崇祯安排部署准备了三个月的京城清朗行动轰轰烈烈的开始了，事情的安排是这样的。
先由锦衣卫暗访京城的地痞流氓纨绔子弟的犯罪情况以及犯罪证据，魏忠贤做好准备负责接收犯罪分子，而大理寺和刑部依据自己的职责范围审理属于自己职责范围内的刑事案件，由于证据都是锦衣卫提供的，因此锦衣卫协理并监督审案公正性，审完之后结案交给魏忠贤。
也就是在崇祯元年的十一月底，锦衣卫大出动，全程抓捕了地痞流氓共计五千三百人，几乎是一锅端了。
例如粪帮经常为了扩大地盘大打出手，时常伤及无辜。抓到的纨绔子弟二百一十人，对于纨绔子弟，崇祯要求抓那些犯罪严重的，诸如强抢民女、夺人家财、谋财害命的，诸如仅仅是吃喝嫖赌无犯罪的安分守己分子则不去管。
锦衣卫大牢和东厂大牢已经满了，锦衣卫接管了刑部的部分牢房来关押才算是全部收监。
刑部尚书冯英与大理寺卿梁天奇都是崇祯登基后特意选的，朝中被魏忠贤祸害几年，也真的无人可用，挑挑拣拣选了一些朝中名声还不错，据说清正廉洁的人。
抓捕进行到一半的时候，崇祯先是收到了六科给事中的几个小罗罗上奏说锦衣卫无法无天全京城拿人，引得民间人心惶惶，怨声载道。
崇祯找来几人，问他们怨声载道从哪里听到的？可否去深入民间去调查过。他们都表示只是听说，公务繁忙没有时间去民间深入调查。
崇祯就拿出锦衣卫给崇祯的单子，甩到他们面前。他们拿着单子查看，某某于某日当值时间逛某某楼，喊了几个女子，女子是谁，进出时间，记录的都是他们当值时间不在公房办公而是做无关的事情。
这几个六科给事中有一人虽说不正直但是为人比较刚烈，急忙说道：“陛下是要效仿太祖高皇帝用锦衣卫监察百官吗？请陛下裁掉我等给事中，我等的监察和谏事的责任都交给锦衣卫。”
“百官清廉任事还怕监察吗？第一你们在值班时间不能好好当值，却说自己公务繁忙无时间去深入民间调查，朕是用这些事告诉你们，你们有时间的。”
崇祯伸着两根手指继续说道：“第二你们有监察和谏言的责任，但是你们不是御史可以风闻奏事，你们是掌侍从、规谏、补阙、拾遗、稽察六部百司之事，若你们风闻奏事，那还设置你们作甚，御史不比你们做得好？什么是规谏、补阙、拾遗、稽察六部百司？”
崇祯瞥了一眼跪在地上的几个官员，厉声说道：“那是你们要有足够的见解、学识、经验以及证据才能做这些，依朕来说就是你们要经过缜密的逻辑分析、大胆假设小心求证，谨慎自己的言行。”
“既然你们说民间怨声载道，朕派几个太监跟着你们，你们这几天就深入民间去调查一下看看，调查完给朕写一份报告，就叫《崇祯元年十一月京城清朗行动之民间调查报告》，给朕写足五千字”
说完崇祯想到了什么又补充说道：“不许引经据典的废话凑字数，要都是真凭实据，涉及人物要有姓名时间年龄工作，他经历了何事对这次行动的看法，其中你们问的问题也要一字不落的原话记录。”
他们上疏哪里是为百姓说话，只是这些地痞流氓都是各府的财务来源之一，眼看着崩了，哪里舍得，就找这些人上疏。
崇祯这一波把上奏的人下派到民间之后并没有止住上奏，因为还抓了不少大臣与勋贵子弟，各家都急眼了，六部尚书也都上疏请陛下待民以宽，崇祯回问他们所指的民是哪些人，后来崇祯不想再去跟他们继续掰扯，再递过来的奏疏就都留中不发。
终于维持了将近一个月的清朗行动抓捕结束了，崇祯下旨让锦衣卫协助大理寺、刑部审理，从严从重处理，判决后交给魏忠贤最后定结，并要求在今年的休沐之前全部处理完。
其实后来那些纨绔子弟的世家不再鼓噪着上疏的原因就有一个，那就是审完之后的人都交给了魏忠贤，他们知道皇帝交给魏忠贤来做最后的定结处理，那么就是皇帝网开一面了，开了一个口子，魏忠贤贪图富贵，能用钱解决的事情都不算事情。
刑部与大理寺的人顶着黑眼圈，依然疲惫至极，给的时间太紧了，二十天左右要审理大大小小的案件五千多起，平均每天接近三百起，这不是在审理案件，这是把刑部和大理寺当牛马，三百一天肯定是审不完的。
在刑部和大理寺的人员抽调一空又从顺天府借调人过来之后，终于在休沐之前审理完所有的案子。而审理好的案子都到了魏忠贤那里，魏忠贤也不含糊，假装要贯彻陛下的意志从严从重处罚，自审理第一天以来，魏忠贤的门槛都要被踩坏了。
终于在第三天的时候有人被魏忠贤放出来了，那人被打断了一只手，估计没有两三个月别想干活。
这人是收取小商小贩的保护费的头头，管理着几条街。有一次将一个小贩打的卧床三个月，魏忠贤要求此人赔偿小贩的损失合计一百两。
谁知此人强硬至极，表示自己背后有人，让魏忠贤等着。魏忠贤还震惊竟然有人不知道自己的大名也是稀奇，不过等了两天他背后的大人物也没消息，这人就开始慌了。
就在他绝望之时他老婆带着两千两银子过来把他保释走，由于之前骂了魏忠贤，所以直接被魏忠贤安排人打断一条胳膊，并要求如果不赔偿小贩的损失，会抓回来打断一条腿。
就这么朴实无华，魏忠贤收钱收的都麻木了，表示：我不在乎钱的，我处理这些案子，一分钱工资都没拿的。
魏忠贤想着自己的指标又要完成一大笔，自此就再也不需要绞尽脑汁给崇祯捞钱，一想到此处就充满了干劲，不过一刹那他又想到自己如果不给崇祯弄钱了自己会不会遭到厌弃，在纠结中努力的干活。