当时，年幼的超梦在充满培养液的装置中沉睡，黑暗中不断思考着自我存在意义的问题，例如“这里是何处？我是谁？是谁带我来此？”外面的研究员们对它的沉睡感到惊奇，他们好奇为什么这个复制宝可梦还没觉醒。超梦捕捉到了他们的议论，却无法理解他们的语言。
此时，超梦突然听到了一个女孩的声音，她告诉超梦那是人类的语言。女孩现身在它面前后，超梦询问她的身份，得知她是人类。超梦进而询问自己是否也是人类，她却回答说超梦可能是人类，也可能是她的宝可梦。这个回答让超梦再次陷入困惑，让他无法确定自己的身份。
女孩安慰超梦，无论它是什么都不重要，因为包括她和这里的宝可梦在内，他们都是原型的分身，而她则是小爱的分身“小爱2号”。
富士博士和研究员们通过监测发现超梦和小爱2号正在交流。富士博士试图通过制造最强的宝可梦来探索其生命力的秘密，并赋予小爱2号真正的生命。
小爱2号向超梦以及小火龙二、杰尼龟二和妙蛙种子二展示了小爱记忆中的故乡，带它们感受了太阳、风、月亮和星星的魅力。然而，就在此刻，小火龙二的身体突然消失，接着杰尼龟二、妙蛙种子二和小爱2号的身体也渐渐消失。
超梦对小爱2号的消失感到惶恐，小爱2号向它告别时眼中泛起泪光。超梦不解，小爱2号告诉它那是眼泪，并向它表示感谢，然后彻底消失。
超梦因悲伤而释放出强大的能量，富士博士赶紧下令为它注射镇定剂，超梦的脑电波才得以恢复正常，重新进入睡眠状态。在沉睡中，超梦忘记了失去的小爱2号和复制宝可梦的一切。
直到此刻，超梦仍被众多心结困扰，为寻求内心的答案，对外界世界的渴望已达到极限。于是，它破坏了禁锢它的设施，从富士博士口中得知了自己的名字及身世后，愤怒地破坏了整座实验室。在此过程中，超梦偶尔能回忆起那些记忆中未曾出现的事物。它常常浮现梦幻的身影，挥之不去那个有人飞翔的地方。
此时，坂木乘直升机赶到，游说超梦与他联手，将世界掌控在手中，并建议它控制力量，以防止世界被其力量摧毁。超梦接受了坂木的提议，随他来到常青市。坂木为它穿上装甲，让它不断战斗。期间，它不仅击败了众多挑战常青道馆的训练家，还协助火箭队收服了大量的野生宝可梦。然而，这些经历并未解开它的心结，反而使其更加困惑自己所为。一次，在击败来到常青道馆挑战的训练家后，超梦被囚禁在火箭队总部，再次对“我活着的意义是什么”产生了疑问。
然而，坂木却对它说，作为人类制造的宝可梦，它应该为人类而活，否则它就没有存在的价值。听到坂木的这番话，它愤怒地挣脱束缚，破坏了火箭队总部，逃回了新岛。这次，超梦下定决心要向制造出它的人类复仇，让他们见识自己强大的力量。之后，它将新岛作为自己的大本营，控制乔伊作为自己的仆人，并向包括世界上许多有前途的训练家在内的所有人发出邀请函，邀请他们来到新岛上的宝可梦城，参加由身为最强宝可梦训练家的它所举办的宴会。为了考验受邀训练家的实力，它运用超能力在新岛及其周边的海域和城市制造了一场暴风雨。
虽然小羽作为世界上顶尖的训练家没有收到邀请函，但他仍然决定前往新岛一探究竟。为了避免与自己的同伴发生冲突，他让他们不要插手此事，但在强烈的好奇心驱使下，小智仍然前往新岛。如今的小智实力非常强大，他带着自己最强的六只宝可梦，坚定地前往新岛。而小羽则带着他所有的传说中的宝可梦——骑拉帝纳、洛奇亚、闪电鸟、水君以及风速狗。虽然充满自信，但小羽并没有忘记展现自己的威风。
在小智等人抵达宝可梦城市后，“最强宝可梦训练家”和“最强宝可梦”身份的超梦，在所有通过测试的训练家面前现身。海男对它提出质疑，超梦则以心电感应反驳，并利用念力将海男扔进水中。海男气急败坏，命令他的暴鲤龙向超梦发射破坏光线，然而破坏光线被超梦直接反弹回去，将暴鲤龙击飞至水池中。
随后，超梦认为乔伊已经无用了，便解除了对她的操控。小智等人对超梦的恶劣行径表示愤怒。超梦告诉他们，它曾经选择和人类合作，但人类的行为令它非常失望。它认为人类比宝可梦更加恶劣的生物，如果让人类继续统治这颗星球，这颗星球会彻底走向末日，而剩下的宝可梦也只会对人类唯命是从。
这时，小智的皮卡丘反驳了超梦，表示它是真心喜欢小智才愿意跟随他。然而超梦并不认同这个观点，认为皮卡丘跟小智在一起本身就是错的，并再次利用念力将皮卡丘击飞。幸运的是，小智及时护住了皮卡丘，并因此大为愤怒。
超梦更是表示越是弱小的宝可梦就越依赖人类。听到这番话后，一旁的空男也终于按耐不住，企图收服超梦，并派出独角犀牛攻击超梦，但独角犀牛根本就没有碰到超梦，就被反弹回去。超梦表示它天生的能力就比这颗星球上的宝可梦都要更强，并将众人带至竞技场。
小智不甘示弱地接受超梦提出的比赛，于是超梦让它所制造出来的喷火龙、水箭龟和妙蛙花的分身苏醒，准备与小智等人展开对战。