200年前，一段平平无奇的对话，在一个孤独的小岛上，悄然上演。谁又能知道，这段对话，却能衍射并影响到了200年以后，一场决定全人类命运的重大事件呢？
“发现了可以用来传递意识的新粒子，构想用那种粒子来制造半永久装置的基础理论，发明量子型运算处理系统，建造轨道电梯，并且提倡太阳能发电系统。”
“无论哪一个都是会让我们人类社会更加繁荣的重大技术，但你却讨厌着人类.............并一个人在这个孤岛上生活...........”
一名贵气十足的男子，端着手中的红茶，优雅的坐于一张靠椅上，看着背对自己，正在电脑前进行数据输入工作的博士说道。
听到贵气男子的话语，坐于电脑前的博士并没有回头，而是语气平淡的回复道。
“我所讨厌的.........只是那些错误的使用智慧，因为固执或先入为主，而看不到这个世界真实的人们...........”
“他们带来了误解，带来了不和，产生了纷争，我只是希望大家可以互相理解...........”
贵气男子抿了一口手中的红茶，嘴角微弯，语气轻松道：“这就是你所追求的世界吗？”
博士停下了手中的工作，缓缓将座椅转了过来，朝贵气男子再次开口：“人类想要正确的使用智慧，就一定要进化。否则.........就算前往了宇宙，向更大的世界出发，都只会带来新的灾难！这样，岂不是很可悲的事情吗？”
听完此话，贵气男子眼中尽是欣赏之色，内心感慨的同时，也喊出了博士的名字：“伊奥里亚.........”
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西元2314年，距离刹那·F·清英与变革者首领利邦兹·阿尔马克的最终决战，已经过去了两年。
新生的地球联邦政府，在推翻了前独立治安维持军aws的暴虐独裁统治后，开始加速推动，并实施了和睦共处政策。此时，全世界将不分人种，不分地区，共同享受着应有的尊重与资源的合理分配。
一切都在向好的方面发展，只不过曾经的战争与苦难，给不少人所留下的“伤疤”，还需要时间去慢慢抹平。
然而，由于GN粒子的应用与覆盖范围变大的缘故，导致全世界的人类之中，开始逐渐出现觉醒的“变革者”。
尽管他们的数量非常的稀少，还不足全人类的百分之一。但他们所表现出来的，那种远超人类的各项能力，却是让不少普通人出现了恐慌。
特别是“变革者”所散发的脑量子波，能够轻易的读取普通人的思想。这种被他人窥见了内心的感觉，也让不少人对“变革者”出现了严重的厌恶与排斥心理，甚至是认为他们都是怪物，而非人类。
迪卡儿·夏曼就是觉醒的“变革者”之一！
隶属于地球联邦军上尉的他，在一次执行战斗任务的过程中，偶然发现自己觉醒为了“变革者”。这让他不仅身体素质和神经反射速度，都达到了常人的五倍以上，而且还能够听到脑量子波范围内，其他人的心声。
但他的觉醒，并没有换来任何的优待，反而还被军方当成了实验品对待，目的就是为了探索“觉醒者”相关的能力和数据。
不过，这种脖子上，时刻挂着一枚电击项圈，如同狗一样的日子，让迪卡儿·夏曼本人感到了非常的不满。看待所有人的眼光，也慢慢从原来的平易近人，变得冷酷犀利。
如果继续这么下去的话，迟早有一天，迪卡儿·夏曼会被逼反，成为一名反人类反社会的疯子！
然而，命运的齿轮降临了。
卡蒂?玛内金准将与已入赘的丈夫帕特里克?玛内金来到了天人号，在了解到这里还有一位名叫迪卡儿·夏曼的军方“变革者”，竟然被人无耻的当成实验品后，果断选择出手救助了他。
“迪卡儿·夏曼上尉，身为联邦的军人，就应该有联邦军人的待遇！我现在以准将的身份，命令你们，解开他脖子上的项圈！”
“这.......这不合规矩吧？卡蒂?玛内金准将？”
“你们是想违抗命令吗？还是想让民众们知道，你们把自己人拿来做实验？”
最终，在卡蒂?玛内金准将的强势介入下，迪卡儿·夏曼重新获得了自由。
而卡蒂?玛内金准将的这种行为，也换来了迪卡儿·夏曼上尉的好感。于是，为了报答她，迪卡儿·夏曼上尉在之后的“欧罗巴”号接近地球的危机中，亲自驾驶最新型号的MA加迪拉萨出击，并将其击成了碎片。
但他们所不知道的是，这艘130年前，如同幽灵一般飘荡回来的木星探测船，其实却携带着ELS。它的碎片残骸坠入了地球的大气层后，并没有被燃烧殆尽，而是成功降临到了地球的各个区域。
至此以后，地球上便出现了具有“变革者”因子的市民，遭受到了未知金属袭击的事件，人类被金属同化的案例开始不断飙升。这也引起了以米娜?卡麦与比利?片桐为首的研究团，对其展开调查，并将所谓的金属异星体称之为ELS。
通过进一步的调查和分析，人类联邦政府推测并发现了木星附近所出现的ELS痕迹。同时，还认为它们具备交流的可能。于是，便派遣了一支小型先遣舰队，前去确认ESL是否拥有意识？
从这一刻开始，人类与外星物种的首次接触，逐渐拉开了序幕。