当冯玉祥北京事变、吴佩孚浮海南下的时候，北方的直系军阀分崩离析，而南方的直系军阀孙传芳则正迎来其事业的上升期。孙传芳出现的时间很晚，当冯国璋业已仙逝、曹锟连挫皖奉之际，他才从王占元的羽翼下飞出来。但孙传芳刚一出道，就抢了其余直系军阀的风光，当直系军阀江河日下之际，他却在南方纵横捭阖。在山海关杀得直系丢盔卸甲的奉军，也在他这里栽了跟头。孙传芳无疑是直系军阀中政治头脑最灵活的一个，打仗有多少本事暂且不论，他确实是夹缝中求生存的高手。
1924年11月5日，当奉军张宗昌部和吴光新部攻入天津时，吴佩孚早已经乘船南下。就是在同一天，北京城里又发生了一件大事，那就是冯玉祥逼迫清朝退位的皇帝溥仪离开紫禁城。虽然之前的北京城里闹哄哄，但是与当时当日完全不同。因为以前把持北京政权的几乎都是北洋系的军阀，这些军阀虽然支持共和，但骨子里依然有皇权思想，于是哪怕军队欠饷发不下去，到处搞哗变，还是照样会满足溥仪的吃喝拉撒。冯玉祥虽然也是北洋系出身，但他和其他的北洋系军阀不同，辛亥年的时候他策动过滦州起义，倒戈时他倒向的也不是奉系或是皖系，而是南方的国民党。在发动北京事变之后，冯玉祥的部队改编为国民军，也就是国民党的军队。
在冯玉祥身边，最重要的两位将领是胡景翼和孙岳，这两个人有一个共同的特点，早年都曾参加过同盟会，所以，冯玉祥掌握北京，才是自辛亥革命以来真正意义上由革命党的部队掌握北京局势。在冯玉祥的部队里，充斥着大量帮会成员和参加过同盟会、国民党的将领，这些人早年都曾从事过反对帝制、拥护共和的运动，其中胡景翼更是在护法运动时组织靖国军拥护广州革命政府，所以他们的心里并没有什么皇权思想。
但冯玉祥既然要出这“一口郁气”（引自《我的生活》），把“首都革命”进行到底，就万不能放过清室。冯玉祥所部的鹿钟麟先是派出部队封锁住皇宫的大小门户，随后与警察总监张璧率领20名全副武装的手枪队队员冲入皇宫。鹿钟麟等人冲入皇宫后，很快找到了一直住在宫内的内务大臣绍英，告诉他景山上已经布置下火炮，要求“宣统废帝”溥仪必须在20分钟内搬出紫禁城。溥仪慌不择路，急忙打电话给父亲载沣、老师陈宝琛、朱益藩和庄士敦，庄士敦在宫门被阻，只有载沣、陈宝琛、朱益藩来参加“御前会议”。
会议最后决定由陈宝琛出宫找庄士敦，请他去外国公使团寻求帮助。但陈宝琛才踏出宫门，限期便已经到了，鹿钟麟的士兵在外面叫嚷，溥仪夫妇和绍英等被迫收拾细软乘坐鹿钟麟备下的汽车驶往德胜门什刹海北河沿的醇亲王府。另一厢，庄士敦前往荷兰公使馆，向外交团领袖荷兰公使欧登科寻求帮助，欧登科联合英国公使玛克兑、日本公使芳泽谦吉到北京临时政府外交部提出抗议，但也只是装装样子，并没起到什么实际作用。8日，北京国务院通电全国，“诚以北京为政治策源之地，而宫禁又适居都会中心，今名为共和，而首都中心之区，不能树立国旗，依然仍用帝号，中外观国之流，靡不引为笑柄”。
在紫禁城里住了16年的溥仪回到了王府中，多少还算有个落脚之处，而此时的吴佩孚，却真正体会到了无落脚之处的苦闷与痛苦。吴佩孚等人离开天津之后，本欲前往青岛，但船在青岛停靠时，温树德只是派人送了些食物，压根儿没有欢迎吴氏上岸的意思。吴佩孚等人只好继续南下，过南京的时候，齐燮元登舰与吴佩孚聊了两句，南通名士张謇则派人送来了一封慰问信，在信的末尾还赋诗一首赠予吴佩孚：“壮语招时忌，斯人实可嗟。一舟成敌国，四海欲无家。治易刘中垒，能军李左车。盈谦有消息，尺蠖即龙蛇。”据说吴佩孚读完这首诗，难忍热泪，并且长叹一声“季老真穷途知己”。
17日，吴佩孚抵达汉口，此时段祺瑞已经再度出山临时执政，张作霖和冯玉祥携手把控北京政府，同时，齐燮元等已宣布对北京独立。于是，吴佩孚就发表通电组织护宪军政府，将直系军阀齐燮元、孙传芳、萧耀南、刘镇华、吴佩孚、杜锡珪、马联甲、蔡成勋、周荫人、萨镇冰、张福来、李济臣、刘存厚、刘湘、杨森、邓锡侯、袁祖铭、黄敏成、金汉鼎、林虎、洪兆麟21人列名其上。哪知道这些军阀虽然宣布独立，却并不想投身什么军政府，于是纷纷通电否认。孙传芳原本和周荫人一起控制福建，但周荫人一直排挤他。第二次直奉战争开始前浙苏战发，孙传芳便借机离开福建，占据之前由卢永祥掌握的浙江，自齐燮元眼皮底下捡了个大便宜。直奉交战前后，孙传芳观望不前，甚至和皖系、奉系私下往来，所以吴佩孚的通电刚一发出，他就通电否认，使得北京政府对他颇有好感。而这样一来，吴佩孚本意是去湖北投靠他的老部下萧耀南，萧耀南却不欢迎吴佩孚继续留在武汉，吴佩孚只好乘坐京汉火车经郑州折返洛阳，而这恰是张其锽所列五条意见中的第三条。
吴佩孚回到洛阳，时人有“纵虎归山”之感，其实吴氏的嫡系早已经在北京被驱散，留在洛阳的部队对吴氏已经阳奉阴违。回到洛阳以后，吴佩孚便与胡景翼的代表召开和平会议，哪知道正在停战议和之际，陕军第二师师长张治公、第三十五师师长憨玉琨联合山西军队突袭洛阳，吴佩孚只好仓促离开洛阳，经郑州在信阳落脚，准备再度南下湖北。此时湖北督军萧耀南致信吴佩孚，表示不欢迎吴佩孚到湖北，并促其即刻下野。走投无路的吴佩孚于1924年12月4日致电段祺瑞，表示愿意到鸡公山养病，从此以后不再问世事。
憨玉琨率军东追，河南督军张福来被迫撤离，并把河南督理印信交给省议会。6日，吴佩孚率家眷及幕僚进入鸡公山，借寓河南第十四师师长靳云鹗的别墅。据说吴佩孚上山之际，神色憔悴，鬓发斑白。19日，湖北军第一师师长寇英杰上鸡公山面谒吴佩孚。吴氏本欲以寇英杰率军警备鸡公山四周，以信阳为中立区缓和胡景翼所部的进逼。胡景翼正式就任河南督军之后，即挥师驱逐憨玉琨，占领信阳，并将吴佩孚残部4万余人缴械，通知吴佩孚即刻离开河南境内。
28日，吴佩孚抱病离开鸡公山南下，但萧耀南不欲吴氏入境，竟然破坏了路轨以阻止吴佩孚南下，吴佩孚只好在广水下车。正当吴佩孚在广水一筹莫展之际，四川督军杨森的军务代表刘泗英赶来面谒吴佩孚，听说此事之后即前往武汉去说服萧耀南“缓段全吴”。萧耀南虽然一心“拒吴保鄂”，但自己的职位和地盘都是吴佩孚给的，如果一意阻拦总是要落人话柄，只好同意让吴佩孚进驻黄州，并且要求解除所乘兵舰决川号和浚蜀号的武装，只留下两个营的卫队。1925年1月2日，萧耀南撤回驻防岳州的湖北第二十五师部队，将岳州归还湖南，赵恒惕即派邹序彬为岳阳镇守使，率部前往接防。4日，吴佩孚抵达采石矶，又改乘船东下黄冈，停靠在赤壁水上，与四川、湖南、贵州三方代表秘密签订《川湘联防条约》。吴佩孚泊船赤壁，浏览江色，情不自禁，曾写就一首《赤壁春望书示云史》：
戎马生涯付水流，
却将恩义反为仇。
与君钓雪黄州岸，
不管人间且自由。
5日，在凛冽的江风中，吴佩孚抵达黄州。黄州距离武汉只有120里，吴氏初抵黄州，其气势犹在，当地诸多名流雅士竞相登门拜访，黄州城内一时冠盖云集。而吴佩孚是秀才出身，从来便是以高士自居。萧耀南看到吴佩孚的人气居高不下，就对吴佩孚的态度趋于缓和，此时湖北各团体多称呼吴佩孚为“吴大帅”或是“玉帅（吴佩孚字子玉）”，吴佩孚曾写就一首《黄州早春登城》，由诗中可以窥见，他初到黄州过的日子虽没有锦衣玉食，但是也还算自在：
两字功名百战哀，
江山无改此登台。
举杯独酌看周易，
樊口江鱼下酒来。
彼时的皖系已经分崩离析，段祺瑞只是冯玉祥和张作霖挟持的傀儡，所以他希望利用吴佩孚来制衡冯氏与张氏，于是派王揖唐南下游说吴佩孚入京。但吴佩孚不欲依附段氏，断然拒绝了段祺瑞的邀请。张作霖虽然对吴佩孚有所忌惮，但是也不准备穷追猛打，所以表示“对吴如何处置，作霖概不过问”。劝服不成，段祺瑞就继续对萧耀南施压，要求他将吴佩孚押解上京。而此时湖北各团体对吴佩孚的新鲜劲儿也过去了，直呼其为“子玉”，曾经销声匿迹过一段时间的“拒吴保鄂”再度兴起。吴佩孚在黄州就再难安然度日了，正在这时，湖南的赵恒惕给吴佩孚发来一封电报，表示“湘为旧游之地，盍兴乎来，愿扫榻以待”。
这世间的事情，说来真是有趣。当年吴佩孚征战湖南，赵恒惕便是他的对手，如今吴佩孚寻遍天下无处落脚，万万不承料想到向他伸出援手的却是赵恒惕。其实赵恒惕与吴佩孚虽然曾临阵决战，却没有大的冲突，当年南北停战，也是吴佩孚喊出来的，而且主动联络赵恒惕订约停战。再者，就是当年吴佩孚在湖南驻兵时，因为所部军纪严明，给湖南人留下了很好的印象。所以当吴佩孚流离失所时，湖南人对这位失势的“玉帅”发出了邀请。
3月4日，吴佩孚乘船抵达岳州，岳阳镇守使邹序彬代表赵恒惕前来迎接，吴佩孚将家眷遣往当地富绅葛豪家中，自己则住在船上。吴佩孚体会尽了世态炎凉，所以不欲涉足地界，只愿泛舟海上。30日是吴佩孚农历寿辰，此时自不能与他当年在洛阳过五十岁寿辰时的景象相提并论，但依然有各地名士登门祝贺，赵恒惕更是亲撰寿联送给吴氏：平生忧乐关天下，此日神仙醉岳阳。
吴佩孚到湖南以后，日子过得安稳很多。固有身在湖南这样一个独立省份的关系，再一个就是，北京政府此时实在无暇顾及吴氏，因为东南的局势又发生了重大变化。皖系联手奉系击败直系，成功之后，皖系便要求南下夺回旧有的浙江、安徽等地盘，于是北京政府下令解除齐燮元江苏督军的职务，以韩国钧兼督办江苏军务善后事宜，并委任卢永祥为苏皖宣抚使，以卢永祥、吴光新率领奉军南下。齐燮元虽然离开南京抵达上海，却暗地里联络孙传芳、方本仁、萧耀南共同抵抗奉军。孙传芳借机出师松江，驱逐了第四师师长陈乐山，在攻入松江之后，随即发出通电阻止奉军南下。
张作霖派往南下的奉军由张宗昌统率，共有三万人，于1924年12月间进驻徐州，原驻徐州的军队被调往砀、萧两县驻防。1925年1月7日，卢永祥抵达蚌埠，其旧部第十师由江北开赴南京。张宗昌率奉军第一军进驻浦口，原驻南京的齐燮元旧部第二师、第六师及补充旅奉韩国钧的命令，调往镇江、江阴驻防。10日，卢永祥、张宗昌进入南京，此时齐燮元在上海策动驻防的第六师和第十九师逼迫淞沪护军使宫邦铎去职，齐燮元掌握宫邦铎所部之后，即联络孙传芳部进攻驻防上海的张允明。齐燮元和孙传芳遂联手击溃张允明的部队，张允明逃入租界，齐燮元即自称淞沪联军第一路总司令，孙传芳称第二路总司令，宣言占领上海，拒绝奉军南下。
12日，段祺瑞责成卢永祥会同苏军总指挥秦洸戡乱驻扎在上海的齐燮元部和孙传芳部，并于13日下令孙传芳撤兵回浙。卢永祥在南京组织宣抚军，以奉军军长张宗昌为宣抚军总司令兼第一路军总指挥，参谋长臧致平兼第二路军总指挥，军务帮办陈调元兼第三路军总指挥，江苏全省水陆警备司令冷遹为戒严总司令。但苏军总指挥秦洸却在苏州遭到驻防在当地部队的攻击，苏州商会只好支付一笔钱请秦洸撤出苏州。上海的齐燮元部借机通过苏州，与常州、镇江的齐燮元旧部联合。14日，齐燮元和孙传芳联名通电，表示愿意撤出上海，并提出废除护军使及镇守使等名目，反对以后再设此类军职，兵工厂亦即日择地迁移。随后，北京政府同意将上海设为特别市，齐燮元和孙传芳所部遂退出上海。
上海的形势虽然得以解决，但东南局势并未由此日趋平稳。在奉系军阀不断施压之下，8月24日，北京政府任命杨宇霆为江苏督军、姜登选为安徽督军，率领奉军南下。9月间，杨宇霆抵达南京，奉军第二十师师长邢士廉以戒严司令名义驻防上海。到这个时候，奉军将领杨宇霆、姜登选和张宗昌悉数南下，奉系俨然有鲸吞长江之意。10月8日，孙传芳两次召开秘密军事会议，反对北京政府的各省代表均到会，甚至连冯玉祥也派出了代表参会。翌日，浙江督署向金融界暂借军饷100万元，10日以秋操为名下令预备动员。
15日，孙传芳在杭州自封为“浙闽苏赣皖联军”总司令，于当天宣告就职，分兵五路：以浙军第一师师长陈仪为第一路军司令，第八混成旅旅长谢鸿勋为第二路军司令，孙传芳自兼第三路军司令，第二师师长卢香亭为第四路军司令，浙军第三师师长周凤岐为第五路军司令。并以周荫人的第十二师、苏埏的第三十混成旅和张庆昶的第四旅为后援部队。16日，孙传芳、夏超、周荫人以奉军在上海驻军为借口联名发电，“惟念奉方戎兵，皆我同胞，万恶实由戎首，今与同志连师，当世贤豪，勠力同心，唯彼祸首张作霖一人之是讨，此外皆所不问。至我军职志所在，厥有四字，曰永久和平”。
孙传芳等发出通电之后，东南地区的直系军阀有唇亡齿寒之感，故而纷纷通电响应。奉系的安徽督军姜登选与孙传芳曾是同学，致电孙氏“总期东南人民，不罹战祸，区区之心，惟祈谅察”。同时，杨宇霆亦发出通电，“人民纵有可欺，天道岂能曲宥，无端启衅，大动兵戈，糜烂地方，百思不解”。
但是让杨宇霆始料不及的是，孙传芳的部队来得太快，15日，邢士廉按照杨宇霆的吩咐率兵撤出上海，退守苏州和常熟，而此时孙传芳部的卢香亭已经攻至宜兴，邢士廉只好边打边撤。18日，邢士廉部退至丹阳、镇江之间，晚间与孙传芳部激战于丹阳，力战不支只好后撤。随后，孙传芳部长驱直入，于21日进入南京。皖军第一旅旅长倪朝荣、第二旅旅长马祥斌等通电响应孙传芳，倪朝荣于10月22日率第一旅抵泗州，逼迫姜登选离开蚌埠，姜登选只好于翌日中午乘铁甲炮车自蚌埠北上，通电辞去安徽督军一职，并将督印交由皖军第二旅旅长马祥斌保存，委任倪朝荣代署职权。