兴办水利——增洋烟税——受排挤调离京师——“正人在位之难也”
清朝廷中大臣们一个个精通世故，谨小慎微，看上面眼色行事说话，对宫廷斗争也多少有些了解。其中也有少数正直、爱国、有学问的人，但在封建专制的大气氛下，只能唯唯诺诺，随波逐流，不敢争先出头，多说一句话。道光年间有一位曹文正公（振镛），官运亨通，晚年更受恩遇，死后谥文正，在清朝200余年中，也没有几个“文正公”，这是最高的谥号，论其政绩，却又没有什么。他的门生曾向他请教，他说：“无他，但多磕头，少说话耳。”
偏偏左宗棠是心直口快的人，他大半生是在军营战阵中度过，想到什么就说什么，从来也藏不住话。来京师一个多月，言行莽撞，在廷臣们看来，简直是不通世故，如今连慈禧太后也得罪上了。朝廷中对他就产生了各种各样的看法和议论，深谙世故的人鄙夷他，好心的人为他担忧，小心谨慎的人疏远他，以免受他株连。背后骂他的人也越来越多。
三月十九日晚间，大臣们齐集宫中，参加慈安太后的晚祭。左宗棠因故未到。大臣们纷纷议论开了，有些人趁此说左宗棠的坏话。宝鋆和左宗棠素来不合，也大放厥词，说左宗棠简直是“一团茅草”。翁同龢在场，听了大不以为然，但只能默不作声。他回家后在日记上记下了这件事，感叹道：“窃恐左公不免龃龉矣，正人在位之难也。”
第二天，翁同龢陪醇王在梓宫前行礼，回到西配殿休息时，他和醇王做了长谈，劝他调和左相与朝臣宝相等的矛盾，不要使左相为难。奕 表示同意，当然，这类调和工作其实是很难做的。
在封建朝廷中，当个正人不容易，当正人又想保持长久的地位更难，此所以翁同龢感叹：“正人在位之难也。”他已预料到左宗棠在军机中不能长久，可能他对自己也有预感。若干年后，他因推荐戊戌变法六君子，也遭到革职处分。
宝鋆是宗室，是有来头的人。他与左宗棠早就有嫌隙。同治七年左宗棠在河北作战时，宝鋆弟宝森曾来访谒他。宝森拿了宝鋆的名柬，他的意思不过是借借宝鋆官大，可以得到左宗棠的优礼，不料左宗棠不买账，反而大发脾气，认为他是倚仗官势。左宗棠本来瞧不起满人官吏，就厉声斥责宝森一番，这也太让人面子下不去了，因此宝鋆一直怀恨在心。左宗棠来到京师，还和他同值军机，他也就一直没有好气。
在朝有嫌隙的不止宝鋆一人。左宗棠常骂旗人官员无能，恨他的人暗暗记下了他骂旗人官员的湖南土话：“冒得寸用”，即“无一寸之长”。传播开来，惹怒了满人和蒙人官员，这些人在朝中都是有势力的。另外，他在外任时，对待下属很严格，有些人被他奏劾罢官，自然怀恨在心。其中一些文人后来又当了京官，他们还因同乡、同学等关系结成帮伙，背后对他冷嘲热讽，还写些歪诗揶揄他。
福建文人林寿图就是一位。林寿图的同乡名士郑孝胥，就是后来到伪满洲国当总理大臣的大汉奸，也写诗讥讽左宗棠，说他自己没有考上进士，因而瞧不起进士。其实左宗棠虽不认为凡是进士就都是有学问有才能的人，但对那些真有道德和学问的进士，如陶澍、林则徐、龚自珍、魏源、贺长龄、贺熙龄、胡林翼等，都是十分尊敬的。
左宗棠说一口湖南话，也遭人嘲笑。他初次见太后时，太后见他年老，一清早上朝很辛苦，便问他能否早起？左宗棠答道；“臣在军营里五更就起床，弄惯了。”“弄惯了”是湘阴土话。他在军机值班时事情不多，不惯老闲坐着，就和同僚们说：“坐久了，可以散吧。”还常念一句诗：“八方无事诏书稀。”大学士李鸿藻（字寄云，号兰荪）写了一首《竹枝词》讥讽他：
军营弄惯入军机，饭罢中书日未西。 坐久始知春昼永，八方无事诏书稀。
这首歪诗，好事者广为传播。但许多人对李鸿藻身为国家元老，又与左宗棠同值枢密，却不能和衷共处，如此轻薄，大不以为然，也为国事深感忧虑。郭嵩焘远在长沙，也听到京师来人传述此事，不禁在日记中发了一通牢骚感叹说：“轻薄如此，京师论者亦皆不谓然也！”
左宗棠在来京之前，已料到在朝中难以有所作为，他那认真负责的脾气又难以改变。对于同僚们揶揄侮弄倒不在意，看到朝廷许多弊端，很想振刷一番，但是朝中规矩烦琐，处处都是限制，要想干点事，有什么想法，丝毫难于展布。提出一个问题，同僚们就会多方阻难，而要上一道奏折，却又急于星火，要求即刻办好，没有仔细研究推敲的时间。同僚们知道他要研究某一件工作时，不帮他的忙，只冷眼旁观，让他一人东翻西找，寻检资料，弄得他顾此失彼，搞了几天还茫无头绪，因此要办的事大都半途而废，真可谓有志难酬。
在京师几个月，他办的事中，有两件值得一提。
一件是提高鸦片烟进口税，因为和英国订有《南京条约》，不能限制洋烟进口，国内禁烟也难于办到，因此他提出增加鸦片税捐，这样烟价必贵，那么瘾轻者必戒，瘾重者必减，由减吸以致断瘾；比起凭一纸公文禁止，反而引起官吏丁役骚扰民间，更为利多弊少些。但即使要增税，也必须先得到英国同意。他与李鸿章于是年四五月间与威妥玛商谈数次，威妥玛不同意提高洋烟进口税，道理上说不过去，就采取拖延策略。左宗棠认为“天下事当以天下心出之”，即是“人民的事应由人民自己来决定”，他上疏朝廷，请敕下各督抚将军全国上下来讨论洋烟提税方案，反对过去那种对洋务事事守秘密的办法。谕旨下后，虽然总理衙门的主事者认为将洋务交全国讨论，事无先例，但他毅然将谕旨连同《加洋药税厘疏》公之于众。威妥玛看到事情已公开，自己又理亏，就勉强答应了。洋烟原来每百斤征进口税银30两，现加征税厘为150两；内地私种土烟也加重捐税。左宗棠说：“所以议加税捐者，非为聚敛丰财起见，而在禁民为非，用税捐示罚。”实在也是不得已的下策。
另一件事是兴修水利。他来京前先遣王德榜、刘璈和王诗正共率三千马步兵驰赴张家口，原是应付俄国威胁、准备作战的部队；他到京后，中俄《伊犁条约》已签订，这支部队的任务也得改变。京师附近几条河流的水患很严重，左宗棠对办水利素来重视，王德榜在甘肃开过渠，也有经验。于是奏请兴修京师和直隶上源水道，调王德榜、王诗正各营到涿州修筑永济桥堤。五月十二日，他亲自到涿州察看，十九日由涿州出发，勘察了金门闸坝，沿南岸河堤巡视。二十三日到达天津，和李鸿章商议修治永定河，决定由淮军和楚军分段工作。他认为下游要疏浚，上游也要整治，以防急湍和泥沙大量下泻，决定由王诗正负责下游，王德榜整治上游。
五月二十五日，他从天津乘船溯流而上；二十七日，到赵北口转还涿州；二十九日，视察永济桥工地；六月初八日，取道石景山回到北京。这次外出视察水利，前后约一个月，接触些实际工作，比闷坐在军机内要高兴得多。这是他来京师后唯一的一次赴外地视察。
他原来曾打算终老京师，到京不久，张夫人和儿子、孙儿女们都从湖南来到北京陪侍。他们赁居在东安门内西堂子胡同一所中型四合院内，虽然并不富丽堂皇，却也很精致。宅门与正房有抄手游廊贯通，楠木雕架隔断。小小的花园内假山玲珑，花木茂盛。左宗棠公余闲暇，就在南书房读书写字，享受了一段难得的家庭生活的乐趣。
在京师时，他得到一张拓印的石鼓文，文字两旁还留有空隙，他用小楷将韩愈和苏轼的《石鼓歌》抄写上，悬挂在室内，并将书室名为“石鼓阁”。他的书法在当时已有名，遒劲秀媚，大多写的是行、隶书，偶尔也写篆书，但很少写楷书。这四幅楷书石鼓诗颇为珍贵，后来曾由上海中华书局刊印发行。这年他还重新将历年所作诗文收集成册，自题书名《盾鼻余渖》，在京师刻印，收文93篇、诗37首，分为5卷。
有一次他听说曾国藩的次子曾纪鸿也在京师，曾国藩没有留给他什么钱。曾纪鸿爱好数学，对科名不在意，没有做官，生活困窘，又生了病，真是贫病交加。左宗棠去看望了他，十分不忍，为他提供医药费用。不幸曾纪鸿不久病逝，殡殓衣棺和送丧还乡的费用都筹措不出，左宗棠都一一为他付清，待他和自己子女一样。那时曾纪泽正在伦敦出任驻英法公使，他得知兄弟死耗和左宗棠的帮助，十分感动，特写信给左宗棠殷殷致谢。左宗棠和曾国藩曾因洪福瑱的下落而“失和”，两人曾公开互相攻击，但在实际上两人和曾、左两家的私交则和好无间，难怪引起人们对他们“失和”的怀疑。
左宗棠在京师的生活颇不寂寞，常有同事友好来寓所谒访他，翁同龢也常来石鼓阁和他长谈，游处之乐胜过边地。但在工作上屡遭挫折，又受朝臣们的排挤侮弄，还有些“言官”不时为一点礼仪小事，或无中生有的事，上章奏劾他，也使他烦恼。他虽然生性心直口快，在官场中说话有时过于鲁莽，但究竟是聪明绝顶的人，无意中触犯了慈禧，事后自己心里当然明白。他的功劳和威望太高，朝廷对他外表上还是很敷衍的，但是京师究非久居之地，他终于放弃了终老于斯的念头，决定以衰病为由，告老还乡。
是年六月，夜空中出现彗星。在封建时代，彗星出现被认为是不祥的兆头，预示着将有兵事或灾荒，照例皇上要引咎自责。这次清朝廷也特旨反省，欢迎臣民们提意见。一些官员就纷纷上言，指出朝政弊端，批评政府，朝廷原是做做样子的，看到批评来势汹汹，有些坐不住了，准备压制一下。
左宗棠就上疏说：“言路宜开不宜驳斥，惟宜核实持平出之。其近理者，应详加推究。若无所指实者，苟稽于众而无可吹求，则姑置之，免长告讦而启朋党之渐。”
这就是说：要广开言路，对大家的意见不要去驳斥，而应核实，公正对待。对有道理的意见应详加研究；对那些不能核实的意见，则应放置一边，不要去追究责任，以免产生相互攻击、诬陷、拉帮结派等弊端。
这是他对封建政治下实施初步民主的意见，亦即“言者无罪，闻者足戒”的意思。这也是他这次来京师提出的最后一条意见。
七月初三日，他中暑得病，请10天假，后来又续假20天，到次月（闰七月）十三日，他以病难于很快痊愈为由，正式提出请开去大学士和所有各差使缺。皇上不许，优旨赏假一月。到八月病仍未愈，又赏假两月。左宗棠是以病假拖延，朝廷则在研究如何安排他。
九月初六日，他的病假还未满期，朝廷下诏授任两江总督兼充办理南洋通商事务大臣，将他调出京师。两江总督和直隶总督同是地方大员中最重要的位置，又兼南洋通商事务大臣，职位仍然隆重，兼之在地方上还具有实权。
十月初六日，太后、皇上召见。左宗棠自陈过蒙矜恤，非意望所及。慈禧太后说：“两江总督的工作比你在京师工作繁忙岂止数倍？因为你向来办事认真，外国人也怕你的声威，你去了可能省些事故，因此还得你辛苦一番。你可多用些人才，分担你的工作。”谈了一个多小时才辞出。
慈禧是个极为精明的人，她有自己的主意。左宗棠功劳太大，在朝野中外享有极高的声誉，不宜轻易放他回乡，还须重用他，至少表面上应如此，方能收拾人心，不得罪于天下。她说外国人也怕左宗棠声威，这是实情。清政府受列强欺凌日久，还是可以利用左宗棠为朝廷做些事的。慈禧深知宗棠不过性情戆直，说话莽撞，现已老态龙钟，又已交出兵权，不是会图谋不轨的人，这点可以放心。还有，宗棠西陲立功是在慈禧执政之时，宗棠的功劳也是她的功劳。历代太后执政的虽也有几位，但只有她是在垂帘听政之时，戡乱万里之外，武功赫赫。如果损毁左宗棠的名誉，势必也会损毁她自己的名誉，因此左宗棠的名声必须保全。李鸿章等曾多次向她攻讦左宗棠夸张、骄蹇，言官对左宗棠多次疏劾，她一概不理睬。当然，她也厌恶宗棠在朝中的“狂态”，因此将他调离京师，以后让他挑点重担子，各地劳苦奔波，他的日子不会长久的。
左宗棠与醇亲王合影
于是，左宗棠即刻准备出京赴任。他已多年未回故乡，请准先便道回湖南省墓。那时永定河下游河工已告竣，上游在丁家滩下尾店筑成了石坝五座，还没有全部完工，便留下王德榜一军主持扫尾的工程。
临行前，醇王奕邀左宗棠合照一幅相，并将相片送请当朝名公题诗，翁同龢也题了诗。这幅照相题名《王侯并坐图》，一直保存在左家中，“文革”时期被毁失了。
临走的前几天，左宗棠居室门楣上长出了五颗玉芝，左三右二；室内房梁两端也各长了两颗。玉芝即灵芝，是象征瑞祥的草本植物。宗棠很高兴，把这间居室取名“玉芝阁”。同僚们也纷纷来参观。周寿昌（字荇农）阁学写了一篇《玉芝阁颂序》，形容玉芝：“盂圆盘大，轮囷郁律。根柎连理，白逾截肪。日光照之，华纹细腻。宾从仰观，诧所未睹。”
宗棠在临行仓促之际，还写了一篇《红蝠山房记》，这篇文章主要是为王文韶（字夔石）的红蝠山房写的，但文中有一段也记述了石鼓阁和玉芝。他认为已到告老还乡、颐养天年的时候，却奉命以大学士督两江，人们认为长出玉芝是好兆头，他却说：“休乎？咎乎？”提出了怀疑。然而他既以身许国，也就不计较成败利钝了。