作为马上皇帝，朱棣打了一辈子仗，他的军事思想无疑对今天的军事理论研究是有价值的；作为一个皇帝，朱棣在20年的帝王生涯中，提拔重用了一大批优秀人才，他的治国理念也为我们留下了正反两个方面的经验。
先说军事思想。朱棣用兵最大的特点可以用《孙子兵法》里的三句话来概括：先为不可胜以待敌之可胜；兵之情主速，乘人之不及，由不虞之道，攻其所不戒也；凡治众如治寡，分数是也。
一、先为不可胜，以待敌之可胜
朱棣的父亲朱元璋，岳父徐达是他们那个时代最为优秀的军事家，他们对于朱棣的军事思想有着很大的影响。
朱元璋最独特军事思想就是“高筑墙、广积粮、缓称王”。句句都透着“先为不可胜，以待敌之可胜”的思想。他和徐达共同指挥下的北伐，即使在绝对优势的情况下，也采取先扫荡外围，再北攻元大都，这样最为稳妥策略。
徐达也是一样，临敌作战，不动如山。兰州对战扩廓帖木儿，徐达面对以逸待劳的对手，并不急于攻击对手，反而深沟高垒，构筑防御工事，等待敌军自己疲劳的时候，徐达才全军出击，一举歼灭扩廓帖木儿主力。
朱棣也和他们俩一样，“靖难之役”初期，他做的重要的事情就是厚集自己的实力，不是集中兵力南下，而是北上吸收宁王的精锐“朵颜三卫”，并以此为基础组建五军营、三千营，这才有了和建文帝继续周旋下去的本钱。
继位之后，朱棣每次出兵北征之前，都会详细做好研究和准备工作。与游牧民族作战，其实困难不在于战斗而在于后勤与侦察，朱棣吸取了丘福兵败的教训，再也没有采用轻兵冒进的策略。集中兵力，同时重点保障补给线。每次北征动用兵力都接近50万，其中大量步兵都用来守护补给线和后方基地，用于突击的力量则是精锐骑兵。
二、兵之情主速，乘人之不及，由不虞之道，攻其所不戒也正所谓“兵无常势，水无常形”，总是持重缓进有时候也打不开局面。朱棣用兵更多的因敌而变，利用敌人的弱点消灭敌人。
面对持重老将耿炳文，朱棣没有给他集结兵力的时间，而是以“兵之情主速，乘人之不及”态势，迅速攻破南军前哨阵地，逼迫耿炳文在于己不利的情况下，与北军接战，最终迅速获胜，堪称兵贵神速的经典战役。
朱棣在“靖难之役”的第三年就碰到了这种情况，尽管他在战场上进退如神，但是长久对峙终究实力不济。于是建文四年（公元1402年）朱棣决定冒险赌一把。“由不虞之道，攻其所不戒”，他率领北军穿过南军在黄河以北的防线，一举夺取徐州、宿州，紧逼淮河。南军被迫放弃黄河以北，紧急在淮河组织防御。
灵璧决战中，朱棣再次面临初战不利，军心动摇的局面，当所有人，无论敌人还是自己人都认为朱棣要撤退回北平的时候，朱棣坚定作战决心不动摇，作战目标不动摇，再次出其不意地攻击南军粮道，围困南军于灵璧城，逼迫南军在不利条件下野战突围，最终大获全胜。
这样看来，朱棣又跳出了“先为不可胜以待敌之可胜”的限制，用自己积极的行动，充分调动一切有利因素，去争取胜利，这才是他军事思想的核心。
三、凡治众如治寡，分数是也
朱棣和其他名将最大的区别在于他手下独特的武装部队——三大营。历代名将都有自己的精锐部队，曹操有虎豹骑，金兀术有铁浮屠，岳飞有背嵬军，成吉思汗有怯薛军。但这些精锐部队和朱棣的三大营比较起来，一则规模较小，二则兵种单一。
朱棣的三大营兵力庞大，兵种齐全。三大营由五军营、三千营和神机营混编组成，早期总兵力在二十万至三十万，巅峰时期接近五十万。
其中，五军营是步骑混成部队，以步兵为主，也是三大营人数最多的一支。三千营是以蒙古雇佣骑兵组成的精锐骑兵部队，负责突击任务，是朱棣手中的王牌，屡屡在战场上给予对手致命一击。神机营是明军中的特种部队，使用当时最先进的大规模杀伤性武器——火器。
这样一支规模庞大的军队如何指挥就成了大问题。对此，朱棣的做法是指挥权下移——“凡治众如治寡，分数是也”。每次出兵，朱棣都会将指挥系统进行具体编组，分为领中军、左掖、右掖、左哨、右哨、前锋等方面，每个方面至少派遣两位高级将领进行指挥，这样的指挥系统与400年后拿破仑的“大军团”极为相似。
他们都是运用指挥权下移的方式，实现了对大规模部队的控制。可以说，在当时朱棣的这一军事思想是具有一定超前性的。
相较于治军，在治国理念方面，朱棣至少三个特点：让合适的人做合适的事、对中央权力进行让渡和重用太监，中官权力膨胀。
一、让合适的人做合适的事
作为皇帝，朱棣和他老爹朱元璋一样知人善任，手下谋士如云，猛将如雨。朱棣基本上可以让他手下的能人出现在自己最合适的位置上。
首先，他的三个儿子。朱棣的三个儿子都是人才：大儿子朱高炽，人品老实，心宽体胖，适合做稳定后方的工作，于是朱棣“靖难之役”时，就让他防守北平、看家护院；北征蒙古时，就让他太子监国、总理朝政；二儿子朱高煦，好勇斗狠，勇猛好杀，适合上阵杀敌，于是朱棣就把他带在身边，每每冲锋陷阵，所向无前；三儿子朱高燧，思虑深沉，心细如发，适合做情报收集工作，于是朱棣让他负责锦衣卫，搞情报收集，帮助自己做秘密工作。
其次，朱棣发掘的吏部尚书蹇义和户部尚书夏原吉，中外人并称“蹇、夏”。两个人一个负责人事，一个负责财政，相互配合，相得益彰，史称：“实能通达政体，谙练章程，称股肱之任”，“吏治修明，民风和乐，成绩懋著，蔚为宗臣”(1)，不能不说朱棣眼光好。
当然，任何人都有看走眼的时候，朱棣也不例外。例如，他在第一次北伐的时候选用丘福作为最高指挥官就是失策，并最终导致明军损失惨重。
二、对中央权力进行让渡
最明显的就是设立内阁。尽管朱棣时代的内阁还只能看作是皇帝办公厅，但是随着内阁成员资历的累计，他们在日后逐渐掌握的帝国的实际行政权。朱棣和事必躬亲的父亲朱元璋相比，无疑是抓大放小，而且这种类似唐、宋群相的内阁制度实际上扩大了大明的统治基础。
要知道，朱元璋时代废除宰相以及一系列对官员的滥杀，已经让大明官场“官不聊生”。同时，这种皇帝独揽一切，对官员既不授权又要求负责的做法，搞得所有官员对皇帝噤若寒蝉，有的为了活命装疯卖傻，甚至到了假装吃狗屎的地步。
为了改变这种情况，朱棣一方面减少了对官员及官员家属的滥杀（当然，“壬午殉难”也是滥杀），另一方面把行政权逐渐交给以内阁为核心的亲信大臣。官员和他们背后代表的地主阶级的利益逐渐和皇帝融为一体，大明王朝的统治才变得巩固。
此后，通过内阁文官集团逐渐成为大明王朝的实际掌控人，日后的杨廷和、严嵩、张居正等人权力之大，远超历朝宰相。而大明最后的灭亡又与这个集团内斗党争息息相关。
三、重用太监，中官权力膨胀
朱棣开创了明代重用太监的先河，明朝太监的权力之大直逼汉唐。为什么大一统的王朝太监权力都会膨胀呢？
其实，中官（也就是太监）的权力直接来自于皇权，源自于他们可以长时间与皇帝接触，有的太监甚至陪伴皇帝长大，比如冯宝就被万历皇帝呼为“大伴”。所有文官朝臣和皇帝的关系远远不如太监与皇帝熟。人都是有感情的动物，待在一起时间长了连狗都稀罕，何况太监即懂事又听话，怎么不让皇帝喜欢呢？那些老不待在一起，还见了面就训人的文官又怎么不让皇帝讨厌呢？
于是，太监逐渐得到皇帝的授权，开始掌握帝国的部分权力，打开这个潘多拉盒子的人就是朱棣。
文官、内阁、太监，朱棣治理国家的时候已经悄悄地把这三个最具大明特色的东西引进了国家机器，对后世必定产生不可估量的影响。
(1) 《明史·列传第三十七》