因为收到邀请，毛利小五郎搭乘新干线出发前往京都参加朋友的婚礼，同行的还有女儿毛利兰，女儿的朋友小川铃音以及柯南。
听着小兰在一旁抱怨小五郎，铃音只是笑了一下，侧身对坐在自己旁边正在吃饭的柯南说：“换新鞋子了呀柯南，真好看。”咽下嘴里的食物，柯南晃了晃小腿看着铃音：“啊，这是阿笠博士送我的。”铃音揉了揉柯南的头，张嘴吃下柯南投喂的小饭团，完全想不到的是这双新鞋子是阿笠博士给柯南的一个武器，眼镜也是。
只是连柯南自己都没想到，博士的改良道具这么快就被派上用场，同时柯南也再一次遇见了给他吃下变小药丸的黑衣人。想着终于可以让自己恢复，柯南激动的观察着两人，希望找到合适的时机，只是，意外不断袭来罢了。
同行的步美发现柯南把吃过的口香糖黏在座位底下，训斥了他这样的做法随后又用纸巾包起来放在椅子旁边的收纳盒里，殊不知这是一次助攻的表现。
“柯南，不可以把嚼过的口香糖乱扔噢！不可以这么调皮！”铃音轻轻的拍了拍柯南的头，示意他不可以这样做。柯南抬头看了看铃音，看似委屈的低下了头。见此，铃音觉得是不是自己语气太重了点，毕竟柯南还只是个孩子啊。于心不忍的她把柯南抱起来，亲了一口柯南的脸蛋。
看着突然与自己平行的铃音的脸，柯南一愣，紧接着被突如其来的亲亲惹得瞬间脸红。看着铃音的笑容，柯南仿佛已经听不见周围的任何声音，沉迷于此。
“柯南！柯南！柯！南！”在小兰和少年侦探团其他孩子的喊叫下，柯南总算是回过了神，虽然舍不得，但也只好从铃音的怀抱里下来。想起刚才铃音的笑容，柯南更是下定决心一定要早点变回以前的样子。于是，和其他人打了声招呼，就跑去拐角处偷听起黑衣人的计划，
当听到他们有借他人之手引爆炸弹炸毁新干线的想法，柯南震惊之后第一时间躲过小兰和铃音的寻找，跑去通知了列车员。可是，谁会听一个小孩的话啊！
想到这里，柯南有了告诉铃音自己就是工藤新一的想法，不仅是为了能让人相信车上有炸弹拯救全车人，也是为了让铃音知道工藤新一一直在她身边。“小音姐姐，我一瞒着你，其实我真正的身份是…”只不过，出于一个侦探的本能，在听到少年侦探团中元太的一句无意间的话时，柯南立刻把所有疑惑和理解不通的地方串联起来，最后不顾铃音在背后喊自己的名字，径直朝着一个方向跑去，在爆炸的最后一秒利用博士给的鞋子做辅助将装有炸弹的箱子踢了出去阻止了新干线的爆炸和人员伤亡。
解决完新干线爆炸事件，在犯人都被逮捕后，柯南才发现那两个人并不是害自己变小的人。不过，目前最严重的事情并不是寻找到他们，而是…
“柯南，你刚刚想说，你真正的身份是什么啊？”面对铃音的询问，现在的柯南只能手忙脚乱的解释，好在最后是少年侦探团的孩子们说是“恶作剧的柯南”才打发了小川铃音。
一年一度的情人节来临了，耐不住园子的热情，铃音答应跟随园子和小兰参加一场派对。害怕铃音被别的男人搭讪拐走，柯南偷偷溜上开车来接三位女生的车子后备箱，也因此顺利的到达了派对地点。
“铃音在干什么啊，我在外面可是又冷又饿诶！”在外面偷看的柯南瑟瑟发抖，“阿切”
柯南的一个喷嚏引起了屋子里所有人的注意，“柯南，你在这干什么啊？外面这么冷”面对铃音的询问，伪装不下去的柯南只好低着头和铃音一起进屋。不过，进了屋的柯南才发现自己跟来是多么正确的一个决定。
“现在就开始行动。”注意力基本都在铃音的柯南隐隐约约听到旁边一个大个头男人的嘀咕，下一秒，还没反应过来的柯南就被拉着小手抱起来亲。等到反应过来，柯南嫌弃的在一边擦嘴漱口。喂喂，这男的原本是冲着小音去的吧！太过分了！
不出所料，好端端的情人节派对也被突如其来的命案所打断。在小五郎和柯南的配合下，真相也顺利出现。走投无路为了拿到遗产养家而选择下毒杀人，这样的结果不知道是悲伤还是愤怒。