某座森林，小智和皮卡丘在河边洗脸，小刚正在做饭，而小霞则是去散步…
小智：" 好舒服。"
皮卡丘：" 皮卡～"
小智：" 咦，小霞呢？"
小刚：" 她说要出去散步一下。"
就在这时，从森林里传来尖叫声
小智：" 刚才的声音是…"
小刚：" 是小霞。"
小智和小刚立刻跑到声音传来的地方，看到小霞坐在地上
小智：" 小霞，你没事吧？"
小刚：" 怎么了？小霞。"
小霞颤抖的指着前面的灌木丛
小霞：" 那里，那里呀。"
小智和小刚看向灌木丛
小刚：" 这些花怎么了吗？"
小智：" 不，不止是花，还有神奇宝贝。"
皮卡丘扒开灌木丛，看到一只阿利多斯趴在那里。
小霞：" 是…是昆虫——！！"
小智：" 是阿利多斯啊，仅凭感觉就知道是虫系神奇宝贝，还真是厉害啊。"
小刚：" 可是这个神奇宝贝从刚刚开始就一直没有动，不知道是怎么了？"
皮卡丘：" 皮卡～"
小霞：" 不要管那些了，赶快把它赶走啦。"
就在这时，从一旁的树上传来声音
阿雅：" 我找到你了，阿利多斯。"
小刚：" 这个声音是…"
一位带着毛球的少女从树上跳了下来
小智：" 你是浅红道馆的馆主阿桔的妹妹，阿雅小姐。"
阿雅：" 啊，你是那个时候…"
小刚：" 没错，我就是小刚，我跟阿雅小姐果然是被命运的红线给连着的。"
阿雅：" 啊？"
小智：" 不不不，这是你们的初次见面才对吧。"
“洒～洒～洒～”
园长：" 阿利多斯，开始行动了。"
阿利多斯睁开了眼睛
阿雅：" 毛球，使出麻痹粉！"
毛球洒出黄色的粉末，阿利多斯往前跳，躲开了粉末，并吐出白丝，黏在一颗树的树枝上，往森林深处荡去
阿雅：" 糟了，毛球，赶快追。"
阿雅和毛球追向阿利多斯
小刚：" 阿雅小姐，等等我。"
小刚追了上去
小智：" 小刚等一下。"
小霞：" 别丢下我一个人。"
小智三人追上阿雅，看到毛球被网给粘住了
阿雅：" 毛球！"
小霞：" 毛球它到底是怎么了？"
小刚：" 那是蜘蛛丝。"
小霞：" 蜘蛛丝？"
小智：" 阿利多斯一开始就在这里设下了蜘蛛丝的陷阱。"
阿雅：" 毛球，振作起来。"
园长：" 记住吧，‘一时的疏忽大意会招来失败的’。"
小刚：" 你是谁？快出来。"
一位穿着忍者服的大叔跳了出来
小刚：" 请问你究竟是什么人？"
阿雅：" 我输了，园长先生。"
小智：" 园长先生？"
园长：" 看来你的修行还不够，阿雅。"
阿雅：" 是，我还没有真正学会神奇宝贝忍术的奥义。"
小智：" 神奇宝贝忍术？"
皮卡丘：" 皮卡～"
随后，小智三人跟着园长大叔和阿雅来到了一处建筑物，走进院子里，就看到好多人带着神奇宝贝修行
小智：" 这里有好多的神奇宝贝啊。"
小智三人跟着园长大叔来到一个房间
园长：" 我的神奇宝贝忍术学园中，有许多学生日以继夜的在努力学习神奇宝贝忍术，阿利多斯的蜘蛛网、毛球的麻痹粉、飞天螳螂的影子分身、棒果球的满地星，这些全是神奇宝贝独特的忍术。"
小刚：" 原来如此，这个学园听起来很有趣的样子耶。"
小霞：" 原来阿雅小姐在做神奇宝贝忍术战斗的训练啊。"
园长：" 没错，阿雅是我亲自训练的学生。"
阿雅：" 打扰了，茶泡好了。"
阿雅端着茶刚要走进房间，小刚就出现在她面前
小刚：" 阿雅小姐，我下定决心了，我决定要成为阿雅小姐的徒弟。"
阿雅：" 徒弟？"
小智：" 别在意，他只是又开始脑袋发热，乱说话而已，不过，神奇宝贝忍术啊，如果以忍术的神奇宝贝与皮卡丘对战的话，不知道会有什么样的战斗。"
皮卡丘：" 皮卡～"
阿雅：" 怎么样，小智，你们要不要体验入学一天看看，我想你们一定会有收获的，您说对吧，园长老师。"
园长：" (点头)嗯，那就准许你们体验入学一天。"
小智：" 好，就这么办吧，皮卡丘。"
皮卡丘：" 皮卡～"