以琉璃市为目标，向赛罗斯镇的港口的方向，横越伊札贝岛的小智一行人，站在一个广大的，四处都是大坑的荒地上
小智：" 这里到底是什么地方啊？"
皮卡丘：" 皮卡~"
小胜：" 神奇宝贝领航员也完全派不上用场。"
小刚：" (拿着旅游书)这里在伊札贝的细部地图上也完全没有记载。"
小遥：" 不只这样，四周还有很多奇怪的大洞穴。"
小胜：" 这些洞穴到底是什么呢？"
小刚：" 不晓得。"
小智：" 这个洞穴的形状和那个洞口的大小…"
小智从背包里拿出一些神奇宝贝食物，朝洞口扔去，一只神奇宝贝从洞口冒了出来，把神奇宝贝食物吃掉了
小胜：" 那个神奇宝贝是…"
小智：" 是大颚蚁，狮蚁神奇宝贝，会在沙漠挖掘漏斗状的巢穴，巨大的下巴很有力，力量大到足以咬碎坚硬的岩石。"
大颚蚁钻回巢穴
小胜：" 这么说，这些洞穴全部都是大颚蚁的巢穴了。"
小刚：" 如果是的话，数量很多耶。"
“嘀呜嘀呜~嘀呜嘀呜~”
这时，一辆车前盖上面有警灯的吉普车开了过来，上面坐着一位穿着越野服的女生。女生把吉普车停在小智四人身前，从车上走下来
秋子：" 你们几个，快点离开这个地方，这里是禁止进入的危险区域。"
小刚：" 小生的名字叫做小刚，美丽的小姐，请问你的芳名是…"
秋子：" 我是秋子，保护这个区域安全的管理员。"
小刚：" 既然这样，请你一定要拯救小生，小生已经与你一起掉进爱的无底沼泽了。"
小胜捏住小刚的耳朵，把他拉走
小胜：" 好了好了啦，要掉的话，你自己去掉吧。"
小刚：" 好痛，好痛啊…"
小遥：" 秋子小姐，真的很对不起，我们并不知道这里是危险区域。"
小智：" 我们是不小心迷路了，才会走到这里来的。"
秋子：" 原来是这样啊，这个巢穴的下面是人称‘大颚蚁的地下迷宫’的众多洞窟，掉进里面的话，是很难轻易逃出来的。虽然我们有对那里进行调查，可是因为大颚蚁一直不停的挖洞穴，就连我们也无法完全掌握。"
小智：" 大颚蚁的地下迷宫啊。"
小遥：" 所以这里才被称为危险区域啊。"
秋子：" 就是这样，好了，我送你们到安全区域去吧。"
而后，秋子开车带小智四人前往安全区域。一路上，看到了许多野生的神奇宝贝
小胜：" 哇~这里有好多的野生神奇宝贝哦。"
秋子：" 保护那些神奇宝贝也是我们的工作之一哦。"
平八郎：" 哇——"
小智等人看向声音传来的方向，看到一个穿着研究服的男生被一只顿甲追赶
平八郎：" 救命啊，救命啊——"
小遥：" 要快点救他才行。"
秋子：" 哎~他又来了。"
四人：" 啊？"
平八郎：" 秋子，救救我。"
秋子：" (停车)知道了啦，去吧，大菊花。"
大菊花：" 贝利~"
小胜：" 是大菊花。"
小遥：" (拿出神奇宝贝图鉴)大菊花。"
神奇宝贝图鉴：“大菊花，香草神奇宝贝，由菊草叶进化而来的最终进化型，它的花瓣散发出来的香气具有让心情平复的作用。”
大菊花脖颈处的花瓣发出香气，顿甲平静了下来，转身离开了
小胜：" 真的耶，顿甲变得温驯又听话了。"
秋子：" 辛苦你了，大菊花，回来吧。"
平八郎：" 得救了，真是不好意思，老是给秋子你添麻烦。"
秋子：" 哪里，这也是我的工作之一啦。"
小遥：" 这个人是秋子你认识的人吗？"
秋子：" 嗯，他叫平八郎，是我青梅竹马的朋友，是伊札贝学院的神奇宝贝研究员。"
平八郎：" 大家好。"
四人：" 你好。"
秋子：" 对了，你在这个地方做什么？"
平八郎：" 是这样的，我在找东西…找到了，找到了。"
小智等人沿着平八郎的目光看去，看到一只身上绑着一个仪器的大颚蚁
秋子：" 这不是大颚蚁吗。"
小智：" 它背上的仪器是…"
平八郎：" 那个是发讯机，刚才我太专心找那只大颚蚁了，一不小心惹怒了顿甲。"
秋子：" 你又不小心了，这次到底是第几次啊。"
平八郎：" 哎哟，你就不要再挖苦我了嘛。"
小胜：" 平八郎先生，请问你为什么要在大颚蚁身上装发讯机啊？"
平八郎：" 那是为了要寻找大颚蚁的地下迷宫中的地底湖。"
小智：" 地底湖。"
小刚：" 你的意思是说，地下迷宫里面有湖咯。"
小遥：" 听起来好像很棒的样子。"
秋子：" 真是的，你又在说那个梦话了。"
平八郎：" 那才不是做梦呢，那是真的存在的。"
小遥：" 平八郎先生，我想进一步了解你说的东西耶。"
小胜：" 我也是。"
平八郎：" 那当然好了，是这个样子的。小的时候，我曾经掉进了大颚蚁的地下迷宫里，爸妈提醒我，跟我说绝对不可以接近那个地方，可是…我还是忍不住的想法靠近看看它们的巢穴…然后昏迷的我醒来的地方是…是又广大又美丽的湖岸边…第一次看到那么多大颚蚁进化成超音波幼虫，连我自己能不能平安离开的烦恼都忘得一干二净了，我在那里看了很久很久，然后…我在不知不觉中，已经离开了那个迷宫。"
小刚：" 真是不可思议的故事。"
小遥：" 我想，一定是那些超音波幼虫救了平八郎先生的。"
平八郎：" 我也是这么想，于是就跟其他人说了，结果没有任何人肯相信我。"
秋子：" 你这种像做梦一样的故事，叫谁相信啊。"
平八郎：" 可是秋子，那个时候只有你相信了我，不是吗？"
秋子：" 那是因为当时的我还是小孩子嘛。"
小刚：" 这么说，平八郎先生由于那个事件引发了契机，才当了神奇宝贝的研究员了。"
平八郎：" 是啊，研究大颚蚁是我的专业。"
小胜：" 啊，那只大颚蚁不见了耶。"
平八郎：" 真的耶。"
小遥：" 在那里哦。"
而后，小智等人就看到大颚蚁正朝巢穴走去
小胜：" 那只大颚蚁是不是打算回去自己的巢穴啊。"
平八郎：" 不，依照我研究的资源，现在是它进化的时期，这小子一定是正要往地底湖去。"
秋子：" 但愿如此。"
就在这时，地面一阵颤动
小遥：" 怎么回事？"
小胜：" 该不会是…"
这时，从地下钻出来一只地鼠机器人，地鼠机器人伸出机械钳，抓向皮卡丘，小智一把抓住机械钳，用力的把机械钳扯了下来
武藏：" 怎么会这样啊？喵喵。"
喵喵：" 没办法，我们的预算只勉强够做防电措施。"
小次郎：" 哎哟，小鬼头的力气未免也太大了吧。"
秋子：" 你们到底是什么人？"
(火箭队开场白)
小智：" 去吧，大狼犬，用恶之波动！"
大狼犬吐出一道黑色环形的能量波，打中了地鼠机器人，地鼠机器人失去了平衡，掉进了大坑里，大颚蚁们感应到了动静，钻了出来，开始啃咬地鼠机器人
小次郎：" 不可以咬，这是我们债台高筑，借钱打造的重要机器人耶。"
平八郎：" 大颚蚁们以为它们的巢穴被攻击，所以情绪都非常的激动。"
很快，地鼠机器人被大颚蚁们咬得只剩骨架了，而火箭队则是沉入了地下
小智：" 哎~真麻烦，还要去救他们。回来吧，大狼犬。"
秋子：" 我也去。"
随后，小智带着皮卡丘和秋子一起从大坑滑下去，从洞口掉进地下迷宫。