在蒙古国的开国功臣中，木华黎被成吉思汗称为“车之有辕，身之有臂”一样关系密切的股肱之臣，他与博尔术、赤老温、博尔忽一起号称“四杰”，是蒙古国的杰出统帅和谋臣，是能够对成吉思汗形成重大影响的少数几个人物之一。在蒙古国走出草原，发展到中原地区建立元王朝的历史进程中，木华黎经略中原是重要的一步。
蒙古大军一路南下，攻克金朝首都中都之后，成吉思汗意识到金朝已不再是心腹大患了，便把主要精力转移到西方，全力对付花剌子模。成吉思汗踏上征西路之前，必须要寻找一个主持金国战争的全局统帅，继续维护蒙古对金国作战中的优势，维护在中原的统治地位，木华黎的胆识才华和征战经历使他成为无可争议的人选。于是，成吉思汗在出发前，将中原的广大战场交给了他忠诚的大将--大名鼎鼎的木华黎主持。1217年八月，成吉思汗正式册封木华黎为国王、太师、都行省承制行事，赐黄金印、誓券。成吉思汗对木华黎信任有加，将金印刻上“子孙传国，世世不绝”八个大字，以示要将木华黎的封爵世世代代传承下去。临行前，成吉思汗庄重地对木华黎说：“太行之北，朕自经营；太行以南，卿其勉之。”将对金作战的全部大权，委托于木华黎一人。
木华黎是成吉思汗的股肱战将之一，早在成吉思汗打败主儿勤的时候，成吉思汗就与他结下了不解之缘。
主儿勤是合不勒汗的七个儿子中的长子斡勤巴儿合黑的后代，因为是长子，所以合不勒汗从自己的属民中挑选出“手能挽弓的、胸有胆识的、器宇轩昂的、气贯长虹的”百姓给了他。如今，主儿勤的有胆有勇的百姓都归属了成吉思汗，成为他的“梯己百姓”。在这些人当中，就有后来威名远扬的木华黎。
木华黎所属的札剌亦儿氏族，早在海都（成吉思汗六世祖）时代就被征服，成为蒙古部的世袭部落奴隶。长期以来，他们为主人服役，有的人逐渐家资富饶，成了“伯颜”（富翁）。木华黎的祖父帖列格秃就是这样一个人，主儿勤被消灭后，他带着三个儿子古温兀阿、赤剌温孩亦赤、者卜客，古温兀阿带着他的两个儿子木华黎、不合，赤剌温孩亦赤带着他的两个儿子统格、合失，来到成吉思汗这里。古温兀阿对成吉思汗说：“我让这两个儿子，给你固守黄金的大门，如果离开了你的黄金大门，便断送他们的性命；给你谨守宽广的大门，如果离开了你的宽广大门，便挖出他们的心！”
从那以后，木华黎就跟随成吉思汗征战疆场。他跟随成吉思汗浴血奋战，从蒙古草原直到中原战场，或是辅佐大汗，运筹帷幄，或独率一军，独当一面，都能够谋则有功，战则必胜。他的位置与作用，已成为成吉思汗的副帅和助手，犹如左膀右臂一般，不可缺失。等到成吉思汗委以重任的时候，木华黎的威名也在蒙古草原上如雷贯耳了。
自古以来，蒙古政权只封同姓兄弟子侄为王，异姓功臣只封为千户或万户，绝对不能被封为宗王爵位。木华黎被破格封为国王，不仅表明成吉思汗对他的信任，而且表明他所担负使命的重要性。成吉思汗用人智谋超群，他任命木华黎为中原之王，就是要利用木华黎具有杰出的政治军事才能，完成统一中原的大任。
蒙古所谓的“国王”封号，不同于一般意义上的一国之主，只是爵位，并没有国土。成吉思汗刚刚起步的时候，曾派木华黎到全国边境地区，并没有名号。当时，女真诸部为了表示对木华黎的尊敬，称他为“国王”。成吉思汗听说这件事后非常高兴，他不但没有像中原帝王一样怀疑木华黎有反叛之心，而是认为这个称号是个幸福征兆。成吉思汗顺水推舟，封木华黎为“国王”，又在前面加“太师”称号，把对金国战争的大权全部授予木华黎，凡攻金战争中的一切事宜，不需请示报告，皆可自行由太师决策处理。为了体现出木华黎有充分的指挥、生杀大权，加重他的权威，成吉思汗还特地制九尾白旄纛大旗赐给他，并告诉诸将：“凭此面大旗，如朕亲临，军中所有将士，一律听令，如有违拗，可以先斩后奏。”这样的安排可以看出成吉思汗对木华黎的倚重，如同中原帝王授予大臣尚方宝剑一样，赐下了生杀予夺的大权。正因为如此，金朝人把木华黎称之为“权皇帝”，“权”是“代理”的意思，成吉思汗不在，木华黎就成了代理皇帝。
成吉思汗封木华黎为国王时，共拨给他军队约10万余人，把燕京、西京（今山西大同）及其以北的地方交给他统治。但是，蒙古军的主力却被成吉思汗带走了，木华黎分得的蒙古精锐骑兵仅有15000人，军队的大部分是由契丹人、女真人和汉人组成，作战能力远远低于蒙古骑兵。因此，木华黎的政治地位虽然如此崇高，成吉思汗留给他统率的南征军，却不是他原来统率的左路军，也不是蒙古军队的精锐，而是一支名副其实的偏师。
经过精心安排，木华黎根据战事需要，从蒙古骑兵中抽出一部分人马，加上弘吉剌、札剌儿等其他蒙古部落的军队，组建了探马赤军，充当征金的前锋。“探马”的意思，在汉语中是指挥军队中的侦察特务人员，而在蒙古语中，“赤”的意思是指“人”，“探马赤军”指的是打先锋的军队，它是以汪古、弘吉剌、札剌儿等五部蒙古军队为核心，由笑匿歹、阔阔不花、孛罗、怯烈台等几名将领指挥的一支杂牌人马。当时，金国虽然受到了沉重打击，但是仍有大军几十万人。从数量上看，蒙军仍处于绝对劣势，木华黎要打败金军需要付出极大努力；从质量来看，金军供应充足，久经沙场，而蒙军却似“乌合之众”。成吉思汗给木华黎戴上了高帽子，是有良苦用心的，他就是要木华黎用这一支偏师，去消灭劲敌。
木华黎要依靠这样一支军队，去完成成吉思汗交给他的任务：召集豪杰，勘定未下城邑。成吉思汗不仅将征服地的百姓托付给他，让他保护他们，而且嘱托他尽可能地将尚未归服的人民征服。为了迅速征服中原，稳定中原，木华黎于是逐步放弃改变屠杀抄掠和占而复撤的做法，力图长期占领和统治中原地区。为此，他大力收附汉族地主武装势力，并注意招民耕种，恢复农业生产，收服人心。
蒙古在刚开始伐金的时候，铁骑所到之处，杀掠十分严重，撤军时，金帛、子女、牛羊马畜，统统席卷一空，“屋庐焚毁，城郭丘墟”。败逃的金兵也大肆抢掠，残害百姓。兵荒马乱之际，盗贼蜂起，不断骚扰地方。在初期对蒙古作战失利以后，金国为了避开蒙古军队的锋芒，于1214年迁都南京（今河南开封）。此后，黄河以北的原金国统治区，金国不能有效控制，地方政权瘫痪，而蒙古军队也未牢固占据这些地方。这样，黄河以北的广大地区处于“荡然无统”的局面之下。在混乱之际，留守的金朝将领或地方民众纷纷组织武装自保，地方豪强成为各占一方的武装割据势力。木华黎原来在长城以北就从事收降安抚工作，收附了一批契丹、女真、汉人的地方武装首领。现在他再次挥师南下，就更加注意各地的地主武装势力。由于战场广阔，战线过长，而手中军队又有限，木华黎深知他手中的10万军队只能驻在战略要地和用于大的战役行动，不能分散到几千里的广袤战线上去。为了建立长久的统治，收揽大量的治理人才，木华黎采取了成吉思汗“招集豪杰，勘定未下城邑”的建议，凡是归降的汉族地主武装首领，一概让他们依旧管辖原有的地盘；金朝官将则维持原职，或者授以更高职位；对于平民百姓，则按照势力大小授以新职。在蒙强金弱的形势下，越来越多的汉人地主武装首领归向木华黎。
蒙古军队向来嗜杀成性，木华黎挥师南下了，虽然难免还有杀掠，但渐渐也有了许多变化。投降蒙古的汉族大将史天倪进言：“中原一带地方大致攻下，但我军仍奉行抄掠劫杀政策，这不符合‘王者吊民伐罪’的古训。国王要平定中原，恐这种政策难为天下人接受，不利于我军从事。”木华黎认为史天倪说得有道理，于是听从了他的意见，下令禁止掳掠，“敢有剽虏者，以军法从事”，并将掳获的老人幼童等都遣返乡里，以示蒙古军队爱民。1218年，蒙古军队攻下太原，木华黎派遣大将镇守，并令这些将领修葺城市，“不嗜戕杀，恣民耕稼”，让市肆照常进行。从此，他的麾下建立了禁止剽掠的新纪律，“军中肃然，吏民大悦”，蒙古迅速在中原地区站稳了脚跟。
变掳掠战争为入主战争，表现出了木华黎杰出的政治才能，也展示出了成吉思汗在用人上的慧眼独具。木华黎的智慧在于他从实际出发，根据战事发展的具体需要，因地制宜、有针对性地制定政治方略，而不是一味地遵守传统的策略。这一政治意图的变化，成吉思汗本人也未能料到。他最初率军侵入中原，只是为了进行经济掠夺，不准备进行长期统治。但木华黎将统治中原作为奋斗目标，说明他具有高出常人的政治胆识和首创精神，也显示了他罕见的气魄与胸怀。收买人心胜于战胜百万雄师，金朝为此深感恐慌。
木华黎的稳扎稳打，步步紧逼，使金国无力以对，只得节节退让，龟缩退守到黄河南岸。金国皇帝依靠山河之险，北沿黄河两千余里，集中兵力于潼关附近，将主力分为四部分。四路守军遥相呼应，凭借地理位置的优势，能进能守，于是形成了蒙金隔黄河对峙的局面。
木华黎一面同金军对峙，一面寻求新的出路。1220年秋，木华黎一面留下大军严防潼关金军，一面亲率少量精锐军队进入山东。蒙军奉行招降政策，刚一进入，金国的山东守将严实就背叛金朝投降于蒙古军，把他所统领的彰德、恩博等州全部献给了木华黎。严实的投降，使蒙古不战而取得大片领土，攻略金国的力量由此大大加强，此外，严实的投降还瓦解了金国的军心，木华黎为了进一步瓦解敌军，拜严实为光禄大夫，行尚书事，吸引金国将领投降蒙古。此后不久，木华黎在黄陵岗歼灭金军10万余人，声威大震，不少金将和地主武装见蒙古强大，又善待投降之人，纷纷投靠蒙古。
为了同木华黎抗衡，金国也加强了对地主武装的招纳政策，这加速了北方地主阶级的分化，造成了中原地区数十年的纷争。由于蒙军大力支援各地降蒙武装，在关键时候，木华黎又亲率大军支援，使得降蒙武装能守能攻，进退无忧，很自然地就把蒙军作为强大靠山。而且，木华黎十分尊重地主武装，采用汉人的传统政策，任用一些汉族知识分子从事恢复经济和社会工作，从而稳定了被占地区，使这些地域内的政治、经济得到了一定程度的发展。相反，降附的金国地主武装既没有金军主力的支援，又缺乏金廷的调度和节制，基本上是孤军奋战，无法实现彼此间的通力合作，且内部矛盾重重，摩擦不断，金国逐渐在这场斗争中处于了下风。
在木华黎的进攻下，金的州县地方政权普遍瓦解。1218年，平阳失守后，金在黄河以北不再设置统一的军政机构。金廷听说木华黎以太原为中心，“为久驻之基”，便采取向地方将领和豪强地主授予高衔的措施，支持他们各保一方、“统众守土”、恢复失地。为了扭转战局，金国行动迅速，在一个月之间封九个地方地主为“公”，且都兼任地方宣抚使。为了使这些豪强地主能够忠于朝廷，金国赐给他们“宣力忠臣”的称号，并明确表示除已划定所管州县外，如果能收复邻近州县，也归他们管属，鼓励他们进攻蒙军。但是，金国册封的这些“公”实力有限，彼此又互相不统摄，在同蒙古方面周旋一阵以后，不是被蒙军执杀，就是向蒙军投降。在这些人中，金国最为器重的是实力最强的武仙，并让他镇守重镇真定。蒙军集中力量争夺真定，双方经过反复争夺，武仙依据蒙金双方的实力变化而骑墙不定，他先投降蒙古，又投降金国，最后在蒙古军队讨伐下，不得不逃奔汴京，放弃守地。
远在西征前线的成吉思汗时时关注着中原战局的发展，并派信使和木华黎随时保持着联系。成吉思汗对木华黎所取得的巨大战绩，深表赞赏和认同，木华黎派遣使者向成吉思汗报捷，木华黎唯恐自己的势力增大，成吉思汗会有疑心，特别嘱咐使者询问：“木华黎请求停止进军，是不是等大汗回国再歼灭敌军？”成吉思汗斩钉截铁地降旨，让木华黎没有攻下其他城堡时就别下马。使者回去后，木华黎向使者问道：“当你到大汗处报告我的话时，他做什么？”使者说：“他命令将军继续进军，并掰了掰手指。”木华黎问道：“他还说了些什么？”使者说：“他掰手指时，在数他的大将，他把您和博尔忽、博尔术、忽必来、哈剌察儿、赤老温、哲别、者台、巴歹还有乞失里黑等10人比做他的手指，成吉思汗说‘他们是朕的助手，是朕的能干的、尽心竭力的奴仆，是朕的快马，朕的神箭手，朕的拴到马鞍上的猎狗’。”木华黎听后知道成吉思汗对自己十分信任，深感大汗的知遇之恩，立刻大声地说：“我会誓死忠于他！”
在木华黎的接连打击下，金国难以立足，被迫求和。金国害怕木华黎，于是派使者怀揣国书到西征前线，绕过木华黎直接去向成吉思汗求和。成吉思汗问金使：“我的太师可知道了这件事？”金国使臣不敢欺骗，如实回答，成吉思汗大怒道：“我率军西征，中原事宜完全由太师处理，你们快去问太师去吧。”木华黎知道成吉思汗的愿望是灭亡金国，现在对金作战已取得巨大军事成果，于是拒绝了金朝的求和要求。过了一年，金朝皇帝又派使者远赴西域求和，成吉思汗说：“念汝远来，须割地与我太师，令汝王为河南王，归于太师节制，如何？”这一条件十分苛刻，完全是侮辱金国，抬高木华黎，金国最终拒绝。
1222年冬季，趁着天寒地冻，黄河水面结冰，木华黎率领大军渡过黄河，进入陕西，接连攻克同州、蒲城，然后直抵京兆府城下。京兆府就是今天的西安，古称长安，宋称京兆，位于渭河平原中部，为历史悠久的古城。金朝守将完颜合答坚壁清野，在城周围50里之内不留一人一畜，并在主干道上遍设障碍物，阻扰蒙古骑兵行动。京兆府历经数百年历史，城墙高大坚固，城上防守严密，完颜合答紧闭城门，死守不出，蒙古军队几次强攻不能得手。此时正当严寒酷冻，蒙古大军驻扎在荒原野地上，马少草料，人缺食品。木华黎攻城不下，心急如焚，便领着众将，到周围山坡上侦察地形，不想赶上风暴，大雪堵塞道路，马匹冻伤，历经数天才赶回军营。
此后木华黎竟发起烧来。起初木华黎自恃身体强健，不以为意，没想到接连数周病情竟不断加重。主将生病，军心必定动摇，木华黎命令将士严格封锁消息，悄悄撤军。第二年初春，木华黎率军渡过黄河东返，至山西闻喜县，病重而亡。
木华黎打下了灭亡金国的基础，为蒙古入主中原立下了汗马功劳。自他开始执行的拉拢汉族地主、恢复发展生产的政策，为后继者所承袭，开创了蒙古统治者进入中原后采用“汉法”的先例。成吉思汗知人善任，任用木华黎这样的杰出将领，以权皇帝之名，行皇帝之实，历史上极为罕见，彰显一代天骄的博大胸怀。
木华黎临死前，派人向成吉思汗禀报消息，请他赶快安排人选，征服中原大业不可一日无主将。他还向成吉思汗请罪说：“我追随大汗征战四十年，没有什么遗恨，只恨汴京至今还没有攻下！”木华黎死后，成吉思汗极为伤心，他命令木华黎的儿子孛鲁袭为国王，继承他的未竟事业，继续攻金。