随后，佐竹带大木博士和小智三人来到一个房间门口
佐竹：" 那么现在，我来带领各位到两百万年前的世界。"
佐竹打开门，走进房间，看到了生机勃勃的世界…这时，一只化石翼龙飞过，不过它的背上有两根绳子
小刚：" 那个是…"
佐竹：" 这是依照古代神奇宝贝的最新资料，以及最先进的动画电子技术做出来的化石翼龙。"
小霞：" 也就是机器人咯。"
大木博士：" 做得太好了。"
小刚：" 这里到底是…"
佐竹：" 这里就是古代神奇宝贝公园，重造古代神奇宝贝生活环境的娱乐兼学术的空间，由于调整系统要花很多时间，所以还没有对外开放。"
“轰！”
小智等人看向声音传来的方向，看到一座火山爆发了
小刚：" 火山！"
佐竹：" 我说过要重现那个环境的，古时候的大陆受到频繁的火山活动的影响，大地有时候会沉入或是冒出大海。"
大木博士：" 由于那个变动，也给生命的进化带来非常巨大的影响。"
小智等人走到水边，看到露出水面的岩石在发光
小霞：" 那个岩石在发光耶，好不可思议哦。"
大木博士：" 这个是发光青苔。"
小霞：" 发光青苔？"
佐竹：" 太古时候的海边有很多这种东西，这是我们从化石分析中了解的。"
小智：" 话说回来，你说的大发现是指……"
佐竹：" 你们未免也太性急了吧。"
大木博士：" 不瞒你说，我也很想赶快知道。"
佐竹：" 啊…不用太着急，只要站在这里，那个大发现就会自己出现的。各位，这里是完全仿照两百万年前的海岸的地方，你们要仔细看清楚了。"
就在这时，从水里出来了两只菊石兽和一只多刺菊石兽
小刚：" 那个是…"
小智：" 是菊石兽和多刺菊石兽！"
小霞：" 做得好像真的。"
小智：" 不，是真的神奇宝贝，这应该就是大发现了。"
佐竹：" 你居然看出这是真的神奇宝贝！"
小智：" 嗯，我能感觉得出来。"
大木博士蹲下和菊石兽、多刺菊石兽打招呼
大木博士：" 佐竹同学，你是在哪里发现的这个菊石兽跟多刺菊石兽的？"
佐竹：" 其实，当我注意到的时候，它们已经跑进这里了，不知道是不是这里住起来太舒服了，它们都没有离开的意思，既然它们中意这个环境，我就决定在这里观察它们这些活化石。"
小刚：" 可是，要是这里开放的话…"
佐竹：" 对，我想会引起大骚动的，也就是因为这个原因，才请博士过来，想要商量整个对策。"
大木博士：" (起身)这个地方刚好成了培育它们的最佳环境。"
小智：" 我想别的地方可能还有菊石兽和多刺菊石兽。"
大木博士：" 是啊。"
随后，佐竹带大木博士和小智三人来到监控室
大木博士：" 你就是在这里进行菊石兽跟多刺菊石兽的观察啊。"
佐竹：" 是的，这些监视器本来是用来做保全的，现在成了24小时使用的观察摄影机。"
小霞：" 看到它们那可爱的模样，我的心也跟着好安祥哦。"
小智：" 啊！这个！这个！"
大木博士看向小智指着的监视器的显示屏，看到屏幕中又多了一只菊石兽和多刺菊石兽
大木博士：" 啊！"
小霞：" 还有另外一只菊石兽！"
小刚：" 多刺菊石兽有两只！"
佐竹：" 大木博士。"
大木博士：" 水是从哪引来的？"
佐竹：" 刚才跟您提过的后山的水源。"
这时，跑进来一位工作人员
工作人员A：" 佐竹主任，糟糕了！"
佐竹：" 怎么了？"
工作人员A：" 设施内全部的供水完全都中断了。"
大木博士：" 佐竹同学，带我们到水源去。"
佐竹：" 知道了。"
随后，佐竹开越野车载小智三人和大木博士前往水源处…
小霞：" 这条路是怎么搞的嘛！"
大木博士：" 我快咬到舌头了。"
佐竹：" 这附近很少有人进来的。"
佐竹开车抵达水源处，把车停好
小智：" 火箭队！"
佐竹：" 你们是什么人啊？"
(火箭队开场白)
小霞：" 你们看，好多菊石兽被抓了。"
小刚：" 还有多刺菊石兽。"
小次郎：" 你们羡慕吧，水池里面多的抓不完。"
武藏：" (做鬼脸)我们不会送给你们的。"
佐竹：" 那些宝特瓶是…"
喵喵：" 我们要在全国销售阿露福的名水，为我们创造光明的未来喵。"
佐竹：" 什么！"
大木博士：" 佐竹同学，古代神奇宝贝们可能是因为他们破坏了水源，才逃到神奇宝贝公园的吧。"
佐竹：" 居然做这种事！"
武藏：" 为了明天我们美好的感觉，今天你们就得体会讨厌的感觉了。去吧，阿柏怪！"
小次郎：" 双弹瓦斯也去吧！"
小智：" 猫头夜鹰，就决定是你了！"
武藏：" 阿柏怪，使出毒针攻击！"
阿柏怪吐出紫色的毒针，猫头夜鹰身体一侧，躲开了毒针
小次郎：" 双弹瓦斯，使出泥浆攻击！"
双弹瓦斯吐出污泥
小智：" 猫头夜鹰，避开后使用精神强念！"
猫头夜鹰往上飞，躲开了污泥，且眼睛上的“V”形眉毛开始发出蓝光，蓝光包裹住阿柏怪和双弹瓦斯，阿柏怪和双弹瓦斯飞了起来，砸到了火箭队身上
小智：" 好，皮卡丘，十万伏特！"
皮卡丘：" 皮卡丘～"
皮卡丘放出一道黄色的电流，打中了火箭队
武藏、小次郎、喵喵：" 好讨厌的感觉啊！"
果然翁：" sonansu～"
而后，小智等人把水和火箭队抓住的菊石兽、多刺菊石兽们都回到了水池
小霞：" 不知道这些神奇宝贝还会不会再来公园玩。"
佐竹：" 不，这里恢复平静以后，它们可能不会再回来了。"
小霞：" 啊？"
佐竹：" 因为它们有它们该呆的地方，这底下不知道是一个什么样的地方。"
小刚：" 你不调查吗？"
大木博士：" 不，就让这保持原样吧，我们现代的人碰到这种情况很难不像刚才那样引起骚动的，为了保护菊石兽们的生活环境，什么都不做是最好的方法，我们绝对不可以去破坏过去还有现在的平衡。"
佐竹：" 是，您说的对，大木博士。"