李继存让张钧飞成立置事司务内阁，总管法规、人事与财税问题，以重塑有效治理为目的，以法规律条为保障，以财税改革为核心，以人事任用为前提，一场总结经验、志在未来的变法运动拉开序幕。为此，张钧飞优先选用了一批新晋及第的读书人，协助其一同编纂法条和税制。
首先，李继存下诏书将各地方财权从地方治理体系剥离，单独成立机构进行管理，并由中央选派专业官员管理地方赋税，改土地税为粮食税，征收累积收成税，且在岁末派人进行核验。他也仿照林从观的思路，不再征收实物，而是直接以钱币的方式征收，并优化各地方的常平仓，用以买卖或散发粮食。同时，利用粮仓余粮，张钧飞还扩大了官方借贷的规模，减小借贷的利息，尤其是在每年青黄不接的时候，给百姓放粮，只需秋收时候以微小的多余收回，这其实就是李继存说的，通过官府与农民形成借贷关系，从而遏制地主豪绅与农民形成深层次的依附关系。当年林从观想到了这个方法，但并不能说明白内在原因。
这一招无疑初衷很好，然而很快就招来了各地方的无端猜测，因为地主豪绅实际上都与地方实力派有瓜葛，所谓权力与利益是不可分割的。尤其是以李在元、石恒等为代表的沙陀贵族，他们中很多人跟随李继存打天下的目的就是有一天可以控制足够的财富，从而享尽荣华富贵，而地主豪绅是他们敛财的工具，如今这样，实则是要断这些人的财路。因此，即使政策虽然早已下发，但在各地方遭遇了地主豪绅的阻挠和地方官员的阳奉阴违。
李继存在几个月的时间里，反复召见了李在元为代表的各地方戍边大将，向他们讲清楚这其中的目的，虽然很多人并不理解，但好歹不敢多言，所以这项政策总归在名义上落实了下去。
然而，当张钧飞开始推行第二项变法措施时，出现了意料之外的大问题。针对几十年来地方拥兵自重的问题，在收回了财权之后，张钧飞决意要从军权上下手，军权的本质是人事权。于是，在和李继存商议之后，地方军政长官的任命不仅应该由皇帝亲自决定，连各地带兵的将领也应该由兵部统一管理调动。这一次，招来了比上一次更加激烈的反对声。尤其是臣服的地方实力派，他们本意是依靠投降李继存，以换取长期成为地方长官的待遇，从而保持自己的独立性，这一招无疑是针对自己。
张钧飞也吸收了很多其他林从观改制的思想，在他的计划里，之后还要重新厘清军、吏、农、商之间的关系，这实际与生产、治理、安全、效率息息相关，此外，还要开办太学并改造科举考试，为中央到地方的治理、以及基层自治提供人才，还准备加大对地方官的培养选拔，细化官员考评，以保持吏治的清明，这些都是事关王朝持续运转下去的动力。然而，这些还未开始，地方实力派就开始了他们的军事反抗。
经营凤翔多年的王懋征终于走到了生命的尽头，李继存本已选好吊唁的队伍准备前往凤翔，不想王懋征之子先宣布起兵，欲联合蜀国大军进军关中，此后，不少边境的小地方纷纷宣布自立配合雍州。
蜀国乃是原湘州牧守王玄名在朱奎称帝后自立建立的政权。当年，原湘州牧守、节度使严宽度突发疾病去世，导致湘州牧守之位空缺，才有了江孜利用马球赛欲把江睢白调去接任的荒唐把戏。起义军打进帝都后，皇帝及江孜等人入湘避难，湘州大将王玄名好生接待，因而皇帝返都后随即下诏让王玄名掌管湘州。王玄名上任后，以发展农业、保境安民为首要任务，基本不参与湘外之事。直到朱奎称帝，王玄名公开反对，自称蜀王，力图匡扶皇室。后王玄名去世，其子接任，也就是现在的蜀主。