第一节 两平准噶尔
乾隆虽然没有开国之功，却有护疆之劳。在他统治的六十多年中，乾隆平定了多起边境之乱，维护了国家的统一。
乾隆登上皇位以后，面临着朝廷内外的诸多政事。他一方面要稳固自己在朝中的地位，控制与大臣的关系，另一方面又要对付边疆的少数民族，捍卫国家领土。
清兵入关以后，康熙、雍正两朝多次兴兵靖边。乾隆则重在巩固前朝疆土，他说：“夫开边黩武，朕所不为，而祖宗所有疆宇，不敢少亏尺寸。”
康熙、雍正两朝都曾出兵准噶尔，但是却讨而未平。准噶尔仍然盘踞西域，并视朝廷情况蠢蠢欲动。
明末清初，蒙古族分成了漠南、漠北、漠西三大部。清采取“联蒙制汉”的方针，入关前，漠南蒙古已归附清朝；漠北、漠西蒙古也向清朝称臣纳贡。后来，漠西蒙古分为互不统属的四部，即准噶尔部、土尔扈特部、和硕特部、杜尔伯特部。准噶尔部是清代中国西北地区厄鲁特蒙古四部中最强的一部，游牧于伊犁河流域。
康熙十年（1671年），噶尔丹夺得准噶尔部汗位，他合并了和硕特、杜尔伯特部并控制了南疆维吾尔族地区，势力扩至天山南北和青海，成为一支强大的割据势力。康熙二十七年（1688年），噶尔丹率军进攻漠北的喀尔喀蒙古，迫使该部迁往漠南。二十九年五月，噶尔丹以追击喀尔喀部为名，率军3万渡乌尔匝河（今蒙古人民共和国乌勒吉河），后挥戈南下，兵锋指向北京。
面对噶尔丹的进攻，清朝迅速调集兵力，康熙帝下诏亲征。康熙率军于康熙二十九年（1690年）和康熙三十五年（1696年）分别在乌兰布通和昭莫多大败噶尔丹。昭莫多一战，消灭了噶尔丹的主力。康熙于三十六年（1697年）二月再次出兵，迫使流窜于塔米尔河（今蒙古人民共和国境内）流域的噶尔丹残部投降，噶尔丹自杀。
噶尔丹败亡后，他的侄子策妄阿拉布坦取得汗位。他建帐于伊犁（今新疆伊宁西），并向外扩张，于康熙五十六年（1717年）出兵攻西藏，杀死拉藏汗，占据拉萨。康熙派军从四川、青海两路入藏，击败准噶尔军，迫使其撤出西藏。
雍正五年（1727年），策妄阿拉布坦死，噶尔丹策零继承汗位。雍正十年七月，噶尔丹策零率军袭击驻扎于塔米尔河的清军。八月初，清军以精骑3万夜袭准噶尔军营，准噶尔军溃逃，清军乘胜追击，将准噶尔大部歼灭于光显寺（今蒙古人民共和国鄂尔浑河上游），噶尔丹策零被迫投降。
乾隆即位后，准噶尔的形势发生了变化。
乾隆十年（1745年），噶尔丹策零去世，准噶尔内乱加剧。噶尔丹策零的侄子达瓦齐自立为汗王，残暴凌虐，众叛亲离。达瓦齐的朋友阿睦尔撒纳与他不和，与达瓦齐决裂，投降清朝。
乾隆看到准噶尔内乱纷起，而且又有阿睦尔撒纳的投降军，意识到平定准噶尔的机会到了。于是，乾隆力排众议，对阿睦尔撒纳“赐之爵位，荣以华裾”，封阿睦尔撒纳为和硕亲王，准备出兵准噶尔。
乾隆十九年（1754年）五月初四日，乾隆宣布：“朕意机不可失，明岁拟欲两路进兵，直抵伊犁。”但此议却遭到在朝廷大臣的一致反对。理由之一是，清朝在前线既无大军，又无粮草囤贮，战争毫无准备。这的确是事实，而仅赖这些实情而言，这场战争的确没法打。因而，群臣的反对不无道理。然而，在这众议皆以王命为非，而皇帝独持己见的情况下，傅恒表态赞成出师，这在乾隆不仅仅是欣喜，更主要的是感慨。事后，乾隆曾经回忆说：“在廷诸臣，只有大学士傅恒与我协心赞画，断在必行，我心里十分欣慰啊。”
应该说，不赞成出兵准噶尔的大臣也有自己的理由。达瓦齐对清朝并无恶意，对改善与中央政府的关系也有热情。十九年，达瓦齐主动派贡使到北京，极力表现恭顺的态度，希望获得清政府的谅解，享受与噶尔丹策零同样的待遇。但是，乾隆说“堂堂大清，中外一统，而夷部乱臣，妄思视同与国”，断然拒绝。达瓦齐的恭顺态度在某种程度上引发了部分清朝大臣的同情，他们希望不启边衅，维护与准噶尔部的和议。但在乾隆心目中，达瓦齐既是“夷部乱臣”，已失人心。准噶尔部内斗激烈，这正是勘定西北边陲的大好时机。因此，一切要求维持和平局面的谏言，都予以拒绝。
自十九年五月开始，清朝积极备战。为了拉拢阿睦尔撒纳为征准噶尔卖力，十二月，乾隆在避暑山庄御行殿接待了降清者。乾隆命王公大臣皆往陪宴，从容抚慰，“并赐上驷舆之乘，亲与其分较马射，并以蒙古语询其变乱始末，赐宴而退”。
乾隆二十年（1755年），乾隆下了平定准噶尔的谕旨，并决定“以新归顺之厄鲁特攻厄鲁特”，意思是让阿睦尔撒纳率军攻打达瓦齐。
二月，乾隆派遣北、西两路大军向伊犁进军。北路军为定北将军班第率领，阿睦尔撒纳为副将；西路军为定西将军永常率领，萨赖尔为副将。两路大军旌旗飘飘，士气高涨。在进军途中，阿睦尔撒纳出力不少，由于阿睦尔撒纳熟悉情况，又对准噶尔部落加强宣传，“准噶尔部落人众，各带领鄂拓克，陆续前来投诚甚多”，“四山草木，尽助威声，诸岭风云，俱增叱咤”。四月，两路军在博尔塔拉胜利会师。
会师后，清朝大军浩浩荡荡，直逼达瓦齐的老巢——伊犁。清军越过果子沟，渡过伊犁河，不少准噶尔人望风而降。达瓦齐四面楚歌，走投无路，仍不甘心于失败，且战且退，退至格登山上，负隅顽抗。清朝两路军密切配合，分别从伊犁河的固勒扎渡口翻越推墨尔里克山岭和从喀塔克渡口翻越扣门岭，两面夹击格登山，出其不意地杀进达瓦齐的兵营。达瓦齐叛军四处逃散，纷纷投降。
格登山告捷，证实乾隆用人得当，指挥无误。乾隆非常高兴，事后欣然赋诗：
★敉宁西极用偏军，天马人归敬受欣；
每至夜分遥檄问，所希日继喜相闻；
有征已是无交战，率附常称不变芸。
达瓦齐逃出格登山，被乌什阿奇木擒获，押送到北京。乾隆亲自到午门受俘，达瓦齐自缚白练请求免除死罪。乾隆对准噶尔部上层人物实行了“远人归服，安之荣之”的怀柔政策，不但赦免了达瓦齐的死罪，还加封为亲王，并赐予宅第。
第一次平定准噶尔的战争至此结束。
然而，达瓦齐失败之后，战乱并未平息。阿睦尔撒纳见准噶尔地区群龙无首，于是撕下臣服清朝的假面具，又举兵对抗清兵，意图把准噶尔纳入他的统治之下。
乾隆二十年（1755年）五月，乾隆下旨，让阿睦尔撒纳在擒获达瓦齐后，到热河觐见。六月，乾隆催促阿睦尔撒纳赶快到热河，并且密令大臣班第，如果阿睦尔撒纳不肯动身，就设计将他擒拿问罪。但是，班第因为自己手下的兵力单薄，不敢贸然下手。
六月二十九日，阿睦尔撒纳在扎萨克亲王的陪同下，动身觐见。阿睦尔撒纳虽然已经出发，但是却有另一手准备。乾隆曾经派额附色布腾巴尔珠尔监视阿睦尔撒纳，阿睦尔撒纳与额附关系很好，于是，阿睦尔撒纳请求额附转奏乾隆，请求乾隆批准自己统领厄鲁特四部。临行前，阿睦尔撒纳与额附约定，如果乾隆允许，额附就于七月下旬通知阿睦尔撒纳。所以，阿睦尔撒纳在前往觐见乾隆的途中慢速前行，等待额附的消息。
八月，阿睦尔撒纳到了乌隆古，但是仍然没有额附传回的消息，他知道乾隆没有允许自己统领厄鲁特四部，于是，便留下乾隆曾经赐给他的左副将军的军印，不辞而别。
阿睦尔撒纳叛走，重新引起了准噶尔地区的骚动。许多不甘失败的部族前来附和，攻击进入准噶尔地区的清军。八月二十三日，班第、鄂容安在伊犁受到袭击。二十四日，被迫退却。二十九日，被围于乌兰库图勒。班第、鄂容安战败自杀。准噶尔部得而复失，清军西、北两路损兵折将，乾隆重新调兵遣将，再征准噶尔。
乾隆二十一年（1756年）正月，乾隆任命玉保担任先锋，追寻阿睦尔撒纳的踪迹。阿睦尔撒纳玩弄花招，放出台吉塔尔布等已擒获阿睦尔撒纳的谣言，玉保上当，将消息报告策楞。三天后，又报告说阿睦尔撒纳并未被擒。乾隆得到前后两次报告，怒气冲冲，降旨将玉保和策楞革职，押到京城治罪。
乾隆二十一年（1756年）五月，乾隆任命达瓦党阿为定西将军、巴里坤办事大臣，兆惠为定边右副将，前往平定准噶尔。达瓦党阿与阿睦尔撒纳两军相遇，阿睦尔撒纳战败，逃入哈萨克人帐营。阿睦尔撒纳故伎重演，派哈萨克人谎报已擒获阿睦尔撒纳，请求达瓦党阿暂停进攻。阿睦尔撒纳又一次金蝉脱壳，得以逃脱。
乾隆二十二年（1757年）三月，乾隆派将军成衮扎布出北路，右副将军兆惠出西路，做好打恶战的准备。这时，在准噶尔地区发生了两件大事：一是参与叛乱的台吉噶尔藏多尔济被他的侄子袭击，造成了内乱；二是布鲁特各地痘疫流行，传染的人很多，叛军四处逃亡，不战自溃。
六月，哈萨克汗阿布赉汗请求归顺清朝，并表示帮助清朝擒拿阿睦尔撒纳。阿布赉汗向清朝上了表文：
★哈萨克小汗臣阿布赉谨奏中国大皇帝御前，自臣祖额什木汗杨吉尔汗以来，从未得通中国声教，今祇奉大皇帝谕旨，加恩边未部落，臣暨臣属，靡不欢忭，感慕皇仁。臣阿布赉愿率哈萨克全部，归于鸿化，永为中国臣仆，伏惟中国大皇帝睿鉴。谨遣头目七人及随役共十一人齑捧文，恭请万安，并敬备马匹进献。谨奏。
阿睦尔撒纳闻讯，连夜向额尔齐斯河逃去，投奔沙俄。乾隆二十二年（1757年）九月，阿睦尔撒纳因患痘疫，病死在托搏尔斯克。
阿睦尔撒纳叛变未能事前制止，致使班第、鄂容安等重臣被杀，乾隆后悔防范不力，愤恨交加，穷追不舍。对于被煽动作乱、降而复叛的那些人，俘获后一律砍头。平定准噶尔后，乾隆做了一系列安民和善后工作，编建户籍，安排屯戍，兴修水利，控制流沙等。并在乌里雅苏台设将军，在科布多设参赞大臣，直接掌管蒙古各部的军政大权。
为了纪念平定准噶尔叛乱这一历史事件，以昭示后人，乾隆二十五年（1760年），乾隆下令在昭苏县格登山上建了格登山纪功碑。碑高295米，宽083米，厚027米。碑外还修有御碑亭。
纪功碑记录了乾隆平准噶尔的历史：
★格登之崔嵬，贼固其垒。我师堂堂，其固自摧。格登之崔嵬，贼营其穴。我师堂堂，其营若缀。师行如流，度伊犁川。粤有前导，为我具船。渡河八日，遂抵格登。面淖背崖，藉一昏冥。曰捣厥虚，曰歼厥旅。岂不易易，将韬我武。将韬我武，讵曰养寇？曰有后谋，大功近就。彼众我臣，已有成辞。火炙昆冈，惧乖皇慈。三巴图鲁，二十二卒，夜斫贼营，万众股栗。人各一心，孰为汝守！汝顽不灵，尚窜以走。汝窜以走，谁其纳之？缚献军门，追悔其迟！于恒有言，曰杀宁育。受俘赦之，光我扩度。汉置都护，唐拜将军，费赂劳众，弗服弗臣。既臣斯恩，既服斯义，勒铭格登，永诏亿世。
乾隆二十年，岁次乙亥，夏，五月之吉御笔
碑文讲述了在第一次平准噶尔战争中的格登山战役，并记载了兵围达瓦齐和战后处理俘虏的过程，肯定了平定准噶尔的意义。碑文大意为：过去，汉朝设立西域都护，唐朝拜将西征，但都劳民伤财而没有使敌臣服。如今既已称臣，既已归服。真可谓功逾汉唐，远超前代，所以特在格登山上刻石记功，留诸永远，以昭告于子孙万代。
清政府平定准噶部上层贵族武装叛乱的胜利，解除了长期以来准噶尔部上层贵族对相邻各部的压迫。作为这一事件的一个直接后果，是乾隆三十六年（1771年）发生的土尔扈特部的重返祖国。
土尔扈特部是中国厄鲁特蒙古四部之一，17世纪20年代以前，该部一直与其他三部共居于我国的西北地区。明朝崇祯初年，土尔扈特部因无法忍受准噶尔部的压迫而在首领和鄂尔勒克的率领下离开故地，几经辗转之后，迁居于伏尔加河下游一带。在旅居国外一个多世纪的漫长岁月里，土尔扈特人饱受沙俄的压迫和欺凌。他们虽然身处异域，却无时无刻不在思念自己的祖国，不顾山险路长，一直与中央政府保持着密切的联系。而清政府也对远在异域的土尔扈特人表示关切。乾隆三十五年（1770年）十一月，清军平定准噶尔部上层贵族的武装叛乱不久，土尔扈特部渥巴锡汗便率领部民17万口，不顾沙俄的重重阻挠，毅然踏上归途。经过8个月的长途跋涉，克服了给养缺乏、疾病流行等难以想象的困难，终于在乾隆三十六年（1771年）六月进入中国境内，从而实现了他们长期以来强烈要求返回祖国的愿望。
乾隆对土尔扈特部的归来十分重视。专派陕西巡抚文绶前赴巴里坤等地，购办牛羊、衣物，接济他们的生活。不久，又指令伊犁将军舒赫德负责“分地安居，使就米谷而资耕牧”。张家口都统常青负责解送当地牧群“驱往供馈”；陕甘总督吴达善负责“发帑运茶，市羊及裘”。在安排好他们的生活之后，乾隆又在热河避暑山庄附近接见渥巴锡汗等土尔扈特部首领，分别赐封为卓礼克图汗、亲王、郡王、贝勒、贝子、辅国公、台吉等，使其“管理所属，咸务生理，延及子孙，永荷安全之福”。这是一件盛大的喜事，乾隆欣然提笔，亲自撰写《土尔扈特全部归顺记》、《优恤土尔扈特部众记》、《御制土尔扈特部纪略》等重要文章，记载土尔扈特部回归祖国的艰难历程。土尔扈特部重返祖国是乾隆经营西北边疆所取得的一项重要成就。
经过康熙、雍正、乾隆三代皇帝的努力，经过近七十年的战争，清朝终于消除了准噶尔封建割据势力，控制了漠北蒙古，进而控制了天山南北。
第二节 定 回 部
在西北天山以南的广大地区，居住着维吾尔等族人民，他们多数信仰伊斯兰教，清朝把这些部落称为“回部”。
回部一词来源于回纥。唐朝时，回纥本信佛教。后来，伊斯兰教盛行于中亚地区，回纥西迁后，逐渐改信伊斯兰教。清代称以维吾尔族为首的、信奉伊斯兰教的各部落为回部，称回部聚居的天山南路为回疆。
准噶尔部强大时，回部受准噶尔贵族的欺凌与侵逼。清军平定北疆后，回部贵族试图摆脱清朝，自立一方。
乾隆时，新疆叶尔羌（今新疆莎年）、喀什噶尔（今新疆喀什）地区维吾尔族封建主是玛罕木特。玛罕木特有两个儿子，大儿子叫做波罗尼都，人称大和卓木；小儿子名叫霍集占，被称为小和卓木。“和卓”是波斯语的汉语音译，意思是“圣裔”，是专指伊斯兰教创始者穆罕默德的子孙，后用来称呼伊斯兰教中的地位尊贵者。准噶尔部势力强大时，玛罕木特和两个儿子都被准噶尔蒙古部首领拘禁于伊犁。
乾隆二十年（1755年）乾隆派兵平定了准噶尔后，玛罕木特父子三人都被释放出来。波罗尼都被遣回叶尔羌，霍集占仍留居伊犁。乾隆想要霍集占兄弟协助清朝统一南疆各部，但大小和卓不愿臣服清朝，于1757年举兵叛乱，自称“巴图尔汗”。
大小和卓举兵初期，南疆各地都一起响应，一时间，跟随者达数十万之多，气势浩大。乾隆认为准噶尔部平定之后，回部的势力不强，可以在短期内收服，“厄鲁特等既皆剪除，则回部自可招服”，所以没有予以重视。
乾隆二十三年（1758年）四月，乾隆下旨将镇守回部的大将兆惠调回北京休整，让雅尔哈善代理回部事务。雅尔哈善是文人出身，不擅长指挥作战。《啸亭杂记》中有评论：“雅固书生，未娴将略，惟听偏裨等出策，令不画一。”乾隆因为对回部的实力估计失误，让雅尔哈善指挥收服回部的战争，导致了前期战争的失利。
乾隆二十三年（1758年）五月，雅尔哈善率军进攻叛军的据点库车。当时，大小和卓正在叶尔羌，他们听到清兵进攻的消息，便率领鸟枪兵前来支援，清军以逸待劳，打败了大小和卓的鸟枪兵。大小和卓的军队伤亡4000余人，残余部队撤进库车城中坚守不出。
雅尔哈善看到叛军都进入城中，采取了只围不攻的战略。他坐守军营，想等待叛军弹尽粮绝而来主动投降。由于雅尔哈善疏于戒备，大小和卓连夜率骑兵逃脱，大和卓逃回了喀什噶尔（今喀什），小和卓逃回了叶尔羌。
大小和卓逃跑后，雅尔哈善后悔没有乘胜追击，为了亡羊补牢，他命令士兵多次进攻。但是库车城墙是用沙土、柳条筑成的，十分坚固，而且库车依山傍水，易守难攻。雅尔哈善多次发动攻击，都徒劳无功，反而损兵折将。
库车战役从五月持续到八月，毫无进展，消息报到北京，乾隆心急如焚。而在每一次奏报过程中，雅尔哈善都把失败的原因归结于其他将领，他先后把战争失利的原因转嫁给副都统顺德纳和提督马德胜，这一点，让乾隆更加气愤。作为主帅，雅尔哈善不但不反思战争失败的原因，反而推卸责任，乾隆在再次接到雅尔哈善弹劾他人的报告时，终于大发雷霆。乾隆尖锐地指出：
“前后奏报，情词矛盾，惟图左支右吾，始参顺德纳以卸过，继参马德胜以诿咎，并无一语引罪，殊不思身任元戎，指麾诸将者，谁之责欤？此而不置之于法，国宪安在！已降旨命兆惠就近前往库车一带办理回部，雅尔哈善、哈宁阿、顺德纳俱著革职，兆惠至军营日，即著拿解来京，将此先行通逾知之。”
乾隆二十四年（1759年）正月，雅尔哈善以贻误军机罪处死。
为了改变战况，乾隆命兆惠紧急赶赴库车，指挥作战。
兆惠，字和甫，姓乌雅氏，满洲正黄旗人，康熙四十七年（1708年）生。他是雍正帝生母的族孙。父佛标，官至都统。雍正九年（1731年），兆惠初登仕途，年仅24岁，先以笔帖式的身份入直军机处，随之补授内阁中书，后几经升迁，到乾隆九年（1744年）已官至刑部右侍郎，第二年，又成为正黄旗满洲副都统，乾隆十一年（1746年）再被授为镶红旗护军统领。
兆惠来到库车时，大小和卓已经决定放弃库车，叛军主力退到了阿克苏城。乾隆二十三年（1758年）八月二十日，兆惠率领军队攻打阿克苏城，由于兆惠在攻打准噶尔战争时颇有声望，一些回族部落的头目前来请降。消息传到北京，乾隆以为征回战争胜利在望，高兴之余，他于是下令停止给兆惠增援。
兆惠攻下阿克苏城后，向叶尔羌进发。而这时，正碰上朝廷停止增援，正待攻城的兆惠陷入了困境。叶尔羌城中的小和卓木下令坚壁清野，命令民众将粮食全部收割到城中，清军既没有朝廷增派的粮食和援军，又没有当地回民的粮食供应，陷入了困境。小和卓木下令在叶尔羌城东北5里的地方挖掘壕沟，筑起土台，作为一个据点。同时，又让大和卓木在喀什噶尔伺机而动。于是，叶尔羌城、城北据点和喀什噶尔三个位置形成掎角形势，互相照应，清军无法在一时间内攻克。
叶尔羌城范围很广，城的周边就有十余里长，并且有十二道门出入，兆惠没有援兵的支持，兵力不够围城，只好在城东有水草的黑水河边驻扎。兆惠一方面派副都统爱隆阿分兵800人守住喀什噶尔方向，阻挡大和卓木出兵；另一方面又积极谋求物资来补充军需。十月十三日，兆惠听部下侦察到奇盘山下有牧群，便想率兵渡过黑水河，以便获得牧群当物资。但是，当清兵大部队过桥渡河时，刚通过400人，桥梁忽然断了。小和卓木率领的叛军从城中冲出来，对清兵进行猛烈攻击，清军死伤无数。总兵高天喜、副都统三保、护军统领鄂实、监察御史何泰、侍卫特通额都在这一战役中战死。
兆惠经过这一打击，不敢轻易出兵。十七日夜，派5名士兵分拨突围，向朝廷告急。与此同时，回军团团围住“黑水营”。回军将士慑于兆惠带兵凶悍勇猛的传言，不敢强攻，于是筑累土台，围困清兵。兆惠全营士兵被困营中，又没有后援，处于弹尽粮绝的边缘。兆惠知道回人有掘地藏粮的习俗，这是因为回人曾经为了逃避准噶尔人的搜刮，所以把粮食埋在土中。于是，在军粮紧缺的情况下，兆惠下令士兵在军营中四处挖掘，幸运地得到了数百石粟米。营中缺水，碰巧这时营外围攻的回民想引水灌营，于是，为兆惠军营提供了水源。回军又用鸟枪向城内射击，射出的铅子夹在树叶间，兆惠令士兵把这些铅子收集起来，不时用这些铅子给回军反击。就这样，清军奇迹般地坚持了3个月之久。
乾隆二十四年（1759年）正月，兆惠终于等到了朝廷的援军，清朝定边右副将军富德率领士兵3000人从乌鲁木齐前来支援。富德大军在呼尔满（今莎车东北）与叛军相遇，与叛军骑兵5000人展开了激烈的战斗，双方激战四昼夜，富德获得胜利。于是，富德率军渡过叶尔羌河，赶往黑水河救援。兆惠听说援军到了，也从营内率军突围。清军里应外合，打败了叛军。
黑水营解围之后，兆惠准备集中兵力，由阿克苏、和阗两处分兵出击叶尔羌。但是，乾隆认为大军不能只攻打叶尔羌，要同时拿下喀什噶尔。于是，乾隆下令兆惠从阿克苏取叶尔羌，而富德则由特穆尔图诺尔勤或乌什方向进攻喀什噶尔，分取小和卓和大和卓的大本营。
乾隆二十四年（1759年）四月，富德大军抵达额里齐，和阗所属六城的回民携酒跪迎。由于这时各路清军的位置发生了改变，乾隆命令改由富德就近攻打叶尔羌，而兆惠则前往攻打喀什噶尔。二十四年闰六月二日，小和卓木自知难敌富德大军，于是放弃叶尔羌，逃往英吉沙尔。并派人传信给大和卓木，让大和卓木将喀什噶尔城中的回民迁往巴达克山。于是，清军顺利地夺回了叶尔羌和喀什噶尔两城。十四日，兆惠率领的军队抵达喀什噶尔城，回民“献牛羊果饵，歌舞庆幸”。十八日，富德率军进入叶尔羌城，城中百姓争先恐后表示欢迎，对清军非常友好。
清军攻下大小和卓的两个叛乱基地，乾隆非常高兴，说：“逆贼兄弟虽畏罪先逃，而两大城实回部著名之地，既欢迎恐后，则二贼亦可计日就擒。”
大小和卓逃走后，相约在六月二十四日会师。清军得知后集中兵力攻击。七月十日，清军与叛军在阿尔楚山展开正面决战，富德以火器健锐营居中，分左、右、中三线出击，歼灭叛军1000余人，缴获兵器无数。六月二十七日，大小和卓逃往巴达克山界，清军乘胜追击。巴达克当地的回族首领索勒坦沙为了避免战争，将大小和卓诛杀，并通知清军。
乾隆二十四年（1759年）十月初二日，富德从巴达克山凯旋，征回战役结束。
乾隆平定回部，收复了天山南北新疆的广阔领土。为了巩固这一地区的统治，二十四年年九月，乾隆命阿桂驻防要城阿克苏，旋又移驻伊犁。其时，西域初定，人心不稳，不仅土匪还很多，而且地方又靠近沙俄，形势极为复杂。对方圆万余里的回疆如何进行统治和巩固的问题，乾隆要求统兵大臣拿出管理的办法，他们异口同声地认为，此沙漠之地距京城遥远，牲畜己凋耗殆尽，难以驻守。
就在众人手足无措的时候，大将阿桂上屯田增兵之议，他说：“守边以驻兵为先，驻兵以军食为要。”建议在水土肥沃的伊犁河以南海努克等处屯田，既以回疆民人中善于耕作者屯种，也增派驻防兵协同耕种。然后，逐渐在当地建设城市，设置台站，并筹备驼马发展交通。
阿桂的建议得到了乾隆的称许，而阿桂也就承担起在新疆屯田的重任。但在号称大沙漠的罕无人迹的回疆进行屯田，不能不是一次对命运的挑战。持续多年的战乱使本来就很贫瘠的土地遭到了破坏，到处是一片荒芜萧条的景象，战争刚刚结束，残余的叛乱分子还不时地出来捣乱。因此，乾隆虽然认为清军必须在伊犁长期驻扎，既防止残余的叛乱分子再搞分裂割据，又能挫败早已图谋吞并伊犁的沙皇俄国的罪恶企图，但是，在这十分困难的条件下，伊犁屯田能否获得成效，能否解决驻军的军粮，他的心中还是没有把握。
乾隆二十五年（1760年）初，阿桂率满洲索伦兵500名、绿营兵100名和300名维吾尔族农民开赴伊犁，开始屯田。
八月，乾隆正式下令：“以阿桂总理伊犁事务，授为都统。”乾隆的信任和支持，使阿桂感恩戴德，阿桂对伊犁驻防和屯田进行了周密的计划和安排。
九月，在给乾隆的奏文中，阿桂提出了七条建议，其大意为：
第一，增派更多的维吾尔族农民到伊犁，大力推行“回屯”。阿桂有个估计，即乾隆二十五年的300名维族农民屯田收获量，“可敷屯田回人一千户之食”，而目前在伊犁的维吾尔人数目太少，最低还应再迁移700名去，才能使“回屯”有所发展。
第二，增派数量更多的士兵，从事驻防屯田，即兵屯。阿桂把驻军分成两部分，满洲军队负责驻守，绿营兵专事屯种。根据当地自然条件和屯田发展前景的估计，阿桂建议将驻防的满洲兵再增加600名，与此相适应的是将现有的绿营兵100名增加到1000名，这就既能完成驻守任务，又能保证驻防兵的军粮供应。
第三，在发展屯田的基础上，逐步增加驻军的数目，提出“增派官兵请随时酌量定数”。阿桂认为如屯田的维吾尔农民和绿营兵都各达到1000名，到乾隆二十七年（1762年），就可以生产出足够五六千名士兵食用的粮食。粮食足用，就可以相应增加驻军的数目，以加强对这一地区的控制。
第四，陆续修建城堡，保证屯田的顺利开展。阿桂经过实地调查知道，伊犁地区的要害地点，“河北则固勒札，河南则海努克”，“而地土肥饶之处则察罕乌苏”。因此他主张“应于海努克筑城，以回人三百名屯田，用兵数百名驻防……察罕乌苏筑城，以绿营兵一千名屯田并驻防……固勒札须筑大城，凡驻防大臣公署、仓库咸在，以为总汇”。
第五，筹集马匹和骆驼，设置沿途台站，以传递文书，运输物资。阿桂认为，伊犁现有的600匹马不敷使用，应再购买1000余匹，再从乌鲁木齐调500匹骆驼，这样便可设置多处台站，保证信息的传递和物资的运送。
第六，调运沿边粮食到伊犁，解决当前军队缺粮的困难。
第七，从流放到新疆的犯人中，选派能工巧匠赴伊犁，传授内地先进的生产技术。
阿桂的七条建议，对清朝在这一地区的统治至关重要，很快得到乾隆的批准，并付诸实施。同时，阿桂还组织人力制造农业器具和从事农业生产。由于屯田农民和士兵的辛勤劳动，伊犁屯田当年就获得丰收，“至秋丰稔，收粮皆倍，兵食以足”。这一年，清政府褒奖平定西北的功臣，以功劳大小为序，在紫光阁悬挂画像，阿桂被排在第十七位。
为了进一步发展伊犁屯田，从乾隆二十六年（1761年）起，阿桂相继采取了进一步的措施：一是在伊犁牧群蕃息之时，禁止内地人到伊犁购买马匹和骆驼，以保证当地畜牧业的发展；二是大力招徕叶尔羌、喀什噶尔、阿克苏和乌什等地的维族民众来伊犁屯垦，以扩大屯田规模。同时，他还建议朝廷在伊犁和乌鲁木齐之间的玛斯纳、库尔喀喇乌苏和晶河等三处，“各酌派屯田兵，人各垦地十五亩，晶河以西归伊犁管辖，托克多以东归乌鲁木齐管辖”。由于阿桂的精心筹划和组织，乾隆二十六年（1761年），伊犁兵屯垦种地达8000余亩，收获粮食27100多石；回屯有800户，平均每户收获粮食40石，总产达到32000石左右。
在大力发展屯田的同时，乾隆还着手制定和完善制度，加强对回疆的管理。
乾隆二十三年（1858年）九月，负责征回后勤供应的陕甘总督黄廷桂在奏折中，建议回部平定后，仍应驻兵把守。乾隆认为对回部应“挑选头目，统辖城堡，总归伊犁军营节制”。
九月中旬，兆惠奏请任用库车阿奇木伯克鄂对为各回城的总管，乾隆说：
★现在招徕新附，令鄂对暂行管理尚可，若平定叶尔羌、喀什噶尔办理安插回众时，朕意不必用回人为总管，仍循旧制，各城分设头目，统于驻扎伊犁将军，再于库车派大臣一员管理。
乾隆的意思就是要沿用旧的官制名称，但是不能以回人为总管。乾隆在后来的谕令中，进一步指示：各城分设回人头目，保持原有的官职，以统辖城堡；除少数重镇外，尽量在各回城少驻或者不驻军队，让回城受制于驻扎在伊犁的将军。这就是说，乾隆要在中央政府的管辖下，让各回部自治，以回治回。
乾隆在征讨大小和卓的过程中，曾联络一批回部上层人物，利用他们在回人中的影响，分化叛军队伍，取得了很好的效果。平叛后，乾隆充分运用他们来实现“以回治回”的政策。
根据乾隆“以回治回”的思想，兆惠等人拟定了具体的措施。乾隆二十四年（1759年）七月，兆惠平定喀什噶尔后，就该地设官、定职、征粮、铸钱、驻兵分防等事情提出了建议。兆惠建议，在各城村设立以阿奇木伯克为首的政权机构，以阿奇木伯克总理一城，伊沙噶伯克协办阿奇木伯克，噶杂纳齐伯克管理地亩钱粮，商伯克管理租赋，哈子伯克管理刑名，密喇卜管理水利，讷克布管理匠役，帕察沙布查拿盗贼，茂特色布承办经教，等等。乾隆同意兆惠的意见，但命令阿奇木伯克等职不得世袭。乾隆不放心大小和卓的霍集占家族，下令将他们全部迁往北京。
为了加强中央对回疆的控制，清朝在回疆派遣办事大臣、领队大臣。乾隆在喀什噶尔设参赞大臣节制南路各回城，“各城大者设办事大臣，小者设领队大臣”。其中大城主要有：西四城包括喀什噶尔、叶尔羌、英吉沙、和阗，东四城包括乌会、阿克苏、库车、辟展，东路哈密、吐鲁番、哈喇沙共十一城为中心城镇，而各城周围下辖五六个、十余个或二十余个不等的小镇，层层隶属，同时又受北路伊犁将军的管辖。
在经济上，乾隆本着“量入为出”的指导思想，不赞同从内地拨过多银两。乾隆二十五年（1760年）六月，乾隆让参赞大臣舒赫德核查新疆的租赋收入，统筹官兵经费。十月，舒赫德经过核实，报告回疆各城官兵口粮不缺，但所征腾格钱文，不够支出。乾隆指示：“所奏钱文不敷支给，自应计各城钱粮，量入支出，阅所奏支给之项，不敷者十分之三，即可撤去三分兵额。”为填补“量入为出”不足的缺口，乾隆允许在南路实行新的货币和贸易政策。采取这些措施，“钱法流通，而兵丁回人衣食亦有裨益”。
乾隆“以回治回”的政策，维护了南疆地区少数上层统治集团的权益。尤其是额敏和卓、玉素布二大望族。南疆各城统治核心，几乎全是两大家庭的成员。他们居功恃宠，作恶多端，其中以乌什地区的情况最为严重。
乌什地区因乌赤山而得名。乌什伯克阿布都拉性情暴戾，对乌什人横征暴敛。清朝驻乌办事大臣苏成父子在回疆更是臭名昭著，“父子宣淫，且令家人兵丁裸逐以为乐，经旬累月，始放出衙。乌什毁子，久欲寝其皮而食其肉矣”。
乾隆三十年（1765年）二月，苏成强征240名回人运送沙枣，派自己的儿子押送。苏成的儿子命令回人背运行李，还对回人挑剔鞭笞。回人不堪折磨，于是利用这个机会挑起了事变。一时间，回部各城反应强烈。叶尔羌、阿克苏、库车等城中的回人都纷纷响应。当天夜里，暴动的群众三四百人杀掉了民愤极大的阿布都拉，然后又攻入苏成的署衙，杀掉了苏成一家和随从。
乌什暴动之后，办事大臣边特哈带兵前往镇压，下令炮手向城内放炮，激怒了更多的乌什回人，事态继续扩大。乾隆三十年（1765年）四月，乾隆下令处死边特哈，并派阿桂和伊犁将军明瑞合力平叛。清军于八月十五日平定了乌什暴动。
平乱后，伊犁将军明瑞遵照乾隆的指示，拟定八条治理回疆章程，针对回民暴动的原因，在减轻赋税、差役方面作了较多的规定，解决了回部大小伯克与驻扎大臣勾结擅权、贪赃勒索等问题，进一步完善了对回部的管理。
乾隆平定了回部，加强了对天山南北的统治，巩固了对西北地区的统治。
第三节 两定大小金川
在平定北方战事的同时，乾隆也加强了对南部边境的控制。
大、小金川地处四川省西北部，山高水险，约有3万户藏民聚居其间。金川地区在隋朝时开始设置金川县，唐朝设置羁縻金川州，清初时，皇帝沿袭明朝旧制，照例颁授印信。顺治七年（1650年），以金川卜尔吉细内附，授土司职。康熙五年（1666年），以嘉勒巴归诚，授“演化禅师”印。
雍正元年（1723年），以嘉勒巴庶孙莎罗奔曾从清军平定西藏羊峒有功，授金川安抚司。莎罗奔以属地自号大金川，以旧土司泽旺为小金川。大、小金川接受清朝政府的册封后，经常打着朝廷的名号，恃强凌弱，势力日益强大，使边境不得安宁。
为了保护边境太平，乾隆决定出兵平定大、小金川。
乾隆十二年（1747年），莎罗奔起兵攻掠革布什札和明正两土司地区。乾隆下令四川巡抚纪山派兵弹压，纪山用兵不力，反而被莎罗奔打败。于是，乾隆调任云贵总督张广泗为四川总督，统兵3万进攻大金川。张广泗曾在平叛苗疆时立有大功，所以，乾隆谕令他：“以治苗之法治蛮”，“务令逆酋（金川土司）授首，铲绝根株，永靖边境。”
十二年四月下旬，张广泗率军进入金川地区。进剿初期，张广泗大有进展，收复了大金川所占的毛牛、马桑等地，小金川的土司泽旺也闻风投降。张广泗自以为稳操胜券，于是向乾隆报告：“征剿大金川，现已悉心筹划，分路进兵，捣其巢穴，附近诸酋输诚纳款，则诸业就绪，酋首不日可殄灭。”但是，接下来的战况却并不顺利。
大金川的主要据点是勒乌围和刮耳崖。勒乌围由莎罗奔亲自把守，刮耳崖由莎罗奔的兄长和侄子把守。这两个地方都在大金川河的东岸，相距120公里。为了攻打这两个据点，张广泗兵分两路，从西、南两个方向进攻。
张广泗布好阵势，想要一举突破。七月末，西路军打到距离刮耳崖官寨仅20里地的地方，南路军也攻占了多处碉卡，金川兵退守到独松碉寨。但是，到了八月，在大金川的碉卡面前，清军却束手无策了。
张广泗这时才意识到攻打碉卡的艰难，他在向乾隆的奏陈中写道：大金川四处皆山，陡峻无比。在隘口险要处皆建有碉楼，坚固难攻。乾隆只得传谕张广泗暂时把军队转移到开阔的地方，等第二年春天再进攻，并提出两种方案：以京兵换绿营兵作战，或者将大金川划归西藏管理。
但是，张广泗求胜建功心切，打算于九十月进取金川。当时，莎罗奔在大军压境的形势下，几次派人求和，都被张广泗拒绝。因为莎罗奔主动求和，乾隆觉得金川的主将害怕了，正好可以乘机歼灭，于是降谕说：“此番官兵云集，正当犁庭扫穴，痛绝根株，一劳永逸，断无以纳款受降，草率了局之理。”
就在张广泗准备进攻的时候，战争的形势突变。九月初五日，已经投降清军的金川将领恩错背叛清军，带领大金川兵抢占马邦山梁，阻断清兵的粮道。十一月，恩错又围攻副将张兴的营盘，张兴多次请兵求援，张广泗却骂他懦弱无能，不发兵救援。十二月十八日，张兴率领的部队在断粮已久的情况下，想与恩错讲和，却被大金川兵诱到右山梁沟底追杀。除三百余名十兵奔逃过河以外，包括张兴在内的五六百名官兵都丧身沟底。这次战争是张广泗用兵以来的最大败绩，而张广泗却将战败的责任全部推卸给张兴等人。由于张广泗先不发援兵，后又推卸责任，于是军中将领上下离心，更加没有斗志了。
张兴的溃败，使清军的进攻优势丧失殆尽，有一些士兵不服张广泗的做法，转而投降大金川。乾隆十三年（1748年）正月初二，大金川兵攻占江岸的噶固碉卡，守碉的八十余名士兵打开碉门，跟随大金川兵渡河而去。张广泗损兵折将，进攻大金川的计划完全破产。
为了加强前方的指挥力量，乾隆起用了岳钟琪。岳钟琪在雍正年间曾率金川兵进攻西藏，在金川有很高的威信。乾隆十三年（1748年）二月，乾隆降旨：“朕思岳钟琪，久官西蜀，素为川省所服，且夙娴军旅，熟谙番情……若任以金川之事，自属人地相宜……著张广泗会同班第商榷，如有应用岳钟琪之处，即著伊二人传旨行文，调至军营，以总兵衔委用。”但是，张广泗反对任用岳钟琪为大将军。因此，乾隆再次降旨，让岳钟琪以提督衔赴军前效力，同时派领班首席军机大臣、果毅公讷亲为经略，赴金川指挥战事。
乾隆用岳钟琪是正确的，但是，他同时任用讷亲为经略，却是重大失误。讷亲，满洲镶黄旗人，姓钮钴禄氏，是清朝开国元勋额亦都的曾孙，乾隆十一年（1746年）任首席军机大臣。乾隆把平定金川的希望寄托在了讷亲身上。作为一个行政长官，讷亲该很称职的，但他既没有带兵经验，也缺乏指挥作战的军事经验，根本没有能力指挥大规模的战役。
乾隆十三年（1748年）六月初三，讷亲到达金川。讷亲因为在皇宫时深受乾隆的喜爱，所以“自恃其才，蔑视广泗”，并不与张广泗商讨军情，而是自作主张，限令士兵3天之内攻克刮耳崖。有的将士对战争提出建议，讷亲不予理睬，而且动不动就处以军法，“三军震惧”。
六月十四日，讷亲派署总兵任举、副将唐开中、参将买国良分兵三路进攻昔岭。由于讷亲指挥不当，买国良、任举先后阵亡，唐开中身负重伤。经过这一惨败，讷亲的骄气被打掉了，他“不敢自出一令，每临战时，避于帐房中，遥为指示”。并决定转攻为守，奏请朝廷也要筑碉堡。
乾隆接到讷亲想要筑碉堡的奏报后，在批谕中详细分析了清军不宜在金川筑碉堡。首先，碉堡是用来防守的，而不是用来进攻的。金川兵筑碉堡是用来抵御清军的进攻，如果清军也筑碉堡，就像守株待兔一样，不会有什么作用。其次，清军的兵力和财力也不允许这么做。“我兵已深入贼境，地利、气候素不相习，而守碉势须留兵，多则馈运难继，少则单弱堪虞……师老财匮，长此安穷？”最后，筑碉堡一事后患无穷，“将来金川扑灭之后，其地不过仍归之番，是今劳师动众，反为助番建碉之举，恐贻笑于国人，跃治于番部矣……思之一夜，终非善策，不如速罢之为宜”。乾隆否定了讷亲的筑碉堡方法，建议讷亲“只宜持其大纲，督令张广泗等各施谋猷，以图速奏肤功”。于是，讷亲对大金川束手无策，不再主持军事，事事听张广泗调度，一到开战就躲到帐房之中。
八月初八，乾隆接到岳钟琪两份参奏张广泗的奏折。一是，奏陈总督张广泗调度错谬而且不分兵给他；二是，张广泗重用小金川叛逆良尔吉和汉奸王秋。同时，乾隆又接到了讷亲、张广泗战败的奏报。乾隆对讷亲、张广泗彻底失望了。九月初十，乾隆下旨召讷亲、张广泗回北京，将进攻金川的事情交给岳钟琪处理。十三日，又调派尚书班第前去金川军营，协助办理军务。
从乾隆十二年到十三年，乾隆对金川用兵四万有余，耗银近千万两，却几乎没有战绩。乾隆对张广泗、讷亲完全失去了信心和耐心，他决定惩办主帅，以震军威。乾隆十三年（1748年）九月二十九日，乾隆以“玩兵养寇，贻误军机”的罪名将张广泗革职，交刑部审理。十二月七日，乾隆到瀛台亲鞫张广泗，5天后，张广泗被斩。乾隆十四年（1749年）正月，乾隆以“退缩偷安，老师糜饷”的罪名，将讷亲绑缚军营，斩首于军前。
攻打金川的战争遇到了前所未有的困境，为了加强阵前实力，乾隆于十三年（1748年）九月二十八日派协办大学士傅恒前往金川军营，负责平定金川的重任。
傅恒是乾隆一手提拔起来的得力干将。为了提高主帅的威信，乾隆在傅恒出发之前举行了隆重的授权仪式。九月，傅恒被任命暂管川陕总督，经略军务，受命于危难之中。随即，晋为保和殿大学士，位至卿相。而乾隆除了给他以高官显位之外，还给他了他异乎寻常的赞美和信任。
为了保证傅恒用兵无阻，将士听命，乾隆不吝赏赐，打破常规，赐傅恒花翎二十、蓝翎五十、白银十万两，作为嘉奖军前立功将士之用。十一月，傅恒启行，乾隆赐宴重华宫，亲至堂子行台祭典礼，并命皇子及大学士来保等送至良乡。
出师之礼的隆盛，无形之中增加了傅恒的威望。但这一切只不过是乾隆逾格恩赏傅恒的开场白。两个月后，傅恒刚抵达四川，乾隆又颁布了对他的嘉奖令，谕旨说：“经略大学士傅恒，自奉命经略以来，公忠体国，兢兢业业，纪律严明，军队行动神速，兼办一切事物，咨询机务，废寝忘食，以至于彻夜不眠。为国诚心日月可见，像这样的大臣需要给予嘉奖和重用！”乾隆颁发谕旨后，令吏部讨论如何嘉奖的问题。吏部官员自然明白皇帝的用心，马上就商量出一个嘉奖的办法出来：傅恒晋衔太子太保，加军功三级。这已是非常破格的提拔了。但乾隆还认为不够，命晋衔太保，仍加军功三级。
乾隆十四年（1749年）正月，傅恒亲自督师攻下金川险碉数座的奏报递达京城。傅恒还表示要亲任其难，直捣巢穴，于这年四月间结束战事。但是，乾隆通过傅恒的奏报，已经知道前线缺粮缺马，军需供给极其乏力，需要速战速决。而金川叛军的碉卡又险隘林立，易守难攻。所以，当他听说傅恒要“奇正兼施，因机制胜”，誓死与金川战争相始终时，他唯恐傅恒年轻气盛，求功心切，不知深浅，陷在这场战争里。因为，对乾隆来说，用傅恒督师的真正用意，不在于克复金川，而在于历练大臣、树立威望。因而，傅恒刚刚小有奏捷，乾隆便又下令班师，召傅恒还朝。他颁旨说：“傅恒自从奉命率领军队平叛以来，忠诚勤劳，已经达到预期的目的。办事则巨细周详，锄奸则威力强大，整顿军队纪律严明，鼓励士兵则群情踊跃。而且日夜督战，不避风雪，大震声威。经略大学士傅恒是朝中第一大臣，圣旨到达的时候，傅恒即刻还朝。”
乾隆如此不厌其烦地历数傅恒的劳绩，为他评功行赏，目的只有一个，就是要为年轻的傅恒树立权威，使傅恒真正成为朝廷中第一“人臣”。与此同时，又下旨进封傅恒为一等忠勇公，赏给红宝石帽顶和亲郡王才能穿用的四团龙补褂。这种频频加恩的作法，不仅令满朝文武心中惶惑不已，傅恒本人尤其感慨交集，诚惶诚恐。他上疏坚请进兵，力辞公爵。在傅恒来说，此时唯有肝脑涂地，效命疆场，方能报效皇帝的不世之恩。
傅恒没有理解乾隆的用意，这使乾隆心急如焚。他手谕傅恒，以数千之言，反复谕令傅恒班师。乾隆以“勤远劳民我不为”，表示不愿继续这场战争，并暗示傅恒返朝之后必当重用。而傅恒真可谓古人天佑。就在傅恒踌躇再三，对班师还朝颇感勉为其难时，金川土司莎罗奔等因久战乏力，畏死乞降。
乾隆十四年（1749年）二月，历时近两年之久的金川之役以傅恒亲往誓师宣布告捷。
第一次金川之战结束，但是，金川并没有彻底安宁。
乾隆中期，大金川的土司莎罗奔已老，由他的侄子郎卡主持土司事务。郎卡很有野心，多次起兵。乾隆二十三年（1758年）郎卡攻掠小金川和革布什扎土司。
乾隆三十一年（1766年），乾隆命四川总督阿尔泰征调9个土司的兵力围攻大金川。阿尔泰一心想要息事宁人，于是从中调解，让郎卡与绰斯甲土司联姻，又让郎卡把女儿嫁给小金川土司泽旺的儿子僧格桑，形成3个部落互为姻亲的关系。
乾隆三十六年（1771年），大金川的郎卡的儿子索诺木诱杀革布什扎土司，而小金川的僧格桑再攻鄂克什及明正土司，大小金川内乱又起。乾隆命阿尔泰进剿，阿尔泰半年内没有进展，被罢职。
为了平定大小金川战乱，乾隆命大学士温福为定边右副将军，由云南赴四川督师，派尚书桂林为四川总督，再度率兵征战。温福由汶川出西路，桂林由打箭炉（今康定）出南路，夹攻小金川。清军初战顺利，连夺关隘。乾隆三十七年（1772年）五月，桂林派部将薛琮领兵三千，携带五天的军粮进攻墨龙沟，薛琮被金川兵截断后路。薛琮请求紧急援助，桂林不肯派兵前去救援，致使薛琮全军陷没。
为了改变战局，乾隆派大将阿桂前往金川。阿桂率军深入，直达小金川河南，用皮船渡江，连夺险隘，直捣小金川大营。不久，清军俘虏了小金川土司泽旺，平定了小金川。
平定了小金川后，乾隆因为大金川土司多次起兵，下令温福为定边将军，阿桂为副将军，合兵攻打大金川。但是，温福刚愎自用，他运用碉堡战法，建筑碉卡，将2万余兵零散分布。
乾隆三十八年（1773年）夏，温福屯兵于大金川东边的木果木，郎卡的儿子索诺木集兵数千人，突袭木果木军营，夺取清军炮台。清军没有防备，士兵手足无措，温福仓皇逃跑，中枪而死。索诺木率军追击，清军死伤无数，小金川得而复失。
消息传到北京，乾隆大怒，命阿桂为定西将军，征调健锐火器营兵2000名，吉林索伦兵2000名参战，征集士兵近5万人。乾隆三十八年十月，阿桂统领各路军队，兵分三路合击小金川。清军与小金川的军队激战五昼夜，直抵美诺。
乾隆三十八年（1773年）十一月初，阿桂大军再一次收复小金川，准备进攻大金川。
大金川攻坚战是在乾隆三十九年（1774）正月开始的。当时，定西将军阿桂虽然仍采取分兵三路进攻的方略，但随着战况的不同，进军路线作了相应的调整。阿桂自率一军，由中路谷噶站口进军，副将丰升额率军由凯立叶西路进军，副将明亮率队由马尔邦南路进军。后来，又根据实际需要，阿桂与丰升额合兵一路进攻勒乌围。
大金川本来就是一个兵丁勇悍、地险碉坚的地方，自从小金川被平定后，大金川更是全力抗守，增垒设险，其防护的严密程度十倍于小金川。由于大金川做了充分的防范准备工作，各险要处密布石碉，所以战事异常激烈。
乾隆三十九年（1774年）三月，海兰察、达兰泰攻罗博瓦山石碉时，率清军绕至第二、第三峰丫口下，分兵几路仰攻，山上叛军突然发起集体冲锋，幸被清军射退。等清军占领第三峰、第四峰后，叛军因后路已断，便转而窜到第一峰碉内死守不出。清军被迫先后攻下大石碉8座，大小26卡，才勉强拿下此山。阿桂进攻逊克尔宗的战斗则更为激烈。当时，阿桂派海兰察、额森特攻剿逊克尔宗官寨，叛军纷纷抛石放枪。相持一段时间后，清军撤回，而派锐兵潜伏于逊克尔宗寨旁。黎明时分，官兵直上寨墙，叛军在碉寨内抛石击打，令清兵难以跳越，就顺势在墙上尽力击射，枪箭所到之处，弹无虚发。这时，叛军援兵纷纷从四面八方尽速赶来，阿桂恐多有损伤，徐徐酌情撤退。第三天，阿桂又派海兰察、泰裴英等分队进攻。第四天，官兵一同拥进。而叛军则在寨墙下另外挖了一道壕沟，以阻截官兵的进程，并在沿沟上都设置遮木板，以防御官兵的击射。官兵进逼至墙根，叛军将墙上积石一推而下，致使清军连攻3次，都不能攻克。所幸的是，叛军在抵御露身之时因被官兵枪炮所击，也伤毙无数。可以说，几乎每一座碉堡，每一座山峰，每一座官寨，都要经过反复的浴血厮杀，才能攻下。尽管大金川险碉林立，守御极严，但乾隆懂得怎样去鼓舞士气。在皇上誓灭金川的决心的鞭策和鼓舞下，阿桂、海兰察、明亮、普尔普、福康安等将帅矢志克敌，带领满汉官兵奋勇冲杀，绰斯甲布等土司之兵也争先进剿，不断取胜，兴胜保等夺占木奚谷山梁，就是其中一例。面对清军战则必胜的决心和所向披靡的强大攻势，大金川土司索诺木设计药死僧格桑，献出僧格桑的尸体，及其侧妾和小金川头人蒙固阿什咱阿拉、曾施诈降计的七图安堵尔等人，企图故伎重演，要求投降，与清军议和。
得到这一消息，乾隆马上下谕，首先嘉奖阿桂，称赞他说：“你所办理的各种事情都把握了时机，可以说是尽心筹划了，这是替我分忧解难啊！”接着，乾隆又着重指示说：“不能允许大金川投降，绝不与之讲和。”
对此，乾隆深有体会地说：“从前批准允许金川投降的往事，我十分后悔对这些叛军太姑息了。现在这些叛民竟敢如此忘恩负义，不可不急为剿灭，以除后患。”因此，他要求坚决除之而后快。对于叛军的使者如何处理，乾隆指示：“假使遇到贼人请求投降，都不必与他们交谈，如果有人押送僧格到我军大营来，马上将僧格和这些押送的人一举设法擒获，一面仍加紧进攻，贼人无计可施，自然就土崩瓦解了。”俗话说“两军交战不斩来使”，而现在乾隆要求擒拿来人，充分显示朝廷绝不迁就姑息的决心。乾隆多次重申此意：“官兵既然近逼贼人的巢穴，他们必然大势已去，加上官军勇锐，贼人的头领难以坚持太久，他们会在走投无路的时候相继前来乞求投降，以希望减缓自己的灭亡，你们这些征战的将军们千万不可以被他们这种假投降所迷惑，而稍微存有一丝的姑息念头。金川忘恩负义反叛朝廷，罪大恶极，自取灭亡，一定要就地正法，以快人心而震慑边境那些敢于反叛的人。况且耗费如此大的军费和力气，才得以平定其地，千万不应该以简单的受降来结束这样的战事，使各番人无所敬畏，而且不可以留下这些叛逆的余孽，让他们成为国家的后患。传令阿桂等将领，如果反叛的敌人头领索诺木及莎罗奔兄弟等人，这个时候来乞求投降，只有立即擒拿，不得有误。”
乾隆四十年（1775年）正月，阿桂率西路军开始围攻勒乌围。此时天公不作美，连降雨雪，道路泥泞不堪，士兵多伤冻，进攻受阻。及至四月，天气转晴，士兵大振。阿桂首先派福康安、海兰察率军渡河，全歼河西之叛军。七月，阿桂与明亮合围勒乌围。勒乌围南有转经楼，面临大河，互成掎角之势。破勒乌围，清军先攻破卡栅数十重，然后又毁桥，断叛军之退路，明亮等也从河西攻人，形成四面夹击之势，叛军狼狈不堪。
八月十五日，清军发起总攻。先用大炮轰击，到八月十六日，就攻克了勒乌围及转经楼喇嘛寺，并且攻获了60座碉房、寨落、木城、石卡，杀敌数百人，夺获无数枪炮、刀矛。此时，大金川头目索诺木已提前逃往噶拉依。从九月起，阿桂率军陆续攻占了西里山梁黄草坪和科布曲山，并逐步扫清了外围的叛军。十二月，金川头人达因拉得尔瓦率500人，恩达尔率600人缴械降清。
乾隆四十一年（1776年）正月间，阿桂发起对噶拉依的总攻，明亮则攻占马尔邦，扫清西路残敌。索诺木的母亲阿仓见形势火烧眉毛，便冒险赴河西准备召兵，但看到清军已是万头攒动，形成合围之势，即知大势已去，遂携同索诺木的姑姑阿青等姐妹，带领从人喇嘛投降。阿桂令阿仓写信招降索诺木，同时发起进攻。
乾隆四十一年（1776年）二月初四日早晨，索诺木跪捧印信，携同兄弟、妻子及其大头人、喇嘛、大小头目两千余人出寨，乞求免除一死。大金川全境被胜利平定。
第四节 靖 台 湾
清朝中期以后，各种秘密会党大量出现。由于清统治者在统一全国的过程中，推行了民族高压政策，受到汉族越来越多人的反抗，有人便利用结拜弟兄的方式，组织反清团体。清政府鉴于出现的多次反清事件，特别是明代宗室也利用结拜弟兄的方式进行反清活动，加重了对会党的惩处。乾隆二十六年（1761年），提喜创立天地会，发展到江西、广东、福建等省，朝廷多次派兵搜捕天地会成员。
乾隆五十一年十一月二十七日（1786年1月16日），天地会在台湾的首领林爽文因为清政府搜捕、杀害天地会的会员，在距彰化县20余里的大里（■株左+（代）右）（今台湾台中大里乡）起义。
林爽文是福建省漳州府平和县人，农民出身。乾隆三十八年（1773）随父母迁居台湾彰化县大里（■株左+（代）右）庄。当时，天地会在福建、台湾一带秘密流传。乾隆四十九年（1784年），林爽文加入天地会，为彰化地区的重要首领之一。
乾隆五十一年（1786年）十一月二十五日，彰化县知县俞峻与北路营副将赫升额、游击耿世文带领士兵来到大墩，想要捕捉当地的天地会首脑林爽文。在离林爽文的住处还有7里时，知县下令，要村民前往擒拿林爽文，如果不遵命令，就焚毁村庄，并且“先焚数小村怵之”。村民们极端愤怒，“号泣于道”，林爽文于是趁着民怨，发动了起义。
林爽文起义后，队伍迅速发展到3000人。林爽文率领起义军夜袭大墩营盘，击毙了副将赫升额、知县俞峻及官兵数百人，随后又攻占离彰化县城40里的大肚溪，控制了水路，切断了通往彰化的交通。
十一月二十七日和二十八日，闽浙总督常青两次向朝廷上奏台湾起义事件。常青奏道：台湾府彰化县“贼匪”林爽文结党扰害地方，十一月二十七日知县俞峻在大墩“拿贼遇害，县城失陷”。臣闻信，飞咨水师提督黄仕简领兵两千，由鹿耳门飞渡进剿，并派副将、参将都司带兵分路夹攻，又派陆路提督任承恩领标兵1200名于鹿耳门前进，臣于泉州、厦门等处往来督察。
乾隆看后，认为这是台湾常有的小型械斗，不需要大动干戈，立即批示：尔等俱是“张皇失措”，岂有因一匪犯，使全岛及邻疆皆怀恐惧之理。
正在乾隆认为消灭义军易如反掌之时，林爽文、庄大田领导的起义军，却已连下彰化、凤山、诸罗三县，台湾全府丢失大半，官军困守于郡城，形势十分危急。
十二月初一日，林爽文打下竹堑。天地会会众拥戴林爽文为盟主大元帅，驻彰化县署，建元顺天，以杨振国为副元帅，王作为征北大元帅，王芬为平海大将军。十二月初六日，林爽文又破诸罗县。各地天地会会员纷起响应，连破六斗门、南投等处，声势大震。
台南凤山县庄大田也聚众起兵，于十二月十三日攻下凤山县城，自称南路辅国大元帅，或称定海将军、开南将军。台湾府一共辖有四县，现已丢失三县，只剩下台湾府城及附属的台湾县，犹如海中孤岛。十二月初七日，林爽文从水陆两路进攻府城。
为了镇压台湾起义，乾隆派福建水师提督黄仕简、陆路提督任承恩支援台湾。虽然有13000余名援兵赶到台湾，台湾府又有驻兵12000余名，还有移民中支持清军的“义民”，清军总人数并不少于义军，而且枪炮弹药也比义军更充足，但是，这两位提督都是贪生怕死的庸将，黄仕简自称有病，在府城“卧病床榻”，任承恩困居鹿港，不敢进攻义军。官兵处于被动挨打的局面。乾隆大怒，将二人革职拿问。
乾隆把平定台湾起义的重任放到了最先奏报台湾事件的常青身上，从三个方面提供帮助：一是授常青为将军，以福州将军恒瑞、新福建陆路提督蓝元枚为参赞，“俾事权统一，军威益振，以期迅奏荡平，绥靖海疆”；二是严肃军纪，诛戮逃将，斩总兵郝状猷、参将图里瑚；三是允常青奏请，增派援兵七千。
乾隆五十二年（1787年）三月，常青抵达台湾府城。此时，他辖有官兵3万，还有各庄支持清军的“义民”。然而，这位被皇上重用的将军也是一个胆小怕死的懦夫。
五月二十五日，常青领兵出府城，起义军庄大田率1万余人攻击。“常青战栗，手不能举鞭，于军中大呼曰，贼砍老子头矣，即策马遁。诸将因此即退”，义军“欢跃而归”。常青入城，命令紧闭城门，请求增兵。天地会势力迅速扩展，数月之内，义军“已增十万”，将军常青、参赞恒瑞困在府城。常青吓破了胆，“日夕惟涕泣而已”，哀求和珅把他调离台湾，奏请皇上另派大臣来台。
经过和珅的活动，乾隆于六月二十日下谕，派协办大学士福康安前往台湾接替常青，派领侍卫内大臣海兰察为参赞大臣。八月初二日，他又下谕，授福康安为将军，增调湖南、湖北、贵州绿营兵6000名及四川“屯练降番兵”2000名。
使乾隆意想不到的是，福康安却呈上了一份畏难的奏折。原来，此时，绝大部分台湾州县村庄已被义军夺占，官军连遭失败，士气低下，动辄溃逃。而林爽文、庄大田领导的天地会义军已号称20万。在这种敌强我弱的形势下，十几年来连建功勋的福康安感到信心不足，向皇上呈交了“畏难”的奏折。
乾隆于八月二十四日看到福康安这份“畏难”奏折后，大吃一惊，于当日及二十五、二十六日，连下三谕，讲述进剿必胜的原因，勉励福康安勇担重任，并着重强调了对福康安的宠信和关怀，专门指出，“朕之待福康安，不啻如家人父子，恩信实倍寻常”，对彼“寄以股肱心膂”。皇上推心置腹、情深意厚的晓谕，使福康安消除了疑虑，增强了勇气和责任心。
乾隆调拨白银几百万两和米100余万石运往台湾，并多次下谕，嘉奖支持清军的“义民”，招抚“胁从之民”归顺。他经过反复思考后，制定了集中精锐士卒，直攻林爽文大营的战略方针。这一切，对战局的进展起了重大的作用。福康安奏请集中郡城常青之兵、盐水港恒瑞之兵5000，柴大纪诸罗守兵三四千，鹿港之兵数千余名，以及自己带来的5000援兵，南北夹攻，直捣大里（■株左+（代）右）林爽文家乡，但乾隆不允其请，责令其直抵诸罗，解围之后，攻敌巢穴。
福康安遵旨，于十一月初七日领兵5000及鹿港兵6000余名和“义民”1000余人出发，“凡遇贼庄，即行剿洗”，海兰察率巴图鲁侍卫奋勇冲杀，大败义军，林爽文率会众撤走。初八，清军进入诸罗城。福康安又率军进攻大里（■株左+（代）右），打败了义军的“万炬”迎战。十一月二十五日，林爽文携眷逃入“番社”。
乾隆五十三年（1788年）正月初四日，林爽文被清军抓获，二月初五，庄大田也被俘。不久，二人被处死。林爽文、庄大田领导的天地会反清起义被镇压下去了。
第五节 服缅甸、安南
清初，中国和缅甸之间，在相当长一段时间内没有建立起正式的官方联系，但两国地域毗邻，民间往来频繁。
乾隆二十年（1755年）起，缅甸军队不断侵扰清朝边境。乾隆二十七年（1762年）冬，缅军对清朝的云南边境发动了进攻。泱泱大国，岂能受小国之辱。乾隆一向认为“我大清国全盛之势，何事不可为”，于是，便在收复失地之后，接受了云贵总督杨应琚的建议，于乾隆三十一年（1766年）出征讨伐缅甸。
乾隆三十一年（1766年）正月，清政府派大学士杨应琚从陕甘移督云南，开始征缅。杨应琚到任后，指挥军队击退了缅军的进犯，收复了失地。但杨应琚却因此而傲慢轻敌，贪功启衅，他自普洱移驻永昌后，致书缅甸国王，声言将率大军数十万征讨，要缅甸投降。缅甸起兵迎战，双方战事再起。清军数战不利，缅甸军队乘机进扰云南。乾隆闻讯大怒，谕令杨应琚进京，赐死。
乾隆三十二年（1767年），乾隆派将军明瑞分兵五路出征缅甸。战争开始的时候，清军连连告捷，很快就逼近缅甸的国都阿瓦（今缅甸曼德勒）。由于清军是孤军深入，粮草不继，于第二年二月兵败，明瑞也因战败而自尽身亡。
这是一次穷兵黩武而又毫无所获的战争，先是杨应琚惨败，继之明瑞身亡，在连连受挫之下，乾隆不得不派出朝廷重臣傅恒，命傅恒为经略，阿里衮、阿桂为副将军，舒赫德为参赞大臣。毫无疑问，这是乾隆于缅甸之战抛出的最后一张王牌，是一次只能胜不能败的战争。
乾隆三十四年（1769年）二月，傅恒率满、蒙兵13600余名出征。临行时，乾隆亲自在太和殿授之敕印，并把自己用的甲胄赠给傅恒，以表示对他的信任和希望。傅恒明白此行任务之重，因而，当他抵达云南之后，便不顾当地气候的恶劣，不听众人宜待霜降瘴消之后出师的建议就马不停蹄地出兵入缅。
乾隆三十四年（1769年）三月，傅恒抵达云南。四月，傅恒到永昌、腾越察看情况，着手进行战前准备。他得知缅军防守“专恃木栅”，而“清军向来用寻常枪炮攻取，无济于事”，就“访闻茂隆厂一带有善造大炮之人，将来进兵时兵弁各带铜、铁一斤，遇攻栅时随时暗铸大炮，出其不意”。
傅恒聚集众将，商讨进兵方略。鉴于过去明瑞由陆路进兵，缅方得以集中兵力防御，明瑞遭败绩的教训，傅恒决定水陆并进。要实现水陆并进的方针，首先要解决船的问题。早在傅恒未到云南之前，乾隆就曾有造船的打算，并派副将军阿里衮去经办此事。但阿里衮以“边外峡行湍险，舟楫不通，沿江亦无办公所奏止”。随后，傅显与佐三泰又奉命前往勘察实情，“所言与阿里衮等同”。这样，造船之事只好暂且搁下了。傅恒抵达云南以后，详细询问当地居民，获知蛮莫附近的翁古山树木较多，而位于翁古山旁边的野牛坝，气候凉爽，无瘴气之害，是建造船只的好地方，于是傅恒派傅显督工运料，令湖广工匠造船。
在兴造船只的同时，征缅的其他准备事务也陆续到位。政府增调的军队抵达云南，马匹和粮草也大体齐备。乾隆三十四年（1769年）七月，满、汉精锐之师数万余众，马骡6万余匹，以及各种火器，如京师的神机火器、河南的火箭和四川的九节铜炮等“皆刻期云集”。然而当时距霜降尚早，部下诸将以“南徼地多瘴，群议宜俟霜降后出师”。傅恒担心时间拖长了，不仅耗费物质，而且士兵也会产生松懈情绪，所以不顾部下劝阻，下令进兵。
乾隆三十四年（1769年）七月二十日，傅恒祭旗进发。副将军阿里衮已患病，傅恒要他留下养病，阿里衮坚请从征，傅恒同意了，只留阿桂督造战船。傅恒领军至戛鸠江后，征集船只，打造木筏，用10天的时间，全军渡过了戛鸠江。然后挥军西进，一路之上，孟拱、孟养两土司先后归降，并“各献驯象四，牛百头，粮数百石”。此时缅甸正值秋收季节，未集军迎战，孟拱、孟养离缅甸中心地区又较远，所以傅恒几乎是兵不血刃地就前进了两千里。但是这期间，天气十分恶劣，“惟途间忽雨忽晴，山高泥滑，一马倒，则所负粮帐尽失，军士或枵腹露宿于上淋下湿之中，以致多疾病”。而且清军人地生疏，经常迷失方向，实在是难以深入了。
面对如此险恶的困境，傅恒只得改变原先攻占木疏（即今缅甸甘布鲁），由陆路直取阿瓦的计划，于同年十月回师至蛮莫，与东路阿桂军会合。傅恒因率军“奔走数千里，疲乏军力，而初无遇一贼，经略之声名遂损，因羞恚得病”。虽然如此，傅恒还是带病指挥。他见水战所需战船已造好，福建和广东水师也已到达蛮莫，就把军队重新部署，以阿里衮为西路，阿桂为东路，而自己则督舟师居中，沿伊洛瓦底江南进为中军。缅甸也集结水陆军应战，经过一番激烈交锋，缅军败退。
清军虽然一时占了上风，但阿里衮随后病亡，许多官兵负伤、患病，已经无力再向阿瓦进攻了。傅恒于是决定全力夺取阿瓦城北五百里的老官屯，以迫使缅甸投降。老官屯前临大江，缅军在江东周围二三里的地带竖立了许多高大的木栅，栅外挖了三重壕沟，沟外又横放大木头，尖利的树枝朝外成鹿砦，使人无法通过。这是缅军的惯用之法。
傅恒命令部下修筑土台，用大炮轰击。炮弹虽然击穿了木栅，但是木栅没有塌落，缅军随即又修补好了。傅恒看到这种方法不奏效，就让士兵用生革结成长绳去钩，但是绳子钩断了却没有把栅栏钩倒。傅恒又派士兵用结实的老藤挂上钩子去钩栅栏，结果，缅军用斧子砍断了老藤。傅恒于是下令施用火攻，“先为杆牌御枪炮，众挟膏薪随之，百牌齐迸，逾濠抵栅，而江自四更雾起，迄平旦始息，栅木沾润不能爇，兼值反风，遂却”。最后，傅恒又派士兵挖地道，埋火药轰炸，然而火药引爆后，虽然“栅突高起丈余，贼号骇震天”，但随之落平，“又起又落者三，不复动，盖栅坡迤下，而地道平进，故土厚不能迸裂也”。
清军陷入了进退两难的困境。由于当地的瘴气日趋加重，清军士兵病死无数，傅恒只好向乾隆奏报：“奈因本年瘴疠过甚，交冬未减。原派各营兵三万名，满兵一千名，见计仅存一万三千余名。”部队由3万减至1万，乾隆接到奏报后知道病情严重，于是命令傅恒撤兵，并命傅恒回京，“老官屯既不可久驻，野牛坝地方尚高，酌量于该处留兵屯守，并著土司等于关外相度地势驻扎防范。令其以暂时退驻，明年再行进兵之言，宣示于众……著传谕傅恒将善后事宜交阿桂筹办，即速驰驿来京”。
战争实在无法打下去了，卧病在床的傅恒骑虎难下。虽然乾隆已有撤兵之旨，但博恒仍然觉得难以复命，犹豫不决。正在这时，缅军在清军的攻势下也感到震惧，加上阿桂的战船又截断了东西岸缅军之间的联系，他们也不愿再打下去了，于是向朝廷求和。
乾隆三十四年（1769年）十二月，缅甸答应清方提出的十年一贡的条件，请求乾隆批准协议。乾隆批准，征缅战争结束。乾隆三十五年（1770年）三月，傅恒班师还朝。七月，傅恒病死。乾隆下令以宗室镇国公例丧葬，谥号“文忠”。
乾隆五十三年（1788年），安南大乱。安南国被阮姓攻破黎城，国王黎维祁出逃，安南大臣阮辉宿、黎炯为保护王子等人被阮兵追杀。
安南位于广西、云南边界以外。上古时代，安南名南交、越裳，秦朝时在此设象郡，唐朝时朝廷在安南设置都护府。明永乐年间，朝廷在安南设置布政司，宣德年间，改封黎氏为安南国王。
明初以来，黎维祁的祖先世代为安南国王，并定期向明朝的皇帝献贡。嘉靖年间，权臣莫登庸篡位，原先的国王之孙黎维潭依靠旧臣郑、阮两家，封郑、阮二姓之长为左、右辅政，后来右辅政郑检乘机把左辅政阮璜排挤出顺化，自号广南王，掌握国家大权，使国王徒有虚名。这样一来，阮、郑二姓就世为仇怨，争斗不已。
乾隆五十一年（1786年），郑检去世，阮光平乘机发兵，攻破国都东京黎城，杀死郑检的儿子郑宗，阮氏又独家执掌了军政大权。乾隆五十二年（1787年），安南老国王去世，黎维祁继位，原郑检之臣贡整想扶黎抗阮，阮光平遂派大将阮任领兵数万攻克黎城。贡整战死后，黎维祁逃匿于民间。阮任占据东京，似乎也表现出称王的雄心壮志。于是，乾隆五十三年（1788年）夏，阮光平再次发兵东京，将阮任诛杀，假意请黎维祁复位，黎维祁知其心怀叵测，哪里敢出山？阮光平被拒，一怒之下尽毁王宫，挟子女玉帛回富春，留兵3000驻守东京。
乾隆从五十三年（1788年）六月十七日获悉安南大乱起，一直下谕强调要“兴灭继绝”，帮助安南王孙驱逐阮氏，恢复王位，但仅仅只是谕令王孙黎维祁及其安南臣民起兵逐阮。清政府以总督名义发布斥责阮氏的檄文，扬言要派大军出征，可是乾隆这时并未真正决定要出关作战，数千名官兵均在边界屯驻。直到八月二十七日，乾隆对安南的态度，有了重大的改变。
乾隆见黎维祁被阮军所逼，带着随从数人，竟然入山藏匿起来，便认为黎维祁“看来竟是一无能为之人，难望其振作恢复”，而阮光平、阮文岳兄弟，见到两广总督孙士毅的檄文，就“畏惧遁逃”；阮光平的心腹潘启德，一接檄文，即离开叛匪，归顺清朝，可见出兵容易成功。就这样，乾隆决定正式出兵安南，并下了出兵的圣旨。
清军向安南泰德王阮光平进攻的“兴灭继绝”之战，很快拉开了帷幕。乾隆应孙士毅的请求，批准他统领一万大军出关，作为正兵，又令云贵总督富纲派出8000士兵交付云南提督乌大径统领，作为偏师。大军将由云南蒙自出发，进攻安南的宣光、兴化等处。
决策已定，出征在即，两广总督迅速调兵遣将，筹备粮饷。乾隆深知安南正值节年荒歉，谕令设台安站，从内地转运军粮。他在云南、广西两路共设下台站70余个，保证了军粮的供应。考虑到富良江地居险要，料测阮光平必定严加防守，官兵难以径渡，但该江江面辽阔，敌军不可能处处设防，因此，他指示孙士毅一面督兵佯装攻击，吸引敌军的视线，一面遣派许世亨领兵从上游或下游进击，认为只要攻其不备，敌军势必纷纷溃散。
孙士毅沿用乾隆所授的这条“偷渡之计”，果然行之有效。清军排列大炮多门，隔着缭曲的江水轰打，佯装一定要渡过此江，暗地里却由总兵张朝龙统领两千精兵，在上游20里水流缓慢处用竹筏渡江，抵达岸边，与驻守的阮军厮杀。正在这时，上游官兵已绕到敌军背后，居高临下，一起冲向敌军，声震山谷，形成前后夹攻之势。阮军不知身后的清军从何而来，顿时乱了阵容，全军崩溃，死伤者数千人。
孙士毅获胜的战绩令乾隆十分高兴，他及时对有功之臣进行赏赐，赏给孙士毅一柄玉如意，一个御用汉玉扳指，三对荷包；赐给许世亨一个御用玉扳指，三个荷包；赏张朝龙、李化龙、尚维继各一对荷包；其他有功的将士，也分别得到了赏赐。乾隆深谙这些经他发放的小恩小惠的作用，属下有功，及时行赏嘉奖，以鼓舞士气，增加干劲，这也是他待人的智慧。过了几天，前方传来孙士毅大败阮兵攻克东京黎城的消息，乾隆很高兴，晋封孙士毅为一等谋勇公，赏戴红宝石帽顶，并答应等到他擒获阮光平将再续降恩旨，以显示对他的恩宠。
就在朝野上下欢欣鼓舞之时，安南方面情形却急转直下，清军竟转而大败，黎城失守。原来，上次孙士毅所报“阮氏望风奔窜”，却是阮光平主动后撤，待机而进，孙士毅误以为阮军惨败，清军所向披靡，其实阮军的兵力并未遭到多大的损失。此时，年近八旬的乾隆，在关键时刻做出了相当正确和高明的决定。他说，孙士毅带兵前往安南，能生擒阮光平等人固为上策，否则只要能收复黎城亦为中策，如果情况不佳，即带兵回广西。在这里，乾隆不仅考虑到水土不服等恶劣的客观条件，要知进知退，以免陷入险境。而且，他也预见了黎维祁腐朽无能，清政府不需要也不应该坚持支持黎维祁，浪费自己的人力物力，做这种对天时、地利、人和等皆不值得的蠢事。乾隆的撤兵之旨是非常高明和及时的，如果孙士毅严格执行乾隆的旨意，那么安南的形势必然会有所好转，清军也不会落个惨败的下场。但遗憾的是，孙士毅犯了战场上将军所犯的急功冒进的通病：一心想再建功勋，生擒阮氏兄弟，竟至违抗圣旨，迟迟不肯撤兵。
在这种情况下，阮军于乾隆五十三年（1788年）岁末倾巢出袭，孙士毅毫不防备。至乾隆五十四年（1789年）正月初一，孙士毅军中置酒畅饮，正在这时，夜间突然有人来报“阮军大至”，孙士毅仓皇迎敌，但阮兵数万，声如涛涌，攻击猛烈，清军寡不敌众，在黑夜里自相蹂躏。孙士毅匆忙撤退渡过了富良江，为防阮兵追击，将浮桥砍断，可怜滞留南岸的提督许世亨、总兵张朝龙等官兵夫役1万余人，因桥断无法渡江，都被阮兵砍死在江中，无一幸免。孙士毅拼命逃回镇南关后，黎维祁携其母先行逃走，云南兵因有黎维祁的下臣黄文通的导引，才得以全师返滇。
一场大规模的征安南之战，就这样以孙士毅贪功轻敌、清军惨败而悬于空中，置乾隆于万分尴尬之地。乾隆无奈之中只能一一斥责孙士毅的过失，削其封爵，将所赏红宝石帽顶一并收回。随后，他全面分析了安南形势，总结了历史经验教训，冷静思考，从大局出发，决定停止征伐安南。与此同时，安南国内的形势也不安定，民心不稳。广南的阮映福也有东山再起之势，北部的黎氏旧党也在密谋复辟。阮光平为了缓解内忧外患的危机，急着改善与清朝的关系。阮光平多次向朝廷请罪，并表示愿意称臣纳贡。乾隆想到黎维祁怯懦无能，扶也扶不起来，于是下令废掉黎维祁的国王称号，封阮光平为新的安南国王。安南国的危机到此结束。
乾隆五十四年（1789年），为了加强与清朝的联系，阮光平派侄子阮光显到承德，庆贺乾隆79岁寿辰。乾隆在避暑山庄福寿阁接见了阮光显并赐宴，还写下一首诗记录此事：
★惟能不战屈人兵，战后畏威怀乃诚。
黎氏可怜受天厌，阮家应兴锡朝祯。
今秋已自亲侄遣，明岁还称躬己行。
似此输诚外邦鲜，嘉哉那忍靳恩荣。
同年，失去王位的黎维祁带领家族167人，移居北京，被编入汉军镶黄旗，成为一名三品的佐领。
乾隆五十五年（1790年）三月，阮光平到热河觐见乾隆。七月十一日，乾隆接见了阮光平，多次赐宴，还亲书一首诗赐给阮光平：
★瀛藩入祝值时巡，初见浑如旧识亲。
伊古未闻来象国，胜朝往事鄙金人。
九经柔远祇重泽，嘉会于今勉体仁。
武偃文修顺天道，大清祚永万千春。
乾隆对安南国的臣服非常高兴，并期待“大清祚永万千春”，即大清国运昌盛万年。但历史的轨道没有按乾隆的意愿延伸。嘉庆七年（1802年），新登位的国王把国号改为“越南”，随后向法国殖民者投降，同治三年（1884年），越南沦为法国的“保护国”。
对缅甸和安南的战争都是以“议和”而结束，两次战争都是清军深入缅甸、安南境内，感到军力无以为继，而敌军内部也出现了危机，双方才达成和议。由于清朝的实力日渐衰弱，清政府对安南的控制也未能持续下去，缅甸和安南最后都独立建国。
第六节 两服廓尔喀
乾隆五十三年（1788年）六月，正当乾隆调兵遣将准备进攻安南之时，西藏边境却被廓尔喀侵占。
清初，西藏地区处于蒙古和硕特部的军事控制之下，在蒙古军队的支持下，格鲁派（黄教）在西藏各教派中取得了绝对优势。清朝政府一方面敕封和硕特蒙古领袖固始汗为“遵行文义慧敏固始汗”，让他管理西藏；另一方面给予黄教领袖以荣誉，先后敕封阿旺洛桑嘉措（即五世达赖）为“达赖喇嘛”，敕封罗桑益西（即五世班禅）为“班禅额尔德尼”，确定了“达赖”、“班禅”两系传承的名号和他们的宗教领袖地位。
乾隆四十六年（1781年），西藏的班禅额尔德尼在北京病死，他的兄长仲巴胡图克图独占了他的大量财物，他的弟弟沙玛尔巴愤恨不平，逃往廓尔喀，挑拨廓尔喀与西藏的关系，想要夺取仲巴胡图克图的财产。
廓尔喀又被称作巴勒布、巴勒布廓尔喀，后来叫尼泊尔。乾隆时期，廓尔喀势力强大，想对西藏用兵，于是借沙玛尔巴的投奔和西藏噶布伦索诺木旺扎勒苛索廓尔喀商人这两件事，出兵侵入后藏。
乾隆五十三年（1788年）七月二十七日和二十八日，驻藏大臣庆麟奏称：巴勒布廓尔喀头目苏尔巴尔达率兵入寇，抢占了后藏的济咙、聂拉木，围攻宗喀，现在前后藏俱在严备，卫藏兵力不敷堵截，已飞咨四川调兵应援。
乾隆十分重视西藏的安全，立即下旨，责令驻藏大臣尽力抵御，四川总督、提督派兵4000名，由成都将军鄂辉统领，赶往西藏御敌，将达赖、班禅移往青海泰宁居住，以保护他们的安全。他又派熟悉藏情的御前侍卫、理藩院侍郎巴忠为钦差大臣，入藏主持用兵事宜。
西藏政府首领噶布伦因为藏兵疲弱，无力抵挡敌军，派人与廓尔喀议和。双方议定，西藏噶布伦每年交银元宝300锭，回赎聂拉木、济咙、宗喀三处地方。钦差大臣巴忠、四川提督成德、成都将军鄂辉都同意此议，但是他们知道，皇上决不会接受出银赎地的不平等条约，便编造谎言，伪称敌酋悔过投诚，认罪退地，乞求封王纳贡。乾隆不了解实情，批准了巴忠等人的奏请，于乾隆五十五年（1790年）正月，赐宴廓尔喀使臣，封廓尔喀王子喇特纳巴都尔为廓尔喀国王，封其叔巴都尔萨野为公爵，并传令鄂辉，要他参照乾隆十六年班第等订立的《酌定西藏善后章程》，就达赖的权力，噶隆、戴绷、第巴的补放，藏兵的问题，妥协定议。
一征廓尔喀就在大臣们的欺上瞒下中荒唐地结束了。
尽管巴忠等人绞尽脑汁，编造谎言退了敌，但由于每年要向廓尔喀交银元宝300锭，每锭重32两，而西藏却根本交不起，所以廓尔喀又入侵后藏了。
乾隆五十六年（1791年）七月初，廓尔喀派步兵数千人再次入侵，很快攻占聂拉木、济咙等处。八月二十日，廓尔喀兵进围班禅住地扎什伦布，随即攻占此寺，大肆抢掠，将塔上镶嵌的绿松石、珊瑚、金塔顶、金册印等抢走，金银佛像抢去大半，一时藏区大乱。班禅因早已被驻藏大臣移往前藏而得免于祸。
八月二十二日，乾隆得到消息，勃然大怒。巴忠畏罪自尽。驻藏大臣保泰惊慌失措，奏请将达赖、班禅移至青海泰宁，被达赖拒绝。总督鄂辉、将军成德畏敌怯战，御敌无方，拥兵4000余名，听任敌军大掠，又不攻余兵。乾隆决定委任新帅，大举征讨廓尔喀。
当时，征讨廓尔喀很不容易，气候恶劣，山路峻险，敌军凶悍，满兵水土不服。成都将军鄂辉、四川提督成德，都是行伍出身的勇将，曾经随大军征准噶尔、平定回部，征缅甸，打金川，定台湾，身经百战，军功累累。但却在征廓尔喀时畏惧不前，可见征廓之难。
此时，乾隆已年逾八旬，一般人到了这个岁数，只有认命养老，不可能再生雄心，远征强敌于几千里之外。可是，乾隆却壮志仍在，为了保卫大清疆域，确保西藏安宁，他决定不畏艰险，二征廓尔喀。
乾隆凭着历次征战的经验，仔细分析战争形势，作出了四个方面的部署。一是委任得力将帅，授一等嘉勇公、两广总督、协办大学士福康安为大将军，二等超勇公、领侍卫内大臣海兰察为参赞大臣；二是挑选精锐将士，此时满洲八旗已是军威不振，绿营兵疲弱怯战，乾隆另辟新径，重用索伦和川西地区的屯练土兵（即藏兵），调索伦达呼尔兵1000、金川等屯练士兵5000、察木多兵2000，并派御前行走护卫的巴图鲁、乾清门侍卫章京额勒登保、永德、珠尔杭阿等100员作为核心，分率14000名官兵征战；三是筹办大量银米器械枪炮，仅五十六年九月至五十七年二月的半年里，就准备了600万两银子，供军需用费；四是确定用兵的方针、目的、重要策略，直取其都城阳布，征服整个廓尔喀，战术是精兵深入，“捣穴擒渠”。随着形势的变化，后来乾隆又修改目标，指示前方乘胜班师。
乾隆五十七年（1792年）闰四月，福康安和海兰察遵照圣旨，率精兵6000人出征。五月初，攻擦木，此地两山夹峙，中间有一个山梁，是唯一的通道。廓尔喀军“据险拒守，拼死抵御”，清军猛攻，歼灭守军200余人，打了第一个胜仗。接着，两兵交战于噶尔辖尔甲山梁，清军斩杀敌兵300余人。再往前，成德与穆克登阿攻克聂拉木，海兰察率兵歼敌1000余人，攻克济咙。五月中旬，清军已尽复失地，敌军退回本境。
济咙西南是崇山峻岭，道路险恶，“高山夹峙，窄径崎岖，较金川尤为险阻”。距济咙80里有热索桥，渡桥之后就是廓尔喀界。廓尔喀军据险死守。福康安、海兰察暗遣头等侍卫哲森保等领兵翻越两座大山，绕至热索桥上游，斫木编筏潜渡，疾驰猛攻守军，福康安乘机统兵搭桥，两路夹攻，廓尔喀军败走。五月十七日清军渡桥，进密里顶大山，沿途“陡崖高磡，乱石丛接”，“路逼仄，不能驻足”，大帅、将领、士卒“皆露宿崖下，实甚劳苦”。五月二十二日，双方激战于协布鲁克玛，清军焚敌垒五座，斩三百余人，破木城石卡，敌军败走。清军将士艰苦行进，奋勇冲杀，先后攻克东觉岭、雅尔赛拉等木城，杀敌4000，深入廓尔喀境内700余里。
七月初，清军进攻甲拉古拉、集木集，离都城阳布仅数十里。双方恶战，福康安因屡胜而“骄满”，疏于指挥，遭到敌军伏击，势甚危急。幸好海兰察隔河接应，御前侍卫额勒登保扼桥力战，鏖战两日一夜，敌军才退。这一战，清军攻下2座大山、4座大木城、11座石卡，斩敌将13员，敌兵600名，清军也“死伤甚众”，护军统领、御前侍卫台斐英阿，二等侍卫英赍等人阵亡。
廓尔喀王叔巴都尔萨野因为清兵猛勇，自己难以继续交战，便连遣使者“乞降”。福康安也因为甲拉古拉一战损失重大，同意议和。乾隆担心福康安重蹈当年将军明瑞深入敌国粮尽援绝败死荒郊的覆辙，一再谕令福康安答应议和。双方达成协议，清军撤回西藏。
乾隆五十八年（1793年）正月，乾隆册封拉纳特巴都尔为廓尔喀国王，五年一贡，从此双方关系密切，友好往来。
为了保证西藏的安定，乾隆改变了噶布伦专权、驻藏大臣虚有其名的制度，让驻藏大臣掌握藏区军政大权，中央加强对西藏的控制。
乾隆五十六年（1791年）十二月二十六日，乾隆痛斥噶布伦专权横行，祸害藏地，剥夺其权。不久，他又下谕，将戴绷、第巴等官员的任用权收归朝廷。乾隆五十七年（1792年）八月二十六日，乾隆又下谕，建立金奔巴瓶制，规定达赖等大喇嘛的化身呼毕勒罕，由驻藏大臣会同达赖，“对众拈定”，上奏朝廷。
乾隆五十八年（1793年），朝廷颁布了《钦定西藏善后章程》，共29条，明确规定了中央政府拥有管辖藏区政治、军事、经济（租赋、银钱）、外交、外贸等各个方面的最高权力。政治事务上，《钦定西藏善后章程》规定，驻藏大臣在处理藏内事务方面与达赖、班禅的地位平等，拥有监督管理和任免西藏各级官员的极其广泛的权力；在宗教事务上，对以往达赖、班禅和各地活佛圆寂后，由巫师作法指定这一弊端百出的“呼毕勒罕制度”加以改革，改成在驻藏大臣的监视下，以金瓶（金奔巴）掣签的办法，并还规定呼毕勒罕的“坐床”典礼，必须在驻藏大臣的主持下进行；在军事上，为了加强西南地区的边防，《章程》规定建立西藏地方常备军，额数三千，分驻于各重要地区，由驻藏大臣统辖；在外交事务上，规定由驻藏大臣主持对外交涉，禁止噶隆以下的地方官员和外国私下联系。所有这些，都进一步加强了清朝中央政府对西藏地区的管辖，同时也限制了地方割据势力的发展，有助于西南边防的巩固和西藏地区政局的安定。
《钦定西藏章程》是西藏历史上重要的文献，标志着清朝对西藏进行全面有效的管辖。《圣武记》盛赞乾隆治藏之功说：“自唐以来，未有以郡县治卫藏如今日者，”“盖至金奔巴瓶之颁，而大圣人神道设教变通宜民者，如山如海，高深莫测矣。”
至此，乾隆完成了守疆护土的十大战功。经过乾隆对边疆地区的经营，到18世纪后半叶，中国形成了历史上空前统一的局面。乾隆时的中国疆域，东起大海，西达葱岭，南极曾母暗沙，北跨外兴安岭，西北到巴尔喀什湖，东北到库页岛。
为了维护国家的统一，乾隆坚持“修其教而不易其俗，齐其政而不易其宜”的原则，对少数民族的宗教信仰和生活方式表示尊重，对其上层贵族则授以爵位和与之联姻，多方笼络。这些政策收到了极大的成功，乾隆在位六十余年，各少数民族地区基本上保持了长期安定的局面，所有这些，都有利于全国各地（包括边疆地区在内的）经济文化的发展，并推动清朝迅速走向全盛。