不出意外的出了意外，就在几人离开大楼的第二天，命案发生了。
目暮警官将毛利小五郎等人都召集起来，试图从中了解到一些有用的信息，不过由于当时这些人都不在场，所以只能提供一些对几个在疑似嫌疑人的第一印象。
等到从警局出来后，少年侦探团的三个小孩试图甩开柯南独自去到与死者有过接触的人家里，结果却还是被柯南发现了，几人也就一起出发去收集线索了。
到达的第一个地方就是森谷帝二的弟子风间英彦的家中，当他知道面前的几个小孩子是来调查线索的时候感到有一丝惊讶，但也如实的将自己所知道的都说了出来。
他们的第二站则是来到了常盘美绪的绘画老师如月峰水家中，不同于前一位风间英彦，如月峰水在得知几个他们来访的目的后直接拒绝了回答，最后以送给每人一幅自画像请他们离开了自己家。
这一天的询问以去了两家结束，回到侦探所的时候天色已经黑了下来，柯南轻手轻脚的打开门准备回到房间的时候，就看见正对面的沙发上蜷缩着一个人影。
等到他靠近的时候才发现那个人影是小川铃音，后者也感觉到了有人的存在，睁开眼睛坐了起来。
“新一，你回来了，快去睡觉吧，很晚了”
“小音，你为什么在这里睡着了？”
“说来有些惭愧，虽然知道你是新一了，但是以你现在小孩子的身体，保不齐会遇到什么麻烦，所以本来是想着再等等你，等不到的话就去找你，结果却不小心睡着了”
柯南只觉得铃音的话让自己心头一暖，在看到即使是在说话的时候，铃音还是透露出了一股睡意时，他牵起铃音的手将她带到床上，替她盖好被子后在额头上留下一吻后便回到了自己的房间。
第二天，少年侦探团再次出发，不过这次连灰原哀都加入了，柯南虽然有些疑惑但也没多说什么。
谁都没有想到，拜访的第一家游戏设计师原佳明的时候，发现的却是他被害倒在了血泊中。
警察很快就来到了现场，鉴识警察也发现了与前一位被害者大木岩松市长遇害时一样的碎酒杯，由此目暮警官也初步断定了两起案件是同一个凶手所为。
“喂，小音姐姐，今天晚上我就在博士这边睡了，嗯，明天一早我就回去，放心好啦我不会给博士造成麻烦的，好拜拜”
“怎么样啊柯南，你打算怎么做？”
“现在就等着她行动了”
柯南之所以在这一晚选择住在博士家里的是因为他已经两次听说了灰原哀会在半夜起来偷偷的打电话，他灵敏的察觉到了这件事情可能和那个组织有关系，这让他不得不来了解一下。
晚上，灰原哀果然来到电话机旁拨打了电话，柯南和阿笠博士悄无声息的站在她身后，听见了她对着电话那头喊出了姐姐。
“你果然是在和你姐姐通话”
电话被突然掐断的灰原哀转过头，看见了正拿着信号阻断器的柯南两人，听着他们一言一语的猜测，怒气用上心头推开两人跑回了房间。
而所有人都不知道的是，灰原哀的话被另外的人听了进去，只不过不是她的姐姐，而是黑衣人的骨干——Gin，和他的小弟，伏特加。
连续的凶案并没有影响到大楼的开幕，就在几天后，毛利小五郎一行人再次被邀请前来，参加盛大的开幕仪式。
在正式开始前，常盘美绪为了调动气氛开设了一个“读秒30”的小游戏，最终游戏的胜利者将会获得一辆价值不菲的新款野马跑车。
不知道是不是幸运的时候到了，毛利小五郎成功的拿下了这辆跑车。
灯光突然熄灭，随着主持人的介绍，这栋与富士山有着密切关系的大楼以各种形式展现出来，只不过…
“你说什么？常盘美绪她？”
守在大楼底下的目暮警官一行人在接到报案后以最快的速度跑了上去，在大致了解了一下情况后就开始了对常盘美绪被害一案进行了调查。
“我知道了，凶手就是你，泽口小姐对不对”
毛利小五郎的胡乱推理让柯南忍不住吐槽，结果就是被他提着领子忍到侧边，不过好在被赶来的小川铃音接住了才避免柯南的屁股与大地来个亲密接触。
“怎么样新，柯南，现在大概是什么情况？”
原本想要直接喊出工藤新一的名字，但是铃音发现了默默站在一旁的灰原哀，她还是收了口，生怕多一人对柯南的身份起疑。
“小音姐姐，我大概知道是怎么回事了，多亏了叔叔那一扔啊”
柯南举起手露出一个发光的东西，让铃音看了有些迷惑，还没来得及多问，一阵突然的爆炸声响起，灯光熄灭，大楼也开始剧烈的抖动。
“怎么回事，地震吗？”“大楼怎么在摇动？”
黑暗和震动让在场的所有人都惶恐不已，尤其是在接到电话得知大楼内部发生了爆炸后，惊恐和慌乱充斥着整个大厅。
经过多方面的勘察和比较，最终目暮警官决定让大家乘坐电梯到60楼，再经过联络桥到隔壁楼后即可安全撤离。
轮到少年侦探团的时候，小川铃音本想让柯南跟着他们一起下去，但是柯南却只想留在这里陪着铃音，这个时候要是发生点什么不好的事情就麻烦了。
不过很快的，在下一班电梯上来的时候，她们也坐了上去。
此时的柯南已经完全没有心思去理会刚刚的案件了，他开始思索起为什么这个时候会出现爆炸，能做出这种事情的人肯定不是这个连环杀人案的凶手，而是…
柯南的脑子里只出现了两个黑色的身影，他不经意的转过身，面前出现的幻觉让他不禁让他瞪大双眼。
“柯南，你怎么了？”
“像，太像了”
柯南盯着铃木园子的行为以及嘴里嘟囔的话让铃音有些疑惑，下一秒却和柯南一样瞳孔震惊。
“园子姐你的内裤露出来了！”
这一句话让铃木园子下意识的尖叫出声，并且弯下腰捂住裙子，但是谁也没想到就是这个动作救了她的命。
铃音走到电梯的边上，伸出手摸了摸玻璃上的破洞，再根据被园子躲过的地方也有一个很深的痕迹，毫无疑问的有人对这里进行了狙击。
“是子弹！”
意识到现在被逼停的电梯是个很危险的地方，小川铃音抱起柯南举过头顶，柯南也很配合的倒转过来踢开电梯顶部，在几人的合作下从电梯上方逃到了大楼里。
爆炸产生的火焰很快就烧到了这个楼层，她们也知道放反方向跑，但是幸运的是另外一个连接桥就在这一层。
“危险！小音！”
就在小川铃音跟着毛利兰准备跑过连接桥的时候，柯南的呼喊声让铃音停住了脚步，顺着柯南的视线抬头看见了头顶上方正在掉落的连接桥。
小川铃音没有犹豫，一个扑身将柯南护在怀里防止猛烈的撞击带来伤害，而楼下成功逃出的人看到这一幕只感觉无比的揪心。
“这，这联络桥怎么塌了！”
“小兰她们还在上面啊！”
在给对面楼的毛利兰她们报过平安之后，小川铃音牵起柯南的手开始想办法逃出这栋大楼。