雍正时期土司制度的消极作用越来越明显，成为套在少数民族地区人民头上的枷锁，严重阻碍了生产力的发展和社会进步，对西南部分土司进行改土归流已成为时代的课题。
在鄂尔泰上奏给雍正帝的诸多奏折中，他不仅详细地条陈了土司制度的弊端，云、贵、广西土司种种祸乱地方的行为，而且还高屋建瓴地提出了“改土归流”及其善后工作中切实可行的方法与策略。
从雍正帝回复鄂尔泰的诸多朱批谕旨中常可见到这样的字样。
胤禛（雍正帝）说：" 是，当之极，实慰朕怀。"
胤禛（雍正帝）说：" 朕心中嘉悦，竟至于感矣，有何可谕，勉之。"
胤禛（雍正帝）说：" 若是如此，妙不可言。"
胤禛（雍正帝）说：" 是极，通极，当极，此朕之本意，谆谆告诫近边督抚者不计其数矣。"
如此等等批语，我们不难看出，鄂尔泰在西南地区推行的改土归流，不仅得到了雍正帝的坚定支持，还鲜明地体现了最高决策者深化边疆民族地区治理的需要。
同时鄂尔泰对改土归流的复杂性也有充分的认识，在改土归流前已制定了成熟的方案，缜密的计策，在改土归流中对土司的安置和处理也都作了因地、因时、因势、因俗的变通。
鄂尔泰将土司“有无过犯”、“土民是否相安”作为改流的重要依据，并非一刀切地将所有土司都改为流官。
这一原则和策略不仅大大减少了改流的阻力，对改流后善后措施的有效实施也大有裨益。
然而即便如此，改土归流的阻力仍然很大，那些做惯了土皇帝的土司，不甘心失去手中的权力，采用种种手段蛊惑、胁迫当地民众发动叛乱，杀戮朝廷派遣的流官，像前文提到的那种流官全家被杀的例子数不胜数。
这些土司就用这种恐怖手段，对抗朝廷“改土归流”的政策。
你不是要派流官代替土司治理地方吗？你派一个我杀一个，还一杀就杀全家！
面对这些顽固不化的土皇帝，鄂尔泰也丝毫不客气，动用军队用大屠杀镇压当地夷人的反抗。
雍正十三年开始的苗民大起义，清军用了临近七省的兵力镇压，经大小数十战，才镇压下去包利等四百余叛军首领被俘并押至贵阳杀害，苗民被杀受困饿死不下三十万。
这只是其中一个例子。
但以杀止杀解决不了根本问题，这一点胤禛明白，鄂尔泰也明白。但“改土归流”必须推行下去。
这一步不能退，一旦退让，只会让那些土司更加得寸进尺，更加肆无忌惮。
胤禛长叹一声
胤禛（雍正帝）说：" 十七弟，朕要你再去一趟苗疆。"
允礼对此早有准备
允礼说：" 臣弟定不负所托。"
胤禛点头
胤禛（雍正帝）说：" 传旨鄂尔泰，让他尽力控制局势，但他仍将西南边疆情势稳定在各个部落之间小范围爆发，避免大规模叛乱的发生，至于用什么办法，由他自己决断！"
胤禛顿了顿，脸上闪过浓重的杀意
胤禛（雍正帝）说：" 必要时候，不必手软！"
天子一怒，伏尸百万，血流千里。