整个博克托岭、和通泊之战北路清军遭受重创，上万精兵的损失且不消说，更大的损失是那些武将。定寿、素图、马尔齐在博克托岭突围不成自杀殉国，西弥赖救援不成也自杀了。随后的和通泊之战，将领永国、海兰、岱豪皆自尽，查弼纳、巴赛、达福、马尔萨、舒楞额等将领皆战死。
这些将领镇守西北多年，各个身经百战，如今一战败亡，给军心造成的巨大打击，可以说是翻天覆地的。
以大清的国力，几年之内打造数万精兵不成问题，可是这些武将的培养，却不是一朝一夕的事，非得身经百战，熬个十年二十年不可。
可大清如今最缺的，就是时间啊。
胤禛（雍正帝）说：" 那个噶尔丹策零就是个狼崽子，取得如此大胜，岂有不乘胜追击的道理？一旦北线全面失守，后果不堪设想。"
若曦劝道
马尔泰若曦说：" 你也不要太忧心了，不是还有顺承郡王锡保和十三爷举荐的策棱吗？我相信十三爷看重的人，绝对不会差的。"
胤禛苦笑一声
胤禛（雍正帝）说：" 但愿吧，纵使能获胜，未来几年内，朝廷也无力再战了。"
从雍正七年二月决定出兵开始，朝中有不少大臣就提出反对意见，其中鳌拜的孙子达福反对最激烈，他认为准噶尔汗国的新大汗准噶尔丹?策零虽然刚刚继位，但善于用人，他父亲策妄阿拉布坦留下的老臣还在，他们感念旧恩，愿愿意为新大汗拼死效力。
当时达福说：“其老臣固在，噶逆亲贤使能。诸酋长感其先人之德，力为御。”
达福的判断完全正确，策零确实是个雄才大略之人，他不但能拉拢老臣，还还能提拔瑞典人当军官，征服了哈萨克草原，让准噶尔汗国成为中亚的强国。
但雍正执意进兵， 当朝首辅张廷玉也支持雍正用兵，达福还是反对，他认为并提出千里行军运送物资不易，且天气酷暑等问题。
可以说这些预言全都准了，清军果然在西北战场上一败再败。
可以说清政府这场战争从一开始就不被看好，发动的时机不对，又中了叛军的缓兵之计，贻误了军机再加上从上到下的轻敌思想，失败是可以预料的。
可这一仗败得太惨了，即使后期能够反败为胜，朝廷数年之内，也无力再战。
无统兵之将，就是朝廷面临的最大难题。
而事实正是如此，前边说过，锡保接收北路清军的指挥权之后，任用喀尔喀副将军亲王丹津多尔济和郡王额驸策凌，又诱敌深入之计，大败准噶尔叛军，收复科布多等失地，在推河、翁金河、拜达里克河筑城屯军，与原有之察罕度尔、科布多等城互为犄角；并命马尔赛以绥远将军移守拜达里克城，扼据要冲。 任命康亲王崇安为抚远大将军，驻归化城(今呼和浩特)，以备随时应援。
稳定了北线的防御。
但是也无力再发动进攻。
而噶尔丹策零却还有进攻之力，噶尔丹策零于北路遭到挫折后，便转攻西路。
雍正十年初，噶尔丹策零派出3000余人，进犯哈密。宁远大将军岳钟琪命令总兵曹勤、沙州副将纪成斌，领兵5000，总兵纪豹领兵2000，分别由落兔大坂和科舍图岭，增援哈密；令副将军石云倬、常赉、镇安将军卓鼐，分地设防。总兵曹勤所部行到二堡，与5000名准兵相遇，激战一昼夜，各有胜负。后准噶尔兵撤退，
曹勤所部追至柳拊泉，与副将陈经伦、焦景肱所部会合，继续追击。岳钟琪急令副将军石云倬率部至无克克岭阻截，又命该部由无克克岭速往梯子泉。石云倬至无克克岭后，却耽搁一日方往梯子泉，致使准噶尔军逃脱。
当年七月，噶尔丹策零遣小策零敦多布，率领3万大军，绕开科布多、察罕度尔等清军大营，取道阿尔泰山南路，东进至杭爱山下哲布尊丹巴胡图克图领地。时哲布尊丹巴已转移至多伦泊。噶尔丹策零扑空后，探听到额驸策凌率军到本博图山，营地空虚，遂于八月间突袭塔密尔河，尽掠策凌部落子女牲畜。
策凌于行军途中闻讯，发誓报仇，立即驰还，并急报大将军锡保，请派兵夹击。策凌所部3万喀尔喀蒙古兵抄小路急赴塔密尔，于黎明时突然从山上冲下，准兵马不及鞍，仓皇向东南方向溃逃。策凌所部于喀喇森齐泊追击，大战2日，准军大败，退至额尔德尼昭。此为大喇嘛庙，负山面河，道路狭窄。
准军人马抢行，乱作一团。策凌率军乘夜暮猛攻，呼声震动沙漠。准兵半被击斩，半被溺死，只有少数逃出，绕过杭爱山，退向推河，丢弃辎重牲畜阻挡追兵。
时准军前方为马尔赛驻防之拜达里城，有清军13000名。策凌邀马尔赛截断准军归路。马尔赛竟按兵不动，听任准军由城外通过。第二天，清军自动出城。追斩准兵，歼敌近千。然而小策零敦多布已逃脱。
此战清军北、西两路未发动主动进攻，消极应战，被动挨打；且两路清军未有协同动作，坐待准军各个击破。幸亏有额附策棱所率领的喀尔喀蒙古军英勇奋战，方转败为胜。
反观噶尔丹策零集中兵力，进攻一路，能战则战，不胜则走，战术灵活。