这时，史黛拉开车载着天桐和艾莉丝赶了过来，小智和藤夫坐上车，史黛拉将车开进树林里面
史黛拉：" 它居然从那个化石里复活了，真是不敢置信，可是现在我也不得不相信了。"
藤夫：" 那个火箭队好像想要利用原盖海龟对远古的那些神奇宝贝们进行大量的捕捉。"
艾莉丝：" 远古的…要怎么做？"
藤夫：" 罗斯山的地下有被称为时间之门的时空扭曲之处，据说穿过那扇门就可以回到过往的世界，我想我以前就是穿过了那扇门。"
史黛拉：" 你是说去坑道探险的那个时候。"
藤夫：" 嗯，照火箭队的说法，利用原盖海龟的活体能量可以让时空的扭曲稳定下来，让时间之门固定在打开的状态。"
天桐：" 原来如此，他们打算在那种状态之下回到过往的世界，把神奇宝贝全都带回来。"
艾莉丝：" 如果是那样，他们一定会来把原盖海龟抢回去。"
原盖海龟：" (不安)盖盖龟～"
藤夫：" 你不用担心，我们一定会保护你的。"
原盖海龟：" 盖盖龟～"
“咕咕咕～”
小智：" 它好像肚子上饿了。"
藤夫：" 好，原盖海龟，我先带你去吃饭吧。"
原盖海龟：" 盖盖龟～"
史黛拉把车停在一处空旷的草地上，小智、天桐和藤夫跑进树林里寻找树果…过了一小会儿，小智和天桐带回来一些树果
天桐：" 久等了，我们找回来了。"
小智：" 皮卡丘、牙牙，也有你们的份哦。"
皮卡丘：" 皮卡皮卡～"
牙牙：" yaya～"
原盖海龟：" 盖盖龟～"
皮卡丘和牙牙开心的吃着树果，原盖海龟尝试着吃了一口树果，马上就吐了出来
艾莉丝：" 怎么了？原盖海龟。"
史黛拉：" 它明明就肚子饿了，为什么不吃？"
小智：" 因为不合它的口味啊，就像始祖小鸟那样。"
藤夫：" 没错，就算肚子饿，不喜欢那食物和味道也吃不下去啊。"
藤夫带回来几颗树果
史黛拉：" 藤夫。"
藤夫：" 吃吃看这个吧。"
藤夫把一颗树果放在原盖海龟面前，原盖海龟尝试着吃了一口后，开心地吃了起来
天桐：" 真是奇怪，这是水系神奇宝贝们都会喜欢的味道。"
艾莉丝：" 明明这么好吃。"
藤夫：" 因为古代并没有那种水果，原盖海龟喜欢吃的水果现代已经不存在了，不过香味还有吃起来的味道跟这个很像。"
藤夫吃了一口手中的树果，刺激的味道让他脸色一变。
原盖海龟吃饱后，睡着了
艾莉丝：" 它的睡相真可爱，好想摸摸看哦。"
牙牙：" yayayaya～yaya～"
三人：" 哈哈哈哈～"
史黛拉看到藤夫手上的吊饰
史黛拉：" 那个吊饰…为什么？"
藤夫：" (收起吊饰)差不多该走了吧。"
藤夫抱起原盖海龟
藤夫：" 趁火箭队还没追来，要快点出发。"
小智：" 他们已经来了。"
哭哭面具突然出现，放出恐怖的音波，小智等人难受的捂住耳朵
武藏：" 找到你们了。"
小次郎：" 小鬼头们…"
喵喵：" 认命吧喵。"
藤夫：" 我不会把原盖海龟交给你们的。"
原盖海龟：" (害怕)盖盖龟～"
武藏：" 抵抗是没用的，滚滚蝙蝠，使出烈暴风！"
滚滚蝙蝠扇动翅膀，扇出一阵风，打在小智等人身上
小次郎：" 哭哭面具，影子球！"
哭哭面具扔出数颗黑色的能量球
“砰！！”
藤夫：" 原盖海龟！"
喵喵：" 目标锁定，发射喵。"
喵喵扣下扳机，从火箭炮射出一张捕获网
小智：" 铁尾！"
皮卡丘一跃而起，尾巴发出白光，身体一扭，把捕获网切碎了
喵喵：" 就差一点点，小鬼头太碍事了喵。"
这时，原盖海龟全身发出蓝白色的光芒，进化成了肋骨海龟
小智：" 原盖海龟进化成肋骨海龟了。"
小次郎：" 喵喵，不要让它跑了。"
喵喵：" 这我知道啦喵。"
肋骨海龟从火箭队吐出一道强劲的水柱，火箭队连忙躲开
艾莉丝：" 那是水炮耶，真厉害。"
牙牙：" yaya～"
肋骨海龟好像感应到了什么，愣了一下，猛地朝罗斯山跑去，小智连忙追了上去
天桐：" 它到底要去哪里？"
艾莉丝：" 等等，肋骨海龟。"
牙牙：" yaya～"
藤夫：" 难道是…"
肋骨海龟跑到罗斯山山脚下，凝聚出一颗灰白色的能量光团，扔向山壁，炸开了山壁，露出了一个洞穴，肋骨海龟跑进洞穴，小智跟了上去。小智跟着肋骨海龟在坑道里跑了一段路程，来到一处洞窟中，看到前面的岩壁上有一处地方散发着彩色的光辉
小智：" 那就是时间之门。"
肋骨海龟吐出一道强劲的水柱，轰开了山壁，露出了时间之门
肋骨海龟：" 肋龟～"
肋骨海龟走向时间之门，突然从后面射来四只机械爪
小智：" 烈焰猴，喷射火焰！"
烈焰猴喷出一道火焰，把机械爪都烧掉了
武藏：" (通讯装置)因为小鬼头的妨碍，我们没有抓到肋骨海龟，但找到了时间之门，门正在扩大。"
赛格博士：" (通讯装置)时间的扭曲已经到达极限了，快点抓住肋骨海龟，固定时间之门。"
喵喵：" (通讯装置)知道了喵。"
这时，天桐他们赶了过来
史黛拉：" 那就是时间之门。"
藤夫：" 没有错，我的确曾经见过那道光。"
武藏：" 上吧，滚滚蝙蝠！"
小次郎：" 哭哭面具，你也上吧！"
天桐：" 花椰猴，种子机关枪！"
小智：" 皮卡丘，十万伏特！"
花椰猴朝滚滚蝙蝠吐出许多种子，皮卡丘朝哭哭面具放出一道黄色的电流
武藏：" 快躲开，对皮卡丘使出空气切割！"
小次郎：" 对花椰猴用鬼火！"
滚滚蝙蝠躲开了种子，并扇动翅膀，扇出许多圆盘锯中的空气之刃，哭哭面具放出幽蓝色的怪异的火焰，扔向花椰猴
小智：" 皮卡丘，电球！烈焰猴，喷射火焰！"
皮卡丘在尾巴上凝聚出一个黄色的电球，扔向空气之刃，电球冲破了空气之刃，打中了滚滚蝙蝠；烈焰猴喷出一道火焰，抵挡着鬼火，把鬼火吸收掉了，变成了紫红色的火焰，并打中了哭哭面具
小智：" 皮卡丘，打雷！烈焰猴，喷射火焰！"
皮卡丘放出一股强大的雷电，烈焰猴喷出一道火焰，雷电缠绕着火焰，打中了火箭队
武藏、小次郎、喵喵：" 好讨厌的感觉啊！"
小智：" 还真是好久没有听到他们喊这句话了。"
随后，小智等人穿过时间之门，来到了过往的世界
艾莉丝：" 那个是野生的始祖大鸟。"
天桐：" 真的耶。"
小智：" 可惜手上没有收集资料用的装备，早知道之前就应该把火箭队的设备抢过来了。"
藤夫走到肋骨海龟身前
藤夫：" 我终于达成我们的约定了。"
肋骨海龟：" 肋龟～"
藤夫拿出吊饰，戴在肋骨海龟脖子上
肋骨海龟：" 肋龟～"
史黛拉：" 时间之门正在关闭，分别的时刻这么快就到了。"
藤夫：" 嗯。"
小智：" 保重哦，肋骨海龟。"
皮卡丘：" 皮卡丘～"
艾莉丝：" 打扰你们了，真对不起。"
牙牙：" yaya～"
天桐：" 接下来的日子要好好相处哦。"
小智、天桐、艾莉丝和史黛拉穿过时间之门，回到现代
藤夫：" 肋骨海龟，不管是过去或者是以后，我们都是朋友哦，永远都是，永远。"
肋骨海龟：" 肋龟～"肋龟～肋龟———
肋骨海龟身上流露出白色的光辉，当藤夫穿过时间之门，回到现代时，时间之门关闭了
史黛拉：" 那真是个美好的地方啊，不过那块化石已经不见了，藤夫你以前曾经到过过往世界的事不也没办法证明了吗。"
藤夫：" 已经没关系了，小时候可以和原盖海龟相遇，长大之后又能再见，这样就已经够了。"