其实早在袁世凯去世以后，北洋系就逐渐分裂，最早分裂出来的就是直系和皖系。只不过，当时北洋系的共同敌人是盘踞西南的桂系和滇系，有着“对外”的口号在先，北洋系自然可以保持表面上的团结。而成立在广东的“非常国会”，其实派系也非常复杂，主要包括国民党、政学系、桂系、滇系、粤系以及唐绍仪等名流派，但是当北洋系的直皖矛盾日益凸现时，率先分裂的却是西南系。先是孙中山辞去政务总裁，接着就是滇系和桂系因为争夺驻粤滇军的统率权而翻脸，从而引发西南系“非常国会”的七总裁内讧。西南系暂时无暇北顾，北洋系的两大派直系与皖系就不再只是暗里较劲，所有的矛盾都逐渐摆上了明面。
关于安福系提出的条件，靳云鹏在继任正式总理之前是默许的，但是等他正式当上总理，所提交的内阁名单却并未按照安福系的意思来。靳云鹏所提交的名单人选包括内务总长田文烈、外交总长陆徵祥、财政总长周自齐、交通总长曾毓隽、司法总长朱深、教育总长夏寿康、农商总长张志潭、海军总长萨镇冰、陆军总长靳云鹏自兼，在提交国会之前，靳云鹏先将这份名单通过电文通告北方各省以征求意见，曹锟和张作霖率先通电赞同，各省也就通电附和。但安福系却对靳云鹏的这些举动大为光火，尤其是反对以周自齐出任财政总长、以张志潭出任农商总长，而且靳云鹏先通电地方军阀，明显是想以武力来威慑他们。
为了阻止靳云鹏的内阁名单出台，安福系推曾毓隽、李盛铎、刘恩格三人往见靳云鹏。之前讲过，曾毓隽也是“四大金刚”之一，并且在皖系内是与徐树铮齐名的段祺瑞心腹，但和徐树铮的性格不同，曾毓隽为人比较温和，因此在四人中排名末尾。所以靳云鹏对曾毓隽毫不客气，他当着曾毓隽的面态度强硬地表示，国会无权在内阁名单提出之前予以干涉，如果有意见，就在表决的时候否决就是。但说归说，靳云鹏对安福系还是有几分忌惮的，因此他也悄悄想好了对策，即安福国会如不通过周自齐案，就改派周自齐署财政总长，或者靳云鹏自兼财政总长，而以周自齐为币制局督办，使其隐居幕后。就在内阁名单争执期间，因为日本浪人在福州打伤学生，11月17日福州各学校一致罢课、各商店一致罢市，以示抗议。面对全国上下反日情绪高涨的情况，向日借款已经不大现实，靳云鹏于是决定和徐世昌一样改向美国借款。
但事情在24日却发生了让靳云鹏始料未及的变化，就在当日，本在西北戍边的徐树铮由库伦返回北京，因为出兵外蒙古有功，再回北京的徐树铮更为张扬，他对靳云鹏提交的内阁名单非常不满，更对靳云鹏未提交国会前先征求各省督军意见而恼羞成怒。于是，在徐树铮挑动下，段祺瑞训斥靳云鹏，迫使其改动内阁名单，将财政总长改为李思浩。28日，众议院通过了内阁名单，12月3日，参议院亦通过了该名单，但教育总长夏寿康、农商总长张志潭还是被安福国会否决，靳云鹏只好以皖系的田文烈兼农商总长，以傅岳棻代理教育总长，而将周自齐任命为币制局总裁。靳云鹏虽然做了国务总理，但仍兼着边防军训练处处长，手里的部队还是段祺瑞的部队，因而在段祺瑞面前也不敢太造次。
虽然磕磕绊绊，靳云鹏到底算是坐上了正式国务总理的位子，靳云鹏组阁的头一件要紧事，就是促成南北和谈。对于每一个当领导的来说，首要的就是政绩，而对初任总理的靳云鹏来说，最重要的政绩莫过于促成南北和谈，成为民国促成统一的第一人。在北洋系内部，靳云鹏是直系、皖系和奉系之间的纽带，同时他又与吴佩孚有同乡之谊，从而得以利用吴佩孚的关系与西南系取得联系。这里要多说一句的是，靳云鹏虽然在各系之间游走，但他本人仍将自己作为皖系军人看待，他认为段祺瑞并无什么过错，错只是在徐树铮的身上，因此只要除去徐树铮，皖系仍然是北洋系的“盟主”。
靳云鹏专门派吴光新到衡阳拜访吴佩孚，利用吴佩孚向西南系表达和谈愿望，同时策动全国各界名流如严修、朱謇、钱能训、龚心湛、周树模、熊希龄、李盛铎、于右任、唐绍仪、岑春煊、张耀曾、朱启钤、张元奇等举行和平联席会议。但王揖唐此时仍然赖在上海，虽然四处碰壁，但他却宣称“不离沪、不辞职”，靳云鹏也不理会他，只等着王揖唐自己卷铺盖走人。其实王揖唐在上海待得并不舒服，西南系对他压根儿就不感冒，加上上海的抵制日货行动也日益激烈，他真是没有过上几天安稳日子。
吵吵闹闹的1919年走向年尾，可历史似乎还嫌这一年的大事不够多，12月28日，前总统冯国璋在猫儿胡同私邸病逝，段祺瑞闻讯后亲自赶往冯宅吊丧，面对棺材，念及当年小站练兵到“北洋三杰”成名，段祺瑞与冯国璋本是三杰中关系最亲近之人，后来只因致身仕途，才致二人矛盾重重，如今故人已逝，段祺瑞也已鬓角斑白，念及此，段祺瑞扶棺痛哭。虽然也有人认为段祺瑞之哭冯国璋，如卧龙之哭周郎，其实不然，两者完全是不同的境遇，段祺瑞哭的是故友，却也可能不只是故友。
第一次世界大战以后，作为战胜国的中国不仅没有得到应有的尊重，反而在巴黎和会上遭到可耻的失败。虽然国家的国际地位没有一丝一毫的提升，但段祺瑞个人的影响力却借此得到提升，他本来就有“三造共和”的功勋，加上力主参战，更是自觉已然成为历史功臣，于是列出一份功勋人员名单，请北京政府予以表彰。1920年元旦，北京政府大肆颂扬段祺瑞的功劳，并对“参战勋绩尤著者”授勋。
其实，被授勋的人中除了段祺瑞和梁启超，大部分都是反对参战的。当初就对德绝交和对德参战问题表决时，北洋系所有的军人几乎都竭力反对，即便是皖系军人也不看好。因为当时中国人的脑海里，德国陆军天下第一，哪里敢去触这个霉头，而段祺瑞这么做，也如赌徒押注，不过是日本的借款搞得他眼馋心痒，才贸然把宝押在了协约国身上。当时各地反日声音正猛，亲日的段祺瑞日思夜想如何扭转自己的形象，此时重提一战的旧事，希图重塑自己及皖系的形象，亦是在为再次走到台前铺路。
但此时全国各地反日情绪之高涨，远非这个徒有其表的授勋能够缓解的。因为山东反日声势最高，北京政府遂撤掉在山东颇受非议的马良，改由皖系将领田中玉出任督军。1月3日，学联提出撤换警察厅长金荣桂、教育厅长袁立意，同时要求政府抚恤伤者，田中玉不欲事态扩大，接受了学界的要求。5日，北京各校教职员则到教育部向部长傅岳棻“献旗”，上书“寡廉鲜耻，恋栈不去”，要求撤换这位皖系的教育部长。9日，国务总理靳云鹏亲自接见教职员代表，表示会在短期内撤换傅岳棻，学潮才算在12日逐渐平息。
北京的学潮渐退，南方却又风云突变，17日，曹锟将一封电报转给北京政府，电报是吴佩孚发来的，在电报上吴佩孚称直军在湖南戍守两年，如今战士们都思乡情切，加上积欠军饷使部队陷入困境，所以“北望叩首，涕泣哀恳”，要求撤防回到直隶。电报到了徐世昌的手里，徐世昌缄口不语，靳云鹏又去找段祺瑞请示，段祺瑞也不发一语。但不说话的徐世昌和靳云鹏是不知道该怎么办，不说话的段祺瑞却是知道只能怎么办，吴佩孚南下时寂寂无名，再回来可就是海内虎将，若与曹锟合兵一处，皖系江山立时就会土崩瓦解。因此，段祺瑞密令沿途各皖系军阀，无论如何都要阻止吴军北归。
吴佩孚的事情让靳云鹏忧心忡忡，而此起彼伏的爱国运动和学潮更让他殚精竭虑。19日，济南各校复课，但不久天津又爆发学潮。24日，天津警察厅长杨以德奉命逮捕了学生代表8人、各界代表7人，并查封了学联和各界联合会。29日，天津学生再次向省长曹锐请求撤换杨以德，释放被捕代表，恢复学联和各界联合会。不想曹锐反而指示军警打伤学生50余人，并将4名学生代表绑起来游街示众。31日，北京学生数万人冒雪游行，上海各界亦召开国民大会声讨段祺瑞、徐树铮等人。段祺瑞对学潮愈演愈烈大为震怒，他怒斥靳云鹏软弱，并指挥段芝贵采取强硬手段应付学潮。消息传出，学生并未退缩，大量学生依然涌上街头。2月5日，北京军警当局在皖系军阀的指示下拘捕学生43人，6日，北京政府发布了“严厉取缔和镇压学潮”的命令，并出动大量军警把守住北京的各大院校，不许学生外出，并割断电话线，北大、高师更是受到最为严密的封锁。因为事态紧张，靳云鹏也不敢到国务院办公，陆徵祥和陈箓则在13日请求辞职，17日，陈箓被劝回部。
学生运动算是暂时以武力的方式被压制，但吴佩孚北上的事情已经是箭在弦上。段祺瑞为了阻止吴佩孚北上，指示河南的部分军人反对河南督军赵倜，并逼迫靳云鹏撤换赵倜，从而让自己的妻弟吴光新挥师河南，以阻止吴佩孚北上。赵倜在直皖两系斗争中本来处于中立，想不到皖系竟先来谋害自己，于是索性与“七省联盟”走到一起，“七省联盟”变成“八省联盟”，赵倜调兄弟赵杰和常德胜等部集中于京汉路南段抵御吴光新部。26日，安福国会通过吴光新为河南督军的任命，并任命王印川为河南省长。但是徐世昌却对国会的意见不满，坚持不在已经通过的议案上盖印，靳云鹏只好去找段祺瑞，结果引得段祺瑞大为不快，对他大加斥责。29日，靳云鹏只好提出辞呈。徐世昌自然不肯放过靳云鹏，如果靳云鹏不当总理，那就更没有人来坐这个火焰山了，于是他采取“拖”的方式，不停地给靳云鹏批假。
到1920年的3月，皖系与直系的矛盾已经越来越尖锐，安福系发动倒阁运动，财政总长李思浩、交通总长曾毓隽、司法总长朱深相约不出席国务会议。而“八省联盟”则支持靳云鹏继续组阁，吴光新虽然兵进中原，但忌惮于“八省联盟”的气势也不敢冒进。而吴佩孚则派人将所部的家眷七百余人护送北归，并电请张敬尧准备派兵接收直军的防地。此时在团河闭门不出的段祺瑞再也坐不住了，于18日抵达保定密会曹锟，授意驻扎在北京附近的曲同丰、陈文运、魏宗瀚、李进才、刘询等联名通电，借口营房不足，拒绝吴佩孚部移驻北京。
吴佩孚要撤出湖南，立刻在湖南引起了剧烈反应。前面已经讲过同戍湖南的张敬尧在进军湖南过程中的种种劣行，因此湖南人对张敬尧可以说是恨之入骨。张敬尧在湖南的所作所为，连一向温和的熊希龄都看不过去，斥其“残暴之人及身而亡，富豪之家不世而斩”，谭延闿更是将湖南人比喻为“鹿豕”，比非洲的黑奴过得还惨。到吴佩孚撤防之际，谭延闿私下则表示“湘事湘人自决”，俨然就是给湘军征讨张敬尧亮了绿灯。北军中最能征善战的吴佩孚甘愿睁一只眼闭一只眼，那湘军进攻外强中干的张敬尧部就等于是胜券在握，湘军统帅赵恒惕随即在5月26日下达命令，湘军对张敬尧部发动猛攻。
段祺瑞听闻湖南枪响，随即怒斥南军背信弃义，并指示陕西、甘肃、山东、安徽、浙江五省督军发出联名电。但徐世昌却坚持认为湖南问题是局部问题，无关南北问题，拒绝发布讨伐令。手忙脚乱的张敬尧急忙向北京政府求援，而湘军在湖南民众的配合下长驱直入，29日即攻克衡阳，而张敬尧部则困守株洲、湘潭，以致长沙岌岌可危。
此时由于直系吴佩孚撤防、皖系张敬尧被困，直皖局势也到了更为紧张的时刻，徐树铮更是受到“八省联盟”的集中攻击。徐世昌恐怕直皖决裂，于是指派参陆办公处于6月7日、14日和18日三次发电召曹锟、李纯和张作霖三位直、奉两系的巨头到北京会商。李纯则率先复电称病婉拒，曹锟则借口布置吴佩孚部回防事宜无法分身，只有奉系的张作霖复电入京。就在此时，湘军攻入长沙，张敬尧则狼狈地退往岳州，湘军总指挥赵恒惕和湘军总司令兼湖南督军谭延闿先后回到长沙，长沙人民夹道欢迎，并在讲武堂的广场举行“欢迎驱张将士大会”。北京政府于是令张敬尧留驻岳州，同时任命王占元为两湖巡阅使，吴光新为湖南检阅使。但王占元和吴光新都复电拒绝接受任命，吴光新更是在电报末尾推举吴佩孚出任湖南督军。
19日，张作霖应召抵京，北京政府大员纷纷赶到车站迎接，曾毓隽更是负责将奉天会馆修葺一新。张作霖抵京之后，就先行拜谒徐世昌，随后又拜访靳云鹏，然后才到团河去见段祺瑞。同日，徐树铮则和安福系的主要人物聚集在曾毓隽的私邸开会，研究局势，最终决定以副总统一席交换张作霖中立，这样一来，直皖若发生冲突，直系便缺少强援，皖系则居于上风。皖系此时已经开始计划要与直系一战，但皖系的骁将张敬尧却在败到岳州以后仍然要求北归，看清了张敬尧的斤两以后，北京政府不再客气地对待这位“骁将”了，另派张文生为四省剿匪督办，并以严厉口吻告诫张敬尧“不得擅离岳州，否则执法以绳”。但说归说，真到湘军打过来的时候，张敬尧还是脚底抹油了，临走还不忘致电北京政府，表示“前清中东之役，西人咸谓非中国与日本战，乃直隶一省与日本战耳”，气得徐世昌拍着桌子大骂“张勋臣比拟不伦，真是该死东西”。
而奉系的张作霖则于22日到保定会晤曹锟，提出撤换安福系及其在内阁中的三总长等五条意见，23日回到北京与段祺瑞交涉，安福系自然对此大为不满。7月1日，张敬尧路过武昌时拜会王占元并交出督军省长大印，北京政府遂任命吴新田代理第七师师长。2日，靳云鹏去职，4日，徐世昌在总统府开会，撤销西北军司令部，开去徐树铮的筹边使职务，遗缺由李垣署理。到5日，北京城四外的局势骤然紧张，段祺瑞以边防督办名义命令边防军紧急动员，并积极备战，直系亦在京郊布置防线。7日夜，张作霖悄然离京，在军粮城下车后即宣布“局外中立”，而北京城内的富绅贵胄也纷纷外逃，东交民巷的使馆区和外国饭店均告客满，直皖两系已然在京郊戎兵布阵，战事看起来迫在眉睫。