第二天早上，小智等人看到遗迹旁边又出现了一座遗迹，地上还有一串脚印和一个黑色的珠子
小刚：" 好像有什么东西离开这里了。"
团长：" 博士，这个是不是代表黑色黑暗的东西呢？"
怀特博士：" 立刻送去车上吧。"
团长：" 是。"
团长拿起黑色的珠子，珠子发出红光，把团长吸了进去
众人：" 啊！"
珠子漂浮了起来，中间的珠子显示出困在里面的人们的影像
小智：" 火箭队。"
怀特博士：" 大家快点离开！"
小智等了连忙跑走，桌子发出红光，把小智、小刚、小霞和怀特以外的人定住了
工作人员A：" 不能动了。"
小智四人跑进房车里面，其他人则是被吸进了珠子里面
怀特博士：" 啊！"
小智四人转过身来，看到金色之眼在发光，车子里面的东西都漂浮了起来。就在这时，黑色的珠子化作了一只巨大的带有奇特花纹的神奇宝贝
小刚：" 那个该不会是耿鬼吧。"
小霞：" 不可能！哪有这么大啊！"
巨大耿鬼把天空染成了黑色
怀特博士：" 黑色的黑暗，染黑了天空，原来是指这个。"
小智四人跑出房车，看到耿鬼朝山下走去
怀特博士：" 它好像打算要下山耶。"
小霞：" 距离这里最近的城市是哪里啊？"
小智：" 是真新镇。"
小智跑到房车上，把装着金色之眼和金色汤匙的玻璃器皿拿了出来
小霞：" 小智，你要干什么？"
小智：" 金色的眼眸，染乱了气。"
怀特博士：" 难道说，你要用金色之眼…"
小智：" 现在只能这样了。"
小智把金色之眼和金色汤匙从玻璃器皿里面拿了出来，金色之眼和金色汤匙漂浮了起来，金色汤匙插进金色之眼上面的凹槽处，金色之眼发出金色的光芒，化作了一只巨大的带有奇特花纹的神奇宝贝
小智：" 是胡地。"
小霞：" 可是，未免也太大了吧！"
小智：" 超古代的神奇宝贝或许都这么大。"
胡地和耿鬼打了起来
怀特博士：" (毁灭世界的两股力量，黑色的黑暗，染黑了天空，金色的眼眸，染乱了气。对于波及这个世界的争斗，人们束手无策，异界之门在天空打开…)"
胡地和耿鬼的力量纠缠在一起，在天空打开了一个通往异世界的入口
怀特博士：" 异界之门！是那两个神奇宝贝的争斗毁灭了神奇宝贝文明！"
小霞：" 毁灭？它们想把我们的世界也毁灭掉？"
怀特博士：" 我真的不知道，我只是感兴趣，我想要了解。"
小刚：" 怀特，你只是要达成自己的梦想而已。"
小霞：" 对啊，怀特，你做的并没有错啊。"
小智四人躲在一块岩石后面
小智：" 得想个办法才行。"
怀特博士：" 不行，如石板上所记载的，人类只能够在旁边看着它们失控。"
小霞：" 怎么这样！"
这时，胖丁从山坡上滚了下来
小霞：" 胖丁耶。"
胖丁：" 布丁～"
小霞：" 对了，用胖丁就没错了。"
小刚：" 对了，还有那一招啊。"
波克比：" 交叽布哩～"
胖丁走到峭壁上，开始唱歌，但对巨大耿鬼和巨大胡地没用，胖丁反而被它们波及，飞走了。就在这时，遗迹里的大钟漂浮了起来，释放出一只巨大的带有奇特花纹的神奇宝贝
小智：" 那个是…"
怀特博士：" 怎么有这种事呢？"
三人：" 是大胖丁！"
皮卡丘：" 皮卡～"
波克比：" 交叽～"
巨大胖丁拿着大钟，开始唱歌
四人：" (捂住耳朵)啊———"
怀特博士：" 这个时候，出现了平息一切的力量…"
小刚：" 超古代文明…"
小霞：" 太可怕了…"
小智四人睡着了…
黄昏，小智四人醒了过来，超古代神奇宝贝们都不见了，团长他们和火箭队都出来了
小次郎：" 这里是外面…"
喵喵：" 我们出来了…"
火箭队三人组抱在一起痛哭
武藏、小次郎、喵喵：" 得救了。"
小智：" 太好了，火箭队。"
小次郎：" 臭小鬼！"
武藏：" 这次只是做噩梦而已，下次我们会回来做好梦的。"
火箭队三人组跑走了
武藏、小次郎、喵喵：" 命捡回来最重要！"
小霞：" 这个耿鬼跟胡地在哪里啊？"
怀特博士：" 它们已经变成圆球回到地底下了。"
小刚：" 也许君临神奇宝贝文明的搞不好是胖丁哦。"
怀特博士：" 还有，说不定我们看到的这个结晶是精灵球的起源哦。"
小智：" 或许吧。"
怀特博士：" 这就是以后要研究的题目了，我一定会把所有神奇宝贝文明的谜题都给解开来。"