(小智带在身上的神奇宝贝：皮卡丘、波波鸽、尖牙陆鲨、勒克猫、藤藤蛇、暖暖猪、石丸子)
某座城镇附近的研究所
红豆杉博士取出一块菱形羽毛的化石
红豆杉博士：" 请看，这个就是羽之化石，是七宝博物馆的芦荟女士提供的物品。"
艾莉丝：" 感觉不过就是个石头嘛。"
三人：" ……"
红豆杉博士：" 算了，每个人能感觉到的东西不一样。"
天桐：" 博士，那个化石是什么神奇宝贝的化石呢？"
小智：" 这是远古鸟神奇宝贝，始祖小鸟的化石。"
红豆杉博士：" 这个是想像图。"
小智：" 据说是生存在一亿年前的鸟神奇宝贝的祖先。"
艾莉丝：" 也就是说，是豆豆鸽这类神奇宝贝的祖先吗。"
红豆杉博士：" 没错，接下来，我就要让这个化石复活，恢复成当时的模样，我们的梦想就要实现了。准备好了吗？真菰。"
真菰博士：" 随时可以开始哦。"
红豆杉博士把羽之化石放入神奇宝贝复元装置里面
红豆杉博士：" 实验开始，这是羽之化石复苏为古代神奇宝贝的瞬间。"
真菰博士：" 嗯，确认已经固定化石，开始分析遗传因子的资讯。"
大屏幕上显示出大量的数据
真菰博士：" 这个化石里面有我们所不知道的很久很久以前的古代记忆在沉睡着，我跟红豆杉制造出来的这台机器是可以把藏在化石中的古代生物在现代唤醒的机器，你们也看到了吧，古代神奇宝贝的样子。"
艾莉丝：" 看得到吗，我只看到一堆数字耶。"
天桐：" 正因为它是一个非常优秀的科学家，所以才能从成串的数字中看到神奇宝贝，真是深奥的风味啊。"
红豆杉博士：" 因为真菰是个梦幻少女啊。"
真菰博士：" 遗传因子的资讯分析完成，好了，现在才是正式开始，轮到你上场咯。"
梦梦蚀：" sisi～"
真菰博士从机器里面抽出来一根粗管子
真菰博士：" 梦梦蚀，请帮助我们让梦想实现吧。"
梦梦蚀：" sisi～"
真菰博士把粗管子接在梦梦蚀额头上，梦梦蚀的梦烟慢慢注入机器里面
红豆杉博士：" 能源充填完成了吧。"
真菰博士：" 好，要开始咯，接触。"
真菰博士按下按钮，从机器里面发出粉红色的光芒
红豆杉博士：" 真菰，怎么样？"
真菰博士：" 真顺利，完成倒数，3、2、1。"
机器里面的粉红色光芒消失了
真菰博士：" 系统很安定，所有数值都正常，然后…内部有生命的反应。"
艾莉丝：" 也就是说…"
天桐：" 成功了对不对。"
红豆杉博士拿出一台摄像机
真菰博士：" 准备好了吗，要开了哦。"
红豆杉博士：" OK，随时都可以哦。"
真菰博士打开机器，从机器里面冒出大量的白雾
始祖小鸟：" qiaozi～qiaozi～"
小智：" 是古代神奇宝贝的叫声。"
比克提尼：" (隐身)提尼～"
真菰博士：" 是很久以前充满了这颗星球的大自然的声音。"
白雾飘散，一只的身体主要由红、黄、蓝三色搭配，组成鲜艳的颜色，拥有偏大的红色的喙，喙上还有“>—<”的图案，并且喙的上下方都突出了锐利的牙齿，而头部直到颈部都是蓝色的，眼睛比较单调，只由黑里白外组成。颈部中有一些红色的羽毛，而腹部是黄色的，翅膀上也是呈黄色的，但尾端也有一些蓝色的羽毛，翅膀上有二个爪子，腿部也是红色的，腿只有三个爪子，拥有一条长长的尾巴，尾巴前端是红色的，后端则是蓝色的神奇宝贝出现在小智等人面前
始祖小鸟：" qiaozi———"
红豆杉博士：" 成功了，真菰。"
真菰博士：" 对啊，跟想像图上的一样耶。"
就在这时，始祖小鸟一跃而起，在真菰博士和红豆杉博士头上各踩了一下，又用翅膀上的爪子抓天桐的脸，然后跳向小智，小智眼疾手快的抓住始祖小鸟，始祖小鸟不停的挣扎着，小智从始祖小鸟身上找到了三颗种子
小智：" 噜噜噜噜噜～～～～～噜噜噜～～～～"
比克提尼：" (隐身)提尼～"
始祖小鸟渐渐的平静了下来，睡着了
艾莉丝：" 吓我一大跳。"
真菰博士从小智手上抱过始祖小鸟
天桐：" 实验非常成功耶。"
艾莉丝：" 科学的力量真是厉害。"
红豆杉博士：" 没想到小智你还会唱摇篮曲，真是让人意外呢。"
小智：" 啊哈哈哈哈～"
真菰博士：" 太棒了，现在古代跟现代超越了时空，共同存在于同样的时间当中耶。"
红豆杉博士：" 欢迎你，始祖小鸟，才刚从长时间的沉睡中醒来，吓了一跳吧，接下来，希望可以让你慢慢了解我们的时代。"