能奇清秀可爱，就把他收作义子。待艾能奇长大后，张尽孝就成了艾能奇的部将，不过艾能奇一直很尊重这位义兄，从不在他面前摆架子。
张尽孝蹲在城墙上，看着江中的舰船朝城墙发射着一发发炮弹，心想自己根本没法还击对方，手下只有1千人，能挨多少发这样的炮弹？可就这么挨炸也不行，还是跑路要紧，于是他下令撤离。城墙上活着的大西军得令后纷纷跑下城墙，从西北的演武门、西南的洛阳门涌出后，逃进了西北部白鹿山、西部的石鸡山。
郑森在炮轰合州城时就发现守城的大西军只有千人，心中也纳闷，怎么张献忠在这么大的合州城只驻扎了这么点军队？连炮台山也只有2门大炮。现在见城内的大西军逃跑后，他下令铁血军登陆，到城内去了解一下情况。
当身穿蓝色制服的铁血军士兵从广济门进入城内后，竟然发现有几个没逃跑的大西军士兵在趁机抢劫，铁血军士兵用燧发枪让那几个大西军知道了什么叫“远程武器”。铁血军击毙了那几个大西军溃兵后，随后在城内开始大搜索，凡是发现趁机抢劫的溃兵、盗匪，一律击毙。很快城内恢复了秩序。
经向城内的百姓打听，郑森才知道前一阵子大顺军进攻了保宁府，大西军为了夺回保宁府，派艾能奇去夺回保宁府了，所以驻合州的很多大西军士兵北上了。
次日，余朝宗率1万明军到达合州城，从郑森手里接管了城防。
躲在白鹿山的张尽孝原本想等官军舰船离开后再夺回合州城，现在见来了1万名官军后，知道靠自己剩下的几百人夺城无望，于是赶紧离开了，他要回成都向张献忠报告。