按刘云龙的计划，要送50万难民到南方去，其中大明琼州府30万，柬埔寨南荣府10万，渤泥三发一带10万。
在刘云龙赴库页岛途中时，南京兵部尚书史可法与北京兵部尚书张国维协调后，张国维签发了调动郑芝龙舰队护送难民南下的命令。
史可法立即派人去厦门与郑芝龙接洽，郑芝龙同意派舰船北上，条件是每护送一次难民到琼州府，需要6万两银子；每护送一次难民到柬埔寨的河仙镇，需要8万两银子；每护送一次难民到渤泥国的三发，需要10万两银子。
按说，郑芝龙的要求也不过分，他承担了所有的运输船只及护送舰船，不可能免费呀，北京兵部又没给钱，那这笔钱只得由南京兵部来解决。
史可法一听郑芝龙每护送一次难民到琼州府就需要6万两银子后，差点晕了。
逃到江南的难民有百万之众，仅苏州一府境内就有50万。刘云龙已运了几万难民去了库页岛，还有不少难民呢。要把这么多难民运往琼州府和海外，只有靠郑芝龙的舰队护送，才能避免受到海盗及荷兰、西班牙、葡萄牙舰队的攻击。
明代南方用于海运的船只主要是福船，最大的福船长度为9丈多，宽2丈多。用于战舰的福船可载员64人，其中水手9人，士兵55人。用来运输的话，因不需要舰炮，因此可载员200多人（40户—50户）。
史可法匡算了一下，仅把逃到江南百万多难民中的30万送到琼州府，就需要1500艘船次，即使每次出动100艘福船，也需要15批次，得向郑芝龙支付90多万两白银。把10万难民送到柬埔寨的南荣府，需要40万两银子。把10万难民送到渤泥国，需要50万两银子。
史可法本想把手中掌管的银子用来向大华公司采购燧发枪、新式大炮、火药，更新南直隶辖境内各卫所的武器装备。但这么多难民留在江南，各府也需要拿出巨额费用来赈灾，大华公司新开的矿山、工厂又消化不了那么多人，因此史可法思虑了很久，终于咬咬牙，答应了郑芝龙的要求，暂时把难民送到琼州府。
但南京兵部也拿不出来90多万两的银子，他只得与南京户部尚书高弘图商量，能否动用南京户部掌管的钱财。
在留都南京的六部院中，南京户部是比较特殊的一个部院。南京的其它部院都是不受皇帝待见的官员来担任的，被称为“官守无责”的养老之地，但南京户部却是个例外，官员不但不清闲，还很忙，户部尚书都是由皇帝信任的人来担任的。原因是南京户部不仅管辖着南直隶的钱财，还管辖着浙江、湖广、江西3个布政司上缴的税赋，与北京户部比起来，手头曾宽裕得很。另外，南京户部还管理着全国的储粮、盐引勘合，杭州、扬州、淮安钞关的官员也由南京户部的官员出任，因此南京户部的官员不仅油水足，而且活得都比较滋润。
高弘图是万历三十八年（1610年）的进士，崇祯五年（1632年）任工部右侍郎，因与皇帝派驻工部的宦官张彝宪不合，被削去官职，在家闲赋10年。去年阿巴泰率军侵扰胶州时，他出资10万两银子助兵民守城。崇祯闻知后，让他到南京任兵部右侍郎，做史可法的下属。可才到任一个多月，崇祯就下旨，让高弘图出任南京户部尚书。
高弘图曾在史可法手下做了1个多月的下属，见到老长官来了，忙把史可法引到客厅。听明白了史可法的来意后，高弘图说道：“史大人，不是我不给你面子，实在是也没那么多银子。”
史可法问道：“你的户部向来不是很宽裕的吗？”
“那是以前。这几年，不仅皇上来旨要钱，北京工部、户部、光禄寺及其它衙门都借着各种缘头来要钱，都是只借不还的主，现在我们户部也几乎被抽空了。”说完还让下属把北京各衙门来要钱的借据拿给史可法看。
没钱可办不了事呀，二人在客厅商量来商量去，东挪西凑，总算凑满了90万两银子，至于难民在途中的吃用开销费用就分摊到南直隶江南各府了。
四月二十日，第一批去往琼州府的2万难民在太仓吴淞港（今属上海）登上了郑芝龙派来的100艘船只。郑芝龙还派出了20艘护卫舰船，这些舰船停泊在钱塘江口，带队的是郑芝豹。
蒋如锦、周泉也分别带着人在吴淞港登上了来自宁波、温州的海船，这些船都是大华公司出钱租来的。
蒋如锦这次带了500名安保人员，他将到琼州府就任安保公司琼州分公司指挥。
周泉这次也带了550人多人，他们将到达广州后，再坐船去田州（今广西百色），然后赴云南。550人中有100个木工、100个铁匠、100个矿工、200个安保人员，还有50个管理人员。盛居松也跟着周泉去云南，他听说云南那边盛行瘴疠，又缺医少药，就报名随周泉去云南。
在港口，苏州府同知曹毅明把太仓水师千总贺吉良、蒋如锦、周泉介绍给了郑芝豹认识。上次郑芝豹护送登莱巡抚曾化龙路过苏州时，曹毅明与郑芝豹就认识了。
郑芝豹与贺吉良、蒋如锦、周泉作揖致礼后，也把站在身边的一个20岁模样的小伙子介绍给了大家认识，这个小伙子叫郑森，是郑芝龙的长子，也是郑芝豹的大侄儿。
郑森看见贺吉良、蒋如锦腰间都挎着一把枪后，问蒋如锦：“你们这种是什么枪？”
蒋如锦年纪和郑森相仿，就告诉他：“我们这种枪叫手枪，是用燧石击发的？”
“我能看看嘛？”
“可以。”说完，蒋如锦就拔出手枪，递给了郑森。
郑森接过手枪，端详了一会儿，问道：“这种枪打得远吗？”
“不远，最大射程190步，有效射程只有60步。”
“我能试试吗？”
“行。”
蒋如锦拉着郑森走到没人处，掏出子弹，替郑森装上后，教他开枪。
郑森见只需扣动扳机，就能射出子弹，就说道：“用起来确实比鸟铳方便。”然后指着蒋如锦手下背着的长枪问道：“那种长枪的射程是多少？”
“长枪的最大射程是1440步，有效射程是320步。”
“能射那么远？我们可以向你们买吗？”
“能不能买，由我家公子做主。不过我想应该能的吧。”
郑芝豹见大家都已登船，见是西南风，忙催着启航。
郑芝豹见侄儿与蒋如锦谈得蛮投机，就邀请蒋如锦座自己的指挥船。
船队离开港口进入航道后，郑芝豹看见航道里不时有蒸汽机船来来往往，就问蒋如锦：“怎么这些船只都不用风帆的？”
蒋如锦告诉郑芝豹：“这些船都是靠蒸汽机驱动的，用不着帆船。”
“你们既然有这种船，为何要让我们用帆船输送难民？”
“这些蒸汽机船也在输送难民，不过不是送到南方，而是送到济州岛、库页岛。”
“济州岛不是朝xian的吗？库页岛是哪里？”
“库页岛就是你们说的苦夷岛。济州岛、库页岛已经被一股海盗攻下来了，他们愿接受几十万难民。”
“你们和海盗有来往？”
“这些海盗与我们做生意，这不就有了来往了吗？”
“你们和海盗也做生意？”
“他们又没来杀人放火，干吗不能做生意？”
郑芝豹一听，自己可也是海盗出身，忙说道：“对对，可以做生意。”然后问道：“可苦夷岛有几千里远，你们把难民送到那里去干吗？”
“库页岛是我们大明的土地，把难民送到那里去后可以开荒种地。”
“虾夷岛都不能种地，苦夷岛能种地？”
“我家公子说了，虾夷岛、库页岛可以种庄稼。”
“听你家公子胡说八道。”说完，郑芝豹去甲板巡视了。
郑森见叔父离开后，对蒋如锦说道：“明年我要到南京国子监读书了。”
蒋如锦听后，问道：“你干嘛要去国子监读书呀？”
郑森说道：“前几年我考中了秀才，父亲让我今后考举人、进士，所以就通过关系把我弄到南京国子监，还替我找了个家庭教师。哦，对了，这个家庭教师是你们苏州人，叫钱谦益。”
“哟，钱谦益可是我们苏州的大文人呀，你今后一定能考上举人、进士的。不过，你干嘛非要做文官呢？”
“我倒是想做军官呀，可朝廷没专门的地方培养武官呀？”
“朝廷没有，我家公子有呀。”
“你家公子有地方培养武官？”
“我家公子办了个讲武堂，专门培养步军、水师军官。”
“真的？那我回厦门后，和我父亲说说。”
郑森，出身于天启四年（1624年），母亲是日本人田川氏。原名郑福松，读书时老师给他起名森，寓深沉整肃，丛众茂盛之意。崇祯十一年（1638年）就已考取了秀才。历史上，南明朝弘光帝覆灭后，在福州登基的隆武帝为了表示对郑森的宠爱，赐姓“朱”，并将原名“森”改为“成功”，也就是后世大家都熟悉的“郑成功”。
船队到钱塘江口后，太仓水师的护送任务结束，接下来将有郑芝豹的舰船护送难民到琼州府。郑芝豹与贺吉良告别后，率队继续南下。
帆船的航速在顺风时可以达到每小时20公里，但这个季节东海盛行的是东南风，帆船大多是逆风航行，平均航速只有每小时12-15公里。晚上又不能航行，因此船队从钱塘江口到到台湾海峡，几乎用了10天时间。到了台湾海峡后，又遇到流向为从南往北的黑潮，因此航速很慢。
好不容易过了台湾海峡，几天后船队到了广州洋面。周泉的船队拐向广州，他们将在广川在转船，从珠江去田州。郑芝豹的船队驶向海南岛。
又过了几天后，郑芝豹的船队终于在琼州府海口港靠港。