神奇宝贝中心
小光：" 小智，差不多要出发了。"
小智：" 嗯，好。"
由佳：" 现在为您进行今天早上发生的金刚玉魂夺取事件的后续报导。"
小刚：" 金刚玉魂。"
由佳：" 不幸中的大幸是，运输机成功的紧急迫降，据了解，并无人员伤亡。关于犯罪集团，依据搭乘同班运输机的君莎警官提供的证言，目前已经知道是一个自称为银河队的秘密结社。据了解，银河队是在神奥地区四处进行活动的秘密结社，并且与最近发生在帷幕市的陨石袭击事件也有所关联，但是，到目前为止，还无法查明他们的目的为何。这一次被偷走的传说中的宝玉——金刚玉魂，是在位于百代市的历史博物馆，准备要搬运到神和镇的历史研究所的途中，在历史研究所当中，目前正保管着跟金刚玉魂成对的传说中的宝玉——白玉魂。受到本案的影响，有关当局也加强了警戒，这一次的搬运，目的是为了对两颗宝玉进行研究，但是金刚玉魂被夺走，可以预料这将会对神奥的历史研究产生相当大的阻碍。"
乔伊小姐：" 事情变得很糟糕了，难得冠军都回来了，却发生这种事。"
小光：" 冠军，是希罗娜小姐吗，她来到神和镇了吗。"
乔伊小姐：" 是啊，她来到历史研究所了，神和镇是希罗娜小姐的故乡，而她的奶奶就是历史研究所的所长哦。"
小智：" 走吧。"
小光：" 去哪里？"
小智：" 当然是历史研究所。"
小刚：" (眼冒红心)对小生来说，白玉魂就是你的存在，我将如同守护白玉魂一般，尽心力守护你。"
“砰！”
小刚头上起了一个大包
小刚：" 好痛啊。"
小智抓着小刚的衣领，把他拖走
小智：" 别浪费时间了，走了。"
小智三人来到历史研究所，看到庭院内停着许多警车和警察
小光：" 好大哦。"
小刚：" 这里是历史研究所，在它后面的就是神和遗迹吧。"
小光：" 是发现白玉魂的地方对吧。"
波加曼：" 波加～"
希罗娜：" 小智。"
小智：" 哟。"
小光：" 好久不见了。"
芥子兰博士：" 你们认识啊。"
希罗娜：" 我之前就跟妳提过了，说我遇见两个在各方面都完全相反的人。"
芥子兰博士：" 哦，原来其中一个就是你啊。"
希罗娜：" 你们两位认识啊。"
小智：" 是啊，之前在研讨会上见过，相当的毒舌。"
芥子兰博士：" 彼此彼此。"
小光：" 那个…"
小智：" 这位是希罗娜的奶奶，是这所历史研究所的所长。"
芥子兰博士：" 我的名字叫做芥子兰，请多指教了，小朋友们。"
小刚和小光：" 很荣幸认识您。"
波加曼：" 波加～"
芥子兰博士：" 我从希罗娜那里听说了有关你跟你劲敌的事情。"
希罗娜：" 后来你跟真司怎么样了？"
小智：" 我们进行过一次对战，可是没有分出结果。"
芥子兰博士：" 哎呀，这样的话，你现在可还没办法赢过我的孙女诶。"
小智：" 哼。"
希罗娜：" 奶奶你真是的。"
小光：" 真是个讲话丝毫不留情面的奶奶耶。"
小刚：" 嗯。"
赤日：" 哈哈哈哈哈～"
一个深蓝色头发，穿着灰黑色西装的男子走了过来
赤日：" 这就是芥子兰博士的欢迎方式。"
芥子兰博士：" 哎呀，今天的客人还真多呢，这下又增加了一个小毛头。"
希罗娜：" 我记得你是赤日先生对吧，支撑着神奥产业的名流。"
赤日：" 没想到能够劳烦冠军说明介绍，真是光荣。"
希罗娜：" 神奥的许多大楼、图书馆等建筑，都是这位赤日先生所建造的。"
芥子兰博士：" 别看他长这副德性，他还是神奥财经界的名人哦。"
赤日：" 哎呀，说什么名人，真叫人不敢当，现在，我只不过是一个研究神奥历史的新手罢了。"
芥子兰博士：" 你八成是因为担心白玉魂才来的吧。"
赤日：" 真是明察秋毫，看了金刚玉魂的新闻，实在是让我感到坐立不安。"
而后，小智等人走进历史研究所
芥子兰博士：" 这座城镇，从很久以前就跟帝牙卢卡以及帕路奇亚有很深的渊源，在研究城镇发展根源的过程中，资料堆积得像山一样高，就变成现在这样了。"
走到走廊尽头，芥子兰博士打开门，看到一幅一个正三角形，中央镶有如同太阳的金色的标记，向三个角落辐射，三个角各刻有一只神奇宝贝的壁画，下方的桌子上还摆放着刻有古代文字的石板
小光：" 哇，好壮观的壁画…这个…我们以前曾经看过这个。"
波加曼：" 波加波加～"
芥子兰博士：" 你说什么！"
希罗娜：" 你是在哪里看到的。"
小光：" 是在心齐湖。"
波加曼：" 波加～"
小光：" 虽然样子没办法看得很清楚，不过绝对没错。"
希罗娜：" 我记得小智你是在立志湖看到过亚克诺姆。"
小智：" 嗯。"
小光：" 亚克诺姆？"
希罗娜：" 小光看到的是感情之神艾姆利多，小智所看到的则是意志之神亚克诺姆…"
小智：" 然后还有一只是居住在切锋市附近的睿智湖里的知识之神——由克希。"
希罗娜：" 这三只神奇宝贝被称为“湖之众神”，据说是各自沉潜栖息在神奥的三座湖泊当中，但它们的存在一直都只是传说而已。"
芥子兰博士：" 还有另一种说法，认为它们只让灵魂离开湖泊，观察守护着人类日常生活的说法也是存在的哦，你们几个所看到的，说不定就是它们的灵魂呢。"
小光：" 灵魂？"
小刚：" 那么这个，在正中央的图画代表的是什么意思呢？"
希罗娜：" 经过研究，推测那应该是金刚玉魂或是白玉魂。"
赤日：" 博士，让见到艾姆利多跟亚克诺姆的这两个人去看看白玉魂怎么样呢？说不定会出现意想不到的反应。"
芥子兰博士：" 这倒是很有意思呢，你们跟我来。"
小光：" 是。"
随后，君莎小姐带小智等人前往放着白玉魂的地方
君莎小姐：" 都明白了吗，各位，只能让你们看一下子而已哦，因为现在正在处于警戒当中。"
芥子兰博士：" 好好…我知道了。"
走到一间完全封锁的保险库前
君莎小姐：" (敬礼)这里没有异状吧？"
小次郎：" (敬礼)是，没有任何异状。"
君莎小姐：" 我现在要打开保险库了，注意周围的警戒，千万不要松懈。"
武藏、小次郎：" 是。"