通过一系列的战争和改革，铁木真的部队战斗力越来越强，他的直系部队已不是传统的部落集团了，而是初具雏形的国家组织。对于其他的贵族，他暂时还无力加以过多的限制，但是随着形势发展，他正用新型的国家机器去开拓绿色领土。这时，一些原来的氏族首领见权力受到削弱，对铁木真开始不满起来，其中主儿勤部首领撒察儿别乞、泰出最为突出，他们也在寻找机会，开始破坏活动。
在十三翼战争中，札木合纠集13个部落，发动了十三翼之战，铁木真也针锋相对，组织了十三翼进行抵抗。但撒察儿别乞、泰出两人率领主儿勤部临阵撤出，破坏了整个作战计划，使铁木真面临更为严峻的局面，最后不得不撤退，以保存实力。主儿勤部不服从大汗的命令，违背了当初拥立大汗时的誓言，按理应当受到惩处。但此时铁木真新败，最重要的是收服人心，所以将他们暂且放到一边。为了更大的事业，铁木真不得不隐忍下来。可是过了不久，又发生了新的冲突，使双方的矛盾更加激化。
十三翼之战后，由于札木合和泰赤乌人的横暴，许多原属于他们的人马前来投奔铁木真，大大加强了铁木真的力量。铁木真非常高兴，便和母亲、弟弟以及主儿勤的撒察儿别乞、泰出等人在斡难河边的树林里设宴庆贺。司厨失乞兀儿在诃额仑夫人、撒察儿别乞、撒察儿别乞的母亲忽儿真前面放了一只合用的盛马奶酒的木碗，而在撒察儿别乞的次母（父妾）额别该面前放了一只让她一个人用的木碗。忽儿真看到比自己地位低的额别该受到优待，顿时愤怒起来。她怀疑这是铁木真的主意，但不便直接向铁木真发作，便斥骂司厨失乞兀儿说：“今天为什么不尊重我，却偏向额别该呢！”她下令鞭打了失乞兀儿。失乞兀儿被打，大声哭喊道：“也速该把阿秃儿死去了，所以我才这样被人责打！”铁木真和诃额仑夫人因为主儿勤是乞颜氏族的长支，对此什么话也没说，忍耐下来。
紧接着，铁木真与主儿勤部之间又发生了另一场冲突。这次宴会时，铁木真的弟弟别勒古台掌管铁木真的系马桩，不里孛阔掌管撒察儿别乞的系马桩。合答斤氏的一个人偷窃了铁木真这边的马缰绳，被别勒古台捉住。那人是不里孛阔的部下，因此不里孛阔袒护他。为此互相争吵起来。别勒古台平素就惯于争强斗狠，便把右衣袖脱下，露出右肩膀，准备搏斗。不里孛阔则抽出刀来，一下子砍伤了别勒古台的肩膀。
别勒古台不愿为自己的事影响大家，所以虽然受了伤，还是满不在乎的样子，没有继续争斗下去。铁木真看到他肩上流血，问道：“被谁砍成这个样子？”别勒古台回答说：“我的伤不重，不要紧。不要急于报复，为我而闹得彼此失和，这可不好。”
司厨失乞兀儿被主儿勤人责打，别勒古台又被主儿勤人砍伤，铁木真终于无法忍受，他不理睬别勒古台的劝告，挥令部下折取树枝，又抽出捣马奶的木杵，与主儿勤人厮打在一起。铁木真占了上风，打败了主儿勤人，还把撒察儿别乞的母亲忽儿真和撒察儿别乞的另一庶母火里真扣押起来。
主儿勤部的首领撒察儿别乞和他弟弟泰出只好求和。铁木真也还需要主儿勤的支持，不想与之完全破裂，于是放还了两位夫人。撒察儿别乞等虽然一再向铁木真认错道歉，暗中却怀恨在心。宴会过后，他们就将铁木真如何骄傲，如何盛气凌人，如何不讲道理，胡作非为，实非帝王之相等，到处宣扬，以报复铁木真。
各部落的人都知道铁木真早年曾经射死自己的异母兄弟别克帖儿，现在表现得志骄气盛，看来也是一个胸无大志之人。而且主儿勤部也是合不勒汗长子的后人，铁木真的孛儿只斤族，是合不勒汗的次子之后，于是大家认为，两个兄弟的部落，都不能和睦相处，又怎能与其他各部落和睦相处呢？所以大家逐渐认为，以前所传说的铁木真才德如何，都不是真实的。因而许多久想前来投奔的部落，都中途改变主意，而希望札木合能够改过向善，他们再去拥护札木合为汗。
铁木真了解到事情真相之后，知道是由于自己的骄傲行为所导致。就和别勒古台、博尔术、者勒蔑、忽必来、速不台等人商议。有的人主张立即攻打主儿勤部，以除去祸根。别勒古台则不同意，他说：“我们正准备干大事，怎能对小事不加忍耐，而挑起宗族之间的仇恨？应该是自行修德，以感化主儿勤部，使之能够回到身边来。”铁木真认为有道理，就听从了别勒古台的建议，暂时搁置，试图通过各种方式，将主儿勤部拉回来。
随着战争的进行，铁木真的实力也越来越强大，逐渐具备了与主儿勤抗衡的能力。铁木真像成熟的雄鹰能展翅飞翔了，他需要把部落内部的关系平定下来，以解决外出征战时的后顾之忧。
当铁木真围攻塔塔儿部最后的一个围寨之时，看到此寨虽然死守，但肯定会攻破，不需全部部队都在此硬攻，而塔塔儿部其他的溃兵，也有王汗前去追赶。于是，他把目光投向了下一个打击目标。铁木真判断，主儿勤部一定会趁此机会举兵反叛。于是尽量抽调主力，连夜沿奎屯河南岸西行，各军呈分进合击之势，以期一举歼灭主儿勤部。
主儿勤部首领撒察儿别乞与他弟弟泰出还不知铁木真已设下陷阱，在听说铁木真正率军攻打塔塔儿部的围寨之时，以为有机可乘，就出动全部的兵马，连夜奔袭，突袭铁木真的老营。可是，攻破这座营寨之后，才发现那只不过是一座空寨，所留老弱只有60人，撒察儿别乞一气之下，杀死其中的10个人，而把剩下的50人全部剥光衣服，让他们报告铁木真。万万没有料到，这50人还没有出营寨，铁木真的部队就已从四面八方攻进寨来。
主儿勤部的人根本没有料到会有这种情况，以为铁木真的人马是从天而降，一时都吓得目瞪口呆，哪里还有斗志还手搏杀？结果全部被铁木真俘虏，只有首领撒察儿别乞和他弟弟泰出，慌乱中各夺得一马，死命冲出寨外，向北逃去。铁木真见他二人逃出，派出精兵快马，循着他们的足迹紧追不舍，终于把他们生擒活捉，押回营寨。
铁木真派人把撒察儿别乞、泰出押到自己面前，历数他们的罪过说：“以前在斡难河林边宴席上，你的人将厨师打了，又将别勒古台肩部砍伤，我看在兄弟份上，都不深究，只求和平相处。可你们却一直不肯与我和好，这次为祖宗报仇，你们都是蒙古祖先的子孙，正该出力，可你们却忘掉祖仇，等了几天也不来。不去报仇也罢，你们倒靠着仇家，帮助仇家，来把本家当做仇人。当日你们推选我为汗时，都是怎么说的？现在应该实践你们自己当初的誓言吧！”撒察儿别乞和泰出二人无地自容，只好引颈受戮。铁木真下令处死了他们，把他们的部众分给了诸位将领。
铁木真并没有忘记在斡难河边的宴会上别勒古台被砍伤这件事。行凶的不里孛阔是合不勒汗第三子忽秃黑秃蒙古儿的儿子，在辈分上是铁木真的堂叔，在铁木真与主儿勤部的斗争中，他是主儿勤的得力帮手。据说不里孛阔有“一国不及之力”，所以得到“孛阔”的名字，“孛阔”的意思就是“力士”。铁木真在处死撤察儿别乞和泰出之后，开始寻找机会铲除他们的这个帮凶。
不里孛阔是蒙古部中的角斗高手。有一天，铁木真安排了摔跤比赛，他点名让别勒古台和不里孛阔二人进行角力。不里孛阔力气大，技术娴熟，只用一只手就把别勒古台捉住了，然后用一只脚把他绊倒，压住他使他动弹不得。但是不里孛阔畏惧铁木真在场，不敢使出全身力气相搏，所以他尽管已经取胜，却假装摔倒在地。别勒古台趁机翻身骑到不里孛阔的身上，压住他的肩膀，并抬头目视铁木真。铁木真正期待着这个场面，他面向别勒古台咬住自己的下唇。这是一个预定的暗号，意思是“可以下手了”。别勒古台会意，于是用膝盖顶住不里孛阔的脊背，双手扼住他的喉咙，用力折断了他的脊梁骨。不里孛阔被折断脊梁骨，仍不服输，说：“我其实并未失败，只因为畏惧铁木真，故意跌倒，所以送了自己的性命。”说罢死去。别勒古台把不里孛阔的尸体拖出去，抛在野外。
1200年春，铁木真和王汗在萨里川相会，经过一番秘密商议，决定共同出兵攻打泰赤乌部。泰赤乌部是铁木真的死敌，他们曾多次和铁木真作对。这一次，他们又和蔑儿乞部联合起来，来对抗铁木真和王汗的进攻。蔑儿乞部首领脱脱别乞派他的儿子忽都等人率领军队前来援助泰赤乌部。
铁木真和王汗的联军连连告捷，把泰赤乌部的阿兀出把阿秃儿一直追到斡难河边。阿兀出把阿秃儿重新组织力量作困兽之斗，双方在斡难河边进行了一场异常惨烈的大战，战事一直持续到夜幕降临。
战斗进行得异常惨烈。混战中，敌军的一名勇士趁乱一箭射中铁木真的脖颈，箭头射入很深，扎在了一根大血管上，铁木真血流如注，一下子昏迷了过去。铁木真从站马上摔落下来，他的忠实部将下者勒蔑立刻飞奔到他身边，用战马将他带到安全地带，拔出箭头，用口吮吸干伤口的淤血，用衣服包裹好伤口，守候在铁木真身边。一直守护到半夜铁木真才苏醒过来，他气息微弱，喃喃道：“我的血要干涸了，我渴……”为了救回主人的生命，者勒蔑决定冒险。他把靴、帽和衣服统统脱下，只穿着短裤潜入敌营，希望找到马奶来给铁木真喝。战乱之中谁还会顾得上挤马奶呢！者勒蔑找了半天却怎么也找不到。者勒蔑没有放弃，更加细心地仔细搜寻，也许上天被他的忠贞之心打动了，者勒蔑意外地在一辆车上发现一桶酸奶，他大喜过望，偷偷地带了回来。者勒蔑的整个偷奶过程中，敌人都在熟睡，对他的行动浑然不知。
者勒蔑拿回酸奶后，找来水将酸奶调好，小心翼翼地盛给铁木真喝。铁木真连饮了三口，气息稍定，说：“我的心里敞亮多了。”于是坐了起来。这时东方已经初现曙光，铁木真视力已经清晰了，看到自己身边的一大摊血水，有点不大舒服，责问道：“怎么回事？为什么不吐远一点！”对于铁木真没有感激之意的责问，者勒蔑回答说：“您在昏迷之中，我不敢远离，只好将吸出的淤血吐在身边，我肚子里也咽下去不少。”铁木真又问：“你这次冒险去为我偷奶，如果被敌人捉住，岂不是要将我供出吗？”者勒蔑坚定地说：“我为了不被敌人发现丝毫破绽，就故意赤身前往。倘若被捉，就说我本打算投降，被发现后剥去了衣服，我挣脱绑索逃出。敌人见到我的样子，必然会相信我的话。我可以借机寻得一匹马逃回来。大王，我是这样考虑的，所以在您安睡的时候私自跑出去了。”
铁木真被者勒蔑的忠诚之举深深地打动了，他说：“我还能说什么呢？以前我被蔑儿乞人追迫，他们围绕不儿罕山搜查了三遍，那时你就曾救过我的性命。现在你又用口吮吸我的淤血，救了我的性命。我口干缺水，你又舍命到敌营去寻来酸奶，再次挽救我的性命。你这三次大恩，我铁木真永世不忘！”
泰赤乌人并不知道铁木真已经受伤，在夜晚的时候，他们就有一部分士兵偷偷逃离了战场。天大亮以后，泰赤乌人已经完全丧失了决战的勇气，趁着黎明的夜色溃逃去了。泰赤乌的属民被抛弃在营地里，这些属民都被铁木真收服。
王汗掳掠了许多牲畜、财物后，见好就收，就带着自己的军队回去了。而铁木真关心的则不是财物和人口，而是要一鼓作气，彻底消灭这一支死敌，为自己进一步统一草原，争夺最高的统治权扫清障碍。铁木真没有顾及自己的病体，带兵乘胜追击，歼灭了泰赤乌军队的残余，一直追到月良兀秃剌思一带，在那里擒杀了忽都答儿等泰赤乌氏首领。其他一些侥幸逃过的泰赤乌氏贵族纷纷逃到别的部落，阿兀出把阿秃儿和豁敦斡儿长等逃到了巴儿忽真一带，忽里勒则投靠了乃蛮部，泰赤乌部已经基本上瓦解了。经过这次大战，铁木真的一个主要劲敌泰赤乌部覆灭了。
打败了北方的泰赤乌部后，铁木真并没有就此罢手。紧接着，他把目光投向了原属于蒙古的合答斤、散只兀等部落。这两个部落分布在呼伦湖东面，他们的始祖是蒙古部始祖阿阑豁阿所生三个儿子中的不忽合塔吉（合答斤氏）、不合秃撒勒只（散只兀氏）。这两个部落人多势众，勇敢善战，拥有较强的力量，甚至连金国也不放在眼里，连年侵扰金国的西北部边境。弘吉剌等部的驻地在呼伦湖周围和其以北地区，也经常侵扰金国西北部的边境。
1195年，金朝派遣左丞相夹谷清臣统率大军向这三支部落发动猛烈攻击，又在1198年派遣完颜襄、宗浩等率领大军前来征讨，斩首l000多人，俘获了大量人口、牲畜和财产，大大削弱了他们的力量。不过此时金国的势力已经日渐衰微，所以在得胜之后却无力继续守卫边境，反而向内迁移了这一带的界壕边堡。两虎相争，两败俱伤，给铁木真提供了难得的可乘之机。
在此之前，铁木真刚刚被推选为大汗的时候，他曾派遣使者来到合答斤、散只兀两部，对其首领表示，既然同属于蒙古部落，就应当联合起来，共同对付敌人，希望和他们结成联盟，友好共处。这个时期，蒙古人还没有文字，只能口头传达意思，长期以来形成了采用巧妙的押韵的隐喻语言的习惯。使者就采用这种语言传达了铁木真的意思。合答斤和散只兀的首领们却没有听懂。这时有一个伶俐的小伙子却猜到了这些话的意思，便对他们说：“这些话的意思很明白。铁木真告诉我们说，和他们不是一家子的蒙古部落，如今都成了他们的朋友，彼此结了盟。我们和铁木真是一家子，就更应当结盟做朋友，快快活活过日子。”
这个时候，铁木真的势力还很微弱，而两个部落却以骁勇善战而纵横草原，部落首领根本没有把初出茅庐的铁木真放在眼里，不但没有同意，反而辱骂使者，把锅里正煮着的羊血、羊内脏泼在使者脸上，使者受辱而归。对铁木真来说，这是极大的侮辱。但为了集中精力对付其他更强大的敌人，铁木真还是忍了下来。
此后，合答斤、散只兀部又多次和泰赤乌部联合，同铁木真为敌。这样，这两个部落就成为铁木真争霸夺权路上的绊脚石。
几年之间，铁木真借助王汗的力量，充分发挥他足智多谋的长处，迅速崛起，合答斤和散只兀这两个部落的首领也越来越不安，感到铁木真就要对自己下手了。
铁木真和王汗击败泰赤乌部落之后，合答斤和散只兀人更加紧张，他们知道灾难迟早要来临了。为了避免受制于人，他们计划先下手为强，突然袭击。他们联合了朵鲁班、塔塔儿、弘吉剌等部，在海拉尔河下游北面的阿雷泉举行盟誓。
他们一起举剑砍杀牛马，订立了蒙古人中间最重的誓约，说：“天地之主请听吧，我们立下了什么样的誓约啊！看这些牲畜，如果我们不遵守自己的誓言，破坏誓约，就让我们落得跟这些牲畜同样的下场！”他们发誓共同对抗铁木真、王汗。他们组成五部联军，计划先发制人，出兵攻打铁木真。
铁木真的岳父德薛禅是弘吉剌人，他知道消息后，就连忙暗中派人报告铁木真说：“你的敌人们订立誓约，结成了联盟，齐心协力地朝你们方面出动了。”
铁木真闻讯，立即和王汗商量，进行了周密的部署，会同王汗从斡难河地区的虎图泽出发，向敌人发动反攻。
到了秋天，双方在捕鱼儿海子附近遭遇，展开激战。经过残酷的厮杀，王汗和铁木真的联军击溃了合答斤、散只兀等五部联军，给其以毁灭性的打击，俘虏了很多部众，掠夺了大量牲畜和财宝，铁木真全部交给了王汗。
这年的冬天，王汗率军沿河东行返回。铁木真的军队驻扎在金边墙附近的彻彻儿山。他并没有闲着，而是利用这段时间，独自对付一些势力不是很强大的部落，逐步拓展地盘，壮大实力，清除敌对势力。他发兵攻打塔塔儿部察忽儿斤·帖木儿、蔑儿乞部阿剌兀都儿、泰赤乌部乞儿罕太师的联军，在答兰捏木哥思原野展开大战，最后大获全胜，击溃了塔塔儿等部联军。
经过近20年的征战，铁木真打败了塔塔儿部和泰赤乌部，为父亲和族人报了血海深仇；他对札木合和王汗采取先结盟，然后择时吞并的方法，有张有弛地利用他们的实力；他排除内忧，收服了主儿勤部，让自己的部族成为一个团结的队伍。随着他的不断征战，他的力量日益壮大，成为蒙古草原上的真正霸主。