占领了撒马尔罕后，成吉思汗进行了短暂的休整，并等着朮赤、窝阔台、察合台和阿剌黑等其他几路大军的会师。
会师完了，成吉思汗并没有亲自去攻取玉龙杰赤，他认为攻取这座城市由自己的儿子指挥就足够了，所以在撒马尔罕城下，他又兵分两路，自己和拖雷带着兵马向呼罗珊地区进发，而朮赤、察合台、窝阔台兄弟三人和博尔术等将领前往攻打玉龙杰赤。出发之前，成吉思汗明令由朮赤为主帅，节制全军。
玉龙杰赤，现在译为乌尔根奇，坐落在今天的土库曼斯坦境内，是阿姆河下游的一座城市，这里离咸海的入海口很近，绿洲密布，芳草萋萋。
她是花剌子模的旧都，苏丹摩诃末登基后才把首都迁到往东一些的撒马尔罕，但部分机构和商业中心还都在这里，就连秃尔罕太后和部分苏丹的家眷也在这里。
这座城市也分成两部分，但不是内外两城，而是地跨阿姆河两岸，岸的南侧和北侧各有一部分，两成之间由一座跨河大桥相连。这有点类似于我们中部的大城市武汉，也是由江南的武昌和江北的汉口组成，中间有一座跨江长江大桥相连。
玉龙杰赤是一个美丽的城市，按照拉施特的话说“他是花剌子模最美好的国土，你期望的一切，物质的和精神的，都在其中”。
1220年秋天，蒙古大军到了这座城下。当时是在北岸还是南岸，史书中没有明确记载。鉴于成吉思汗此前已经表示攻下这座城后将该城作为朮赤汗国的封地，于是朮赤想不战而屈人之兵，招降该城，从而为自己的汗国保留一份完整的财产。
于是他派出使者晓谕全城，要求玉龙杰赤投降，以保证城市的完整，好给自己做封地。并表示会保护市民的财产和清真寺、公园等公共设施。
劝降的结果：被拒绝。
送走了蒙古使者，守军紧张准备着。
可是第二天当玉龙杰赤守军准备迎战的时候，发现蒙古军正在稀稀拉拉的撤离，后面只剩下一些老弱病残的士兵，也在向远处逃跑。守军一看，大喜，决定趁蒙古人撤退的时候趁机掩杀过去，好给蒙古人一个颜色看看。
于是他们打开城门，策马回到冲了出去，而蒙古人见他们出来，也急急忙忙的往远处逃跑。花剌子模军追出去二十里后，到了一个盆地里，盆地两边有一段段残破的城墙。他们追到了这里时，突然发现逃跑的蒙古人不见了，正在他们犹疑之时，从城墙后面一下子出现了很多蒙古骑兵，迅速将他们包围并展开厮杀。原来蒙古人采取了诱敌出城的方式，事先在这里埋伏了重兵。
这一招叫引蛇出洞。但前提是这条蛇出来后，你得有足够的实力杀死它。
毫无疑问蒙古人有这个实力。
追出来的1万花剌子模军被蒙古军包围后，军心大乱，想回撤已经来不及了，蒙军的埋伏位置居高临下，举着锋利的弯刀俯冲而下，刀过之处，花剌子模士兵尸横遍野，很快花剌子模军被冲的不成形了，加上蒙军连发弩等先进武器的优势，在很短时间内，这一万名花剌子模人全部被歼灭。
而城里的人还在等待着出城的人带回好消息，可是迟迟看不见这些人回来。正在他们躲在城堡里焦急而不安的等待时，突然一颗颗花剌子模军的人头从天而降，砸在人群之中，守军惊慌失措。原来，蒙古人将在野外杀死的守军的人头砍下来，装在投石机里一个个投到了城里，既可以做炮弹又可以给守军增加压力。
看到出城的守军全部被歼，守军大惧，紧闭城门，不再出来。
朮赤命令将玉龙杰赤团团围住，将一架架的投石机和火药发射器排好，鉴于玉龙杰赤地处沙漠和绿洲，附近石头很少，于是蒙古人将附近的很多桑树砍倒，锯成一段一段的，以代炮石。同时他们强迫签军运来沙土填城周围的壕沟，经过夜以继日的工作，10天后，终于将这些壕沟填平了，蒙古人可以接近城墙下了。
总攻开始后，蒙古人先将大量的炮弹——桑树段猛烈的投入城中，用密集的弩箭压制城头的守军，而后攻城部队加上云梯开始攻城。守军很快丧失了斗志开始溃逃，蒙军攻入城中。但蒙古军入城后才发现城内的各个街道和房屋又成了战场，习惯于大规模野战的蒙军遭遇到了最让他们头疼的巷战。白天他们逐街逐巷的去战斗，消灭隐藏的敌人，晚上他们就得回到城外或者城里宽阔的地方休息，次日起来再战，每前进一步都要付出极大的代价。要论在草原上进行野战，蒙古人所向无敌，可是要论巷战，并非他们的强项。
很多强大的军队都折在巷战上了，比如第二次世界大战期间，斯大林格勒保卫战时的德军，虽然德军机械化程度很高，但进入市区后才发现他们先进的军事装备派不上用场，苏联人在每一栋房屋，每一个街道，每一堆废墟前与德军进行战斗，导致德国人大量的伤亡，令希特勒头疼不已。
在伊拉克战争中，美军很短的时间就进入巴格达，推翻了萨达姆的统治。
但真正给美国人带来伤亡的并非与伊拉克军队的正面对垒，或者传闻中的伊拉克大规模杀伤性武器，而是占领巴格达后带来的巷战，以及自杀式炸弹和路边炸弹袭击，这种非对称的战争让美军深陷噩梦之中。
同样蒙古人也为巷战而苦恼不已，最后他们想出一个办法，将所有的城中房屋全部烧毁，藏匿其中的花剌子模人全部烧死或者呛死，这样一来，花剌子模人得抵抗激烈程度小了很多。
在基本平息了北城的战斗后，蒙古人又出动三千人沿着跨在阿姆河上的一座桥，企图一鼓作气拿下南城，然而在这座桥上他们遇到了强有力的抵抗，三千人大都战死或者落入水中淹死，前锋受挫后，蒙军攻势暂时放缓，双方在未来的几个月中只发生了数次小规模战斗。
就这样双方僵持起来，开始了四个多月的拉锯战。
伦理说，玉龙杰赤守军少于撒马尔罕城，蒙军两三周就拿下了撒马尔罕，却在玉龙杰赤僵持数月，何故？
问题不在于玉龙杰赤守军，而是蒙军内部。
欲克强敌，先息内斗。
以前说过，朮赤和弟弟察合台兄弟二人平时就心存芥蒂，原来为汗位继承人的事情争执不休，现在西征战事才勉强平息了他们之间的纷争。成吉思汗让他们兄弟三人围攻玉龙杰赤，双方再次发生了分歧。
因为按照成吉思汗的意愿，玉龙杰赤拿下后归朮赤，作为他的汗国的封地，所以朮赤尽量想以劝降的方式拿下该城，毕竟到手的一座焦土废墟对他来说意义不大，他努力使该城免遭破坏，在攻城的时候也尽量少用威力强大的攻城器械和火攻。而察合台恰恰相反，他主张严厉的惩罚抵抗蒙古军队的人，因为这里的人已经给蒙古人造成了巨大的伤亡。就这样两位统帅经常相互掣肘，手下的将领们接到的军令往往背道而驰，也感觉无所适从，蒙古人的战斗效力可想而知。
而这些消息也源源不断的传到了成吉思汗的耳朵里。
听说朮赤、察合台兄弟不和，导致蒙军在玉龙杰赤僵持数月而毫无进展的消息，成吉思汗十分生气，他下令撤掉朮赤的统帅职务，改由窝阔台作为最高统帅，朮赤和察合台都必须听从窝阔台的指挥。
窝阔台非常有分寸的调和了两位哥哥以及诸将之间的矛盾，促进了蒙古军内部的和睦。这一次他下令统一行动，将所有的房屋全部烧毁，所有敢于抵抗的军民全部杀死。蒙古人又以昂扬的斗志开始了战斗，他们逐街逐巷的摧毁房屋，杀掉里面的敌人，缓慢但非常稳固的推进。厮杀了七天后，花剌子模人只剩下南城的几个街区没有被占领，于是这些人派了一名叫阿老丁的教长前往朮赤的大营，请求宽恕和怜悯。
“我们已经领受了大王的怒火和威严，现在请大王发恻隐之心，怜悯我等”，阿老丁凄凄的说。
但当时朮赤正在为自己被撤掉统帅之职而恼火，也正在为自己的部队伤亡惨重而愤怒，他断然拒绝了阿老丁的求和要求。
“你们胆敢抵抗让我军损失惨重，到现在领受怒火和威严是我军，你们还敢说你们领受了我军的怒火和威严，现在我就要让你们见识我们蒙古人的厉害！”。
说完，朮赤下令继续进攻，严禁没有命令宽恕花剌子模人，大火很快将剩余的地方吞没。
1221年4月，蒙古军将玉龙杰赤全部攻陷。
闹内讧，四个月攻不下来，搞团结，七天就攻下了。所以取得战斗的胜利，内因是起关键作用的。
战争结束后，蒙古人将所有居民驱赶到城外的草原上，其中年轻的妇女和儿童被挑选出来做蒙古人的妻妾和奴隶。剩余的人群中有10万名工匠也被挑选出来，准备随军而行为蒙古人的西征服务，还有的被迁至蒙古草原充当奴隶，这些俘虏中包括秃尔罕太后和苏丹摩诃末的几个嫔妃及公主，这几个人并没有身份的特殊而受到特别对待，她们和其他人被关押在一起，直到后来被送往蒙古草原。
挑选完毕后，蒙古人将其余的花剌子模人全部杀死，据说当时每个蒙古士兵平均要杀掉12人，结果是5万蒙古士兵杀掉了60万人，玉龙杰赤遭受到了毁灭性的摧残。
由于此战持续时间长，蒙古人困顿于坚城之下达四个多月，对这里充满了愤怒。处置完居民后，他们又把这里放火全部烧毁，而后又掘开阿姆河的河堤，引来河水灌城，将玉龙杰赤变成一片汪洋，现在这座昔日美丽的城市已经看不到生命的迹象。
攻陷玉龙杰赤后，朮赤等兄弟三人来见成吉思汗。
可是，由于此前他们三人的内部纷争不已，行动迟缓而导致该城迟迟不能攻破，父汗对他们本来就非常不满。拿下玉龙杰赤后，三人也不知道忘记了，还是什么原因，居然私自将所有的财物和奴隶瓜分了，却没有留给他们的父亲一点。成吉思汗为此不禁火冒三丈，一连三天拒绝见他们三人。
朮赤、察合台、窝阔台顿时非常愧疚和慌乱，赶紧央求矢乞忽秃忽前去劝说父汗，请求原谅。与此同时，博尔术也出面为他们兄弟说情。博尔术和矢乞忽秃忽大概意思是说：虽然他们三人有过错，但现在玉龙杰赤已经攻陷，大大壮大了蒙古军的力量，现在全体蒙古人正在庆贺，大汗却为此发怒，实在不值。而且现在朮赤兄弟已经知道了自己的错误，正在后悔不迭，希望大汗看在他们没有功劳也有苦劳的份上，原谅他们的过失。
这样一说，成吉思汗的怒火才稍微平息，答应见这三个儿子。但是在接见他们时，依然对他们严厉斥责，骂的他们三人无地自容，汗流浃背，大气都不敢出。后来其他诸将也为三位王子求情，总算将成吉思汗的怒火慢慢消退下去了。
笔者发现成吉思汗有很强的驾驭能力，包括对将领，也包括对自己儿子。相比之下，成吉思汗历次的对手这方面却差得太远。
我总结了一下，克烈部王汗、乃蛮部太阳汗、苏丹摩诃末三人，他们三人虽然距离遥远，但有一个共同的弱点，就是“管不了儿子”。克烈部的王汗对儿子桑昆毫无办法，他劝阻不了桑昆与铁木真为敌，还违心的顺从他，任由这个败家子将克烈部一步步引向死亡，在逃跑的路上桑昆甚至将王汗一个人丢在戈壁滩上只顾自己逃亡，导致王汗一人被乃蛮部边吏杀害。而太阳汗在儿子屈出律的眼中则毫无威信可言，屈出律甚至当着众人的面讽刺自己的父亲“从未离开过孕妇撒尿的地方，牛犊吃草的牧场”，太阳汗也毫无办法。同样苏丹摩诃末也几乎驾驭不了扎兰丁，当然也驾驭不了国相、海儿汗等其他重臣。在处理与儿子的关系这一点上，这三个人是如此的相似。
而成吉思汗则不然，他的四个儿子中任何一个不管多么勇敢善战，孔武有力，但在成吉思汗的面前他们如同驯顺的羔羊，决不敢顶撞或忤逆自己的父汗。成吉思汗在这几个儿子心目中有绝对的权威，他的意旨儿子们必须绝对服从。朮赤直到去世，也不敢驳一点父汗的意思，因为他生病没有及时拜见父亲，成吉思汗险些率军去征讨他。
从这些我们也可以看出成吉思汗对臣子和诸子们的驾驭能力，正因为他的驾驭能力带来了蒙古帝国上下空前的统一，这种统一的力量正是汗国战无不胜的保证。