游戏里，柯南和诸星秀树追着开膛手杰克爬到了车顶上，在哄哄作响的烟囱前面，小川铃音手脚被绑的倒在开膛手杰克身后。
“小音姐姐！”
“不可以过来！柯南，秀树”
听到铃音的声音，柯南和诸星秀树停下了想要上前的脚步，而开膛手杰克则是从身侧掏出一把短匕首晃了晃，然后举起手中的粗麻绳。
“我可是和这位小姐用绳子绑在一起的，要是我掉下去的话，她也会跟着一起掉下去的，来吧，你要怎么出招呢？
“可恶啊，你究竟想要什么，开膛手杰克，你杀死你的母亲，报了长久以来的怨恨，你现在还想要干什么？”
“我想要什么？我想要我体内的恶魔之血，乘着诺亚方舟流传到世世代代哈哈哈哈”
这样疯狂的话一字不落的从屏幕中传到了控制室众人的耳朵里。
“这就是你杀害坚村的动机对吧，你身体里流淌着的是开膛手杰克的血液，你是开膛手杰克的子孙，对不对”
“弘树他大概是通过DNA追踪得知了这件事，IT行业的巨头竟然是百年前连续杀人魔的子孙，要是被世人知道的话就会失去一切，所以你为了封口逼迫弘树自杀，而且还杀害了坚村“
工藤优作的推理让辛多拉的额角留下一滴汗，直到这个时候他才冷静下来停止抵抗，并且把事件的起因讲了出来。
时间要回到弘树还在的时候，那会儿辛多拉带他参观了自己收藏的古董，开膛手杰克用过的那把短剑被陈列在那里，弘树出于好奇去搜集资料查阅了相关信息，辛多拉在知道弘树查出短刀上留有开膛手杰克的母亲的基因与自己的基因相匹配，他害怕自己是开膛手杰克子孙的事情暴露，于是就设计让弘树自杀，隐瞒下了这个事实。
“我很害怕，流淌在我体内的这股可怕的血液”
辛多拉有些恐惧的抱住了自己的头，手腕上的手铐随着他的抖动发出擦碰的响声，这让站在一旁的小川空一下子来了火气，抓住他的衣领大声的质问起来。
“是杀人魔的血又怎样，世人怎么看你又怎样？为什么你不加以抵抗呢？就像现在小音还有柯南他们一样”
随着大家的视线转到屏幕上，柯南正闪身躲过开膛手杰克的短刀攻击，因为绳子的另一头牵着铃音，正面进攻的话肯定不行。
“光是躲的话是抓不到我的哦，还有十分钟这辆车就要到终点站了，无人驾驶的列车会变成什么样呢？”
没有理会两个小孩震惊的表情，他继续说着：“不过，我想你们等不到那个时候了，因为你们很快就要升天了”
“柯南秀树小心后面！”
铃音的叫声让柯南两人回过头看了一下，立刻趴在了车顶，陷入一片黑暗中，原来是这辆列车驶入了小隧道当中。
等出了隧道的那一刻，开膛手杰克的脚踩上了柯南并想要将他杀掉，就在他举起短刀的那一刻，诸星秀树跑过来扰乱了他，不过因为惯性自己差点摔下列车，好在他抱住了边上的杆子。
“你没事吧秀树？”
“我没事小音姐姐”
被打断的开膛手杰克很快又举起了刀，在柯南闭上眼睛觉得逃不掉的时候，忽然他感觉到身上被踩着的地方一轻，当他再次睁开眼的时候，那场面让他惊吓不已。
“对不起柯南，我不能陪你到最后了，我还记得你最喜欢的那句福尔摩斯说的话：如果如果可以确实的让你毁灭，为了公众的利益，我很乐意迎接死亡，我相信你，柯南，带我们出去”
此时的铃音站了起来，抬脚走向边缘，在回头看了一眼柯南和秀树后，伴随着眼角的一滴泪水纵身一跃，跳进了轨道旁的山谷下。
“不要！”
“小音姐姐！”
开膛手杰克想要割掉相连在一起的绳子，结果坠落的速度之快让他根本没有反应的时间，最终在不甘中也就这么掉了下去。
亲眼见证铃音坠崖的样子，即使他们都知道这是假的，但是柯南还是悲伤的捶打着车顶，他恨自己为什么不能救下她，为什么会变成这个样子。
“喂！戴眼镜的！快点振作起来啊，喂！”
不论是诸星秀树，还是游戏外的小川空他们，都在呐喊着让柯南站起来完成游戏，既然开膛手杰克已经被消灭了，那就代表着游戏就要通关了。
就在柯南被这一切扰乱思绪的时候，一个虚拟的身体突然出现，是福尔摩斯，他所说的话也让柯南掌握到了胜利的答案。
“火红的绳索，就是这个！”
时间紧迫，柯南拉着秀树就来到了最后一节车厢，那里有着十几箱堆积起来的酒桶，没有丝毫犹豫柯南拿起斧头对着酒桶砍了起来，同时他让诸星秀树也这样做了。
轰
列车最终撞向了终点的站台造成了巨大的毁灭，可是这个毁灭却唯独遗留了最后一节车厢，这也就意味着，柯南成功了。
“太好了！他成功了！”
“看来大家都得救了！”
“太好了！”
游戏外的大家相拥而泣，游戏内，柯南和诸星秀树回到了最开始进行选择的地方，当诸星秀树和柯南握手表示感谢的时候，柯南却盯着他。
“怎，怎么了吗？”
“不用这么客气啦，诺亚方舟，还是说叫你弘树好呢？你借用了诸星的资料一起来参加了这个游戏不是吗”
随着柯南的话落下，原本还是诸星秀树的少年突然闪过光满变成了弘树的样子，他很佩服眼前这个小少年的勇气和智慧，他也表示自己很高兴能和大家一起玩到这么有趣的故事情节。
“柯南，我要带着诺亚方舟离开了，或许人工智慧就不应该出现在现实中，麻烦你在出去之后可以告诉大家，现实的人生一点都不像游戏那么简单“
”还有，替我向小音姐姐问好，能再次见到她真是太好了，再见了”
光芒闪耀，弘树消失，柯南也回到了现实世界中，除了他之外的剩下49位也因此醒了过来。
“新一，我就相信你一定可以成功的”
“小音，你就这么跳下山崖真是太乱来了，就算是游戏也不行，你知道当时我有多害怕吗？”
“好啦对不起啦侦探大人，优作叔叔就在后面，你去和他见见吧”
“哎小音！我还有话要问你呢”
“待会儿再说啦”
摸了摸柯南的头，铃音就在柯南不满的注视下往自己爸爸那边走去，而柯南在看到铃音身后的工藤优作时，一瞬间两人充满默契的眼神就对上了。
“这一次，时间花的蛮久的嘛”
“是啊，还蛮好玩的”
父子俩因为身份的原因不能有太多的交流，但是不难看出工藤优作对儿子充满骄傲的眼神，虽然这小子距离自己还差的远呢。