今天的一年级B班来了位新同学，小林澄子照着黑板上的名字为同学们介绍这位新同学灰原哀。
作为平时最活跃的少年侦探团自然是不会放过想要邀请这个可爱的女生加入，虽然灰原哀没有明确的答应，但是在小岛元太收到委托书的时候还是跟着他们来到了委托地点。
这次的委托人是一个小孩子，他说自己的哥哥失踪了希望大家帮忙寻找。
于是这之后几个人就来到了这个叫做中田俊也的小孩家中并且直奔他哥哥的房间而去。尽管元太和光彦刚开始的心思被玩具和球鞋吸引了过去，但是很快注意力就被柯南的发现给引了回来。
柯南在俊太的回忆下想到了那两个曾经害过自己的黑衣人，于是催促着俊也让他带着自己走一遍可能出现的地方，果不其然在一家便利商店见到了一个可疑的男人。
“光彦，要不你们就先回俊也家拿东西然后回家吧，我还有一个地方要去”
和小伙伴告别后，柯南匆匆忙忙的朝着那个可疑男人的方向跑去，丝毫没有注意到身后新同学灰原哀别有深意的眼神。
毛利侦探社
毛利兰一只手放下手中的跆拳道服，另一只拿着手机的手也垂了下来，侧头朝着厨房的小川铃音看去。
“奇怪了，柯南怎么不接电话啊，小音，你知道柯南去哪里了吗？”
“什么？”
或许是炒菜的声音太大了，小川铃音并没有听清，毛利兰也只好走到厨房门口又问了一遍。
“柯南怎么还没有回来啊，他不是最喜欢吃你做的饭了吗？”
将菜盛到盘子里，小川铃音这才听清毛利兰的话，一边解着围裙一边回答着。
“柯南说他和元太他们有任务，要晚点回来，让我给他留一份菜”
“真是的，明明是小孩子但却这么忙，还搞什么少年侦探团真是好笑”
已经坐下准备吃饭的毛利小五郎冷哼一声，他平等的讨厌每一个抢他工作的人，包括小孩子。
‘也不知道柯南今天遇到了什么案子，希望不要有危险吧’
小川铃音没有多想，正打算开始吃饭的时候，一通电话打了进来。
“喂，阿笠博士啊，好的那我吃好饭就过去一下”
与此同时柯南那边，几人成功找到被绑走的俊也的哥哥，但是却被这个坏人组织的人给围堵在房间里，就当对方想要下杀手时，灰原哀捡起领头掉在地上的枪并且毫不犹豫的朝着领头后方的玻璃射去。
“灰原同学”
虽然见识过很多案子，但是在灰原哀开枪的那一瞬间所展示出来的眼神和果断是柯南感到最震惊的地方。
案件解决了，在和步美三人告别后，灰原哀请求柯南送自己回家，此时的柯南很想快点回到家去见铃音吃她做的菜，可是又想到就这么让一个小女孩自己回家也不是很好，干脆就答应了她。
可是就在回去的路上，原本还因为最后被目暮警官责怪了一番开枪的事情而感到难过的灰原哀突然表情一变，在柯南转过头来的时候哪里还能看到什么泪水，取而代之的是一副‘我看透你’的样子，这不禁让柯南有些不安。
不过接下来灰原哀的话也证实了柯南的想法，当她说出一串英文加数字后又喊出了工藤新一的名字。
“我的名字不叫灰原哀，而是雪莉，让你身体变小的药就是我研究的”
“那，这么说的话，你是那些黑衣人的伙伴咯？”
“现在可没有时间让你犹豫咯糊涂大侦探”
灰原哀随后说出的话让柯南直接扔下她跑走了。
“我现在住的地方是米花镇2号街22号，也就是你家隔壁那栋，你知道那是哪里的哦？而且今天早上出门的时候我好像听说晚上会有一个叫小音的要送衣服过来，大概就是现在了吧，说不定那些黑衣组织的人已经过去了唷”
‘可恶啊，小音，阿笠博士，你们一定不要有事啊’
等柯南赶到阿笠博士家的时候，他小心翼翼的推开门，安静的环境让他不由得有些害怕，在张嘴喊了几声两人的名字却没有得到回复，柯南感觉心跳都要停止了，直到一阵冲水的声音响起。
“噢柯南是你啊，你怎么来了？”
“阿笠博士，原来你没事啊”
还没等阿笠博士反应过来这个没事指的是什么，家门被打开的声音吸引了二人，侧头看过是铃音拎着袋子牵着灰原哀的手走了进来。
“那我以后就叫你小哀啦，你也可以叫我小音姐姐”
“好的小音姐姐”
阿笠博士接过铃音手中的袋子，在柯南的追问下铃音告诉她这是阿笠博士让自己带来的一些小女孩穿的衣服，这时柯南也终于明白自己是被灰原哀给耍了。
“新…柯南啊，小哀是昨天倒在我家门口我把她救回来的”
介于铃音的在场，阿笠博士也不好和柯南讲述一些关于灰原哀真实身份的事情，只好等灰原哀用一个借口将铃音暂时支走后才开口。
“其实我是倒在了你家门口才被博士发现救回来的”
“你为什么会在我家门口…”
“你一定还不知道组织已经去过你家两次了吧”
无视了柯南长大的嘴巴，灰原哀翻着书籍自顾自的说着，
“每一个吃下APTX4869的人都要被亲自确认死亡，除了你至今都没有就看到尸体，所以组织去过你家调查，刚好我也在场，只不过在发现你家布满了灰尘丝毫没有住人的样子后才不得不离开，即使是第二次来调查也依旧是这样，所以就连我都以为你已经死了”
“只不过后来我发现了你衣柜里的微妙变化，小时候的衣服都被拿走了，所以我不得不假设你已经变小了，因为之前我们就已经完成了让吃下药的老鼠身体变小的实验”
“所以，组织里的人都知道我变小了吗”柯南的 神色变得无比慌张起来，在对这个庞大的组织一无所知的情况下这可不是一件好事。
“感谢我吧，在我背叛组织之前就把你的资料改写为死亡了，除非他们之后再查起来”
柯南虽然对于灰原哀会背叛组织感到很疑惑，但是在知道是她发明了这种药物之后愤怒一股脑涌上心头，开始大声的谴责起来。
“你为什么要发明这种杀人的药物啊！你知不知道这个药已经害了多少人啊”
看到柯南的情绪不对劲，阿笠博士赶紧上来拉住柯南让他冷静下来。
“哎新一啊你冷静一点，她现在也已经不在那个组织了不是吗，而且既然是她发明的话那解药就好做多了不是嘛”
关于这点，灰原哀只是摇了摇头，她表示药物的资料都在研究所里，而后她又起身拿起一旁的报纸展现在二人面前，上面的头条新闻正是那所研究室不久前被烧毁的新闻，这也就意味着解药的配方可能就石沉大海了。
“我想现在组织已经对和我有联系的研究所都下了死手，不久之后也一定会全力的抓捕我，如果他们再继续使用这个药物害人，那么变小的事情迟早会被知道，到时候我们都会有危险不是吗？工藤新一”
灰原哀的话让柯南陷入了沉思，他不敢冒这个险让灰原哀一个人去外面，一旦被组织抓到了到时候连锁反应被抓的可能就不止他们了，身边的人可能也会遭遇危险，可恶啊。