在杭州（下）——举人才——设书局——造轮船——倡廉肃贪
整饬吏治的一面是肃贪，另一面还须广用人才。浙江连年战乱，官吏逃散的很多。左宗棠还在严州时，就奏调了顾菊生、周开锡、吴大廷、夏献纶等20余人来浙任事，这些人都是他素所了解的。后来又举荐本地人士丁丙（字松生）、陈其元（字子庄）、吴观礼（字子儁）等人。丁丙是杭州府学生员，战事发生后，收藏《四库全书》的文澜阁被破坏，藏书遭摧裂，他十分心痛。每天半夜冒着危险到文澜阁偷出书籍，十余天取出万余册，暗中收藏。楚军入城后，他交给官府，存放在尊经阁内，左宗棠嘉赏他的行为，为他题了“书库抱残图”。他参加杭州赈抚局办事，也很得力。陈其元是石门县人，是个候补知县，参加办理宁波赈局，“才长心细”。吴观礼是位举人，曾任刑部员外郎，后来参加左宗棠幕府。左宗棠说他：“深明战略，不避艰险，具开济之才。”这三人都是有名的文士。丁丙被任为江苏知县，陈其元任江苏直隶州知州，吴观礼保举为道员，后来又注销道员官阶应试，考中同治十年进士，入翰林院。陈其元在江苏做官时，也为曾国藩所赏识。他写了一本《庸闲斋笔记》，较为有名，书中记述了一些左宗棠在杭州的工作和生活情况，因为是亲眼所见，比较可靠。
书中记述：“爵相自奉甚俭，所得养廉银，除寄家用二百金外，悉以赈民。”这和左宗棠在家信和给友人信中所说相符。咸丰十一年（1861年）十二月任浙江巡抚时，与孝威信说：“自入军以来，非宴客不用海菜，穷冬犹衣缊袍（旧棉袍）。冀与士卒同此苦趣，亦念享受不可丰。”与史致谔信也说：“身家之念，早置度外。上年廉俸已全交给军中派用，对钱财不愿斤斤计较。自咸丰二年入湘幕以来，每年所得亦不过二三百两，除家用与教子所需外，其余全都不留，不欲以一官挠我介节也！”
他痛恨贪污，严惩贪官污吏，自己以身作则。当时官场中有一些给各级官员的额外好处，即所谓例规，都认为是应得之款，他也一概不取。有一次宁波海关照旧例，解给他平余银8000两，是给巡抚利用的一项津贴，实际是一项陋规。史致谔先给他寄来4000两，他复信说：“来示海关公费，亦知为抚部例得之款。然而每读左司（韦应物）‘自惭居处崇，未睹斯民康’诗句，辄为愀然。所寄四千金已发给衢州购买种谷，分发灾民。另四千金，不用寄来，可即发山阴、会稽、萧山赈济灾民，已用公牍奉致，并通知绍兴郡县具领分给矣。”
督抚每年的养廉金是两万两，他只取几百两作家用，经常以自己的养廉金赈济灾民或交公用。这就需要他和全家过俭朴的生活。他有一句名言：“惟崇俭乃能广惠。”又常说：“自奉宁过于俭，待人宁过于厚。”当时曾国藩生活也很俭朴，“蔬食自甘”，幕府里文士们都感到吃得太苦，常发牢骚。而左宗棠则更甚。在行军中，遇到士兵在吃饭，他就吩咐将自己的筷子取出，与士卒共食，尽饱而止。有一位仁和范郎中因公事到衢州去见左宗棠，正遇上大风雪。他看到左宗棠穿一件布面羊皮袍，坐在夹帐中，留他吃饭。他以为会有盛筵招待。不料桌面上只有“白肉数片，鸡子汤一盆而已”。后来他经略西域时，生活仍是如此俭朴。
陈其元书中也记载了左宗棠省下的养廉金的一些用途。在严州时，他拿出一万两银，收购茶、笋和废铁、五金，这是以商代赈。老百姓因而纷纷到深山穷谷中去采取茶、笋，赖以为活。他还雇用妇女采茶，发给米粮做工资；收购的茶运到宁波发卖，所赚的钱作为公用。收购的五金、废铁可做军工和民用原料。
同治三年九月，左宗棠在杭州找了几名工匠，仿造了一艘小轮船，机器是自己造的，外形倒也可以，可谓规模粗具。在西湖中试航，也能行驶，只是航速很慢。他把洋将德克碑和税务司日意格找来研究。那时“常捷军”已按约撤遣，德、日二人仍留在杭，他们都曾在法国海军服役过，懂得一些造船技术。他们看了说，大致不差，但是轮机还不行，应到西洋采购，这样船就可以行驶更快速。他们将法国制船图册拿给左宗棠观看，并且表示愿意代为监造。因为当时福建战事紧张，左宗棠急于赴闽，在杭州造船的事就此作罢。那时中国受西方欺凌，人们都认为是由于西方船坚炮利之故，左宗棠也以为造船是富民强国的首要之着。后来到福州后，立即继续发展造船事业。在杭州制造的这艘小轮船，虽然质量还不怎么好，但却是我国自制的第一艘机器轮船。
左宗棠素来重视文化事业，浙江乱后，书籍版片荡然无存。他命将卖茶笋款项数千金用来刊刻“四书五经”。进杭城后，立即开设书局，经理各类书籍的刊刻印售，从宁波请来了一些工匠刻印。他在宁波设书局更早些，在严州也设过书局。以后苏州、金陵、江西、湖北相继都设立书局。陈其元书中说：“今各直省多设书局矣，而事则肇于左爵相，局则肇于宁波。经史赖以不坠，皆爵相之首创也。”
左宗棠在杭州公余之暇，常身着便服，又不带随从，独自去逛书店，还和店主人谈谈天，遇到好客的主人，见他谈吐文雅，留他吃一顿饭，请他为书店题个匾。他高兴起来，就舒纸题字，店主看落款，才知道这位不俗的客人原来就是抚台大人。有笔记说，杭州聚文堂书店匾额就是左宗棠所题。他还为书店写联，常爱写的一副是：
文章西汉两司马； 经济南洋一卧龙。
这副对联说出了他在文章、事业上所崇拜的理想人物：文章是西汉的司马迁和司马相如，经济（经世济民、治国之道）是蜀汉的诸葛亮。诸葛亮是他年轻时就崇拜的楷模；至于文章，历代大文豪很多，选择两司马也可能与对仗、谐韵等有关，不过两司马确也是中国文坛上的第一流人物。
同治三年九月初九是杨昌濬的寿辰，又恰好是重阳节。左宗棠和同僚们平日工作繁忙，趁此机会为杨昌濬祝寿，大家同到灵隐、天竺一游。这也是来杭几个月后第一次出游。他们走过飞来峰、一线天，循石级而上，山坡两侧高树参天，松竹交映，不久庄严巍峨的灵隐寺出现在眼前。老方丈在寺门相迎，进入大雄宝殿，佛像面前，炉香氤氲。左宗棠突然觉得什么时候曾来过，似乎旧地重游。想来想去，原来是40年前他方12岁时，住在长沙族祠中，曾做过一梦，梦中探身进入祠院中堆放的一棵巨木的孔内，看到别有天地，情景恍惚和此很相似。“曲径通幽处，禅房花木深。”其实这类风景在我国各地名山多有，诗词中也有许多描述。左宗棠自幼已铭刻在心中，并进入梦中，他平日游山玩水的时候很少，这次只是亲临其境罢了。
那天游兴很好，左宗棠和杨昌濬又登上天竺，谒拜了大士像，回到灵隐寺，留宿一夜。次晨方丈领他们到各处看看，到了一个敝旧的亭子，名“冷泉亭”，因为亭下有一泓泉水从山上流来，清冽无比。方丈说，亭子里本来有一副旧对联，因战争被毁了，请左宗棠补书。旧联语是：
泉自几时冷起？ 峰从何处飞来？
联语有佛家偈子的意味。左宗棠认为意思尚不完整，就另撰一联，挥笔写就，交与方丈。
联云：
在山本清，泉自源头冷起； 入世皆幻，峰从天外飞来。
这副联语表述了他的本志。他家庭寒素，自己性格耿介，现在虽然做了大官，但仍然保持素节，不落入官场恶习。他以一穷书生，二三年内就跻身督抚，确是朝廷破格，正如天外飞来。这块飞来奇石，还将在尘世上干一番大事业。这副联语其实富有哲理。
九年后，他已去甘肃，恰又逢重阳节。他回忆起那年他们“高会于灵隐、韬光间，历历如昨事也”，怀念不已。写了一副寿联，寄给远在浙江任巡抚的杨昌濬。联云：
知公神仙中人，勉为苍生留十稔； 忆昔湖山佳处，曾陪黄菊作重阳。
左宗棠在杭州的时间不长，游湖山的日子更少。不久就奉命去福建。他在离杭以前，还办了一件事，自己花钱替魏源修墓。魏源的《海国图志》，左宗棠年轻时就读过，对魏氏倡导的“学习西方，超过西方”（“师夷长技以制夷”）的思想，深为佩服。魏源是道光二十四年进士，咸丰初，他在江苏任地方官，曾和太平军作战。咸丰六年，殁于杭州。左宗棠到墓前凭吊了一番。12年后，他又为《海国图志》重刊本一百卷写了序。魏源的族孙光焘（名午庄）跟随他西征，是他的得力助手之一。
同治三年六月十六日，太平军经历了最不幸的日子，天京为曾国荃军攻破。天京陷落前二月，天王洪秀全自杀身亡。陷落后，忠王李秀成虽逃出城，但不久即在城东南方山被曾军抓获。在写了一份洋洋数万言的供状后，李秀成《自述》表示愿出面号召太平军余众投清，但仍然被曾国藩处决。幼主洪福瑱逃出天京。三个月后，在江西广昌为清将席宝田抓获处死。太平天国这一颗“璀璨的明星”，在立国13年之后终于灭亡。
天京沦陷之后，在天京周围仍有太平军余部数十万人。天京西北的鄂豫皖边有两支主要部队：一支是扶王陈得才的部队，他因看到天京沦陷，自己部队又屡屡战败，内部还出现叛变、瓦解的现象，于是在绝望之下自杀了。另一支部队是遵王赖文光率领，他与皖北兴起的捻军头领梁王张宗禹（总愚）合作，放弃了太平天国旗号，也摒弃了太平天国的宗教神秘色彩，成为捻军的一部，后来分兵在山东和陕西活动，被称为“东捻”和“西捻”。
长江以南保存了侍王李世贤和康王汪海洋的部队。他们从杭州、余杭突围后进入江西，然后又南下到达福建西南部汀州（长汀）、龙岩、漳州一带，仍拥有十余万之众，势力相当强大。一路攻城陷地，还具有一定破坏力。但是国破家亡、群龙无首，加之内部又不能团结合作，这也是太平军领袖的痼疾、失败的主要原因之一。因此，这一部分力量虽然貌似强大，实则已成强弩之末，东奔西窜，覆亡也指日可待了。
因为福建军情紧急，朝廷命左宗棠速去福州履总督任。他奏请以蒋益澧护浙江巡抚、杨昌濬署布政使，然后于同治三年十月二十八日由杭州起行，途经金华、衢州赴闽。经过建德、兰溪、龙游各县，他一路停下车轿，看望老百姓。看到市镇还有起色，有些做生意的，熙熙攘攘；但乡村里却听不到鸡犬声，老百姓面有菜色，田地也多半荒芜。本年内已种上的水旱田地，因为人力不足，收成损失很大。老百姓听到总督来到，都纷纷围拢来，要求赈济、减税。他感到很不安，觉得没有尽到职责，一一答应了他们的要求。他立即写信给杨昌濬，要他与蒋益澧商量，赶快定下章程，剔除对人民的各种需索弊政。
左宗棠率领刘典、黄少春、王德榜、王开琳等部队，于十一月进入福建，收拾最后的残局。经过一年的战斗，进入闽粤分别由李世贤、汪海洋、丁太洋、林正扬率领的四支太平军部队，陆续向清军投降或被歼灭。同治四年五月，丁太洋在漳州附近向刘典军投降。李世贤败逃到山中，躲藏了两个月，于七月出山，昼伏夜行，到镇平投奔汪海洋，不料汪海洋不仅不接纳他，反而吞并了他的部队，将他杀死。八月，林正扬在长乐向广东守军投降，还将来王陆顺德捉献给清军。十二月，由汪海洋率领的最后一支太平军部队，在广东嘉应州黄沙嶂被消灭了，汪海洋也中枪战死。至此，湘军与太平军的战事全部结束。