八月十一，就御史董元醇奏折所请，两宫皇太后召见八大臣，商讨处理方法。
肃顺等八大臣以咸丰皇帝遗诏和祖制无皇太后垂帘听政之事，并搬出了后宫不得干政的祖训，坚决予以拒绝。
而两宫皇太后也以咸丰遗照为依据，说明咸丰帝颁发的“御赏”和“同道堂”两枚印章，就是用来监督八大臣施政的。如果不临朝听政，又如何履行监督施政的职责。
于是两宫太后在朝堂上与八位赞襄政务大臣激烈辩论。八大臣肃顺等人为了维护自身权益，在殿堂之上恣意咆哮，态度极其嚣张。把小皇帝吓得尿了裤子。
两宫太后也是与八大臣针锋相对，寸步不让。
双方都明白，进一步则鹏程万里，退一步则万丈深渊。
双方就如此相持几日，最后八大臣只得先退一步，答应两宫太后，此议回到北京再议。
慈禧也感到硬刚下去不是办法。虽然两宫太后掌握着咸丰所赐的两枚印章，在政治上与八大臣势均力敌，但由于当时的热河行宫全部都是辅政八大臣的势力。只好虚与委蛇，暂时向八大臣妥协，并同意给董元醇治罪，“垂帘听政”一事回北京再议。
但慈禧是不可能放弃垂帘听政的想法。因为此举，是她通往权力巅峰的唯一途径。
慈禧现在要做的是怎么样早日逃出八大臣的掌控。因为，禁卫军统领、行在步军统领都在八大臣手中，两宫太后及皇帝全都在八大臣的掌控之下。稍有风吹草动，后果不堪设想。只有回到北京，人身安全有了保障，才能反制八大臣。
奕?和两宫太后密谋过后，便日夜兼程，于八月初七日匆匆赶回北京。随即开始四处活动，拉拢各方人员。为了达到迅速掌控北京局面的目的，恭亲王奕?尽力劝说留守北京的各方势力，甚至不惜以两宫太后的名义向他们许以高官厚禄。
其实，留守北京之人，基本都是当时咸丰帝没怎么看上的臣子，才在咸丰逃离北京时，留在北京“善后”。恭亲王奕?就是其中之一，所以他对这些人是非常了解。
这些人心里有气，加之咸丰驾崩后，由肃顺等八大臣辅政，把握朝政，更是引起了这帮失意臣子的公愤，各个恨不得取而代之。
所以，恭亲王的游说很有成效。很快就争取到了大学士贾桢、周祖培和刑部尚书赵光、户部尚书沈兆霖等一批部院大臣的支持。
接着，奕?又争取到了掌握京津防务的兵部侍郎胜保以及拥有重兵的蒙古亲王僧格林沁的臂助，由此控制了北京周围的军队，抓住了发动政变所必须的武装力量。
八月十八，清廷正式宣布，咸丰皇帝灵柩于九月二十三起灵驾，二十九到京。
慈禧为了进一步削弱八大臣的实力，保障自己的生命安全。九月初四，两宫太后召见顾命大臣时，就以供“以减其劳”为名，解除了载垣统领禁卫军的兵权。
同时，慈禧提出端华兼职太多，根本忙不过来，有怠政之嫌，让瑞华选择保留哪个职位。端华选择保留行在步军统领的职位。慈禧就以两宫太后的名义任命醇郡王奕譞做步军统领。
奕譞做步军统领就等于掌握了京师卫戍的军权。不久，奕譞又兼管善捕营事。
这醇郡王奕譞，他的嫡福晋叫叶赫那拉·婉贞，道员承恩公惠征之女，慈禧的亲妹妹，绝对的自己人。奕譞做步军统领标志着慈禧离权力中心又再进一步。
就这样，两宫太后和八大臣的实力强弱，在不经意的情况下，慢慢向两宫太后倾斜。八大臣此时已经基本丧失了制衡慈禧的手段。
九月二十三，大行皇帝梓宫由避暑山庄启驾。皇帝载淳和两宫皇太后，奉大行皇帝梓宫，从承德启程返京师。
慈禧为了尽快赶回北京主持大局，仅随咸丰帝的灵柩走了一天，便以皇帝年幼不能全程护送先帝梓宫为由，提出让皇帝先行返回北京。并以两宫太后的名义，提出让肃顺护送咸丰的梓宫走大路，载垣、端华等7大臣由小路护送皇上和两宫太后提前回北京的方案。
肃顺等八大臣也没多想，加上是由八大臣的载垣、端华等7大臣护送两宫太后和皇上，就算慈禧有想法也难有作为。所以就没有阻止，按两宫太后懿旨执行。
计谋得逞的慈禧，立即命令载垣、瑞华等人启程，以免迟则生变。九月二十八日，慈安、慈禧携载淳皇帝从热河先行抵达北京。
当天，慈禧便立即召见奕?、文祥和其他亲信大臣秘密部署行动。此时，八大臣还蒙在鼓里，对此一无所知。
次日黎明，奕訢手捧盖有玉玺和先帝两枚印章的圣旨，宣布解除了肃顺等八大臣的职务，当场逮捕了载垣、端华。又命令将景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦祐瀛等撤职查办，严加看管。并派醇郡王奕譞在京郊密云逮捕了护送梓宫回京的肃顺。
不久，慈禧以两宫皇太后名义发布上谕，下诏历数载垣、端华、肃顺等人的罪状。下令将肃顺斩首，让载垣、端华自尽，另外五大臣则被革职或充军。
至此，与两宫太后斗得你死我活的辅政八大臣关的关死的死，全部被处理。
咸丰十一年（1861年）十一月初一，在紫禁城养心殿举行了垂帘大典，两宫太后开始垂帘听政。
并废除由八大臣确定的新皇年号“祺祥”，改年号“同治”，1862年为同治元年。
所谓“同治”就是指由两宫太后共同治理朝政。
而奕?因参与政变有功，“扶倾定危”，破例地以议政王的名义任领班军机大臣兼摄首席总理衙门大臣，复授宗人府宗令、总管内务府大臣，赏食亲王双俸，王爵世袭罔替等等。
另外，慈禧太后特许他在“紫禁城内骑马”，把只有中官嫡长女才能享有的“固伦公主”称号授予他的长女，以示优礼。
奕譞、文祥、胜保等人也得以加官晋爵。
至此，两宫临朝称制于上，奕?总揽清朝内政外交。清朝进入慈禧太后执掌最高统治权力的时代，而奕?在朝廷中的权势也达到了登峰造极的地步。