小智来到大傻谷，看到一大群淘金工打扮的人
小智：" 大傻谷是发生什么事了吗？"
小茂：" 不会吧，你连这种大事都不晓得啊，小智。"
小智：" 小茂。"
小蓝：" 还有我。"
小霞：" 我们也在哦。"
小刚：" 嗨，小智。"
小智：" 小蓝、小刚、小霞，好久不见了，大傻谷发生什么事了？"
小茂：" 因为这个地方发现已经绝种的神奇宝贝的化石，所以兴起了一阵寻找神奇宝贝化石的热潮。。"
众人：" (啦啦队)小茂加油，小茂加油，小茂小茂一级棒。"
小茂：" 谢谢各位，我众多的女朋友们。不行，再说下去，重要的化石会被别人挖走，我现在很忙，没有闲时间陪你这个落伍的训练家了。"
小智：" 落伍…啧啧啧，要是我把他那群女朋友的事告诉娜娜美姐，你说他的下场会不会很惨啊。"
小蓝：" 那还用说，肯定会惨到不能再惨了。"
小智和小蓝：" 呵呵呵呵呵～"
小霞：" 我觉得他们两个有点吓人耶。"
小刚：" 我也是。"
随后，小智四人走进大傻谷，看到很多人在挖掘化石…
小茂：" 成功了，我得到神奇宝贝的化石了。"
众人：" (啦啦队)耶，小茂加油，小茂加油，小茂小茂一级棒，耶…"
这时，一位老爷爷拿走小茂的化石，用放大镜仔细的察看
小茂：" 怎么样啊，我第一次挖就挖到了耶，对了，你知道这是什么神奇宝贝的化石吗？"
老爷爷：" 这个是…"
小茂：" 这个是…"
老爷爷：" 这个是神奇宝贝的大便化石。"
小茂：" (摔倒)"
众人：" (啦啦队)讨厌——大便——"
小智：" 竟然来了这么多人。"
小霞：" 动作不快一点，化石会全部被人挖走的。"
小刚：" 可是，这么多人在挖都挖不到，找到神奇宝贝的化石这个传闻搞不好是哪里搞错了吧。"
小智：" 或许吧。"
喵喵：" 不知道他们顺不顺利。"
小智四人扭头一看，看到喵喵就站在不远处的峡谷上
喵喵：" 以他们过去的记录，不知道可不可以依靠啊。"
(火箭队开场白)
喵喵拿出玩具锤，敲打武藏和小次郎
喵喵：" 我打，我打，讲那些废话一点用都没有，你们到底装好了炸弹没有啊？"
武藏一把抢过玩具锤，把喵喵打飞了出去，砸到了岩壁上
武藏：" 哼，炸弹我们当然装好了。"
小次郎：" 就是啊，只要炸掉这一带的岩盘的话，隐藏的神奇宝贝化石一定就可以找得到的。"
喵喵：" 你们把我埋成化石干什么！"
小霞：" 他们想用炸药炸毁大傻谷耶。"
小刚：" 真的这样子的话，在下面的人就有危险了。"
小智：" 我去阻止他们…"
小蓝：" 我也去。"
小智：" 小刚、小霞，你们两个去转告大家，叫他们赶快逃走，快点。"
小刚和小霞：" 知道了。"
而后，小智四人分头行动…
小智：" 快住手！"
小次郎：" 又是你！"
武藏：" 你又来妨碍我们了。"
喵喵：" 可是很遗憾，已经太迟了。"
小智：" 杰尼龟，就决定是你了！"
杰尼龟：" 杰尼～"
小智：" 杰尼龟，快点浇灭导火线的火！"
杰尼龟喷出水柱，想要浇灭导火线的火，但导火线烧得太快了
“砰——！！”
地面裂开了一条裂缝，小智、小蓝和火箭队掉了下去
武藏、小次郎、喵喵：" 啊———"
周围的岩壁倒塌，把裂缝埋掉了，杰尼龟从石堆里面爬了出来
小刚：" 小智！皮卡丘！"
小霞：" 小蓝！"
小刚：" 怎么会发生这种事…"
小霞：" 我们快点救他们。"
小刚：" 嗯。"
地底
小智和小蓝调整姿势，安全落地，而火箭队则是掉在地面上
小次郎：" 这里是…"
武藏：" 这个地方阴森森的。"
喵喵：" 原来如此，我知道了，这里就是地下洞窟，刚才那场大爆炸在这个洞窟的上面开了个大洞，我们是从那个洞掉下来的。"
武藏、小次郎：" 你说什么！"
武藏：" 臭小鬼，都是你们害的！"
小次郎：" 对，就是因为你们来妨碍我们，事情才会变成这个样子！"
小蓝：" 这根本就是你们自作自受！我们只是被你牵扯进来了而已！"
皮卡丘：" 皮卡丘～"
喵喵：" 现在不用争论是谁对谁错啦，我们现在最要紧的是要想怎么样才可以离开这个洞窟！"
小智：" 上面洞被堵死了。"
小次郎：" 哼。"
武藏：" 不愧是聪明的小次郎，你想到什么了吗？"
小次郎：" 没指望了。"
“砰！”
小次郎头上起了一个大包
武藏：" 没指望了，你还装模作样！"
皮卡丘：" 皮卡皮卡～"
小智顺着皮卡丘指的方向看去，看到黑漆漆的地方出现了许多红色的光芒
武藏：" 那…那个是什么？"
小智：" 那个是…是菊石兽、多刺菊石兽和化石盔、镰刀盔，都是被认为在几万年前就灭绝了的神奇宝贝。"
武藏、小次郎：" 太棒了。"
小次郎：" 我们将要成为幸存的古代神奇宝贝的发现者而名留青史了。"
武藏：" 老大对我们评价也会提高。"
喵喵：" 喵，这样我吃的猫罐头就可以升级咯。"
小蓝：" 三个笨蛋，我们现在可是处于一个相当的处境耶。你们看，它们的眼睛都充满了血丝，应该是因为刚才的大爆炸把它们从沉睡中吵醒的缘故。"
喵喵：" 喵，情况不妙！"
武藏：" 哼，别管这么多，反正抓起来就对了。"
武藏、小次郎：" 去吧，精灵球。"
镰刀盔把精灵球打了回去，砸到了喵喵
小次郎：" 完蛋了！"
喵喵：" 死定啦！"
小智：" 喷火龙，就决定是你了！"
小蓝：" 妙蛙草，拜托你了！"
菊石兽它们冲向小智等人
小智：" 喷火龙，用火焰漩涡困住它们！"
小蓝：" 妙蛙草，用藤鞭抓住了多刺菊石兽！"
妙蛙草伸出两条藤鞭，抓住了多刺菊石兽；喷火龙吐出一道火焰形成的漩涡，把菊石兽它们包围了
小智：" 你想要收服多刺菊石兽。"
小蓝：" 是啊，妙蛙草，飞叶快刀！"
妙蛙草放开多刺菊石兽，飞出叶片，打中了多刺菊石兽
小蓝：" 催眠粉！"
妙蛙草从背上的花苞洒出绿色的粉末，笼罩了多刺菊石兽，多刺菊石兽陷入了睡眠状态
小蓝：" 好，去吧，精灵球。"
“咚！”的一声，小蓝成功收服了多刺菊石兽
小蓝：" 耶，我收服多刺菊石兽了。"
小智：" 恭喜你。"
化石翼龙：" 嘎———"
菊石兽它们慌慌张张的逃跑了
小智：" 看来，有一个大家伙醒来了。"
一道黑影从洞窟深处飞了出来，落在一根岩柱上
小智：" 是化石翼龙！"
化石翼龙飞向小智等人
小智：" 喷火龙，龙之怒！"
喷火龙朝化石翼龙吐出一个深蓝色的光弹，化石翼龙身体一侧，躲开了光弹，且身上出现两条石刃链条，链条旋转，石刃射向喷火龙，打中了喷火龙
小智：" 喷火龙，大字爆！"
喷火龙喷出一道大字形的火焰，打中了化石翼龙
小智：" 很好。"
这时，从上面传来小刚和小霞的声音，堵住洞口的岩石掉了下来，化石翼龙从洞口飞了出去。小智骑上喷火龙，从洞口飞了出去
小蓝：" 小霞，快拉我们上去。"
小霞：" 我知道了。"
小蓝：" 回来吧，妙蛙草。"
小刚从背包里拿出绳子，放到洞窟内，小蓝和火箭队抓住绳子，沿着绳子爬了上去
小蓝：" 谢谢你们，小刚、小霞。"
这时，洞口周围的岩石往洞口滚动，再次把洞口堵住了。另一边，喷火龙追上化石翼龙
小智：" 使用龙之波动！"
喷火龙吐出一道蓝紫色的龙形能量波，打中了化石翼龙；化石翼龙转过身来，扇动翅膀，扇出许多圆盘锯状的空气之刃
小智：" 快避开！"
喷火龙往上飞，躲开了空气之刃
小智：" 大字爆！"
喷火龙喷出一道大字形的火焰，打中了化石翼龙
小智：" 好，去吧，精灵球。"
“咚！”的一声，小智成功收服了化石翼龙
小智：" 好耶。"
喷火龙载着小智飞过去，小智接住了精灵球
小智：" 我收服化石翼龙了。"
皮卡丘：" 皮～皮卡丘～"
喷火龙：" 吼～"
就在这时，从地面传来歌声，使小智、皮卡丘和喷火龙昏昏欲睡。喷火龙缓缓降落，趴在地上，睡着了。小智从喷火龙背上滚了下来，抱住了一颗神奇宝贝蛋。胖丁看到大家都睡着了，气得脸都膨胀了起来，用麦克风里的马克笔在大家脸上画上涂鸦。
过了一会儿，大家醒了过来
君莎小姐：" 可能有人认为他在这个大傻谷看到化石神奇宝贝，但是我认为那一定是听到胖丁的歌而睡着的人做的一场梦。由于现在大傻谷有全谷塌陷的危险，我请大家千万不要再靠近这个地方了。"
小智：" 那只胖丁是怎么回事啊！？"
小蓝：" 大家都被涂鸦了呢。"
小智：" 是啊。"
小茂：" 可是，我觉得我真的有看到耶。"
众人：" (啦啦队)是你多心，是你多心，安心吧，小茂。"
小茂：" 是这样子吗？"
黄昏，小智、小刚和小霞结伴离开大傻谷
小智：" 对了…"
小智从背包里拿出一颗神奇宝贝蛋
小智：" 这颗神奇宝贝蛋你们谁要吗？"
小刚：" 小智，你擅自带这颗神奇宝贝蛋出来可以吗？"
小智：" 哦，那我还是交给君莎小姐吧。"
小刚：" (拿过神奇宝贝蛋)好，这个呢，就让我来负责培育吧。"
小智：" 我是无所谓。"