此时的洪秀全其实已经清楚，自己大限将至。
不过，自己儿子有什么样的能力，自己还是很清楚的，没人辅佐就只能死翘翘。所以他加紧为自己的儿子布局，希望他能够顺利坐稳这把交椅。
他首先把洪天贵福过继给了自己的长兄耶稣。所以，现在的洪天贵福不仅是天王之子，还是耶稣之子。这双重身份让洪天贵福立即升格成“神”了。
1864年5月28日，洪秀全趁自己尚清醒，颁发了早已准备好的三道圣旨：
第一道就是指定洪仁发、洪仁达、洪仁玕、萧有和（幼西王）、林绍璋五人为“辅政王”大臣，总理全国政务。镇妖军、林绍璋部改编为御林军，镇妖军隶属东御林军，林绍璋部隶属西御林军，直属天王府统管。
第二道圣旨，是任命李秀成为“殿前吏部又副天僚开朝真忠军师御奉旨令专征剿忠义宿卫军顶天扶朝纲忠王五千岁”，掌管天下兵马。
第三道圣旨，任命吴天佑为“夏王”，掌控藩属地一切军政事务。
圣旨一出，终于明确了中枢权利的归属：行政权归洪家、军权归忠王。所有在外作战的太平天国将士，则归属李秀成指挥。
而且，李秀成的封号是五千岁，是除了幼东王（九千岁）、幼西王（八千岁）、幼南王（七千岁）以外的最高爵位。
而最有意思的是吴天佑的那份封王圣旨，一反常态地只封了两个字：“夏王”。
要知道，吴天佑的战王全称是“殿前副总开矿顶天扶朝纲副军师天三驸马战王孝千岁”，一共有23个字。而李秀成的忠王全称有36个字，最长的是东王杨秀清的王号：“真天命太平天囯传天父上主皇上帝真神真圣旨劝慰师圣神上帝之风雷禾乃师赎病主左辅正军师后师殿中军兼右军东王九千岁”，共有54个字，堪称恐怖。
在第三份圣旨中，还首次使用了“藩属地”。虽然太平天国实际上就是分封制的管理模式，谁打下的地盘谁治理。但这充其量只能算是潜规则，从来没有正式明确承认过。这是太平天国中枢首次正式书面承认幕僚府管理的区域为“藩属地”，其中寓意不可言喻。
公元1864年6月1日，清同治三年四月二十七，太平天国甲子十四年四月二十一，太平天国天王洪秀全在天京病逝，享年51岁。
洪秀全逝世后，时年14岁的洪天贵福继位，称为“幼天王”。
一切朝政系信王洪仁发、勇王洪仁达、幼西王萧有和等人执掌，洪仁达并管银库及封官钱粮等事，兵权由忠王李秀成总管，就连诏书也是他们做好了交给洪天贵福颁布而已。
但是，直到洪秀全病逝，吴天佑依然没有获准去天京。
当获悉天王已经去世，幼天王洪天贵福继位后，吴天佑彻底断了去天京的念头，开始着手布置后天王时代扬威军的战略布局。
至于洪天贵福，只不过是洪仁发、洪仁达兄弟手中的提线木偶，已经无需太多顾忌，吴天佑和这两兄弟根本尿不到一个壶里。现在，已经没有任何羁绊可以阻止他了。
天王洪秀全的逝世，对在外作战的太平天国部队造成很大的冲击。幼天王洪天贵福基本是他们看着长大了，他是什么性格、有什么能力大家是一清二楚。这么一位领头羊能带领大家干嘛？许多人对太平天国的前途愈发悲观起来。
因此，不少投机分子纷纷寻找后路。
满清官府看准时机，开始向各路太平军伸出橄榄枝，封官许愿。导致大批意志不坚定的太平军将领纷纷易帜投降。外围太平军渐渐只剩下四股实力较大的太平军。
以遵王赖文光和梁王张宗禹等为首，活动在中原一带的捻军；
以扶王陈得才、启王梁成富、祜王蓝成春为首，活动在西北一带的“西北太平军”；
以侍王李世贤为首，活动在湖北、河南、陕西交界地带活动的“鄂北太平军”；
以辅王杨辅清为首，活动在湖南、广东、广西一带的“湘南太平军”。
清廷大批招降太平军，使得湘军及淮军的实力大涨。湘军总兵力已经突破15万，淮军也已经突破10万大军。
而此时的太平天国中枢，因为新主继位，内部权力格局尚未定型，除了内斗外根本无暇顾及其他。吴天佑的扬威军也由于粮草不足，也无法展开大规模军事行动。
清廷慈禧太后考虑到清军和太平天国暂时以长江为界对峙，谁也奈何不了谁。于是命令湘军、淮军、苗沛霖的苗家军以及曾格林沁的蒙古马队，齐聚中原，围剿以太平军遵王赖文光和梁王张宗禹等为首的捻军。以期肃清内部威胁。
历史上在1863年因再度反清而死的苗沛霖，也因为清廷攻击天京失败，没时间处理他，所以此时还在寿州一带活的好好的。
但接到命令的苗沛霖意识到，清军这次命自己参与围剿捻军，不仅要把自己调离寿州，而且是要让自己的苗家军和捻军拼消耗。他本来就因反复无常得不到清廷的信任，如果这次围剿把手中的苗家军打得七七八八，就不知道是在剿谁了。
于是，苗沛霖以僧格林沁杀降捻姜台陵为由再度反清，并派人联系太平军合击清军。不过，他没敢找赖文光、也不敢找李秀成，而是派人联系吴天佑的扬威军。
使者路遇奉命攻打和州的扬威军，谁知第八集团师司令黄文金是嫉恶如仇，连请示都没有，直接就把苗沛霖的信使给杀了。
苗沛霖见到扬威军都不理自己，便知道太平天国这条路是走不通了。于是再度向清廷请降。不过，这次曾国藩也不搭理他，让湘军直接进攻。
苗沛霖虽然有数万苗家军，但主要装备是以刀枪为主的冷兵器，如何与武装到牙齿的湘军对战。不久，驻守蚌埠的苗沛霖部将张士端献城投降，湘军唐训方部攻克怀远，苗沛霖弟苗希年、侄苗长春被杀。
同时，僧格林沁督傅振邦、陈国瑞、王万清诸军挥师向南，与李世忠部合围凤台（寿州），激战数日后，攻占凤台。苗沛霖、及其妻徐氏、儿子苗连生被杀，苗家军余部纷纷向清军投降。在寿州纵横十多年的苗沛霖集团至此灰飞烟灭。
清军各部继续北上，围剿捻军。