林晨轩任命刘兴祚为沈阳总兵，驻地为沈阳。留下德格类配合他平定辽东其余地方，自己率领飞虎卫随同赵率教、祖大乐等部一同返回广宁城。
途经辽阳时，派出费扬武前去劝降，兵不血刃，拿下辽阳。
在广宁休整期间，林晨轩精选后金军五万人，组建定辽五卫和平辽五卫，任命投降以来一直担任自己亲兵的义军将领刘宗敏、田见秀、刘体纯、郝摇旗、吴汝义任命为定辽左、中、右、前、后、六卫指挥使，任命费扬武、李东、江叙、李九成、周元担任平辽五卫的指挥使。
曹变蛟部七千人，组建狼骑卫，曹变蛟担任卫指挥使。
恰在此时，江南的六百万两饷银抵达。
林晨轩将遍赏所有参与平辽的将士，定辽、平辽十卫也给以赏赐。
他令赵率教担任辽东总督，统管宁远、锦州、广宁、大凌河、沈阳、抚顺、辽阳等地政事、军事，并将剩下的二百万两饷银交给他。
祖大乐回到锦州，将与后金大战的情况细说了一遍，祖大寿后悔不迭。
到达山海关时，突然得到赵率教病重的消息，连忙率领山海关副总兵刘思前往广宁。
来到广宁时，赵率教已经去世。
林晨轩非常悲痛，从五年前后金入寇二人相识、相知，在辽东战场上赵率教都是林晨轩最得力的助手。
如今，赵率教猝然离去，林晨轩一时之间找不到可以信任的人。
江叙告诉林晨轩，赵率教离世前，推荐山海关副总兵刘思接替他。
江叙是飞虎卫最早的一批将士，林晨轩相信他的话。
祭奠完赵率教，林晨轩任命刘思担任辽东总督，参将田见秀、周元为辽东副总兵，率领定辽、平辽两卫及赵率教部驻守广宁。
正准备回师京城，宋献策道：“大帅，辽东将门势力初成，若不予以拔除，只怕藩镇割据之势会再现！”
征北途中，宋献策发挥的空间不大，大主意一向是林晨轩拿。
如今，林晨轩要回师京城，他觉得有必要提醒一下。
林晨轩知道他所说的辽东将门，主要指的是祖大寿。兄弟辈祖大乐、祖大成、祖大弼，子侄祖泽远、祖泽沛、祖泽盛、祖泽法、祖泽润、祖可法都在辽东军中任职。
祖家兴起，一方面是李成梁的提拔，另一方面，则是袁崇焕的刻意所为。
祖大寿在辽军中地位高，资格老，在祖氏宗族里辈分也高，祖家将在祖大寿的带领下，十分团结，且具有较强的战斗力。
祖大寿麾下的铁骑战力非同一般，铁骑的指挥者都是祖家的人。
更重要的是，他用的是朝廷的饷银，养的是祖家的兵！
除此之外，他们虚报兵员，冒领军饷，甚至还与后金偷偷地进行贸易往来。
如今辽东初定，林晨轩不允许出现这样的将门。
他下令辽东文武官员赴宁远城集中，要宣读重要命令。
宁远城中，林晨轩宣读任命决定：祖大寿赴京城担任左军都督府，辽东总兵由宁远游击吴三桂担任。祖大乐平辽有功，升任大同总兵。
吴三桂是祖大寿的外甥，此时不过是游击衔，听闻连升数级，喜不自禁。
“大帅，末将定然加倍努力，回报大帅！”
祖大寿没有作声，他的军队都在锦州，不在宁远。
随同前来的祖家家丁、参将祖宽大怒：“吴三桂不过一游击，如何担当得起总兵？本将第一个不服！”
随即，祖大弼、祖世泽等祖家将领纷纷站起来表示不满。
吴三桂面红耳赤，不知所措。
他没想到，祖家对自己担任辽东总兵反应如此强烈。
祖大寿缓缓道：“诸位且坐下！大帅既然如此决定，必然有大帅的道理。我等回去之后一定要遵令行事，怎可与当面顶撞大帅？”
祖宽道：“将军，他这分明是在削弱祖家！末将不服！”
祖家诸将也纷纷不满，大声喧哗起来。
祖大寿大怒，一掌重重地拍在桌上：“本将的话你们听不懂吗？都给我坐下！”
祖家将领不敢作声，都忿忿不平地坐下。
林晨轩看着眼前一幕，更加感觉必须剿灭这群骄兵悍将。
他看了一眼立在身后的宋献策，点点头。
宋献策会意，这是林晨轩在会前与他的约定。
看着宋献策离开，林晨轩笑道：“诸位将军，本官这么做，也是为祖老将军考虑。老将军年过六旬，到京城担任都督府都督，正一品。诸位何必如此激动？”
祖宽等人怒目以对。
祖大寿站起来道：“承蒙大帅关心，末将感激不尽。末将现在就回去准备，明日就赶赴京城就任。”
林晨轩赞道：“看看，祖将军多有大局观，你们这些人，得好好学学！祖将军既然要回去准备，那就回去好好准备。明日本帅和将军一同进京！”
走出督师府，祖宽不解道：“老爷，为何要对那小子让步？老爷真想去京城当什么都督？”
祖大寿捻须道：“你们若一意威逼，督师府外的数百将士是吃干饭的？我进督师府次数不少了，从来没有见过督师府议事厅外有数百将士的！”
祖大乐不解道：“吴三桂是大哥的外甥，锦州在他手里与在咱们手里没有区别呀！我去大同任总兵，那我们祖家就同时掌控了两镇人马啊。这不是很好吗？”
祖大寿道：“二弟呀，你只知其一，不知其二。吴三桂的资历很浅，朝廷动他很容易。你到大同，两三年时间如何能掌控大同镇？”
来到督师府马厩，祖大寿一跃而上：“诸位，回到锦州，谁也奈何不了我们了！走！”
就在此时，突然涌进李牟统领的三千飞虎卫，他们全装备着鲁密铳。
祖大寿等人脸色大变。
李牟道：“大帅有令，令我等护卫祖将军前往京师任职，如有反抗，立杀！”
祖宽大怒，拿起马背上的大刀。
李牟一挥手，几名亲卫立即射击，祖宽当场倒地身亡。
祖大弼怒道：“在块地上，还轮不到你们逞威风！我们祖家在锦州有五万大军！”
李牟笑道：“五万？皇太极有十万大军又如何？不还是败给了我飞虎卫？”
祖大寿下了马，走到李牟跟前道：“本将跟你走，你放他们回锦州！”