时间飞快的流逝，三年过去了。期间，小智的甲壳龙也进化成血翼飞龙了，利欧路也平安诞生了，并通过三年的训练，进化成路卡利欧了；同时，小智也将自己对Mega进化的看法整理了出来，交给了大木博士。
这天，一名身穿白色衬衫、蓝色牛仔裤、披着研究服的少年来到真新镇南边的码头，好像在等什么人。
小智：" 差不多快来了吧。"
这时，一个人走向小智
希罗娜：" (抱住)小智，好久不见。"
小智：" 希罗娜，好久不见。"
希罗娜：" (松开)最近过得怎么样？"
小智：" 过得很充实，我帮你拿吧。"
希罗娜把挎包递给了小智，看了看小智四周
希罗娜：" 皮卡丘呢？"
小智：" 呃…这个嘛，我们边走边说吧。"
随后，小智和希罗娜前往真新镇…
希罗娜：" 大木博士他闪到腰，没事吧？"
小智：" 嗯，他没事，估计现在正在红莲岛上泡温泉呢。"
希罗娜：" 泡温泉？"
小智：" 是啊，虽然我用推拿帮他缓解了疼痛，但为了快点好起来，所以便去红莲岛泡温泉了，不过，我倒认为就算大木博士没有闪到腰，之后也会找个时间到红莲岛玩，现在只不过是有了正当的理由和将时间提前罢了。"
希罗娜：" 这样啊…让我没想到的是小智你竟然还会推拿。"
小智：" 嗯，这是当初为了帮神奇宝贝舒缓肌肉酸痛等症状，特意跟乔伊小姐学的，没想到会用在大木博士身上。"
希罗娜：" 哈哈，所以皮卡丘也被带去了。"
小智：" 不仅如此，我妈和小茂、小蓝，还有足球队的人都去了，皮卡丘是被小蓝骗去的。"
希罗娜：" 那你为什么没去？还有足球队是…"
小智：" 那是因为我也跟去的话，大木博士家后院的神奇宝贝们就没人照顾了，我不放心，所以就没有去。足球队是小茂组建的，他说这样可以很好地训练自己，另一只足球队是镇上本来就有的。不过，小茂带领的进化队很强，电气队赢不了他，也不怎么的，就来拜托我了，然后我就成了电气队的教练。另外，那天你不是说过吗，你成为冠军之后会来找我，所以如果我也跟去的话，不就让你白跑一趟了吗。"
希罗娜：" 原来你还记得啊…嗯，等等，那也就是说，现在只有你一个人在家。"
小智：" 是啊，就只剩下我一个人了。现在不但每天都要检查神奇宝贝们的身体状况，还要准备好大量的神奇宝贝食物；除此之外，还要将大木博士特意叮嘱过的那几只神奇宝贝的状况记录下来，我忙得都快没时间吃饭了。不过幸好，快龙它们帮了我不少忙，而且我算是知道大木博士为什么会那么喜欢吃泡面了。"
希罗娜：" 那还真是辛苦你了。"
小智：" 嘛，还好吧，过几天他们就会回来了，到时候我就轻松了，而且，现在你来了，你会帮我的对吧。"
希罗娜：" 嗯，我会帮你的。"
两人相视一笑
希罗娜：" 对了，大木博士为什么会闪到腰？"
小智：" 啊…这是因为我写的有关Mega进化的研究报告的关系，他好像看入迷了，坐太久了，突然站起来，以致于不小心闪到了腰。"
希罗娜：" 原来是这样啊，那么你的那份报告…"
小智：" 啊，我说给你听吧。我认为神奇宝贝会对与自己相对应的Mega石产生一种特殊的感应，就像当初烈咬陆鲨和我送给你的那块Mega石一样；而且我认为能让神奇宝贝进化的钥石和Mega石，只不过是一个增幅器…"
希罗娜：" 增幅器？"
小智：" 嗯，让神奇宝贝Mega进化的关键应该在于神奇宝贝与训练师之间的羁绊，而钥石和Mega石则是将这份藏于内心深处的羁绊引导出来，并增幅，使之能量化，然后，神奇宝贝也就能够Mega进化了。而且，我想当初出现在快龙身上的那种现象很有可能就是Mega进化，只不过我身上的波导之力就相当于一个增幅器，所以那时才会有在没有钥石和Mega石的情况下，出现那种变化。"
希罗娜：" 所以你便以此为根据，想出这种可能性，不愧是你啊。"
小智：" 呃…哈哈，不过我当初的那种状态还是有弊端的，所以最好还是使用钥石和Mega石比较好。"
希罗娜：" 说的也是，毕竟那种状态下会将神奇宝贝受到的伤害一并逞受，所以还是少用为妙。"
小智：" 嗯。"
小智家
小智：" (放下行李)你就睡我房间吧。"
希罗娜：" 那你怎么办？"
小智：" 为了防止大木研究所出现什么问题，在大木博士他们回来之前，我就住在大木研究所，不过吃饭和洗澡还是会在家里弄。现在已经中午12点半了，我来做饭吧，等下研究所里还有很多事情要做。"
希罗娜：" 小智你还会做饭。"
小智：" 那当然了，不然我这几天吃什么。"
希罗娜：" 我还以为你这几天都是吃泡面呢。"
小智：" 怎么可能，我又不是大木博士，而且做饭可是旅行必备技能啊，我为了一个月后的旅行，这些年可是学了很多东西。"
希罗娜：" 然后你学着学着，就成为了博士，对吗。"
小智：" 呃…这个…啊哈哈…"
吃完饭后，小智和希罗娜来到大木研究所(大木博士家=大木研究所)照顾神奇宝贝们，小智也将路卡利欧和血翼飞龙介绍给了希罗娜，之后便是一阵忙碌……
晚上小智家
小智：" 呼，今天的工作终于结束了，辛苦你了，希罗娜。"
希罗娜：" 嗯，小智也辛苦你了。没想到，我们两个人再加上有快龙、路卡利欧、吉利蛋它们帮忙，竟然还有这么事情要做。"
小智：" 是啊，好了，我先烧洗澡水，再去做饭，你就好好休息一下吧。"
希罗娜：" 要我帮你吗？"
小智：" 不用，你就好好休息吧。"
希罗娜：" 嗯。"
小智将洗澡水弄好，便去做饭，希罗娜也来帮小智的忙。吃完饭后，小智让希罗娜先去洗澡，自己将碗筷清洗干净；等希罗娜洗完后，小智便去洗澡。之后，两人相互道了声晚安，便回去睡觉了。(小智去研究所睡)
两人以这样的节奏，度过了繁忙却又有趣的两天。今天因为的工作比较少，所以两人吃完晚饭后，便在真新镇附近散步
小智：" (伸赖腰)真累啊，对了，我还没有恭喜你成为冠军呢。"
小智从研究服的口袋里拿出一部银白色的通迅器
小智：" 给，这是庆祝你成为冠军的礼物。"
希罗娜：" (接过)这是…通迅器，可是看起来跟普通的通迅器不太一样。"
小智：" 嗯，这是我自己做出来的新型通讯器，它具有通迅能力和电脑所具有的大部分功能。"
希罗娜：" 同时具备通讯器和电脑的大部分功能。"
小智：" 嗯，怎么样，我厉害吧。"
希罗娜：" 嗯，很厉害。"
小智：" (得意)嘿嘿~"
希罗娜：" 小智，谢谢你…我明天就要回神奥了。"
小智：" 这样啊…"
小智和希罗娜沉默了下来，继续往前走……小智停下脚步，深呼吸了几下，貌似下定了什么决心
小智：" 希罗娜，我喜欢你！"
希罗娜转过身来，很震惊
希罗娜：" (不敢相信)小智，你刚刚说什么？！"
小智：" 我说我喜欢你，请与我以结婚为前提进行交往，做我女朋友好吗？"
希罗娜并没有回答小智，而是走到小智面前，趁小智还未反应过来，忽然亲了上去。
良久，唇分
希罗娜：" 现在知道我的回复了吗？"
小智：" (满脸通红的点了点头)"
希罗娜：" (捂嘴)呵呵呵…"