小智一行人在一座名叫蘑蘑菇森林吃早餐时，因为龙虾小兵把火雉鸡的饭吃掉了，火雉鸡十分生气，跟龙虾小兵打了起来，小智四人和其它神奇宝贝十分苦恼。就在火雉鸡和龙虾小兵终于停歇下来的时候，火箭队把愤怒的斗笠菇们引的过来，而且武藏进一步激怒了它们，斗笠菇们同时使出音速拳把小智他们和火箭队打飞了，小智等人分散了。小智等人经过一番的寻找和逃跑，终于在一座峡谷汇合了，但那座峡谷是蘑蘑菇和斗笠菇的巢穴。火雉鸡为了保护受伤的龙虾小兵，进化成了力壮鸡，并凭借着自身的实为，赢得了斗笠菇们的友情，与斗笠菇一起打飞了火箭队。
现在，小智一行人走在距离茵郁市不远的地方
小智：" 今天天气真好。"
皮卡丘：" 皮卡皮卡~"
“滴答~”
小遥：" 下雨了。"
天空下起了雨来，小智四人连忙往前跑，寻找避雨的地方
小智：" 那边有棵树。"
小刚：" 去那里躲雨。"
“轰隆隆——”
就在小智四人即将跑到树下时，一道黄色的闪电打在了树下
小胜：" 啊，这一次变成打雷了。"
小胜刚说完，天空下起了雪
四人：" 啊！"
小遥：" 怎么会变得下雪？"
就在这时，刮起一股强风，变成了暴风雪
小智：" 这到底是怎么回事啊？"
这时，飞过来一只神奇宝贝
小智：" 是漂浮泡泡。"
漂浮泡泡：" hu~a~"
小智：" 我知道了，请你带路。"
小智四人跟着漂浮泡泡没走几步，天空就放晴了
小胜：" 这一次又变成好天气耶。"
小刚：" 到底是怎么一回事啊？"
小遥：" 啊，你们看。"
小智三人看向漂浮泡泡，漂浮泡泡变了个样子
小遥：" 漂浮泡泡的样子改变了耶。"
小智：" 漂浮泡泡的外型和属性会随着天气改变。"
这时，跑过来穿着研究服的一男一女，女子的肩膀上趴着一只百变怪
巴鲁：" 各位。"
漂浮泡泡趴到男子肩膀上
咪莉：" 对不起。"
巴鲁：" 刚才的天气是我们的研究所造成的。"
小遥：" 改变天气，你们是怎么办到的？"
小刚：" 漂亮的大姐姐，小生名叫小刚。"
咪莉：" 啊。"
小智：" 哎~"
小遥：" 他又开始了。"
小胜：" 真是的，你不要太夸张了好不好…"
小胜迈出脚步，发现小刚没有进一步的动作，便把脚收了回来
小智：" 怎么了？小刚。"
小遥：" 情况跟平常不太一样。"
小刚：" 哎~我自己也觉得有点纳闷，该怎么讲呢，好像提不起劲来。"
巴鲁：" 抱歉，我还没有自我介绍，我是天气研究所的所长巴鲁，这位是咪莉。"
小智：" 你们好，我是小智，这位是小刚，他们是小遥跟小胜，以及我的搭档皮卡丘。"
巴鲁：" 如果不介意的话，大家要不要到我们研究所休息一下呢？"
四人：" 谢谢你们的邀请。"
随后，小智四人跟着巴鲁和咪莉走了一段路程
巴鲁：" 好，应该看到了吧。"
小智四人抬头，看到山坡上的建筑物，一旁是一座如同收讯塔的装置
巴鲁：" 那里就是天气研究所。"
咪莉：" 然后，那个巨大的天线就是天气控制机。"
说着，小智等人来到了天气研究所
小遥：" 这么说，是那个创造出各种天气的咯。"
咪莉：" 一点都没错。"
巴鲁：" 那么，咪莉，就麻烦你带领小智他们到里面去吧。"
咪莉：" 好的，巴鲁先生。来吧，各位，请这边走。"
四人：" 是。"
而后，咪莉带着小智四人在研究所内参观
咪莉：" 我们这里的电脑会接收来自世界各地的资料，这其中也有被称为[天地灾变]的资料，你们知道吗？"
小智：" (天地灾变…)原来是这样啊。"
咪莉带小智四人来到一间工作室
咪莉：" 这里就是中央机械室。"
小遥：" 好惊人哦。"
小胜：" 这里有好多从来没有看过的机器耶。"
小刚：" 这里的最新设备非常的充实吧。"
咪莉：" 是啊。"
小智转头看向一旁，看到一台机器上的屏幕上显示着外面的影象
小智：" 那架直升机是…"
而后，小智跑出中央控制室，小遥和小胜想要跟上去，被小刚拉住了
小刚：" 交给小智吧，我们在这里观望。"
小智跑到一个转角，拿出掌上电脑，黑掉了研究所的监控器，监视海洋队，并黑进了研究所的主电脑
小智：" 不对劲，海洋队出现了，熔岩队却没有出现，以之前的情况来看，熔岩队知道了海洋队的行动，应该会来破坏才对。"
研究所外面
泉美：" 有没有发现目标的资料？"
海洋队成员A：" 现在正在跟主电脑连线，还在检索当中。"
泉美：" 动作快一点，里面应该会有超古代神奇宝贝的资料才对。"
巴鲁：" 超古代神奇宝贝，我们所拥有的超古代神奇宝贝的资料……我问你们，你们是不是想得到固拉多与盖欧卡的资料。"
小智：" 原来如此…如果这里有固拉多与盖欧卡的资料，那么熔岩队一定会来，现在一定躲在某个地方。"
泉美：" 我没有必要回答你们的问题。"
海洋队成员A：" 解不开，要从主电脑取出资料的话，好像需要有专用的通行卡才行。"
小智：" 你们需要通行卡，可我不需要。"
小智从背包里拿出一根黑色的数据线，一头插入电脑的USB接口，另一头插入通讯器，电脑屏幕上显示‘正在进行身份认证’…‘认证成功’，通讯器的屏幕上显示了大量的资料
小智：" (一边操作一边监视外面的情况)好，接下来把超古代神奇宝贝的资料复制一份出来，再把这些错误的信息植入进去……好了，这样就可以了。"
小智看向掌上电脑，看到漂浮泡泡跑进了换气口，只好收起掌上电脑和通讯器，跑回中央机械室。